seq1 = pF1KSDA0262.tfa, 2433 bp
seq2 = pF1KSDA0262/gi568815586f_120434812.tfa (gi568815586f:120434812_120676663), 241852 bp

>pF1KSDA0262 2433
>gi568815586f:120434812_120676663 (Chr12)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-354  (111594-111790)   100% ->
355-554  (117688-117887)   100% ->
555-645  (119907-119997)   100% ->
646-830  (122471-122655)   100% ->
831-967  (122735-122871)   100% ->
968-1128  (125915-126075)   100% ->
1129-1254  (128134-128259)   100% ->
1255-1531  (128536-128812)   100% ->
1532-1665  (128999-129132)   100% ->
1666-1783  (130261-130378)   100% ->
1784-1885  (130617-130718)   100% ->
1886-2041  (132014-132169)   100% ->
2042-2142  (136380-136480)   100% ->
2143-2200  (140820-140877)   100% ->
2201-2359  (140981-141139)   100% ->
2360-2433  (141779-141852)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTGAGCTCCCCCAACGCCGCCGCCACCGCCTCCGACATGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTGAGCTCCCCCAACGCCGCCGCCACCGCCTCCGACATGGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACAGCGGCTCCAACAGCTCCTCCGCCTCTTCGGGCAGCAGCAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACAGCGGCTCCAACAGCTCCTCCGCCTCTTCGGGCAGCAGCAAAGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACAGCCGCCCCGCTCCGCCTCGGCGGGGCCAGCCGGCGAGTCTAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACAGCCGCCCCGCTCCGCCTCGGCGGGGCCAGCCGGCGAGTCTAAACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAGCG         ATGGAAAGAACTCCAGTGGATCCAAGCGTTATAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAGCGGTA...CAGATGGAAAGAACTCCAGTGGATCCAAGCGTTATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGCAAACGTGAACTTTCCTACCCCAAAAATGAAAGTTTTAACAACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111628 TCGCAAACGTGAACTTTCCTACCCCAAAAATGAAAGTTTTAACAACCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCGTCGCTCCAGTTCACAGAAAAGCAAGACTTTTAACAAGATGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111678 CCCGTCGCTCCAGTTCACAGAAAAGCAAGACTTTTAACAAGATGCCTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAAAGGGGCGGCGGCAGCAGCAAACTCTTTAGCTCTTCTTTTAATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111728 CAAAGGGGCGGCGGCAGCAGCAAACTCTTTAGCTCTTCTTTTAATGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAGACGAGATGAG         GTAGCAGAGGCTCAACGGGCAGAGTTTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111778 AAGACGAGATGAGGTA...TAGGTAGCAGAGGCTCAACGGGCAGAGTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCCTGCCCAGTTCTCTGGTCCTAAGAAGATCAACCTGAACCACTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117716 GCCCTGCCCAGTTCTCTGGTCCTAAGAAGATCAACCTGAACCACTTGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATTTCACTTTTGAACCCCGTGGCCAGACGGGTCACTTTGAAGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117766 AATTTCACTTTTGAACCCCGTGGCCAGACGGGTCACTTTGAAGGCAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACATGGTAGCTGGGGAAAGAGGAACAAGTGGGGACATAAGCCTTTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117816 ACATGGTAGCTGGGGAAAGAGGAACAAGTGGGGACATAAGCCTTTTAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGAACTCTTTTTACAGGCCAA         CTGCCAATTTGTGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117866 AGGAACTCTTTTTACAGGCCAAGTG...TAGCTGCCAATTTGTGGTGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGACCAAGACTACACAGCTCATTTTGCTGATCCTGATACATTAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119926 GAAGACCAAGACTACACAGCTCATTTTGCTGATCCTGATACATTAGTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGGGACTTTGTGGAACAAGTG         CGCATTTGTAGCCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 119976 CTGGGACTTTGTGGAACAAGTGGTG...CAGCGCATTTGTAGCCATGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCCATCTTGCCCAATATGCCTCTATCCACCTACTGCAGCCAAGATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122490 TGCCATCTTGCCCAATATGCCTCTATCCACCTACTGCAGCCAAGATAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGTTGTGGACACATCTTCTGCTGGGCATGCATCCTGCACTATCTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122540 CGTTGTGGACACATCTTCTGCTGGGCATGCATCCTGCACTATCTTTCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAGTGAGAAGACGTGGAGTAAATGTCCCATCTGTTACAGTTCTGTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122590 GAGTGAGAAGACGTGGAGTAAATGTCCCATCTGTTACAGTTCTGTGCATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGAAGGATCTCAAGAG         TGTTGTTGCCACAGAGTCACATCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122640 AGAAGGATCTCAAGAGGTG...CAGTGTTGTTGCCACAGAGTCACATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TATGTTGTTGGTGATACCATTACGATGCAGCTGATGAAGAGGGAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122760 TATGTTGTTGGTGATACCATTACGATGCAGCTGATGAAGAGGGAGAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGTGTTGGTGGCTTTGCCCAAATCCAAATGGATGAATGTAGACCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122810 GGTGTTGGTGGCTTTGCCCAAATCCAAATGGATGAATGTAGACCATCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTCATCTAGGAG         ATGAACAGCACAGCCAGTACTCCAAGTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 122860 TTCATCTAGGAGGTG...TAGATGAACAGCACAGCCAGTACTCCAAGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCTGGCCTCTAAGGAGCAGGTGCTGCACCGGGTAGTTCTGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125944 CTGCTGGCCTCTAAGGAGCAGGTGCTGCACCGGGTAGTTCTGGAGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGTAGCACTAGAGCAGCAGCTGGCAGAGGAGAAGCACACTCCCGAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125994 AGTAGCACTAGAGCAGCAGCTGGCAGAGGAGAAGCACACTCCCGAGTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCTTTATTGAGGCAGCTATCCAGGAGCTCAAG         ACTCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126044 GCTTTATTGAGGCAGCTATCCAGGAGCTCAAGGTG...TAGACTCGGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGGCTCTGTCGGGATTGGCCGGAAGCAGAAGGGAGGTCACTGGTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128143 GAGGCTCTGTCGGGATTGGCCGGAAGCAGAAGGGAGGTCACTGGTGTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGCTGCTCTGGAACAACTGGTGCTGATGGCTCCCTTGGCGAAGGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128193 GGCTGCTCTGGAACAACTGGTGCTGATGGCTCCCTTGGCGAAGGAGTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTTTTCAACCCAGGAAG         GGTGTGCTGGAGTATCTGTCTGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 128243 TTTTTCAACCCAGGAAGGTT...CAGGGTGTGCTGGAGTATCTGTCTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTCGATGAAGAAACCACGGAAGTTTGTTCTCTGGACACTCCTTCTAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128560 TTCGATGAAGAAACCACGGAAGTTTGTTCTCTGGACACTCCTTCTAGACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TCTTGCTCTCCCTCTGGTAGAAGAGGAGGAAGCAGTGTCTGAACCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128610 TCTTGCTCTCCCTCTGGTAGAAGAGGAGGAAGCAGTGTCTGAACCAGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTGAGGGGTTGCCAGAGGCCTGTGATGACTTGGAGTTAGCAGATGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128660 CTGAGGGGTTGCCAGAGGCCTGTGATGACTTGGAGTTAGCAGATGACAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTTAAAGAGGGGACCATTTGCACTGAGTCCAGCCAGCAGGAACCCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128710 CTTAAAGAGGGGACCATTTGCACTGAGTCCAGCCAGCAGGAACCCATCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CAAGTCAGGCTTCACACGCCTCAGCAGCTCTCCTTGTTACTACTTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128760 CAAGTCAGGCTTCACACGCCTCAGCAGCTCTCCTTGTTACTACTTTTACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AAG         CGGAAGATGGACAGCATATGTTCCTGCACCCTGTGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128810 AAGGTG...CAGCGGAAGATGGACAGCATATGTTCCTGCACCCTGTGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GTGCGCTGCCTCGTGCGGGAGTACGGCAGCCTGGAGAGGAGCCCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129037 GTGCGCTGCCTCGTGCGGGAGTACGGCAGCCTGGAGAGGAGCCCCGAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GATCTCAGCAACTGTGGTGGAGATTGCTGGCTACTCCATGTCTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 129087 GATCTCAGCAACTGTGGTGGAGATTGCTGGCTACTCCATGTCTGAGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666      GATGTTCGACAGCGTCACAGATATCTCTCTCACTTGCCACTCACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129137 ..TAGGATGTTCGACAGCGTCACAGATATCTCTCTCACTTGCCACTCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TGTGAGTTCAGCATCTGTGAACTGGCTTTGCAACCTCCTGTGGTCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130306 TGTGAGTTCAGCATCTGTGAACTGGCTTTGCAACCTCCTGTGGTCTCTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GGAAACCCTAGAGATGTTCTCAG         ATGACATTGAGAAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 130356 GGAAACCCTAGAGATGTTCTCAGGTG...CAGATGACATTGAGAAGAGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AACGTCAGCGCCAAAAGAAGGCTCGGGAGGAACGCCGCCGAGAGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130635 AACGTCAGCGCCAAAAGAAGGCTCGGGAGGAACGCCGCCGAGAGCGCAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ATTGAGATAGAGGAGAACAAGAAACAGGGCAAGT         ACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 130685 ATTGAGATAGAGGAGAACAAGAAACAGGGCAAGTGTA...CAGACCCAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGTCCACATTCCCCTCGAGAATCTACAGCAGTTTCCTGCCTTCAATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132021 AGTCCACATTCCCCTCGAGAATCTACAGCAGTTTCCTGCCTTCAATTCTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ATACCTGCTCCTCTGATTCTGCTTTGGGTCCCACCAGCACCGAGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132071 ATACCTGCTCCTCTGATTCTGCTTTGGGTCCCACCAGCACCGAGGGCCAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GGGGCCCTCTCCATTTCTCCTCTCAGCAGAAGTCCAGGTTCCCATGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132121 GGGGCCCTCTCCATTTCTCCTCTCAGCAGAAGTCCAGGTTCCCATGCAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042         ACTTTCTGCTGACCCCTCTGTCACCCACTGCCAGTCAGGGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132171 TA...CAGACTTTCTGCTGACCCCTCTGTCACCCACTGCCAGTCAGGGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 GTCCCTCATTCTGCGTTGGGAGTCTGGAAGAAGACTCTCCCTTCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136422 GTCCCTCATTCTGCGTTGGGAGTCTGGAAGAAGACTCTCCCTTCCCTTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 TTTGCCCAG         ATGCTGAGGGTTGGAAAAGCAAAAGCAGATGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 136472 TTTGCCCAGGTA...CAGATGCTGAGGGTTGGAAAAGCAAAAGCAGATGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GTGGCCCAAAACTGCTCCAAAGAAAG         ATGAGAACAGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 140852 GTGGCCCAAAACTGCTCCAAAGAAAGGTG...TAGATGAGAACAGCTTAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TTCCTCCTGCCCCTGTGGACAGCGACGGGGAGAGTGATAATTCAGACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140996 TTCCTCCTGCCCCTGTGGACAGCGACGGGGAGAGTGATAATTCAGACCGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GTTCCTGTGCCCAGTTTTCAAAATTCCTTCAGCCAAGCTATTGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141046 GTTCCTGTGCCCAGTTTTCAAAATTCCTTCAGCCAAGCTATTGAAGCAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CTTCATGAAACTGGACACACCAGCTACTTCAGATCCCCTCTCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 141096 CTTCATGAAACTGGACACACCAGCTACTTCAGATCCCCTCTCTGGTA...

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2360    AAGAGAAAGGAGGAAAGAAAAGAAAAAAACAGAAACAGAAGCTCCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141776 TAGAAGAGAAAGGAGGAAAGAAAAGAAAAAAACAGAAACAGAAGCTCCTG

   2550     .    :    .    :    .
   2407 TTCAGCACCTCAGTCGTCCACACCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 141826 TTCAGCACCTCAGTCGTCCACACCAAG