seq1 = pF1KSDA0316.tfa, 3966 bp
seq2 = pF1KSDA0316/gi568815575f_12038972.tfa (gi568815575f:12038972_12818790), 779819 bp

>pF1KSDA0316 3966
>gi568815575f:12038972_12818790 (ChrX)

35-158  (459702-459825)   99% ->
159-319  (570750-570910)   100% ->
320-422  (575808-575910)   99% ->
423-468  (635892-635937)   100% ->
469-573  (644512-644616)   100% ->
574-681  (647126-647233)   100% ->
682-813  (651224-651355)   100% ->
814-933  (655364-655483)   100% ->
934-1070  (662903-663039)   100% ->
1071-1197  (665388-665514)   100% ->
1198-1287  (667855-667944)   100% ->
1288-1470  (668498-668680)   100% ->
1471-1609  (671428-671566)   99% ->
1610-2674  (677098-678162)   100% ->
2675-3966  (678530-679820)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     35 TTTCGAGCCACAGGACGAAGTCTTCAGGCTGGCCGCCTCCCTCGGGAACC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459702 TTTCCAGCCACAGGACGAAGTCTTCAGGCTGGCCGCCTCCCTCGGGAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     85 TGGGGCTTGAGCCAGGTGCCGCCCTATGGATGGGAGATGACGGCAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459752 TGGGGCTTGAGCCAGGTGCCGCCCTATGGATGGGAGATGACGGCAAACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135 AGATGGGCGAGACTACTTCATCAA         TCACATGACACAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 459802 AGATGGGCGAGACTACTTCATCAAGTA...CAGTCACATGACACAGGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    176 TCCCTTTTGACGACCCTCGGTTAGAGAGCTGCCAAATCATCCCTCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 570767 TCCCTTTTGACGACCCTCGGTTAGAGAGCTGCCAAATCATCCCTCCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226 CCTCGGAAGGTGGAGATGAGAAGGGACCCCGTGCTGGGATTTGGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 570817 CCTCGGAAGGTGGAGATGAGAAGGGACCCCGTGCTGGGATTTGGTTTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276 GGCAGGCAGTGAAAAGCCAGTGGTCGTTCGCTCAGTAACACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 570867 GGCAGGCAGTGAAAAGCCAGTGGTCGTTCGCTCAGTAACACCAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    320    GTGGCCCCTCTGAAGGCAAGCTGATCCCGGGAGATCAGATTGTAATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 575805 CAGGTGGCCCCTCTGAAGGCAAGCTGATCCCGGGAGATCAGATTGTAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367 ATTAATGATGAACCGGTCAGCACTGCACCCAGAGAGCGGGTCATCGATCT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 575855 ATTAATGATGAACCGGTCAGCGCTGCACCCAGAGAGCGGGTCATCGATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    417 GGTCAG         AAGCTGCAAAGAATCGATACTCCTCACTGTCATTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 575905 GGTCAGGTG...CAGAAGCTGCAAAGAATCGATACTCCTCACTGTCATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458 AGCCTTACCCT         TCTCCCAAATCAGCATTTATTAGTGCTGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 635927 AGCCTTACCCTGTA...TAGTCTCCCAAATCAGCATTTATTAGTGCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 AAAAAGGCAAGATTAAAGTCCAATCCTGTCAAAGTACGCTTCTCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 644542 AAAAAGGCAAGATTAAAGTCCAATCCTGTCAAAGTACGCTTCTCTGAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 GGTCATCATCAACGGCCAAGTGTCG         GAAACTGTTAAGGACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 644592 GGTCATCATCAACGGCCAAGTGTCGGTG...CAGGAAACTGTTAAGGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590 ACTCACTTCTTTTTATGCCAAATGTTTTGAAAGTCTATCTGGAAAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 647142 ACTCACTTCTTTTTATGCCAAATGTTTTGAAAGTCTATCTGGAAAATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 CAGACCAAATCATTTCGTTTTGACTGCAGCACTTCCATTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 647192 CAGACCAAATCATTTCGTTTTGACTGCAGCACTTCCATTAAGGTA...AA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682  GATGTCATCTTAACCCTTCAAGAGAAGCTCTCCATCAAAGGCATTGAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 651223 GGATGTCATCTTAACCCTTCAAGAGAAGCTCTCCATCAAAGGCATTGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 ACTTCTCTCTCATGCTGGAGCAGAGGACAGAAGGGGCTGGAACGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 651273 ACTTCTCTCTCATGCTGGAGCAGAGGACAGAAGGGGCTGGAACGAAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781 CTCTTGCTTCATGAACAGGAGACTCTAACTCAG         GTGACACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 651323 CTCTTGCTTCATGAACAGGAGACTCTAACTCAGGTC...CAGGTGACACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 GAGGCCCAGCTCCCATAAGATGAGATGTCTTTTCCGAATTAGCTTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 655372 GAGGCCCAGCTCCCATAAGATGAGATGTCTTTTCCGAATTAGCTTCGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 CAAAAGATCCAATTGACCTTTTAAGGAGAGATCCAGTTGCTTTCGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 655422 CAAAAGATCCAATTGACCTTTTAAGGAGAGATCCAGTTGCTTTCGAGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922 CTCTATGTTCAG         AGTTGTAACGATGTGGTTCAGGAGCGATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 655472 CTCTATGTTCAGGTA...CAGAGTTGTAACGATGTGGTTCAGGAGCGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    963 TGGGCCGGAGCTGAAATATGACATAGCCCTGCGGCTGGCCGCATTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 662932 TGGGCCGGAGCTGAAATATGACATAGCCCTGCGGCTGGCCGCATTACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013 TGTACATTGCAACCGTTACCACCAAGCAAACGCAGAAAATCTCCCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 662982 TGTACATTGCAACCGTTACCACCAAGCAAACGCAGAAAATCTCCCTCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063 TACATCGA         AAAAGAATGGGGATTAGAGACTTTTCTTCCCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 663032 TACATCGAGTA...CAGAAAAGAATGGGGATTAGAGACTTTTCTTCCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1104 TGCTGTGCTGCAAAGCATGAAAGAGAAGAACATAAAGAAAGCACTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 665421 TGCTGTGCTGCAAAGCATGAAAGAGAAGAACATAAAGAAAGCACTTTCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1154 ACCTTGTCAAAGCAAATCAAAACTTGGTACCACCGGGTAAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 665471 ACCTTGTCAAAGCAAATCAAAACTTGGTACCACCGGGTAAAAAGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1198    CTCTCTGCACTACAAGCCAAGGTCCATTATCTCAAGTTCCTCAGTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 667852 CAGCTCTCTGCACTACAAGCCAAGGTCCATTATCTCAAGTTCCTCAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245 CCTACGATTGTATGGGGGCCGTGTGTTCAAGGCAACATTAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 667902 CCTACGATTGTATGGGGGCCGTGTGTTCAAGGCAACATTAGTGGTA...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288   CAGGCAGAAAAGCGCTCGGAAGTGACTCTCCTGGTTGGGCCCCGGTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 668496 AGCAGGCAGAAAAGCGCTCGGAAGTGACTCTCCTGGTTGGGCCCCGGTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1336 GGCATAAGCCATGTCATCAACACCAAAACCAATCTGGTGGCTCTTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 668546 GGCATAAGCCATGTCATCAACACCAAAACCAATCTGGTGGCTCTTTTAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1386 CGACTTTAGCCACGTCAACAGGATCGAAATGTTTTCCGAGGAGGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 668596 CGACTTTAGCCACGTCAACAGGATCGAAATGTTTTCCGAGGAGGAGAGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1436 TGGTGCGGGTAGAACTCCACGTGCTAGATGTGAAG         CCTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 668646 TGGTGCGGGTAGAACTCCACGTGCTAGATGTGAAGGCA...TAGCCTATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1477 ACGCTTCTGATGGAATCTTCAGATGCCATGAACCTGGCCTGCTTGACGGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 671434 ACGCTTCTGATGGAATCCTCAGATGCCATGAACCTGGCCTGCTTGACGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1527 TGGATACTACCGGCTGCTTGTTGATTCCAGGAGGTCGATATTTAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 671484 TGGATACTACCGGCTGCTTGTTGATTCCAGGAGGTCGATATTTAACATGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1577 CCAACAAGAAAAACACAGCGACCCAGGAAACAG         GACCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 671534 CCAACAAGAAAAACACAGCGACCCAGGAAACAGGTA...TAGGACCTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1618 AACAAGGGGAAGCATAACCTCCTTGGCCCAGATTGGAACTGTATACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677106 AACAAGGGGAAGCATAACCTCCTTGGCCCAGATTGGAACTGTATACCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1668 AATGACCACCTTTATTGGCGAAGGGGAACAAGAAGCCCAGATAACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677156 AATGACCACCTTTATTGGCGAAGGGGAACAAGAAGCCCAGATAACATACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1718 TAGATTCAAAGCAGAAGACGGTGGAGATCACAGACAGCACCATGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677206 TAGATTCAAAGCAGAAGACGGTGGAGATCACAGACAGCACCATGTGTCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1768 AAAGAGCACCGGCACTTGTACATAGACAATGCCTATAGTTCAGATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677256 AAAGAGCACCGGCACTTGTACATAGACAATGCCTATAGTTCAGATGGACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1818 TAACCAGCAGCTGAGCCAGCCCGGGGAGGCCCCCTGTGAGGCAGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677306 TAACCAGCAGCTGAGCCAGCCCGGGGAGGCCCCCTGTGAGGCAGACTACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1868 GAAGTCTAGCTCAGCGGTCCCTATTGACCCTCTCAGGACCAGAAACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677356 GAAGTCTAGCTCAGCGGTCCCTATTGACCCTCTCAGGACCAGAAACTCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1918 AAGAAAGCACAGGAATCTCCGAGAGGAGCTAAAGTGTCCTTTATTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677406 AAGAAAGCACAGGAATCTCCGAGAGGAGCTAAAGTGTCCTTTATTTTTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1968 AGACTTCGCCTTGGATGATGGTATTAGTCCCCCAACCCTTGGCTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677456 AGACTTCGCCTTGGATGATGGTATTAGTCCCCCAACCCTTGGCTATGAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2018 CGCTACTAGATGAGGGTCCTGAAATGCTGGAGAAGCAGAGAAATCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677506 CGCTACTAGATGAGGGTCCTGAAATGCTGGAGAAGCAGAGAAATCTCTAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2068 ATTGGCAGTGCCAATGACATGAAGGGCCTGGATCTCACTCCAGAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677556 ATTGGCAGTGCCAATGACATGAAGGGCCTGGATCTCACTCCAGAGGCAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2118 GGGCATCCAGTTTGTGGAAAATTCTGTTTATGCAAACATAGGCGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677606 GGGCATCCAGTTTGTGGAAAATTCTGTTTATGCAAACATAGGCGATGTGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2168 AGAGCTTCCAGGCCGCGGAGGGGATCGAGGAACCCCTCTTGCATGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677656 AGAGCTTCCAGGCCGCGGAGGGGATCGAGGAACCCCTCTTGCATGACATC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2218 TGTTATGCAGAAAACACTGATGACGCGGAGGACGAGGACGAGGTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677706 TGTTATGCAGAAAACACTGATGACGCGGAGGACGAGGACGAGGTGAGCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2268 CGAGGAGGACCTCGTGGTGGGGGAGATGAACCAGCCGGCCATCCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677756 CGAGGAGGACCTCGTGGTGGGGGAGATGAACCAGCCGGCCATCCTCAACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2318 TGTCTGGGTCAAGCGATGACATCATTGACCTCACATCCCTGCCCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677806 TGTCTGGGTCAAGCGATGACATCATTGACCTCACATCCCTGCCCCCTCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2368 GAAGGTGATGACAATGAGGATGACTTCCTGTTGCGTTCCTTGAACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677856 GAAGGTGATGACAATGAGGATGACTTCCTGTTGCGTTCCTTGAACATGGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2418 CATTGCCGCACCCCCACCTGGCTTTAGAGACAGTTCAGATGAAGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677906 CATTGCCGCACCCCCACCTGGCTTTAGAGACAGTTCAGATGAAGAGGACT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2468 CTCAGAGCCAGGCAGCTTCCTTCCCCGAGGACAAGGAGAAAGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677956 CTCAGAGCCAGGCAGCTTCCTTCCCCGAGGACAAGGAGAAAGGCAGCAGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2518 CTGCAAAATGATGAGATCCCCGTGTCCCTCATTGACGCTGTGCCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678006 CTGCAAAATGATGAGATCCCCGTGTCCCTCATTGACGCTGTGCCCACCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2568 CGCCGAAGGCAAGTGTGAGAAGGGACTGGATAATGCCGTCGTCTCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678056 CGCCGAAGGCAAGTGTGAGAAGGGACTGGATAATGCCGTCGTCTCCACGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2618 TGGGAGCTCTAGAGGCTCTATCCGTGTCAGAAGAACAGCAGACCAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678106 TGGGAGCTCTAGAGGCTCTATCCGTGTCAGAAGAACAGCAGACCAGTGAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2668 AATTCAG         GTGTAGCCATCTTGCGGGCTTATAGTCCTGAGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678156 AATTCAGGTT...CAGGTGTAGCCATCTTGCGGGCTTATAGTCCTGAGTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2709 TTCGTCAGACTCGGGCAATGAAACTAACTCTTCTGAAATGACTGAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678564 TTCGTCAGACTCGGGCAATGAAACTAACTCTTCTGAAATGACTGAGAGTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2759 CTGAACTGGCCACAGCACAAAAACAGTCAGAAAACCTCTCCCGCATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678614 CTGAACTGGCCACAGCACAAAAACAGTCAGAAAACCTCTCCCGCATGTTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2809 TTGGCCACTCACGAAGGCTACCACCCCCTTGCAGAAGAGCAGACCGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678664 TTGGCCACTCACGAAGGCTACCACCCCCTTGCAGAAGAGCAGACCGAGTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2859 CCCGGCCTCCAAGACCCCCGCTGGGGGCTTGCCTCCAAAGTCCTCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678714 CCCGGCCTCCAAGACCCCCGCTGGGGGCTTGCCTCCAAAGTCCTCGCACG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2909 CCCTGGCTGCTAGGCCAGCAACCGACCTCCCGCCCAAAGTTGTGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678764 CCCTGGCTGCTAGGCCAGCAACCGACCTCCCGCCCAAAGTTGTGCCTTCC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2959 AAGCAGTTACTTCACTCAGACCACATGGAGATGGAGCCTGAAACTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678814 AAGCAGTTACTTCACTCAGACCACATGGAGATGGAGCCTGAAACTATGGA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3009 GACTAAGTCGGTCACTGACTATTTTAGCAAACTGCACATGGGGTCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678864 GACTAAGTCGGTCACTGACTATTTTAGCAAACTGCACATGGGGTCGGTGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3059 CATACTCCTGCACTAGCAAAAGGAAAAGCAAGCTGGCCGATGGTGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678914 CATACTCCTGCACTAGCAAAAGGAAAAGCAAGCTGGCCGATGGTGAGGGG

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3109 AAGGCACCCCCTAATGGGAACACAACAGGAAAAAAACAGCAGGGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 678964 AAGGCACCCCCTAATGGGAACACAACAGGAAAAAAACAGCAGGGGACCAA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3159 AACGGCAGAGATGGAGGAGGAGGCCAGTGGTAAATTTGGTACTGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679014 AACGGCAGAGATGGAGGAGGAGGCCAGTGGTAAATTTGGTACTGTGTCTT

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3209 CACGAGACAGTCAACACCTGAGCACTTTTAATCTGGAGAGAACTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679064 CACGAGACAGTCAACACCTGAGCACTTTTAATCTGGAGAGAACTGCCTTT

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3259 CGCAAGGACAGTCAAAGATGGTATGTGGCCACTGAAGGTGGGATGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679114 CGCAAGGACAGTCAAAGATGGTATGTGGCCACTGAAGGTGGGATGGCTGA

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3309 AAAAAGTGGATTAGAAGCAGCAACAGGGAAAACCTTTCCAAGAGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679164 AAAAAGTGGATTAGAAGCAGCAACAGGGAAAACCTTTCCAAGAGCTTCTG

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3359 GTCTTGGGGCAAGGGAGGCCGAAGGGAAGGAAGAAGGAGCTCCTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679214 GTCTTGGGGCAAGGGAGGCCGAAGGGAAGGAAGAAGGAGCTCCTGATGGA

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3409 GAAACCAGTGATGGCTCAGGACTTGGTCAAGGGGACCGCTTCTTAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679264 GAAACCAGTGATGGCTCAGGACTTGGTCAAGGGGACCGCTTCTTAACTGA

   3550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3459 CGTGACCTGTGCATCTTCAGCCAAAGACTTAGATAACCCAGAGGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679314 CGTGACCTGTGCATCTTCAGCCAAAGACTTAGATAACCCAGAGGACGCTG

   3600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3509 ACTCGTCCACCTGCGACCATCCTTCCAAGCTTCCTGAGGCTGATGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679364 ACTCGTCCACCTGCGACCATCCTTCCAAGCTTCCTGAGGCTGATGAGAGT

   3650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3559 GTGGCCCGCCTTTGTGACTACCACTTGGCCAAGCGGATGTCATCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679414 GTGGCCCGCCTTTGTGACTACCACTTGGCCAAGCGGATGTCATCACTGCA

   3700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3609 AAGCGAGGGCCATTTTTCTCTGCAGAGCTCCCAAGGCTCTTCAGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679464 AAGCGAGGGCCATTTTTCTCTGCAGAGCTCCCAAGGCTCTTCAGTGGATG

   3750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3659 CAGGCTGTGGCACAGGCAGCAGTGGCAGTGCCTGTGCCACACCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679514 CAGGCTGTGGCACAGGCAGCAGTGGCAGTGCCTGTGCCACACCCGTGGAG

   3800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3709 TCGCCGCTCTGCCCCTCCCTGGGGAAGCACTTGATTCCTGACGCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679564 TCGCCGCTCTGCCCCTCCCTGGGGAAGCACTTGATTCCTGACGCTTCTGG

   3850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3759 GAAAGGCGTGAATTACATTCCTTCAGAGGAGAGAGCCCCTGGGCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679614 GAAAGGCGTGAATTACATTCCTTCAGAGGAGAGAGCCCCTGGGCTTCCCA

   3900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3809 ACCACGGAGCCACCTTTAAGGAACTGCACCCACAGACAGAAGGGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679664 ACCACGGAGCCACCTTTAAGGAACTGCACCCACAGACAGAAGGGATGTGT

   3950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3859 CCACGGATGACAGTGCCTGCTCTGCACACAGCCATTAACACCGAACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679714 CCACGGATGACAGTGCCTGCTCTGCACACAGCCATTAACACCGAACCCCT

   4000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3909 GTTTGGCACATTGAGAGATGGATGCCATCGGCTCCCCAAGATTAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679764 GTTTGGCACATTGAGAGATGGATGCCATCGGCTCCCCAAGATTAAGGAAA

   4050     .
   3959 CCACAGTG
        ||||||-|
 679814 CCACAG G