seq1 = pF1KSDA0252.tfa, 2010 bp
seq2 = pF1KSDA0252/gi568815583f_41317236.tfa (gi568815583f:41317236_41580684), 263449 bp

>pF1KSDA0252 2010
>gi568815583f:41317236_41580684 (Chr15)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-189  (121086-121196)   100% ->
190-337  (135666-135813)   100% ->
338-542  (140437-140641)   100% ->
543-657  (147536-147650)   100% ->
658-769  (148906-149017)   100% ->
770-905  (153022-153157)   100% ->
906-1083  (153937-154114)   100% ->
1084-1166  (157385-157467)   100% ->
1167-1254  (158290-158377)   100% ->
1255-1362  (158477-158584)   100% ->
1363-1440  (159211-159288)   100% ->
1441-1562  (159930-160051)   100% ->
1563-1620  (160223-160280)   100% ->
1621-1698  (161313-161390)   100% ->
1699-1794  (161868-161963)   100% ->
1795-1906  (162979-163090)   100% ->
1907-2010  (163346-163449)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAAAGAAGCGGAAAGGCCGCGTCGTGATCGACTCGGACACAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAAAGAAGCGGAAAGGCCGCGTCGTGATCGACTCGGACACAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGGCAGCGACGAGAACCTGGATCAG         GAGCTCTTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CAGCGGCAGCGACGAGAACCTGGATCAGGTG...TAGGAGCTCTTGTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCAAAGCGAAAGCGCAGTGACTCTGAGGAGAAGGAGCCGCCTGTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121099 TGGCAAAGCGAAAGCGCAGTGACTCTGAGGAGAAGGAGCCGCCTGTGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCCTGCAGCCTCGTCAGACTCGGAGACGTCTGACAGTGACGATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121149 CAGCCTGCAGCCTCGTCAGACTCGGAGACGTCTGACAGTGACGATGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        TGGACATTTGGGAGCAATAAAAATAAGAAGAAAGGAAAAGCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121199 G...TAGTGGACATTTGGGAGCAATAAAAATAAGAAGAAAGGAAAAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAAAATAGAGAAGAAAGGAACCATGAAGAAACAGGCCAACAAAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135709 GAAAAATAGAGAAGAAAGGAACCATGAAGAAACAGGCCAACAAAACTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCTCAGGCAGTTCAGACAAAGACAGTTCAGCTGAGAGCTCAGCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135759 TCCTCAGGCAGTTCAGACAAAGACAGTTCAGCTGAGAGCTCAGCCCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAAG         GTGAAGTGTCAGACTCTGACAGCAACAGCTCCTCTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135809 GGAAGGTG...CAGGTGAAGTGTCAGACTCTGACAGCAACAGCTCCTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAGTTCAGATTCAGACTCTTCCTCAGAAGATGAAGAGTTCCATGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140473 CCAGTTCAGATTCAGACTCTTCCTCAGAAGATGAAGAGTTCCATGATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATGGAGAAGACCTCATGGGAGATGAGGAAGACAGGGCCCGTCTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140523 TATGGAGAAGACCTCATGGGAGATGAGGAAGACAGGGCCCGTCTGGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATGACAGAGAAAGAGAGAGAGCAAGAACTGTTCAATCGCATAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140573 GATGACAGAGAAAGAGAGAGAGCAAGAACTGTTCAATCGCATAGAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGAGGTGTTGAAAAGAAG         ATTTGAAATCAAGAAAAAACTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 140623 GGGAGGTGTTGAAAAGAAGGTA...CAGATTTGAAATCAAGAAAAAACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAACAGCCAAAAAGAAAGAAAAGAAAGAAAAGAAGAAAAAGCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147558 AAAACAGCCAAAAAGAAAGAAAAGAAAGAAAAGAAGAAAAAGCAAGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGCAAGAAAAGAAAAAACTGACACAGATTCAAGAATCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 147608 GGAGCAAGAAAAGAAAAAACTGACACAGATTCAAGAATCTCAGGTA...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   GTAACATCCCACAACAAGGAACGGCGTTCCAAGCGGGATGAGAAACTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148904 AGGTAACATCCCACAACAAGGAACGGCGTTCCAAGCGGGATGAGAAACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACAAGAAATCTCAAGCCATGGAGGAGCTAAAAGCAGAGCGAGAAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148954 GACAAGAAATCTCAAGCCATGGAGGAGCTAAAAGCAGAGCGAGAAAAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAGAACAGAACAG         CTGAGCTCCTTGCCAAAAAACAGCCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 149004 AAAGAACAGAACAGGTA...TAGCTGAGCTCCTTGCCAAAAAACAGCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAAAAACCAGTGAGGTCTACTCTGATGATGAAGAGGAGGAAGAGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153049 TAAAAACCAGTGAGGTCTACTCTGATGATGAAGAGGAGGAAGAGGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAATCCAGTGAAAAGTCAGACCGCTCATCACGAACATCATCGTCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153099 AAATCCAGTGAAAAGTCAGACCGCTCATCACGAACATCATCGTCTGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAGAGGA         GAAAGAAGAGATCCCTCCCAAATCCCAACCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 153149 AGAAGAGGAGTA...TAGGAAAGAAGAGATCCCTCCCAAATCCCAACCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTCCTTACCTGAAGAATTGAATCGGGTTCGATTATCACGGCATAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153969 TTTCCTTACCTGAAGAATTGAATCGGGTTCGATTATCACGGCATAAGCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAACGCTGGTGTCACATGCCCTTCTTTGCTAAAACTGTCACAGGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154019 GAACGCTGGTGTCACATGCCCTTCTTTGCTAAAACTGTCACAGGATGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTGCGGATTGGCATCGGAAACCACAACAGCAAACCAGTTTACCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 154069 TGTGCGGATTGGCATCGGAAACCACAACAGCAAACCAGTTTACCGGGTT.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      GTCGCTGAGATTACGGGTGTTGTGGAAACTGCCAAAGTTTACCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154119 ..TAGGTCGCTGAGATTACGGGTGTTGTGGAAACTGCCAAAGTTTACCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTAGGTGGCACCAGAACAAACAAAGGGCTGCAACTACG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 157430 CTAGGTGGCACCAGAACAAACAAAGGGCTGCAACTACGGTA...TAGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGCAATGACCAACGCGTGTTCCGTTTAGAGTTTGTCTCAAACCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158293 TGGCAATGACCAACGCGTGTTCCGTTTAGAGTTTGTCTCAAACCAAGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCACCGAAAGTGAGTTTATGAAGTGGAAAGAAGCG         ATGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 158343 TCACCGAAAGTGAGTTTATGAAGTGGAAAGAAGCGGTA...CAGATGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTGCTGGCATGCAGTTGCCCACTCTAGATGAAATCAATAAAAAGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158483 TCTGCTGGCATGCAGTTGCCCACTCTAGATGAAATCAATAAAAAGGAATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATCTATTAAAGAAGCTCTTAATTATAAATTCAATGATCAGGACATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158533 ATCTATTAAAGAAGCTCTTAATTATAAATTCAATGATCAGGACATTGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AG         ATTGTAAAAGAGAAAGAAAGGTTCAGAAAAGCTCCACCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158583 AGGTA...CAGATTGTAAAAGAGAAAGAAAGGTTCAGAAAAGCTCCACCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACTACGCTATGAAGAAGACTCAGCTACTGAAGGAAAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 159250 AACTACGCTATGAAGAAGACTCAGCTACTGAAGGAAAAGGTA...TAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CATGGCTGAGGACCTGGGGGATCAGGACAAGGCCAAACAAATCCAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159932 CATGGCTGAGGACCTGGGGGATCAGGACAAGGCCAAACAAATCCAAGATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AACTGAATGAGCTGGAGGAACGGGCAGAGGCCCTGGACCGCCAGCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159982 AACTGAATGAGCTGGAGGAACGGGCAGAGGCCCTGGACCGCCAGCGGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGAACATATCCGCTATCAG         TTACATCAACCAGCGGAACCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 160032 AAGAACATATCCGCTATCAGGTG...CAGTTACATCAACCAGCGGAACCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGAGTGGAACATTGTAGAGTCTGAGAAGGCCCTTGTG         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 160244 GGAGTGGAACATTGTAGAGTCTGAGAAGGCCCTTGTGGTA...CAGGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AAAGTCACAACATGAAAAACCAACAGATGGATCCCTTTACTCGGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161317 AAAGTCACAACATGAAAAACCAACAGATGGATCCCTTTACTCGGCGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TGCAAGCCTACCATCGTTTCTAAT         TCCAGAGACCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 161367 TGCAAGCCTACCATCGTTTCTAATGTG...CAGTCCAGAGACCCAGCTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TCAAGCTGCCATCTTGGCCCAGCTGAATGCAAAATACGGTTCTGGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161885 TCAAGCTGCCATCTTGGCCCAGCTGAATGCAAAATACGGTTCTGGAGTGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TACCAGATGCTCCAAAGGAAATGAGCAAG         GGTCAAGGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 161935 TACCAGATGCTCCAAAGGAAATGAGCAAGGCA...CAGGGTCAAGGCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GATAAAGATTTGAATTCTAAGTCAGCCAGTGACCTCTCAGAAGATCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162991 GATAAAGATTTGAATTCTAAGTCAGCCAGTGACCTCTCAGAAGATCTGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CAAAGTACACGATTTTGATGTGAAGATTGACTTACAAGTTCCCAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163041 CAAAGTACACGATTTTGATGTGAAGATTGACTTACAAGTTCCCAGCTCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907          AGTCAAAGGCTTTAGCCATCACCTCCAAGGCTCCGCCAGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163091 GTA...CAGAGTCAAAGGCTTTAGCCATCACCTCCAAGGCTCCGCCAGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AAGGATGGGGCTCCAAGGAGATCTCTGAACTTGGAAGACTACAAAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163387 AAGGATGGGGCTCCAAGGAGATCTCTGAACTTGGAAGACTACAAAAAACG

   2150     .    :
   1998 ACGAGGGCTTATT
        |||||||||||||
 163437 ACGAGGGCTTATT