seq1 = pF1KSDA0258.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KSDA0258/gi568815589f_35649756.tfa (gi568815589f:35649756_35852871), 203116 bp

>pF1KSDA0258 1173
>gi568815589f:35649756_35852871 (Chr9)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-253  (100488-100624)   100% ->
254-337  (100903-100986)   100% ->
338-487  (101085-101234)   100% ->
488-634  (101511-101657)   100% ->
635-762  (101872-101999)   100% ->
763-952  (102201-102390)   100% ->
953-1173  (102896-103116)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGAAGTGGTAGCAGAGCTCAGCCGGGGTCCTGTATTTTTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGAAGTGGTAGCAGAGCTCAGCCGGGGTCCTGTATTTTTGGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGCGCTGGAGTGTGTAGTGACCGTCACCAACCCCCTTCCGCCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGCGCTGGAGTGTGTAGTGACCGTCACCAACCCCCTTCCGCCCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACTTCTGCATCCAG         TGAGGCCCTGGCCTGGGCCAGTGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACTTCTGCATCCAGGTG...CAGTGAGGCCCTGGCCTGGGCCAGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAATCCACTGCCAGTTCCATGCCAGTGAGAGTCGAGTAGCACTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100513 CAAATCCACTGCCAGTTCCATGCCAGTGAGAGTCGAGTAGCACTGCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCTGACTCTAGTCAGCCAGATGTCCAGCCCGACAGCCAGACTGTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100563 TCCTGACTCTAGTCAGCCAGATGTCCAGCCCGACAGCCAGACTGTCTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCCACACCGAG         GTGAGAGGGGCCAGTGTATCCTTTCTACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100613 TGCCACACCGAGGTT...CAGGTGAGAGGGGCCAGTGTATCCTTTCTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCACCGAAAATTCTATTCTGTGACCTGAGGCTTGATCCTGGAGAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100932 CCACCGAAAATTCTATTCTGTGACCTGAGGCTTGATCCTGGAGAGTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCAT         ACTCCTACAGTGAAGTGCTGCCCATAGAGGGACCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100982 ATCATGTG...CAGACTCCTACAGTGAAGTGCTGCCCATAGAGGGACCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTCCTTTCGGGGTCAGTCAGTCAAGTACGTCTACAAACTGACCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101121 CCTCCTTTCGGGGTCAGTCAGTCAAGTACGTCTACAAACTGACCATTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCCAGCGTGTCAACTCCCCTATCACTTTACTCAGAGTCCCTCTGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101171 TGCCAGCGTGTCAACTCCCCTATCACTTTACTCAGAGTCCCTCTGAGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTTGTGCTGACTG         GCCTTCAGGATGTCCGGTTTCCCCAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101221 TCTTGTGCTGACTGGTA...TAGGCCTTCAGGATGTCCGGTTTCCCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAGGCTGTAGCCCCATCCAGTCCATTCTTGGAGGAGGATGAAGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101538 ATGAGGCTGTAGCCCCATCCAGTCCATTCTTGGAGGAGGATGAAGGTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGAAAGATTCATGGCTAGCTGAGCTGGCTGGGGAACGCCTAATGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101588 AAGAAAGATTCATGGCTAGCTGAGCTGGCTGGGGAACGCCTAATGGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACATCCTGCCGCAGCCTCC         ATCTATACAATATCAGTGATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101638 CACATCCTGCCGCAGCCTCCGTG...CAGATCTATACAATATCAGTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCGAGGGAAAGTTGGGACGTTTGGCATCTTCAAATCTGTGTACAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 GCCGAGGGAAAGTTGGGACGTTTGGCATCTTCAAATCTGTGTACAGACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCGAGGACGTGGTGGGGACCTTAAACTTAGGGGAAGGAACCGTAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 GGCGAGGACGTGGTGGGGACCTTAAACTTAGGGGAAGGAACCGTAGCTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTGCAG         TTTTCAGTCAGCTTACAGACCGAGGAGCGTGTAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 TTTGCAGGTA...CAGTTTTCAGTCAGCTTACAGACCGAGGAGCGTGTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCCTGAGTACCAGCGGCGACGTGGGGCAGGGGGTGTCCCCTCTGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102235 AGCCTGAGTACCAGCGGCGACGTGGGGCAGGGGGTGTCCCCTCTGTGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CATGTGACTCACGCCCGGCACCAGGAATCCTGCCTACATACAACTAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102285 CATGTGACTCACGCCCGGCACCAGGAATCCTGCCTACATACAACTAGAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGCTTCTCCCTCCCAATCCCTCTCAGCTCCACCCCAGGCTTCTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102335 CAGCTTCTCCCTCCCAATCCCTCTCAGCTCCACCCCAGGCTTCTGTACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCATTG         TGTCCTTGAAGTGGAGATTGCATTTTGAATTTGTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102385 CCATTGGTG...TAGTGTCCTTGAAGTGGAGATTGCATTTTGAATTTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACGTCCCGAGAACCAGGATTGGTACTCCTACCCCCTGTGGAACAGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102931 ACGTCCCGAGAACCAGGATTGGTACTCCTACCCCCTGTGGAACAGCCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCTACCACCTGGACAGGACCTGAGCAAGTACCTGTAGACACCTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102981 ACCTACCACCTGGACAGGACCTGAGCAAGTACCTGTAGACACCTTCAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGGACCTGCCCATCAAGGTGCTGCCTACTAGCCCCACCCTGGCCTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103031 GGGACCTGCCCATCAAGGTGCTGCCTACTAGCCCCACCCTGGCCTCATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1138 GCTGCCCCAGGCCCCAGCACCAGCACCATAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103081 GCTGCCCCAGGCCCCAGCACCAGCACCATAACCATC