seq1 = pF1KSDA0272.tfa, 2187 bp
seq2 = pF1KSDA0272/gi568815595r_52302291.tfa (gi568815595r:52302291_52509609), 207319 bp

>pF1KSDA0272 2187
>gi568815595r:52302291_52509609 (Chr3)

(complement)

1-37  (99732-99768)   100% ->
38-67  (99867-99896)   100% ->
68-122  (100002-100056)   100% ->
123-255  (101004-101136)   100% ->
256-375  (101533-101652)   100% ->
376-437  (102150-102211)   100% ->
438-580  (102294-102436)   100% ->
581-659  (102703-102781)   100% ->
660-783  (103234-103357)   100% ->
784-931  (103698-103845)   100% ->
932-1116  (104316-104500)   100% ->
1117-1250  (105024-105157)   100% ->
1251-1729  (105716-106194)   100% ->
1730-1890  (106312-106472)   100% ->
1891-1983  (106739-106831)   100% ->
1984-2056  (106936-107008)   100% ->
2057-2187  (107189-107319)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAAGGGCTGGCTGGAGCTGGAGAGCGACCCAG         GCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  99732 ATGAATAAGGGCTGGCTGGAGCTGGAGAGCGACCCAGGTG...CAGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTCACCCTGCTCGTGGAAGATTTCG         GTGTCAAGGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  99871 CTTCACCCTGCTCGTGGAAGATTTCGGTA...CAGGTGTCAAGGGGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AAGTGGAGGAGATCTACGACCTTCAGAGCAAATGTCAGGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100017 AAGTGGAGGAGATCTACGACCTTCAGAGCAAATGTCAGGGGTG...CAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 CCTGTATATGGATTTATCTTCCTGTTCAAATGGATCGAAGAGCGCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 CCTGTATATGGATTTATCTTCCTGTTCAAATGGATCGAAGAGCGCCGGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCGGCGAAAGGTCTCTACCTTGGTGGATGATACGTCCGTGATTGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101055 CCGGCGAAAGGTCTCTACCTTGGTGGATGATACGTCCGTGATTGATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATATTGTGAATAACATGTTCTTTGCCCACCAG         CTGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101105 ATATTGTGAATAACATGTTCTTTGCCCACCAGGTC...CAGCTGATACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AACTCTTGTGCAACTCATGCCTTGCTGAGCGTGCTCCTGAACTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101542 AACTCTTGTGCAACTCATGCCTTGCTGAGCGTGCTCCTGAACTGCAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGTGGACCTGGGACCCACCCTGAGTCGCATGAAGGACTTCACCAAGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101592 CGTGGACCTGGGACCCACCCTGAGTCGCATGAAGGACTTCACCAAGGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAGCCCTGAG         AGCAAAGGATATGCGATTGGCAATGCCCCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101642 TCAGCCCTGAGGTA...TAGAGCAAAGGATATGCGATTGGCAATGCCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAGTTGGCCAAGGCCCATAATAGCCATGCCAG         GCCCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102180 GAGTTGGCCAAGGCCCATAATAGCCATGCCAGGTG...CAGGCCCGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 ACGCCACCTCCCTGAGAAGCAGAATGGCCTTAGTGCAGTGCGGACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102303 ACGCCACCTCCCTGAGAAGCAGAATGGCCTTAGTGCAGTGCGGACCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGGCGTTCCACTTTGTCAGCTATGTGCCTATCACAGGCCGGCTCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102353 AGGCGTTCCACTTTGTCAGCTATGTGCCTATCACAGGCCGGCTCTTTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTGGATGGGCTGAAGGTCTACCCCATTGACCATG         GGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102403 CTGGATGGGCTGAAGGTCTACCCCATTGACCATGGTA...TAGGGCCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGGGGAGGACGAGGAGTGGACAGACAAGGCCCGGCGGGTCATCATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102710 GGGGGAGGACGAGGAGTGGACAGACAAGGCCCGGCGGGTCATCATGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTATCGGCCTCGCCACTGCAGG         GGAGCCCTACCACGACATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102760 GTATCGGCCTCGCCACTGCAGGGTA...CAGGGAGCCCTACCACGACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CGCTTCAACCTGATGGCAGTGGTGCCCGACCGCAGGATCAAGTATGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103253 CGCTTCAACCTGATGGCAGTGGTGCCCGACCGCAGGATCAAGTATGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAGGCTGCATGTGCTGAAGGTGAACCGTCAGACAGTACTAGAGGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103303 CAGGCTGCATGTGCTGAAGGTGAACCGTCAGACAGTACTAGAGGCTCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCAG         CTGATAAGAGTAACACAGCCAGAGCTGATTCAGACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103353 AGCAGGTA...TAGCTGATAAGAGTAACACAGCCAGAGCTGATTCAGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CACAAGTCTCAAGAGTCACAGCTGCCTGAGGAGTCCAAGTCAGCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103734 CACAAGTCTCAAGAGTCACAGCTGCCTGAGGAGTCCAAGTCAGCCAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAAGTCCCCGCTGGTGCTGGAAGCAAACAGGGCCCCTGCAGCCTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103784 CAAGTCCCCGCTGGTGCTGGAAGCAAACAGGGCCCCTGCAGCCTCTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCAACCACACAG         ATGGTGCAGAGGAGGCGGCTGGTTCATGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103834 GCAACCACACAGGTA...CAGATGGTGCAGAGGAGGCGGCTGGTTCATGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCACAAGCCCCATCCCACAGCCCTCCCAACAAACCCAAGCTAGTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104345 GCACAAGCCCCATCCCACAGCCCTCCCAACAAACCCAAGCTAGTGGTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCCTCCAGGCAGCAGCCTCAATGGGGTTCACCCCAACCCCACTCCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104395 GCCTCCAGGCAGCAGCCTCAATGGGGTTCACCCCAACCCCACTCCCATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCCAGCGGCTGCCGGCCTTTCTAGACAATCACAATTATGCCAAGTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104445 TCCAGCGGCTGCCGGCCTTTCTAGACAATCACAATTATGCCAAGTCCCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATGCAG         GAGGAAGAAGACCTGGCGGCAGGTGTGGGCCGCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104495 ATGCAGGTA...CAGGAGGAAGAAGACCTGGCGGCAGGTGTGGGCCGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCGAGTTCCAGTCCGCCCACCCCAGCAGTACTCAGATGATGAGGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105059 CCGAGTTCCAGTCCGCCCACCCCAGCAGTACTCAGATGATGAGGATGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATGAGGATGACGAGGAGGATGACGTGCAGAACACCAACTCTGCCCTTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105109 ATGAGGATGACGAGGAGGATGACGTGCAGAACACCAACTCTGCCCTTAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251         GTATAAGGGGAAGGGAACAGGGAAGCCAGGGGCATTGAGCGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105159 TC...CAGGTATAAGGGGAAGGGAACAGGGAAGCCAGGGGCATTGAGCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TTCTGCTGATGGGCAACTGTCAGTGCTGCAGCCCAACACCATCAACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105758 TTCTGCTGATGGGCAACTGTCAGTGCTGCAGCCCAACACCATCAACGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGGCTGAGAAGCTCAAAGAGTCCCAGAAGGACCTCTCAATTCCTCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105808 TGGCTGAGAAGCTCAAAGAGTCCCAGAAGGACCTCTCAATTCCTCTGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATCAAGACTAGCAGCGGGGCTGGGAGTCCGGCTGTGGCAGTGCCCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105858 ATCAAGACTAGCAGCGGGGCTGGGAGTCCGGCTGTGGCAGTGCCCACACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTCGCAGCCCTCACCCACCCCCAGCAATGAGAGTACAGACACGGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105908 CTCGCAGCCCTCACCCACCCCCAGCAATGAGAGTACAGACACGGCCTCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGATCGGCAGTGCTTTCAACTCGCCACTGCGCTCGCCTATCCGCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105958 AGATCGGCAGTGCTTTCAACTCGCCACTGCGCTCGCCTATCCGCTCAGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AACCCGACGCGGCCCTCCAGCCCTGTCACCTCCCACATCTCCAAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106008 AACCCGACGCGGCCCTCCAGCCCTGTCACCTCCCACATCTCCAAGGTGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TTTTGGAGAGGATGACAGCCTGCTGCGTGTTGACTGCATACGCTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106058 TTTTGGAGAGGATGACAGCCTGCTGCGTGTTGACTGCATACGCTACAACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GTGCTGTCCGTGATCTGGGTCCTGTCATCAGCACAGGCCTGCTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106108 GTGCTGTCCGTGATCTGGGTCCTGTCATCAGCACAGGCCTGCTGCACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GCTGAGGATGGGGTGCTGAGTCCCCTGGCGCTGACAG         AGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106158 GCTGAGGATGGGGTGCTGAGTCCCCTGGCGCTGACAGGTG...CAGAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGGGAAGGGTTCCTCGCCCTCCATCAGACCAATCCAAGGCAGCCAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106316 TGGGAAGGGTTCCTCGCCCTCCATCAGACCAATCCAAGGCAGCCAGGGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCAGCAGCCCAGTGGAGAAGGAGGTCGTGGAAGCCACGGACAGCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106366 CCAGCAGCCCAGTGGAGAAGGAGGTCGTGGAAGCCACGGACAGCAGAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAGACGGGGATGGTGAGGCCTGGCGAGCCCTTGAGTGGGGAGAAATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106416 AAGACGGGGATGGTGAGGCCTGGCGAGCCCTTGAGTGGGGAGAAATACTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 ACCCAAG         GAGCTGCTGGCACTGCTGAAGTGTGTGGAGGCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106466 ACCCAAGGTG...CAGGAGCTGCTGGCACTGCTGAAGTGTGTGGAGGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AGATTGCAAACTATGAGGCGTGCCTCAAGGAGGAGGTAGAGAAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106773 AGATTGCAAACTATGAGGCGTGCCTCAAGGAGGAGGTAGAGAAGAGGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AAGTTCAAG         ATTGATGACCAGAGAAGGACCCACAACTACGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106823 AAGTTCAAGGTG...CAGATTGATGACCAGAGAAGGACCCACAACTACGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGAGTTCATCTGCACCTTTATCTCCATGCTGGCTCAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106968 TGAGTTCATCTGCACCTTTATCTCCATGCTGGCTCAGGAAGGTG...CAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCATGCTGGCCAACCTAGTGGAGCAGAACATCTCCGTGCGGCGGCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107189 GCATGCTGGCCAACCTAGTGGAGCAGAACATCTCCGTGCGGCGGCGCCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGGGTCAGCATCGGCCGGCTCCACAAGCAGCGGAAGCCTGACCGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107239 GGGGTCAGCATCGGCCGGCTCCACAAGCAGCGGAAGCCTGACCGGCGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :
   2157 ACGCTCTCGCCCCTACAAGGCCAAGCGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107289 ACGCTCTCGCCCCTACAAGGCCAAGCGCCAG