seq1 = pF1KSDA0341.tfa, 1632 bp
seq2 = pF1KSDA0341/gi568815593f_178019584.tfa (gi568815593f:178019584_178221998), 202415 bp

>pF1KSDA0341 1632
>gi568815593f:178019584_178221998 (Chr5)

1-330  (100001-100330)   99% ->
331-852  (100595-101116)   99% ->
853-1107  (101515-101769)   100% ->
1108-1632  (101891-102415)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACAGCCCCAGGCCCTGCTGGCATTGCCATGGGCAGCGTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACAGCCCCAGGCCCTGCTGGCATTGCCATGGGCAGCGTGGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTTGGAACGGCAGGACTTCTCCCCTGAAGAGCCGCGGGCGGCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100051 CCTGTTGGAACGGCAGGACTTCTCCCCTGAAGAGCTGCGGGCGGCACTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGGTCTCGGGGCTCCCGCCAGCCTGATGGGCTCCTCCGGAAGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGGTCTCGGGGCTCCCGCCAGCCTGATGGGCTCCTCCGGAAGGGCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCAGCGTGAGTTCCTCAGCTACCTGCACCTCCCCAAGAAGGACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCAGCGTGAGTTCCTCAGCTACCTGCACCTCCCCAAGAAGGACAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCACCAAGAACACCAAGCGGGCCCCTCGGAACGAGCCTGCCGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCACCAAGAACACCAAGCGGGCCCCTCGGAACGAGCCTGCCGACTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCCTCTACTACCGGGAACATTCTCGCGCGGGTGACTTCAGCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACCCTCTACTACCGGGAACATTCTCGCGCGGGTGACTTCAGCAAGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCGCTGCCAGAACGGGGTCGCTTTGACAAG         TGCCGCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100301 TCGCTGCCAGAACGGGGTCGCTTTGACAAGGTG...CAGTGCCGCATTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCCTCAGTGTTCAAGCCTACGGCGGGCAACGGGAAAGGCTTCCTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100606 CCCCTCAGTGTTCAAGCCTACGGCGGGCAACGGGAAAGGCTTCCTATCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCAAAGCCTGGCGTCCCACAAAGGCCAGAAGCTGTGGCGCAGCAATGGC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100656 TGCAAAGTCTGGCGTCCCACAAAGGCCAGAAGCTGTGGCGCAGCAATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCCTGCACACGCTGGCCTGCCACCCGCCCCTGAGCCCCGGGCCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100706 AGCCTGCACACGCTGGCCTGCCACCCGCCCCTGAGCCCCGGGCCCCGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGCCAGGCCCGGGCACAGCTGCTGCACGCCCTCAGCCTAGATGAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 CAGCCAGGCCCGGGCACAGCTGCTGCACGCCCTCAGCCTAGATGAGGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCCTGAGCCCGAGCCCAGCCTGTCCGACTCCTCCAGTGGGGGTAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 GCCCTGAGCCCGAGCCCAGCCTGTCCGACTCCTCCAGTGGGGGTAGTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGTCGCAGTCCTGGTACTGGCCCTAGCCCCTTCAGCTCCTCCCTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 GGTCGCAGTCCTGGTACTGGCCCTAGCCCCTTCAGCTCCTCCCTTGGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTTAACCACCTCGGGGGCTCCCTGGACCGGGCCTCTCAAGGACCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100906 CCTTAACCACCTCGGGGGCTCCCTGGACCGGGCCTCTCAAGGACCCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGCTGGGCCACCAGCTGTGCTGAGCTGCCTGCCCGAGCCACCACCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100956 AGGCTGGGCCACCAGCTGTGCTGAGCTGCCTGCCCGAGCCACCACCCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TACGAGTTCTCCTGCTCCTCTGCCGAGGAAATGGGAGCCGTGCTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 TACGAGTTCTCCTGCTCCTCTGCCGAGGAAATGGGAGCCGTGCTGCCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GACCTGTGAGGAGCTCAAGAGGGGCCTTGGCGATGAGGACGGCTCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 GACCTGTGAGGAGCTCAAGAGGGGCCTTGGCGATGAGGACGGCTCCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTTCACGCAG         GTGCTGGAGGAGCGCCAGCGGCTGTGGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 CCTTCACGCAGGTG...CAGGTGCTGGAGGAGCGCCAGCGGCTGTGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCTGAGCTGAAGCGCCTGTATGTGGAGCGGCTGCACGAGGTGACCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101545 GCTGAGCTGAAGCGCCTGTATGTGGAGCGGCTGCACGAGGTGACCCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGCTGAGCGCAGCGAGCGCAACCTCCAGCTGCAGCTGTTTATGGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101595 GGCTGAGCGCAGCGAGCGCAACCTCCAGCTGCAGCTGTTTATGGCTCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGGAGCAGCGGCGCCTGCGCAAGGAGCTGCGGGCTCAGCAGGGCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101645 AGGAGCAGCGGCGCCTGCGCAAGGAGCTGCGGGCTCAGCAGGGCCTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCGGAGCCTCGGGCCCCCGGCACCCTCCCAGAGGCTGACCCCAGTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101695 CCGGAGCCTCGGGCCCCCGGCACCCTCCCAGAGGCTGACCCCAGTGCACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ACCAGAGGAGGAAGCCCGATGGGAG         GTGTGCCAGAAGACAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101745 ACCAGAGGAGGAAGCCCGATGGGAGGTG...CAGGTGTGCCAGAAGACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CAGAGATTAGCCTCTTGAAGCAGCAGCTGCGTGAAGCCCAGGCGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101907 CAGAGATTAGCCTCTTGAAGCAGCAGCTGCGTGAAGCCCAGGCGGAACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCCCAGAAGCTGGCGGAGATCTTCAGTCTGAAGACACAACTTCGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101957 GCCCAGAAGCTGGCGGAGATCTTCAGTCTGAAGACACAACTTCGGGGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CCGGGCACAAGCCCAGGCTCAGGACGCAGAGCTGGTCCGGCTGCGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102007 CCGGGCACAAGCCCAGGCTCAGGACGCAGAGCTGGTCCGGCTGCGCGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTGTGCGCAGCCTGCAGGAGCAGGCCCCTCGGGAGGAAGCCCCAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102057 CTGTGCGCAGCCTGCAGGAGCAGGCCCCTCGGGAGGAAGCCCCAGGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TGTGAGACTGATGACTGCAAGAGCAGGGGCCTGCTAGGGGAGGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102107 TGTGAGACTGATGACTGCAAGAGCAGGGGCCTGCTAGGGGAGGCAGGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CAGCGAGGCCAGAGACAGTGCTGAGCAGCTGCGGGCTGAGCTGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102157 CAGCGAGGCCAGAGACAGTGCTGAGCAGCTGCGGGCTGAGCTGCTGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGCGACTTCGGGGCCAGGAGCAGGCGCTGCGCTTTGAGCAGGAGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102207 AGCGACTTCGGGGCCAGGAGCAGGCGCTGCGCTTTGAGCAGGAGCGGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ACTTGGCAGGAGGAGAAGGAGCGCGTGCTGCGCTACCAGCGGGAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102257 ACTTGGCAGGAGGAGAAGGAGCGCGTGCTGCGCTACCAGCGGGAGATCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GGGAGGGTACATGGACATGTACCGCCGCAACCAGGCACTGGAGCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102307 GGGAGGGTACATGGACATGTACCGCCGCAACCAGGCACTGGAGCAGGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TGCGGGCACTGCGGGAGCCCCCCACACCCTGGAGTCCCCGGCTCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102357 TGCGGGCACTGCGGGAGCCCCCCACACCCTGGAGTCCCCGGCTCGAGTCC

   1650     .
   1624 TCCAAGATC
        |||||||||
 102407 TCCAAGATC