seq1 = pF1KSDA0323.tfa, 2157 bp
seq2 = pF1KSDA0323/gi568815584f_24329302.tfa (gi568815584f:24329302_24537282), 207981 bp

>pF1KSDA0323 2157
>gi568815584f:24329302_24537282 (Chr14)

1-106  (100001-100106)   99% ->
107-324  (101413-101630)   100% ->
325-1472  (102162-103309)   99% ->
1473-1603  (103421-103551)   100% ->
1604-1700  (103635-103731)   100% ->
1701-1808  (106771-106878)   100% ->
1809-1910  (107087-107188)   100% ->
1911-2157  (107735-107981)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCGCCTGCCCACTGGACGGGAGGGCTGCAGCCAGAGCTTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCCGCCTGCCCACTGGACGGGAGGGCTGCAGCCAGAGCTTCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGCCCTGCTGGATGGGACAGCACTGAGGGCTGGACCTGGGGGGATGGAG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCCTGCTGGATGGGACAGCACTGAGGGCTGGACCTGGGGGGATGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACATG         GGCTGGGGGCAGCAGCCATGCCTACCTGGGGGGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACATGGTA...CAGGGCTGGGGGCAGCAGCCATGCCTACCTGGGGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCCCGCGTCCCCAGATCGCTTTGCGGTGTCTGCGGAGGCTGAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 CGCCCCGCGTCCCCAGATCGCTTTGCGGTGTCTGCGGAGGCTGAGAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTCGGGAACAGCAGCCCCATGTGGAGCGCATCTTCAGCGTGGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 GGTTCGGGAACAGCAGCCCCATGTGGAGCGCATCTTCAGCGTGGGGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGTCCTTCCGAAGGACTGTCCGGACAACCCCCACATCTGGCTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 GCGTCCTTCCGAAGGACTGTCCGGACAACCCCCACATCTGGCTGCAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGGCCCCAAGGAAAACGCCAGCAGAGCCAAG         GAGTACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101598 GAGGGCCCCAAGGAAAACGCCAGCAGAGCCAAGGTG...CAGGAGTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGGGCCTCTGCAGCCCAGAACTGCAGGATGAAATCCACTACCCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102170 GAAGGGCCTCTGCAGCCCAGAACTGCAGGATGAAATCCACTACCCGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTGCACTGCATCTTTCTGGGAGCCCAGGGCTTCTTCCTTGACTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102220 AACTGCACTGCATCTTTCTGGGAGCCCAGGGCTTCTTCCTTGACTGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCTGGAGCACGTCAGCCCATCTGGTGCCCAGGGCGCCAGGCTCACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102270 GCCTGGAGCACGTCAGCCCATCTGGTGCCCAGGGCGCCAGGCTCACTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATCAGTGGCCTGACTGAAGCCTTTGTCATGGCTCAGAGCCGGGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102320 GATCAGTGGCCTGACTGAAGCCTTTGTCATGGCTCAGAGCCGGGTAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCTGGCAGAGCGGCTGAGCTGGGACTTCACGCCAGGACCATCTTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102370 AGCTGGCAGAGCGGCTGAGCTGGGACTTCACGCCAGGACCATCTTCCGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCTCTCAGTGTACTGGAGTGCTGAGAGACTTCTCTGCCCTGCTGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102420 GCCTCTCAGTGTACTGGAGTGCTGAGAGACTTCTCTGCCCTGCTGCAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCGGGGGATGCCCATAGAGAGGCTCTGTTGCAGTTGCCCCTGGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102470 CCCGGGGGATGCCCATAGAGAGGCTCTGTTGCAGTTGCCCCTGGCTGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGAGGAGCTGCTGAGTCTGGTGCAGGAGGCGTCTAGTGGGCAGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102520 AGGAGGAGCTGCTGAGTCTGGTGCAGGAGGCGTCTAGTGGGCAGGGGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGAGCACTGGCTTCTTGGGAGGGGCGGAGCTCAGCCTTGCTGGGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102570 GGAGCACTGGCTTCTTGGGAGGGGCGGAGCTCAGCCTTGCTGGGTGCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTGCCAAGGAGTGAGAGCTCCCCCTAGTGACGGCAGGGAGTCCCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102620 GTGCCAAGGAGTGAGAGCTCCCCCTAGTGACGGCAGGGAGTCCCTGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTGGATCTATGGGACCCGGAGATTGCAGGGGAGCAAGGGGAGACACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102670 CTGGATCTATGGGACCCGGAGATTGCAGGGGAGCAAGGGGAGACACTTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCTGTGGAGAAGGAGGGAGGGACACAGGGTGGTCCCAGGGAGATGGATTT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
 102720 GCTGTGGAGAAGGAGGGAGGGAAACAGGGTGGTCCCAGGGAGATGGATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGGGTGGAAGGAGTTGCCTGGGGAAGAGGCGTGGGAGAGAGAAGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102770 GGGGTGGAAGGAGTTGCCTGGGGAAGAGGCGTGGGAGAGAGAAGTGGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCAGGCCACAGTCAGTGGGTGGAGGGGCAAGGGAGTCAGCACCCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102820 TCAGGCCACAGTCAGTGGGTGGAGGGGCAAGGGAGTCAGCACCCCTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGGAAGGCCCTGGGGAAGGAGGAGATAGCTCTGGGAGGAGGAGGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102870 GGGAAGGCCCTGGGGAAGGAGGAGATAGCTCTGGGAGGAGGAGGGTTCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGTCCACCGTGAGCCTCCCGGTGCCCATGGCTCCTGTCACAGGGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102920 TGTCCACCGTGAGCCTCCCGGTGCCCATGGCTCCTGTCACAGGGCAGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGTCCCGAGGAGCCTCCCTCCTCCAGCGGCTCCACAATGGGAATGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 AGTCCCGAGGAGCCTCCCTCCTCCAGCGGCTCCACAATGGGAATGCCTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCTCCGAGGGTGCCCAGCCCTCCACCTGCACCGGAACCCCCATGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103020 CCTCCGAGGGTGCCCAGCCCTCCACCTGCACCGGAACCCCCATGGCACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TGGAGACCGGGGTGACTGCGGAGACCGGGGAGACGTGGGGGACAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103070 TGGAGACCGGGGTGACTGCGGAGACCGGGGAGACGTGGGGGACAGGGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACAAGCAGCAGGGCATGGCACGGGGTCGGGGGCCTCAATGGAAACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103120 ACAAGCAGCAGGGCATGGCACGGGGTCGGGGGCCTCAATGGAAACGAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GCCCGAGGGGGCAACTTGGTGACTGGCACACAGCGTTTCAAGGAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103170 GCCCGAGGGGGCAACTTGGTGACTGGCACACAGCGTTTCAAGGAGGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GCAGGATCCTTTCACCCTGTGCCTTGCCAATGTGCCTGGCCAGCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103220 GCAGGATCCTTTCACCCTGTGCCTTGCCAATGTGCCTGGCCAGCCAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TCCGCCATATTGTCATTGACGGCAGCAACGTGGCCATGGT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103270 TCCGCCATATTGTCATTGACGGCAGCAACGTGGCCATGGTGTG...CAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CATGGCCTCCAGCACTACTTCTCCAGCCGGGGCATTGCCATTGCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 CATGGCCTCCAGCACTACTTCTCCAGCCGGGGCATTGCCATTGCTGTGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GTACTTCTGGGACCGTGGTCACCGTGACATAACTGTCTTTGTGCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 GTACTTCTGGGACCGTGGTCACCGTGACATAACTGTCTTTGTGCCTCAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GGCGCTTCAGTAAGGATGCCAAAGTCAGAG         AGAGTCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103522 GGCGCTTCAGTAAGGATGCCAAAGTCAGAGGTG...TAGAGAGTCACTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTGCAAAAGCTGTATTCCCTCAGCCTGCTCTCCCTCACACCCTCACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103646 CTGCAAAAGCTGTATTCCCTCAGCCTGCTCTCCCTCACACCCTCACGAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CATGGATGGCAAGAGGATCTCCTCCTATGATGACAG         GTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103696 CATGGATGGCAAGAGGATCTCCTCCTATGATGACAGGTA...CAGGTTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TGGTGAAGCTGGCTGAAGAGACAGATGGGATAATTGTCTCCAATGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106776 TGGTGAAGCTGGCTGAAGAGACAGATGGGATAATTGTCTCCAATGACCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TTCCGGGACCTGGCGGAGGAGTCTGAGAAGTGGATGGCAATCATCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106826 TTCCGGGACCTGGCGGAGGAGTCTGAGAAGTGGATGGCAATCATCAGAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 ACG         CCTGCTGCCCTTTACCTTTGTGGGAAACCTCTTCATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106876 ACGGTG...CAGCCTGCTGCCCTTTACCTTTGTGGGAAACCTCTTCATGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 TACCTGATGACCCACTGGGGCGAAACGGCCCCACCCTGGATGAATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107125 TACCTGATGACCCACTGGGGCGAAACGGCCCCACCCTGGATGAATTTCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 AAGAAGCCAGCCAG         GACACAGGGGTCTTCTAAGGCTCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107175 AAGAAGCCAGCCAGGTA...CAGGACACAGGGGTCTTCTAAGGCTCAGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TCCTTCCAGGGGCTTTGCAGAACATGGTAAACAGCAGCAGGGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107762 TCCTTCCAGGGGCTTTGCAGAACATGGTAAACAGCAGCAGGGGAGAGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 AGGAAAAAGGTAGTGGTGGCATTCGGAAGACCCGGGAAACAGAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107812 AGGAAAAAGGTAGTGGTGGCATTCGGAAGACCCGGGAAACAGAGCGGCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CGGCGGCAGCTGCTGGAGGTGTTTTGGGGTCAGGATCACAAAGTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107862 CGGCGGCAGCTGCTGGAGGTGTTTTGGGGTCAGGATCACAAAGTGGACTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CATCCTGCAGCGGGAGCCATACTGCCGGGACATCAACCAACTGTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107912 CATCCTGCAGCGGGAGCCATACTGCCGGGACATCAACCAACTGTCTGAGG

   2200     .    :    .    :
   2138 CCCTGCTCAGTCTTAACTTT
        ||||||||||||||||||||
 107962 CCCTGCTCAGTCTTAACTTT