seq1 = pF1KSDA0334.tfa, 2538 bp
seq2 = pF1KSDA0334/gi568815594r_55335418.tfa (gi568815594r:55335418_55582785), 247368 bp

>pF1KSDA0334 2538
>gi568815594r:55335418_55582785 (Chr4)

(complement)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-107  (103087-103146)   100% ->
108-256  (103823-103971)   100% ->
257-348  (106732-106823)   100% ->
349-438  (111980-112069)   100% ->
439-559  (118981-119101)   100% ->
560-673  (123525-123638)   100% ->
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793-875  (126486-126568)   100% ->
876-982  (126783-126889)   100% ->
983-1130  (128962-129109)   100% ->
1131-1206  (129657-129732)   100% ->
1207-1348  (132554-132695)   100% ->
1349-1449  (133290-133390)   100% ->
1450-1539  (133918-134007)   100% ->
1540-1692  (138001-138153)   100% ->
1693-1902  (138890-139099)   99% ->
1903-2105  (140152-140354)   100% ->
2106-2361  (144249-144504)   100% ->
2362-2538  (147192-147368)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTTTACCGTAAGCTGTAGTAAAATGAGCTCGATTGTTGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGTTGTTTACCGTAAGCTGTAGTAAAATGAGCTCGATTGTTGACAGGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       AGATGACAGTAGTATTTTTGATGGGTTGGTGGAAGAAGATGACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...TAGAGATGACAGTAGTATTTTTGATGGGTTGGTGGAAGAAGATGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACAAAGCGAAAAG         AGTATCTAGAAACAAATCTGAAAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103131 AGGACAAAGCGAAAAGGTA...CAGAGTATCTAGAAACAAATCTGAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAACGTAGAGATCAATTTAATGTTCTCATTAAAGAACTGGGATCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103848 AAACGTAGAGATCAATTTAATGTTCTCATTAAAGAACTGGGATCCATGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCTGGTAATGCTAGAAAGATGGACAAATCTACTGTTCTGCAGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103898 TCCTGGTAATGCTAGAAAGATGGACAAATCTACTGTTCTGCAGAAAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGATTTTTTACGAAAACATAAAG         AAATCACTGCACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103948 TTGATTTTTTACGAAAACATAAAGGTA...CAGAAATCACTGCACAGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGCTAGTGAAATTCGACAGGACTGGAAACCTACATTCCTTAGTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106749 GATGCTAGTGAAATTCGACAGGACTGGAAACCTACATTCCTTAGTAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAGTTTACACAATTAATGTTAGAG         GCTCTTGATGGTTTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106799 AGAGTTTACACAATTAATGTTAGAGGTA...CAGGCTCTTGATGGTTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTTTAGCAATCATGACAGATGGAAGCATAATATATGTGTCTGAGAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111996 TTTTAGCAATCATGACAGATGGAAGCATAATATATGTGTCTGAGAGTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTTCATTACTTGAACATTTACCA         TCTGATCTTGTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112046 ACTTCATTACTTGAACATTTACCAGTA...CAGTCTGATCTTGTGGATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAGTATATTTAATTTTATCCCAGAAGGGGAACATTCAGAGGTTTATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118998 AAGTATATTTAATTTTATCCCAGAAGGGGAACATTCAGAGGTTTATAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TACTCTCTACTCATCTGCTGGAAAGTGATTCATTAACCCCAGAATATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119048 TACTCTCTACTCATCTGCTGGAAAGTGATTCATTAACCCCAGAATATTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAT         CAAAAAATCAGTTAGAATTCTGTTGTCACATGCTGCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119098 AAATGTA...CAGCAAAAAATCAGTTAGAATTCTGTTGTCACATGCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGGAACAATAGACCCAAAGGAGCCATCTACCTATGAATATGTAAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123562 AGGAACAATAGACCCAAAGGAGCCATCTACCTATGAATATGTAAAATTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAGGAAATTTCAAATCTTTAAACAGTG         TATCCTCTTCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 123612 TAGGAAATTTCAAATCTTTAAACAGTGGTG...TAGTATCCTCTTCAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CACAATGGTTTTGAAGGAACTATACAACGCACACATAGGCCATCTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123790 CACAATGGTTTTGAAGGAACTATACAACGCACACATAGGCCATCTTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGATAGAGTTTGTTTTGTAGCTACTGTCAGGTTAGCTACACCTCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123840 AGATAGAGTTTGTTTTGTAGCTACTGTCAGGTTAGCTACACCTCAGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAAG         GAAATGTGCACTGTTGAAGAACCCAATGAAGAGTTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123890 TCAAGGTA...TAGGAAATGTGCACTGTTGAAGAACCCAATGAAGAGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACATCTAGACATAGTTTAGAATGGAAGTTTCTGTTTCTAGATCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126522 ACATCTAGACATAGTTTAGAATGGAAGTTTCTGTTTCTAGATCACAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    876       GGCACCACCCATAATAGGGTATTTGCCATTTGAAGTTCTGGGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126572 ...TAGGGCACCACCCATAATAGGGTATTTGCCATTTGAAGTTCTGGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CATCAGGCTATGATTACTATCATGTGGATGACCTAGAAAATTTGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126827 CATCAGGCTATGATTACTATCATGTGGATGACCTAGAAAATTTGGCAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGTCATGAGCACT         TAATGCAATATGGGAAAGGCAAATCATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 126877 TGTCATGAGCACTGTA...TAGTAATGCAATATGGGAAAGGCAAATCATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TTATTATAGGTTCCTGACTAAGGGGCAACAGTGGATTTGGCTTCAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128990 TTATTATAGGTTCCTGACTAAGGGGCAACAGTGGATTTGGCTTCAGACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATTATTATATCACTTACCATCAGTGGAATTCAAGGCCAGAGTTTATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129040 ATTATTATATCACTTACCATCAGTGGAATTCAAGGCCAGAGTTTATTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGTACTCACACTGTAGTAAG         TTATGCAGAAGTTAGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129090 TGTACTCACACTGTAGTAAGGTA...TAGTTATGCAGAAGTTAGGGCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AAGACGACGAGAACTTGGCATTGAAGAGTCTCTTCCTGAGACAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129678 AAGACGACGAGAACTTGGCATTGAAGAGTCTCTTCCTGAGACAGCTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACAAA         AGCCAAGATTCTGGGTCAGATAATCGTATAAACACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129728 ACAAAGTA...TAGAGCCAAGATTCTGGGTCAGATAATCGTATAAACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTCAGTCTCAAGGAAGCATTGGAAAGGTTTGATCACAGCCCAACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132590 GTCAGTCTCAAGGAAGCATTGGAAAGGTTTGATCACAGCCCAACCCCTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGCCTCTTCTCGGAGTTCAAGAAAATCATCTCACACGGCCGTCTCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132640 TGCCTCTTCTCGGAGTTCAAGAAAATCATCTCACACGGCCGTCTCAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CTTCCT         CAACACCAACCAAGATCCCGACGGATACGAGCACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132690 CTTCCTGTG...CAGCAACACCAACCAAGATCCCGACGGATACGAGCACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCACCCAGGCAGCATTTACCAGCTCATGAGAAGATGGTGCAAAGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133325 CCACCCAGGCAGCATTTACCAGCTCATGAGAAGATGGTGCAAAGAAGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ATCATTTAGTAGTCAG         TCCATAAATTCCCAGTCTGTTGGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 133375 ATCATTTAGTAGTCAGGTA...TAGTCCATAAATTCCCAGTCTGTTGGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CATCATTAACACAGCCAGTGATGTCTCAAGCTACAAATTTACCAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133943 CATCATTAACACAGCCAGTGATGTCTCAAGCTACAAATTTACCAATTCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CAAGGCATGTCCCAG         TTTCAGTTTTCAGCTCAATTAGGAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 133993 CAAGGCATGTCCCAGGTA...CAGTTTCAGTTTTCAGCTCAATTAGGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CATGCAACATCTGAAAGACCAATTGGAACAACGGACACGCATGATAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138027 CATGCAACATCTGAAAGACCAATTGGAACAACGGACACGCATGATAGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CAAATATTCATCGGCAACAAGAAGAACTAAGAAAAATTCAAGAACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138077 CAAATATTCATCGGCAACAAGAAGAACTAAGAAAAATTCAAGAACAACTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CAGATGGTCCATGGTCAGGGGCTGCAG         ATGTTTTTGCAACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138127 CAGATGGTCCATGGTCAGGGGCTGCAGGTA...AAGATGTTTTTGCAACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 ATCAAATCCTGGGTTGAATTTTGGTTCCGTTCAACTTTCTTCTGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138904 ATCAAATCCTGGGTTGAATTTTGGTTCCGTTCAACTTTCTTCTGGAAATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CATCTAACATCCAGCAACTTGCACCTATAAATATGCAAGGCCAAGTTGTT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138954 CATCTAATATCCAGCAACTTGCACCTATAAATATGCAAGGCCAAGTTGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CCTACTAACCAGATTCAAAGTGGAATGAATACTGGACACATTGGCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139004 CCTACTAACCAGATTCAAAGTGGAATGAATACTGGACACATTGGCACAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TCAGCACATGATACAACAACAGACTTTACAGAGTACATCAACTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 139054 TCAGCACATGATACAACAACAGACTTTACAGAGTACATCAACTCAGGTA.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1903      AGTCAACAAAATGTACTGAGTGGGCACAGTCAGCAAACATCTCTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139104 ..CAGAGTCAACAAAATGTACTGAGTGGGCACAGTCAGCAAACATCTCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CCCAGTCAGACACAGAGCACTCTTACAGCCCCACTGTATAACACTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140197 CCCAGTCAGACACAGAGCACTCTTACAGCCCCACTGTATAACACTATGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GATTTCTCAGCCTGCAGCCGGAAGCATGGTCCAGATTCCATCTAGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140247 GATTTCTCAGCCTGCAGCCGGAAGCATGGTCCAGATTCCATCTAGTATGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CACAAAACAGCACCCAGAGTGCTGCAGTAACTACATTCACTCAGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140297 CACAAAACAGCACCCAGAGTGCTGCAGTAACTACATTCACTCAGGACAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CAGATAAG         ATTTTCTCAAGGTCAACAACTTGTGACCAAATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 140347 CAGATAAGGTA...CAGATTTTCTCAAGGTCAACAACTTGTGACCAAATT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 AGTGACTGCTCCTGTAGCTTGTGGGGCAGTCATGGTACCTAGTACTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144282 AGTGACTGCTCCTGTAGCTTGTGGGGCAGTCATGGTACCTAGTACTATGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TTATGGGCCAGGTGGTGACTGCATATCCTACTTTTGCTACACAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144332 TTATGGGCCAGGTGGTGACTGCATATCCTACTTTTGCTACACAACAGCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CAGTCACAGACATTGTCAGTAACGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144382 CAGTCACAGACATTGTCAGTAACGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCTCCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GGAGCAGCAGCTCACTTCAGTTCAGCAACCATCTCAGGCTCAGCTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144432 GGAGCAGCAGCTCACTTCAGTTCAGCAACCATCTCAGGCTCAGCTGACCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AGCCACCGCAACAATTTTTACAG         ACTTCTAGGTTGCTCCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 144482 AGCCACCGCAACAATTTTTACAGGTA...TAGACTTCTAGGTTGCTCCAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GGGAATCCCTCAACTCAACTCATTCTCTCTGCTGCATTTCCTCTACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147210 GGGAATCCCTCAACTCAACTCATTCTCTCTGCTGCATTTCCTCTACAACA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 GAGCACCTTCCCTCAGTCACATCACCAGCAACATCAGTCTCAGCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147260 GAGCACCTTCCCTCAGTCACATCACCAGCAACATCAGTCTCAGCAACAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 AGCAACTCAGCCGGCACAGGACTGACAGCTTGCCCGACCCTTCCAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147310 AGCAACTCAGCCGGCACAGGACTGACAGCTTGCCCGACCCTTCCAAGGTT

   2700     .
   2530 CAACCACAG
        |||||||||
 147360 CAACCACAG