seq1 = pF1KSDA0264.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KSDA0264/gi568815593r_72120912.tfa (gi568815593r:72120912_72420221), 299310 bp

>pF1KSDA0264 1242
>gi568815593r:72120912_72420221 (Chr5)

(complement)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-151  (106064-106141)   100% ->
152-222  (122520-122590)   100% ->
223-281  (124633-124691)   100% ->
282-396  (182094-182208)   100% ->
397-475  (186025-186103)   100% ->
476-591  (187664-187779)   100% ->
592-694  (191854-191956)   100% ->
695-837  (194023-194165)   100% ->
838-1005  (196372-196539)   99% ->
1006-1242  (199074-199310)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCTCCATAGTGCGGCGCGGGATGCTCCTGGCGCGGCAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCTCCATAGTGCGGCGCGGGATGCTCCTGGCGCGGCAAGTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTCCTCAGCTCTCTCCTGCAG         GTAAAAGATACCTGCTTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 TCTTCCTCAGCTCTCTCCTGCAGGTT...CAGGTAAAAGATACCTGCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCAGCCTATGTAGACAGCCACAAATGGGAAGCAAGAGAAAAAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106082 CTTCAGCCTATGTAGACAGCCACAAATGGGAAGCAAGAGAAAAAGAACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTGTCTTG         CTGATCTTGCATCTTTAATGGATAAAACATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106132 TACTGTCTTGGTA...CAGCTGATCTTGCATCTTTAATGGATAAAACATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGAGAAAGTTGCCTGTTAGTTCTTTAACAATATCACGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122551 TGAGAGAAAGTTGCCTGTTAGTTCTTTAACAATATCACGGGTA...TAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTATAGACAACATTTCCTCTCGGGAAGAGATAGATCATGCAGAGTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124634 TTATAGACAACATTTCCTCTCGGGAAGAGATAGATCATGCAGAGTATTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTTACAA         GTTTCGACACAGCCCCAACTGCTGGTACCTGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124684 CTTTACAAGTA...TAGGTTTCGACACAGCCCCAACTGCTGGTACCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AAACTGGACTATCCACACCTGGATTAGGCAGTGTCTAAAATATGATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182127 AAACTGGACTATCCACACCTGGATTAGGCAGTGTCTAAAATATGATGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGACAAAGCCCTATATACCCTTGTAAATAAG         GTTCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 182177 AAGACAAAGCCCTATATACCCTTGTAAATAAGGTG...TAGGTTCAATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGAATTTTTCCAGATAACTTTACATTCAATTTACTGATGGATTCTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186034 GGAATTTTTCCAGATAACTTTACATTCAATTTACTGATGGATTCTTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAAGAAAGAAAATTACAAAG         ATGCTTTATCTGTGGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 186084 AAAGAAAGAAAATTACAAAGGTA...TAGATGCTTTATCTGTGGTTTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGGTCATGATGCAAGAAGCCTTTGAAGTGCCTTCCACCCAACTTCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187685 AGGTCATGATGCAAGAAGCCTTTGAAGTGCCTTCCACCCAACTTCTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTCTATGTTTTATTTCATTGCCTGGCAAAGAAGACAGACTTCAGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 187735 CTCTATGTTTTATTTCATTGCCTGGCAAAGAAGACAGACTTCAGTGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     TGGGAAGAGGAGAGGAACTTTGGTGCATCCCTTTTGCTTCCAGGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187785 .CAGTGGGAAGAGGAGAGGAACTTTGGTGCATCCCTTTTGCTTCCAGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TAAAACAAAAGAACTCAGTGGGTTTCAGTTCCCAGTTGTATGGCTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191900 TAAAACAAAAGAACTCAGTGGGTTTCAGTTCCCAGTTGTATGGCTATGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTTCTTG         GGAAGGTGGAGTTGCAGCAAGGGCTACGGGCTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191950 CTTCTTGGTA...CAGGGAAGGTGGAGTTGCAGCAAGGGCTACGGGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTACCACAACATGCCTCTGATATGGAAACCAGGCTACCTTGACAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194057 GTACCACAACATGCCTCTGATATGGAAACCAGGCTACCTTGACAGAGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTCAAGTGATGGAGAAAGTGGCTGCCTCCCCAGAAGACATAAAGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194107 TTCAAGTGATGGAGAAAGTGGCTGCCTCCCCAGAAGACATAAAGCTGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGAGAAGCG         CTCGATGTGCTGGATGCAGTGCTGAAGGCTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||| ||||||||||||||||||
 194157 AGAGAAGCGGTA...CAGCTCGATGTGCTGGGTGCAGTGCTGAAGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GACTTCAGCTGATGGGGCTTCAGAGGAGCAGTCCCAAAATGATGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196404 GACTTCAGCTGATGGGGCTTCAGAGGAGCAGTCCCAAAATGATGAAGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACCAGGGGTCAGAAAAACTGGTGGAGCAGTTAGACATCGAGGAAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196454 ACCAGGGGTCAGAAAAACTGGTGGAGCAGTTAGACATCGAGGAAACAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGTCCAAGCTTCCTCAATACCTGGAACGATTTAAG         GCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 196504 CAGTCCAAGCTTCCTCAATACCTGGAACGATTTAAGGTG...CAGGCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ACATTCTAAGCTTCAAGCTCTGGGCAAAATTGAGTCAGAAGGTCTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199079 ACATTCTAAGCTTCAAGCTCTGGGCAAAATTGAGTCAGAAGGTCTTTTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GTCTGACCACCCAGCTTGTCAAGGAAAAACTCTCCACCTGTGAAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199129 GTCTGACCACCCAGCTTGTCAAGGAAAAACTCTCCACCTGTGAAGCAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACATCGCCACCTATGAGCAGAATCTGCAGCAGTGGCATCTAGACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199179 GACATCGCCACCTATGAGCAGAATCTGCAGCAGTGGCATCTAGACCTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACAGTTGATCCAGAGAGAACAGCAACAGAGGGAGCAAGCGAAGCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199229 ACAGTTGATCCAGAGAGAACAGCAACAGAGGGAGCAAGCGAAGCAGGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :
   1211 ACCAGGCTCAGAAAGCAGCAAAGGCATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 199279 ACCAGGCTCAGAAAGCAGCAAAGGCATCTGCC