seq1 = pF1KSDA0307.tfa, 2118 bp
seq2 = pF1KSDA0307/gi568815583f_80350882.tfa (gi568815583f:80350882_80693695), 342814 bp

>pF1KSDA0307 2118
>gi568815583f:80350882_80693695 (Chr15)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-161  (107048-107095)   100% ->
162-375  (119337-119550)   99% ->
376-589  (124129-124342)   100% ->
590-692  (157275-157377)   100% ->
693-758  (163030-163095)   100% ->
759-844  (163439-163524)   100% ->
845-921  (200318-200394)   100% ->
922-1056  (201759-201893)   100% ->
1057-1131  (204184-204258)   100% ->
1132-1283  (212207-212358)   100% ->
1284-1356  (223267-223339)   100% ->
1357-1480  (224106-224229)   100% ->
1481-1580  (225985-226084)   100% ->
1581-1719  (229530-229668)   100% ->
1720-1885  (230358-230523)   100% ->
1886-2022  (240687-240823)   99% ->
2023-2118  (242719-242814)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCAGACATACCTGGATCTGTGACGTTGCCCGTTGCCCCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCAGACATACCTGGATCTGTGACGTTGCCCGTTGCCCCCATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCACCGGACAGGTGAGGATGGCGGGGGCCATGCCTGCCCGTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCACCGGACAGGTGAGGATGGCGGGGGCCATGCCTGCCCGTGGAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGGCGTTCCGG         AATGGACTTCGATGATGAAGATGGTGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGGCGTTCCGGGTA...CAGAATGGACTTCGATGATGAAGATGGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCCCAGTAAATTTTCAAG         AGAGAATCATAGTGAAATCGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107076 GGCCCCAGTAAATTTTCAAGGTA...AAGAGAGAATCATAGTGAAATCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGGCGCAAACGGAACAAGATGACTCAGTACATCACGGAGCTCTCCGACA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119358 AAGGCGCAGACGGAACAAGATGACTCAGTACATCACGGAGCTCTCCGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTCCCCACATGCAGCGCACTGGCTCGGAAGCCAGACAAGCTCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119408 TGGTCCCCACATGCAGCGCACTGGCTCGGAAGCCAGACAAGCTCACCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCCGCATGGCCGTCTCGCACATGAAGTCCATGAGGGGTACAGGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119458 CTCCGCATGGCCGTCTCGCACATGAAGTCCATGAGGGGTACAGGGAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCCACCGATGGCGCGTACAAGCCTTCCTTCCTCACAGAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119508 GTCCACCGATGGCGCGTACAAGCCTTCCTTCCTCACAGAGCAGGTA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   GAACTGAAGCATCTCATCCTTGAAGCAGCTGATGGATTTCTGTTTGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124127 AGGAACTGAAGCATCTCATCCTTGAAGCAGCTGATGGATTTCTGTTTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGCTGCTGAGACAGGGCGAGTGATTTATGTGTCTGACTCCGTCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124177 GTGGCTGCTGAGACAGGGCGAGTGATTTATGTGTCTGACTCCGTCACCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTTCTGAACCAGCCCCAGTCAGAGTGGTTTGGGAGCACACTGTATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124227 TGTTCTGAACCAGCCCCAGTCAGAGTGGTTTGGGAGCACACTGTATGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGTGCATCCTGATGACGTGGAGAAGCTGAGAGAGCAACTGTGCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124277 AGGTGCATCCTGATGACGTGGAGAAGCTGAGAGAGCAACTGTGCACCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAAACTCAATGACAG         GCCGGATCTTGGACCTGAAGACTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 124327 GAAAACTCAATGACAGGTC...TAGGCCGGATCTTGGACCTGAAGACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACGGTCAAGAAAGAAGGGCAGCAGTCATCCATGAGGATGTGCATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157300 GACGGTCAAGAAAGAAGGGCAGCAGTCATCCATGAGGATGTGCATGGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGCGGCGGTCTTTCATCTGCAGGATGAG         GTGTGGAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 157350 CGCGGCGGTCTTTCATCTGCAGGATGAGGTC...TAGGTGTGGAAATGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTTTGGACCACCTTCCTCTAAACAGAATAACCACCATGAGGAAAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163043 CCTTTGGACCACCTTCCTCTAAACAGAATAACCACCATGAGGAAAAGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAG         GAATGGCCTTGGCCCTGTGAAAGAAGGAGAAGCCCAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163093 CAGGTC...TAGGAATGGCCTTGGCCCTGTGAAAGAAGGAGAAGCCCAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGCTGTGGTCCACTGTACAGGATACATCAAGGCCTGGCCACCAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 163477 ATGCTGTGGTCCACTGTACAGGATACATCAAGGCCTGGCCACCAGCAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845        GAATGACCATACCTGAAGAAGACGCTGATGTGGGACAAGGCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163527 A...CAGGAATGACCATACCTGAAGAAGACGCTGATGTGGGACAAGGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAATATTGCCTCGTGGCAATTGGGAGACTCCAG         GTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 200361 TAAATATTGCCTCGTGGCAATTGGGAGACTCCAGGTA...CAGGTGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCTCTCCTGTATGCATGGACATGAATGGGATGTCGGTGCCCACAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201766 GCTCTCCTGTATGCATGGACATGAATGGGATGTCGGTGCCCACAGAGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTATCCCGGCATAACTCCGATGGAATCATCACATTTGTGGATCCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201816 TTATCCCGGCATAACTCCGATGGAATCATCACATTTGTGGATCCAAGATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TATCAGTGTGATTGGCTACCAACCCCAG         GATCTTCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 201866 TATCAGTGTGATTGGCTACCAACCCCAGGTG...TAGGATCTTCTGGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGACATTTTGGAATTCTGCCACCCTGAGGATCAAAGCCATCTGCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204197 AGGACATTTTGGAATTCTGCCACCCTGAGGATCAAAGCCATCTGCGTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCTTCCAGCAG         GTGGTTAAGCTGAAAGGCCAAGTCCTGTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 204247 AGCTTCCAGCAGGTA...CAGGTGGTTAAGCTGAAAGGCCAAGTCCTGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTCATGTATCGATTTCGCACCAAGAACCGGGAGTGGATGTTGATCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212236 GGTCATGTATCGATTTCGCACCAAGAACCGGGAGTGGATGTTGATCCGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCAGCAGCTTCACATTCCAGAATCCCTATTCTGATGAGATTGAGTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212286 CCAGCAGCTTCACATTCCAGAATCCCTATTCTGATGAGATTGAGTACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCTGCACCAACACCAACGTCAA         GCAACTTCAGCAACAGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 212336 ATCTGCACCAACACCAACGTCAAGTA...CAGGCAACTTCAGCAACAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCAGAATTGGAAGTGCACCAGAGAGATGGATTGTCATCGTATGACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223285 GGCAGAATTGGAAGTGCACCAGAGAGATGGATTGTCATCGTATGACTTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCCAG         GTCCCCGTCCCCAACCTACCAGCCGGTGTTCATGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223335 CCCAGGTG...TAGGTCCCCGTCCCCAACCTACCAGCCGGTGTTCATGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCCGGGAAGTCCGTGGAAAAGGCGGATGCAATCTTCTCCCAGGAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224142 GCCGGGAAGTCCGTGGAAAAGGCGGATGCAATCTTCTCCCAGGAAAGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCCTCGGTTTGCTGAAATGTTTGCAGGAATTAGTGCAT         CGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 224192 TCCTCGGTTTGCTGAAATGTTTGCAGGAATTAGTGCATGTA...TAGCGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGAAGAAGATGATGAGCTCAGCCTCTGCAGCAGGAACCCAGCAGATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225988 AGAAGAAGATGATGAGCTCAGCCTCTGCAGCAGGAACCCAGCAGATCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCCAAGGAAGCCCATTTCCCTCTGGACACTCCGGGAAGGCCTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 226038 TCCCAAGGAAGCCCATTTCCCTCTGGACACTCCGGGAAGGCCTTCAGGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1581       CTCTTCAGTGGTTCATGTGCCTGGAGTGAATGATATTCAGTCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226088 ...TAGCTCTTCAGTGGTTCATGTGCCTGGAGTGAATGATATTCAGTCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTTCTTCCACGGGCCAGAACATGTCCCAAATCTCCCGGCAGCTAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229574 CTTCTTCCACGGGCCAGAACATGTCCCAAATCTCCCGGCAGCTAAACCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGTCAGGTGGCATGGACAGGGAGTCGTCCGCCCTTTCCGGGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 229624 AGTCAGGTGGCATGGACAGGGAGTCGTCCGCCCTTTCCGGGACAGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720     CAAATCCCATCTCAGTCCAGCAAGACTCAGTCATCTCCCTTTGGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229674 .TAGCAAATCCCATCTCAGTCCAGCAAGACTCAGTCATCTCCCTTTGGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TTGGAACGAGCCACACCTACCCGGCAGACCCCTCTTCCTACAGCCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230404 TTGGAACGAGCCACACCTACCCGGCAGACCCCTCTTCCTACAGCCCCCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TCCAGCCCAGCTACCTCCTCGCCAAGTGGGAATGCCTACTCCAGTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230454 TCCAGCCCAGCTACCTCCTCGCCAAGTGGGAATGCCTACTCCAGTCTTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAACAGGACTCCAGGGTTCG         CTGAAAGTGGACAAAGTAGCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 230504 CAACAGGACTCCAGGGTTCGGTA...CAGCTGAAAGTGGACAAAGTAGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 GGCAGTTCCAAGGGCGGCCCTCGGAAGTCTGGTCGCAGTGGCAAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240708 GGCAGTTCCAAGGGCGGCCCTCGGAAGTCTGGTCGCAGTGGCAAAGCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CACCATGGCCAGCAGAGCGGTGAGCAGCACTCCCACCAGCAGCCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 240758 CACCATGGCCAGCAGAGCGGTGAGCAGCACTCCCACCAGCAGCCCGGTCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GACTGAAGTGTTCCAG         GACATGCTGCCCATGCCAGGAGATC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 240808 GACTGAAGTGTTCCAGGTA...CAGGACATGCTGCCCATGCCAGGAGATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CAACCCAGGGGACTGGCAACTATAACATCGAAGACTTTGCCGACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242744 CAACCCAGGGGACTGGCAACTATAACATCGAAGACTTTGCCGACCTGGGC

   2250     .    :    .    :
   2098 ATGTTTCCACCGTTTTCTGAG
        |||||||||||||||||||||
 242794 ATGTTTCCACCGTTTTCTGAG