seq1 = pF1KSDA0245.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KSDA0245/gi568815582f_68174727.tfa (gi568815582f:68174727_68397325), 222599 bp

>pF1KSDA0245 1545
>gi568815582f:68174727_68397325 (Chr16)

1-523  (100001-100523)   100% ->
524-649  (113020-113145)   100% ->
650-794  (115670-115814)   100% ->
795-918  (116483-116606)   100% ->
919-1022  (116832-116935)   100% ->
1023-1119  (119979-120075)   100% ->
1120-1269  (121638-121787)   100% ->
1270-1453  (121901-122084)   100% ->
1454-1545  (122508-122599)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCCAGGGAGCCTGGGAGGCCCACACCCACCTACCATCTTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCCAGGGAGCCTGGGAGGCCCACACCCACCTACCATCTTGTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACACCAGCCAGTCCCAGGTGGAAGAAGATGTCAGCTCGCCACCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAACACCAGCCAGTCCCAGGTGGAAGAAGATGTCAGCTCGCCACCTCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTCCTCCGAAACTATGCAGCTGAAGAAGGAGATCTCCCTGCTGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTCCTCCGAAACTATGCAGCTGAAGAAGGAGATCTCCCTGCTGAATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCAGCCTGGTGGTGGGCAACATGATCGGCTCAGGGATCTTTGTCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAGCCTGGTGGTGGGCAACATGATCGGCTCAGGGATCTTTGTCTCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGGGTGTGCTGGTACACACTGCCTCCTATGGGATGTCACTGATTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGGTGTGCTGGTACACACTGCCTCCTATGGGATGTCACTGATTGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCCATTGGTGGGCTCTTCTCTGTTGTGGGTGCCCTTTGTTATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGCCATTGGTGGGCTCTTCTCTGTTGTGGGTGCCCTTTGTTATGCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGGACCACCATCACCAAGTCGGGAGCCAGCTACGCTTATATTCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGGGACCACCATCACCAAGTCGGGAGCCAGCTACGCTTATATTCTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCTTTGGGGGCTTCATTGCCTTCATCCGCCTGTGGGTCTCACTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCTTTGGGGGCTTCATTGCCTTCATCCGCCTGTGGGTCTCACTGCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGTTGAGCCCACCGGTCAGGCCATCATCGCCATCACCTTTGCCAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGTTGAGCCCACCGGTCAGGCCATCATCGCCATCACCTTTGCCAACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCATCCAGCCGTCCTTCCCCAGCTGTGATCCCCCATACCTGGCCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCATCCAGCCGTCCTTCCCCAGCTGTGATCCCCCATACCTGGCCTGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTCCTGGCTGCTGCTTGCATAT         GTCTGCTGACATTTGTGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100501 TCTCCTGGCTGCTGCTTGCATATGTA...TAGGTCTGCTGACATTTGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTGTGCCTATGTCAAGTGGGGCACACGTGTGCAGGACACGTTCACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113038 ACTGTGCCTATGTCAAGTGGGGCACACGTGTGCAGGACACGTTCACTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCAAGGTCGTAGCGCTCATTGCCATCATTGTCATGGGCCTTGTTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113088 GCCAAGGTCGTAGCGCTCATTGCCATCATTGTCATGGGCCTTGTTAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTGCCAGG         GACACTCTGAGCACTTTCAGGACGCCTTTGAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113138 GTGCCAGGGTA...CAGGACACTCTGAGCACTTTCAGGACGCCTTTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTTCCTCCTGGGACATGGGAAACCTCTCTCTTGCCCTCTACTCTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115703 GTTCCTCCTGGGACATGGGAAACCTCTCTCTTGCCCTCTACTCTGCCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTCTCTTACTCAGGTTGGGACACCCTTAATTTTGTAACAGAAGAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115753 TTCTCTTACTCAGGTTGGGACACCCTTAATTTTGTAACAGAAGAAATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAACCCAGAAAG         AAATTTGCCCTTGGCCATTGGGATTTCTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115803 AAACCCAGAAAGGTA...CAGAAATTTGCCCTTGGCCATTGGGATTTCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCCAATTGTGACGCTCATCTACATCCTGACCAATGTGGCCTATTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116512 TGCCAATTGTGACGCTCATCTACATCCTGACCAATGTGGCCTATTACACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTGCTGAACATTTCAGATGTCCTTAGCAGTGATGCTGTGGCTGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116562 GTGCTGAACATTTCAGATGTCCTTAGCAGTGATGCTGTGGCTGTGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919     ACATTTGCTGACCAGACGTTTGGCATGTTCAGCTGGACCATCCCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116612 .CAGACATTTGCTGACCAGACGTTTGGCATGTTCAGCTGGACCATCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTGCTGTTGCCCTGTCCTGCTTTGGGGGCCTCAATGCATCCATCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116878 TTGCTGTTGCCCTGTCCTGCTTTGGGGGCCTCAATGCATCCATCTTTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TCATCAAG         GTTGTTCTTCGTGGGCTCCCGGGAGGGCCACCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116928 TCATCAAGGTA...TAGGTTGTTCTTCGTGGGCTCCCGGGAGGGCCACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ACCGGACCTTCTGTCCATGATCCACATTGAGCGTTTTACACCTATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120012 ACCGGACCTTCTGTCCATGATCCACATTGAGCGTTTTACACCTATCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTTTACTGTTCAAT         TGCACCATGGCACTCATCTACCTCATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120062 CTTTACTGTTCAATGTA...CAGTGCACCATGGCACTCATCTACCTCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTGGAGGATGTTTTCCAGCTTATCAACTACTTCAGCTTCAGCTACTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121665 GTGGAGGATGTTTTCCAGCTTATCAACTACTTCAGCTTCAGCTACTGGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTTCGTGGGCCTGTCTGTTGTTGGACAGCTCTACCTCCGCTGGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121715 CTTCGTGGGCCTGTCTGTTGTTGGACAGCTCTACCTCCGCTGGAAGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCAAGCGGCCCCGGCCTCTCAAG         CTGAGCGTGTTTTTCCCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121765 CCAAGCGGCCCCGGCCTCTCAAGGTC...CAGCTGAGCGTGTTTTTCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATCGTGTTCTGCATATGCTCCGTGTTTCTGGTGATAGTGCCCCTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121919 ATCGTGTTCTGCATATGCTCCGTGTTTCTGGTGATAGTGCCCCTCTTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGACACCATTAATTCCCTCATTGGCATCGGGATTGCCCTTTCTGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121969 TGACACCATTAATTCCCTCATTGGCATCGGGATTGCCCTTTCTGGAGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTTTCTACTTCATGGGTGTTTACCTGCCAGAGTCCCGGAGGCCATTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122019 CTTTCTACTTCATGGGTGTTTACCTGCCAGAGTCCCGGAGGCCATTGTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 ATTCGGAATGTCCTGG         CTGCTATCACCAGAGGCACCCAGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122069 ATTCGGAATGTCCTGGGTG...TAGCTGCTATCACCAGAGGCACCCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCTTTGCTTTTGTGTCCTGACTGAGCTTGATGTAGCCGAAGAAAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122533 GCTTTGCTTTTGTGTCCTGACTGAGCTTGATGTAGCCGAAGAAAAAAAGG

   1600     .    :    .
   1529 ATGAGAGGAAAACTGAC
        |||||||||||||||||
 122583 ATGAGAGGAAAACTGAC