seq1 = pF1KSDA0286.tfa, 1332 bp
seq2 = pF1KSDA0286/gi568815586r_56959882.tfa (gi568815586r:56959882_57178745), 218864 bp

>pF1KSDA0286 1332
>gi568815586r:56959882_57178745 (Chr12)

(complement)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-252  (105834-105958)   100% ->
253-472  (107853-108072)   100% ->
473-545  (109440-109512)   100% ->
546-639  (114007-114100)   100% ->
640-754  (114561-114675)   100% ->
755-980  (115402-115627)   100% ->
981-1154  (117801-117974)   100% ->
1155-1332  (118687-118864)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGAGGAATGAAAGTGGCGGTCTCGCCGGCAGTTGGTCCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGAGGAATGAAAGTGGCGGTCTCGCCGGCAGTTGGTCCCGGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGGCTCGGGAGTCGGGGGCGGTGGGACAGTGCGGCTACTCTTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGGCTCGGGAGTCGGGGGCGGTGGGACAGTGCGGCTACTCTTGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCGGCTGCTTGGTCTACGGCACAG         CTGAAACTGATGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 TCTCCGGCTGCTTGGTCTACGGCACAGGTA...AAGCTGAAACTGATGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGTGGTCATGCTTCAGGAATCCCAAGTTTGTGAAAAGCGTGCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105848 AATGTGGTCATGCTTCAGGAATCCCAAGTTTGTGAAAAGCGTGCCAGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAATTCTGTTACACAAATGTGCTTATCCCAAAATGGCATGATATATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105898 ACAATTCTGTTACACAAATGTGCTTATCCCAAAATGGCATGATATATGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACGGATACAG         ATCCGAGTAAATAGTTCCAGATTGGTTCGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105948 CACGGATACAGGTA...CAGATCCGAGTAAATAGTTCCAGATTGGTTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCACCCAGGTGGAGAATGAGGAGAAACTGAAGGAGCTAGAGCAGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107883 GTCACCCAGGTGGAGAATGAGGAGAAACTGAAGGAGCTAGAGCAGTTTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATCTGGAACTTTTTTTCCTCCTTTTTAAAAGAGAAATTGAATGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107933 TATCTGGAACTTTTTTTCCTCCTTTTTAAAAGAGAAATTGAATGACACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTTAACGTGGGTCTATACAGCACAAAAACCTGCCTCAAAGTTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107983 ATGTTAACGTGGGTCTATACAGCACAAAAACCTGCCTCAAAGTTGAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATAGAGAAGGACACCAAGTACAGTGTCATTGTGATCCGGA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108033 ATAGAGAAGGACACCAAGTACAGTGTCATTGTGATCCGGAGTA...CAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTTGATCCCAAACTCTTTCTTGTTTTCCTTCTTGGACTTATGCTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109441 ATTTGATCCCAAACTCTTTCTTGTTTTCCTTCTTGGACTTATGCTATTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTTGTGGAGACTTGCTGAGCAG         AAGTCAAATTTTCTACTAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109491 TTTGTGGAGACTTGCTGAGCAGGTA...CAGAAGTCAAATTTTCTACTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTACTGGGATGACTGTGGGAATTGTGGCCTCTCTGCTAATCATCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114026 TCTACTGGGATGACTGTGGGAATTGTGGCCTCTCTGCTAATCATCATTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATACTATCTAAGTTTATGCCTAAG         AAAAGTCCCATTTACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114076 TATACTATCTAAGTTTATGCCTAAGGTA...TAGAAAAGTCCCATTTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCATCCTGGTGGGAGGCTGGTCTTTTTCTCTGTACCTCATTCAACTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114577 TCATCCTGGTGGGAGGCTGGTCTTTTTCTCTGTACCTCATTCAACTAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTAAAAATTTACAAGAGATCTGGAGGTGTTACTGGCAGTATCTTTTAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 114627 TTTAAAAATTTACAAGAGATCTGGAGGTGTTACTGGCAGTATCTTTTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755         GTTATGTCCTCACAGTTGGATTCATGAGTTTTGCAGTATGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114677 TA...TAGGTTATGTCCTCACAGTTGGATTCATGAGTTTTGCAGTATGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAAGTATGGGCCCTTGGAGAATGAACGAAGTATCAACCTGCTGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115444 ACAAGTATGGGCCCTTGGAGAATGAACGAAGTATCAACCTGCTGACCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCTTGCAGCTGATGGGCCTGTGTTTCATGTATTCTGGCATCCAGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115494 ACCTTGCAGCTGATGGGCCTGTGTTTCATGTATTCTGGCATCCAGATACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACATATTGCCCTTGCCATTATCATCATTGCTCTTTGTACTAAGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115544 ACATATTGCCCTTGCCATTATCATCATTGCTCTTTGTACTAAGAACCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AACACCCTATTCAGTGGCTGTACATCACCTGCAG         AAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115594 AACACCCTATTCAGTGGCTGTACATCACCTGCAGGTG...CAGAAAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGTAAGGGAGCAGAAAAGCCTGTTCCCCCTCGTCTCCTGACAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117808 TGTAAGGGAGCAGAAAAGCCTGTTCCCCCTCGTCTCCTGACAGAAGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATATCGGATACAAGGAGAGGTAGAAACCCGAAAGGCTTTAGAGGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117858 ATATCGGATACAAGGAGAGGTAGAAACCCGAAAGGCTTTAGAGGAGCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAGAATTTTGTAACAGTCCAGACTGCTCTGCTTGGAAGACTGTTTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117908 GAGAATTTTGTAACAGTCCAGACTGCTCTGCTTGGAAGACTGTTTCTCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATCCAGTCTCCAAAAAG         ATTTGCTGACTTTGTGGAAGGCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117958 ATCCAGTCTCCAAAAAGGTA...CAGATTTGCTGACTTTGTGGAAGGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTCCCACCTCACGCCAAATGAAGTTTCTGTCCATGAGCAGGAGTATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118711 TTCCCACCTCACGCCAAATGAAGTTTCTGTCCATGAGCAGGAGTATGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TAGGGAGCATTATTGCCCAGGATGAAATCTATGAGGAAGCATCCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118761 TAGGGAGCATTATTGCCCAGGATGAAATCTATGAGGAAGCATCCTCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAGGAGGACTCATATTCTCGGTGTCCTGCTATCACACAGAACAACTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118811 GAGGAGGACTCATATTCTCGGTGTCCTGCTATCACACAGAACAACTTTCT

   1400 
   1329 AACC
        ||||
 118861 AACC