seq1 = pF1KSDA0276.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KSDA0276/gi568815594f_51763437.tfa (gi568815594f:51763437_52013581), 250145 bp

>pF1KSDA0276 876
>gi568815594f:51763437_52013581 (Chr4)

1-25  (79807-79831)   100% ->
26-96  (100001-100071)   100% ->
97-136  (100234-100273)   100% ->
137-251  (110835-110949)   100% ->
252-343  (114327-114418)   100% ->
344-414  (123132-123202)   100% ->
415-506  (128324-128415)   100% ->
507-615  (135834-135942)   100% ->
616-720  (147634-147738)   100% ->
721-823  (149854-149956)   100% ->
824-876  (150093-150145)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACTCGGATGCCGCCGCTGTCA         ATTTTCAGCTGAACTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  79807 ATGCACTCGGATGCCGCCGCTGTCAGTG...AAGATTTTCAGCTGAACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCATCTCTCAACACTGGCAAATATTCATAAGATCTACCACACCCTTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 TCATCTCTCAACACTGGCAAATATTCATAAGATCTACCACACCCTTAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTG         AACCTAACAGAAGACATTGGCCAAGACGATCACCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 AGCTGGTA...CAGAACCTAACAGAAGACATTGGCCAAGACGATCACCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACAG         GAAGTCTGCGGTCTTGCAGTTCTTCAGACTGCTTTAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100270 ACAGGTA...TAGGAAGTCTGCGGTCTTGCAGTTCTTCAGACTGCTTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TAAAGTGATGCCACCAAGGAAAAAGAGAAGACCTGCCTCTGGAGATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110872 TAAAGTGATGCCACCAAGGAAAAAGAGAAGACCTGCCTCTGGAGATGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TATCTGCCAAGAAAAGTAGACATGATAG         CATGTATAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110922 TATCTGCCAAGAAAAGTAGACATGATAGGTA...CAGCATGTATAGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TATGATTCGACTAGAATAAAGACTGAAGAAGAAGCCTTTTCAAGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114340 TATGATTCGACTAGAATAAAGACTGAAGAAGAAGCCTTTTCAAGTAAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTGCTTGGAATGGTTCTATGAATATGCAG         GAACTGATGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114390 GTGCTTGGAATGGTTCTATGAATATGCAGGTA...CAGGAACTGATGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTGTAGGCCCTGAAGGCATGGAGAAATTTTGTGAAGACATTGGTGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123144 TTGTAGGCCCTGAAGGCATGGAGAAATTTTGTGAAGACATTGGTGTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCAGAAAAC         GTAGTTATGCTTGTCCTAGCTTGGAAATTGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123194 CCAGAAAACGTG...CAGGTAGTTATGCTTGTCCTAGCTTGGAAATTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGCACAAAACATGGGTTATTTTACTCTACAGGAGTGGTTAAAAGGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128356 TGCACAAAACATGGGTTATTTTACTCTACAGGAGTGGTTAAAAGGAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CTTCTCTCCA         ATGTGATACAACAGAAAAACTCAGAAATACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128406 CTTCTCTCCAGTA...TAGATGTGATACAACAGAAAAACTCAGAAATACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TTGGATTACTTAAGATCATTCTTAAATGATTCTACAAACTTTAAACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135865 TTGGATTACTTAAGATCATTCTTAAATGATTCTACAAACTTTAAACTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TTACAGATATGCGTTTGACTTTGCACGG         GAAAAGGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 135915 TTACAGATATGCGTTTGACTTTGCACGGGTG...CAGGAAAAGGACCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GCAGCCTAGACATAAACACTGCCAAGTGCATGTTGGGACTGTTATTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147647 GCAGCCTAGACATAAACACTGCCAAGTGCATGTTGGGACTGTTATTAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAAATCTGGCCCCTTTTTCCAGTTTTTCACCAATTCTTAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 147697 AAAATCTGGCCCCTTTTTCCAGTTTTTCACCAATTCTTAGAGGTA...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721  CAATCAAAATACAAAGTTATTAATAAAGACCAGTGGTGCAATGTCCTAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149853 GCAATCAAAATACAAAGTTATTAATAAAGACCAGTGGTGCAATGTCCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGTTTAGCAGAACAATTAATCTTGACCTCAGCAACTATGATGAAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149903 AGTTTAGCAGAACAATTAATCTTGACCTCAGCAACTATGATGAAGATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCAT         GGCCAGTTTTGTTGGACGAGTTTGTGGAGTGGTATAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149953 GCATGTA...CAGGGCCAGTTTTGTTGGACGAGTTTGTGGAGTGGTATAA

    950     .    :    .
    861 AGACAAACAGATGTCC
        ||||||||||||||||
 150130 AGACAAACAGATGTCC