seq1 = pF1KSDA0251.tfa, 2364 bp
seq2 = pF1KSDA0251/gi568815582f_14897751.tfa (gi568815582f:14897751_15136272), 238522 bp

>pF1KSDA0251 2364
>gi568815582f:14897751_15136272 (Chr16)

1-21  (77450-77470)   100% ->
22-95  (100003-100076)   100% ->
96-161  (100590-100655)   100% ->
162-242  (104026-104106)   100% ->
243-389  (106437-106583)   100% ->
390-579  (108644-108833)   100% ->
580-648  (111029-111097)   100% ->
649-727  (111931-112009)   100% ->
728-812  (118379-118463)   100% ->
813-861  (119370-119418)   100% ->
862-963  (119571-119672)   100% ->
964-1089  (121090-121215)   100% ->
1090-1140  (124954-125004)   100% ->
1141-1204  (128893-128956)   100% ->
1205-1293  (131128-131216)   100% ->
1294-1399  (132201-132306)   100% ->
1400-1571  (133985-134156)   100% ->
1572-1690  (135111-135229)   100% ->
1691-1812  (135528-135649)   100% ->
1813-1905  (136536-136628)   100% ->
1906-2002  (136707-136803)   100% ->
2003-2107  (137699-137803)   100% ->
2108-2364  (138266-138522)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCGTCCCTGGAGAAG         ATAGCAGACCCCACGTTAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  77450 ATGGACGCGTCCCTGGAGAAGGTC...CAGATAGCAGACCCCACGTTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAAATGGGAAAAAACTTGAAGGAGGCAGTGAAGATGCTGGAGGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 TGAAATGGGAAAAAACTTGAAGGAGGCAGTGAAGATGCTGGAGGACAGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAG         AAGAACAGAAGAGGAAAATGGAAAGAAGCTCATATCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 AGAGGTG...TAGAAGAACAGAAGAGGAAAATGGAAAGAAGCTCATATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGAGATATTCCAGGCCCACTCCAGGGCAG         TGGGCAAGATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100627 GGAGATATTCCAGGCCCACTCCAGGGCAGGTA...CAGTGGGCAAGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGTGAGCATCCTCCAGTTAGTTCAGAATCTCATGCATGGAGATGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104038 GGTGAGCATCCTCCAGTTAGTTCAGAATCTCATGCATGGAGATGAAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGAGCCCCAGAGCCCCAG         AATCCAAAATATTGGAGAACAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104088 AGGAGCCCCAGAGCCCCAGGTA...CAGAATCCAAAATATTGGAGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GGTCATATGGCTTTGTTGGGACATAGTCTGGGAGCTTATATTTCAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106459 GGTCATATGGCTTTGTTGGGACATAGTCTGGGAGCTTATATTTCAACTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGACAAAGAGAAGCTGAGAAAACTTACAACTAGGATACTTTCAGATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106509 GGACAAAGAGAAGCTGAGAAAACTTACAACTAGGATACTTTCAGATACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTTATGGCTATGCAGAATTTTCAG         ATATGAAAATGGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106559 CCTTATGGCTATGCAGAATTTTCAGGTA...CAGATATGAAAATGGGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCTTATTTCCACGAAGAGGAAAGAGAAGGACTTGCAAAGATATGTAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108660 GCTTATTTCCACGAAGAGGAAAGAGAAGGACTTGCAAAGATATGTAGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCATTCATTCTCGATATGAAGACTTCGTAGTGGATGGCTTCAATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108710 TGCCATTCATTCTCGATATGAAGACTTCGTAGTGGATGGCTTCAATGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TATATAACAAGAAGCCTGTCATATATCTTAGTGCTGCTGCTAGACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108760 TATATAACAAGAAGCCTGTCATATATCTTAGTGCTGCTGCTAGACCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGGCCAATACCTTTGTAATCAG         CTCGGCTTGCCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108810 CTGGGCCAATACCTTTGTAATCAGGTA...CAGCTCGGCTTGCCCTTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTGCTTGTGCCGTGTACCCTGTAACACTGTGTTTGGATCCCAGCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111046 CTGCTTGTGCCGTGTACCCTGTAACACTGTGTTTGGATCCCAGCATCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TG         GATGTTGCCTTCCTGGAGAAACTGATTAAAGATGATATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111096 TGGTG...CAGGATGTTGCCTTCCTGGAGAAACTGATTAAAGATGATATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGCGAGGAAGACTGCCCCTGTTGCTTGTCGCAAATGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111970 GAGCGAGGAAGACTGCCCCTGTTGCTTGTCGCAAATGCAGGTA...TAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AACGGCAGCAGTAGGACACACAGACAAGATTGGGAGATTGAAAGAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118380 AACGGCAGCAGTAGGACACACAGACAAGATTGGGAGATTGAAAGAACTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTGAGCAGTATGGCATATGGCTTCATGTGGAGGG         TGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118430 GTGAGCAGTATGGCATATGGCTTCATGTGGAGGGGTA...CAGTGTGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CTGGCAACATTGGCTCTGGGTTATGTCTCCTCATCAGTGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119377 CTGGCAACATTGGCTCTGGGTTATGTCTCCTCATCAGTGCTGGTA...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862  GCTGCAGCCAAATGTGATAGCATGACGATGACTCCTGGCCCGTGGCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119570 GGCTGCAGCCAAATGTGATAGCATGACGATGACTCCTGGCCCGTGGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GTTTGCCAGCTGTTCCTGCGGTGACACTGTATAAACACGATGACCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119620 GTTTGCCAGCTGTTCCTGCGGTGACACTGTATAAACACGATGACCCTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TTG         ACTTTAGTTGCTGGTCTTACATCAAATAAGCCCACAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119670 TTGGTA...TAGACTTTAGTTGCTGGTCTTACATCAAATAAGCCCACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CAAACTCCGTGCCCTGCCTCTGTGGTTATCTTTACAATACTTGGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121128 CAAACTCCGTGCCCTGCCTCTGTGGTTATCTTTACAATACTTGGGACTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ATGGGTTTGTGGAGAGGATCAAGCATGCCTGTCAACTG         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121178 ATGGGTTTGTGGAGAGGATCAAGCATGCCTGTCAACTGGTG...CAGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAACGGTTGCAGGAAAGTTTGAAGAAAGTGAATTACATCAAAATCTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124957 CAACGGTTGCAGGAAAGTTTGAAGAAAGTGAATTACATCAAAATCTTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141        GTGGAAGATGAGCTCAGCTCCCCAGTGGTGGTGTTCAGATTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125007 A...CAGGTGGAAGATGAGCTCAGCTCCCCAGTGGTGGTGTTCAGATTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TCCAGGAATTACCAGGCTCAG         ATCCGGTGTTTAAAGCCGTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 128936 TCCAGGAATTACCAGGCTCAGGTC...CAGATCCGGTGTTTAAAGCCGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CCAGTGCCCAACATGACACCTTCAGGAGTCGGCCGGGAGAGGCACTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131148 CCAGTGCCCAACATGACACCTTCAGGAGTCGGCCGGGAGAGGCACTCGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGACGCGCTGAATCGCTGG         CTGGGAGAACAGCTGAAGCAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 131198 TGACGCGCTGAATCGCTGGGTG...CAGCTGGGAGAACAGCTGAAGCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 TGGTGCCTGCAAGCGGCCTCACAGTCATGGATCTGGAAGCTGAGGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132223 TGGTGCCTGCAAGCGGCCTCACAGTCATGGATCTGGAAGCTGAGGGCACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TGTTTGCGGTTCAGCCCTTTGATGACCGCAGCAG         TTTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 132273 TGTTTGCGGTTCAGCCCTTTGATGACCGCAGCAGGTA...CAGTTTTAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 AACTCGGGGAGAGGATGTGGATCAGCTCGTAGCCTGCATAGAAAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133992 AACTCGGGGAGAGGATGTGGATCAGCTCGTAGCCTGCATAGAAAGCAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TGCCAGTGCTGTGCTGTACGCTCCAGTTGCGTGAAGAGTTCAAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134042 TGCCAGTGCTGTGCTGTACGCTCCAGTTGCGTGAAGAGTTCAAGCAGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GTGGAAGCAACAGCAGGTCTCCTATATGTTGATGACCCTAACTGGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134092 GTGGAAGCAACAGCAGGTCTCCTATATGTTGATGACCCTAACTGGTCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 AATAGGGGTTGTCAG         GTATGAACATGCTAATGATGATAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134142 AATAGGGGTTGTCAGGTA...TAGGTATGAACATGCTAATGATGATAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 GCAGTTTGAAATCAGATCCCGAAGGGGAAAACATCCATGCTGGACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135137 GCAGTTTGAAATCAGATCCCGAAGGGGAAAACATCCATGCTGGACTCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AAGAAGTTAAATGAACTGGAATCTGACCTAACCTTTAAAATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 135187 AAGAAGTTAAATGAACTGGAATCTGACCTAACCTTTAAAATAGGTA...C

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691   GCCCTGAGTATAAGAGCATGAAGAGCTGCCTTTATGTCGGCATGGCGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135526 AGGCCCTGAGTATAAGAGCATGAAGAGCTGCCTTTATGTCGGCATGGCGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 GCGACAACGTCGATGCTGCTGAGCTCGTGGAGACCATTGCGGCCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135576 GCGACAACGTCGATGCTGCTGAGCTCGTGGAGACCATTGCGGCCACAGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CGGGAGATAGAGGAGAACTCGAGG         CTTCTGGAAAACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 135626 CGGGAGATAGAGGAGAACTCGAGGGTC...CAGCTTCTGGAAAACATGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 AGAAGTGGTTCGGAAAGGCATTCAGGAAGCTCAAGTGGAGCTGCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136553 AGAAGTGGTTCGGAAAGGCATTCAGGAAGCTCAAGTGGAGCTGCAGAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 CAAGTGAAGAACGGCTTCTGGAAGAG         GGGGTGTTGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 136603 CAAGTGAAGAACGGCTTCTGGAAGAGGTG...CAGGGGGTGTTGCGGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921 ATCCCTGTAGTGGGCTCCGTGCTGAATTGGTTTTCTCCGGTCCAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136722 ATCCCTGTAGTGGGCTCCGTGCTGAATTGGTTTTCTCCGGTCCAGGCTTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 ACAGAAGGGAAGAACTTTTAACTTGACAGCAG         GCTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 136772 ACAGAAGGGAAGAACTTTTAACTTGACAGCAGGTA...CAGGCTCTCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2012 AGTCCACAGAACCCATATATGTCTACAAAGCACAAGGTGCAGGAGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137708 AGTCCACAGAACCCATATATGTCTACAAAGCACAAGGTGCAGGAGTCACG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2062 CTGCCTCCAACGCCCTCGGGCAGTCGCACCAAGCAGAGGCTTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 137758 CTGCCTCCAACGCCCTCGGGCAGTCGCACCAAGCAGAGGCTTCCAGGTA.

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2108      GCCAGAAGCCTTTTAAAAGGTCCCTGCGAGGTTCAGATGCTTTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137808 ..TAGGCCAGAAGCCTTTTAAAAGGTCCCTGCGAGGTTCAGATGCTTTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2153 GTGAGACCAGCTCAGTCAGTCACATTGAAGACTTAGAAAAGGTGGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138311 GTGAGACCAGCTCAGTCAGTCACATTGAAGACTTAGAAAAGGTGGAGCGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 CTATCCAGTGGGCCGGAGCAGATCACCCTCGAGGCCAGCAGCACTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138361 CTATCCAGTGGGCCGGAGCAGATCACCCTCGAGGCCAGCAGCACTGAGGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 ACACCCAGGGGCTCCCAGCCCTCAGCACACCGACCAGACCGAGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138411 ACACCCAGGGGCTCCCAGCCCTCAGCACACCGACCAGACCGAGGCCTTCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 AGAAAGGGGTCCCACACCCAGAAGATGACCACTCACAGGTAGAAGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138461 AGAAAGGGGTCCCACACCCAGAAGATGACCACTCACAGGTAGAAGGACCG

   2550     .    :
   2353 GAGAGCTTAAGA
        ||||||||||||
 138511 GAGAGCTTAAGA