seq1 = pF1KSDA0239.tfa, 2370 bp
seq2 = pF1KSDA0239/gi568815593f_134435858.tfa (gi568815593f:134435858_134679314), 243457 bp

>pF1KSDA0239 2370
>gi568815593f:134435858_134679314 (Chr5)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-153  (102132-102226)   100% ->
154-311  (116195-116352)   100% ->
312-472  (123973-124133)   100% ->
473-684  (124889-125100)   100% ->
685-852  (126343-126510)   100% ->
853-969  (128637-128753)   100% ->
970-1434  (130259-130723)   99% ->
1435-1552  (137788-137905)   100% ->
1553-2370  (142640-143457)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGAAGAGGCGAAAATACTCCATCAGCAGTGACAACTCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAGAAGAGGCGAAAATACTCCATCAGCAGTGACAACTCTGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGACA         GTCATGCGACATCTACATCCGCATCAAGATGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTGACAGTA...CAGGTCATGCGACATCTACATCCGCATCAAGATGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAACTGCCCAGCAGCACCAAGTCGGGCTGGCCCCGACAGAACGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102165 CCAAACTGCCCAGCAGCACCAAGTCGGGCTGGCCCCGACAGAACGAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCCCTCCGAG         GTTTTCCGGACAGACTTGATCACAGCCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102215 AAGCCCTCCGAGGTG...CAGGTTTTCCGGACAGACTTGATCACAGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGATCCCGGACTCATACCAGCTCAGCCCGGATGACTACTACATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116224 GAAGATCCCGGACTCATACCAGCTCAGCCCGGATGACTACTACATCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGACCCATGGCGACAGGAATGGGAGAAAGGTGTGCAGGTGCCTGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116274 CAGACCCATGGCGACAGGAATGGGAGAAAGGTGTGCAGGTGCCTGCCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGAGGCCATCCCAGAGCCCGTGGTGAG         GATCCTCCCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116324 GCAGAGGCCATCCCAGAGCCCGTGGTGAGGTG...TAGGATCCTCCCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGGAAGGCCCCCCTGCCCAGGCATCCCCGAGCAGCACCATGCTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123985 ACTGGAAGGCCCCCCTGCCCAGGCATCCCCGAGCAGCACCATGCTTGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGGCTCCCAGCCTGATTGGCCAGGGGGCAGCCGCTATGACTTGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124035 AGGGCTCCCAGCCTGATTGGCCAGGGGGCAGCCGCTATGACTTGGACGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTGATGCCTACTGGCTGGAGCTCATCAACTCGGAGCTTAAGGAGATGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 124085 ATTGATGCCTACTGGCTGGAGCTCATCAACTCGGAGCTTAAGGAGATGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         AGAGGCCGGAGCTGGACGAGCTGACATTAGAGCGTGTGCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124135 TA...CAGAGAGGCCGGAGCTGGACGAGCTGACATTAGAGCGTGTGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGAGCTGGAGACCCTGTGCCACCAGAATATGGCCAGGGCCATTGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124931 AGGAGCTGGAGACCCTGTGCCACCAGAATATGGCCAGGGCCATTGAGACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGAGGGGCTGGGCATCGAGTACGACGAGGATGTTGTCTGCGACGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124981 CAGGAGGGGCTGGGCATCGAGTACGACGAGGATGTTGTCTGCGACGTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCGCTCTCCTGAGGGCGAGGATGGCAACGAGATGGTCTTCTGTGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125031 TCGCTCTCCTGAGGGCGAGGATGGCAACGAGATGGTCTTCTGTGACAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAACGTCTGTGTGCATCAG         GCATGCTACGGGATCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125081 GCAACGTCTGTGTGCATCAGGTG...TAGGCATGCTACGGGATCCTCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCCCACGGGCAGCTGGCTGTGCCGGACGTGTGCCCTGGGTGTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126364 GTGCCCACGGGCAGCTGGCTGTGCCGGACGTGTGCCCTGGGTGTCCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAGTGCCTGCTCTGCCCCAAGCGAGGAGGAGCCTTGAAGCCCACTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126414 AAAGTGCCTGCTCTGCCCCAAGCGAGGAGGAGCCTTGAAGCCCACTAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGGGACCAAGTGGGTGCATGTCAGCTGTGCCCTATGGATTCCTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126464 GTGGGACCAAGTGGGTGCATGTCAGCTGTGCCCTATGGATTCCTGAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853       GTCAGCATCGGCTGCCCAGAGAAGATGGAGCCCATCACCAAGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126514 ...CAGGTCAGCATCGGCTGCCCAGAGAAGATGGAGCCCATCACCAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCGCATATCCCAGCCAGCCGCTGGGCTCTGTCCTGCAGCCTCTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128681 CTCGCATATCCCAGCCAGCCGCTGGGCTCTGTCCTGCAGCCTCTGCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AATGCACAGGCACCTGCATCCAG         TGTTCCATGCCTTCCTGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 128731 AATGCACAGGCACCTGCATCCAGGTA...CAGTGTTCCATGCCTTCCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTCATAGCGTTCCATGTCACATGCGCCTTTGACCACGGCCTGGAAATGCG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130277 GTCACAGCGTTCCATGTCACATGCGCCTTTGACCACGGCCTGGAAATGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GACTATATTAGCAGACAACGATGAGGTCAAGTTCAAGTCATTCTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130327 GACTATATTAGCAGACAACGATGAGGTCAAGTTCAAGTCATTCTGCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGCACAGTGACGGGGGCCCACGTAATGAGCCCACATCTGAGCCCACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130377 AGCACAGTGACGGGGGCCCACGTAATGAGCCCACATCTGAGCCCACGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCCAGCCAGGCTGGCGAGGACCTGGAAAAGGTGACCCTGCGCAAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130427 CCCAGCCAGGCTGGCGAGGACCTGGAAAAGGTGACCCTGCGCAAGCAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCTGCAGCAGCTAGAGGAGGACTTCTACGAGCTGGTGGAGCCGGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130477 GCTGCAGCAGCTAGAGGAGGACTTCTACGAGCTGGTGGAGCCGGCTGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGCTGAGCGGCTGGACCTGGCTGAGGCACTGGTCGACTTCATCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130527 TGGCTGAGCGGCTGGACCTGGCTGAGGCACTGGTCGACTTCATCTACCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TACTGGAAGCTGAAGAGGAAAGCCAATGCCAACCAGCCGCTGCTGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130577 TACTGGAAGCTGAAGAGGAAAGCCAATGCCAACCAGCCGCTGCTGACCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAAGACCGACGAGGTGGACAACCTGGCCCAGCAGGAGCAGGACGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130627 CAAGACCGACGAGGTGGACAACCTGGCCCAGCAGGAGCAGGACGTCCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACCGCCGCCTGAAGCTCTTCACCCATCTGCGGCAGGACCTAGAGAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 130677 ACCGCCGCCTGAAGCTCTTCACCCATCTGCGGCAGGACCTAGAGAGGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1435       GTTAGAAATCTGTGCTACATGGTGACAAGGCGCGAGAGAACGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130727 ...CAGGTTAGAAATCTGTGCTACATGGTGACAAGGCGCGAGAGAACGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ACACGCCATCTGCAAACTCCAGGAGCAGATATTCCACCTGCAGATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137832 ACACGCCATCTGCAAACTCCAGGAGCAGATATTCCACCTGCAGATGAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TTATTGAACAGGATCTGTGTCGAG         GCCTGTCCACCTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 137882 TTATTGAACAGGATCTGTGTCGAGGTA...CAGGCCTGTCCACCTCATTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CCCATCGATGGCACCTTCTTCAACAGCTGGCTGGCACAGTCGGTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142657 CCCATCGATGGCACCTTCTTCAACAGCTGGCTGGCACAGTCGGTGCAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CACAGCAGAGAACATGGCCATGAGCGAGTGGCCACTGAACAATGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142707 CACAGCAGAGAACATGGCCATGAGCGAGTGGCCACTGAACAATGGGCACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GCGAGGACCCTGCTCCAGGGCTGCTGTCAGAGGAACTGCTGCAGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142757 GCGAGGACCCTGCTCCAGGGCTGCTGTCAGAGGAACTGCTGCAGGACGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAGACACTGCTCAGCTTCATGCGGGACCCCTCGCTGCGACCTGGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142807 GAGACACTGCTCAGCTTCATGCGGGACCCCTCGCTGCGACCTGGTGACCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGCTAGGAAGGCCCGAGGCCGCACCCGCCTGCCTGCCAAGAAGAAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142857 TGCTAGGAAGGCCCGAGGCCGCACCCGCCTGCCTGCCAAGAAGAAACCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CACCACCACCACCGCAGGACGGGCCTGGTTCACGGACGACTCCAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142907 CACCACCACCACCGCAGGACGGGCCTGGTTCACGGACGACTCCAGACAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GCCCCCAAGAAGACCTGGGGCCAGGATGCAGGCAGTGGCAAGGGGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142957 GCCCCCAAGAAGACCTGGGGCCAGGATGCAGGCAGTGGCAAGGGGGGTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 AGGGCCACCTACCAGGAAGCCACCACGTCGGACATCTTCTCACTTGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143007 AGGGCCACCTACCAGGAAGCCACCACGTCGGACATCTTCTCACTTGCCGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CCAGCCCTGCAGCCGGGGACTGTCCCATCCTAGCCACCCCTGAAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143057 CCAGCCCTGCAGCCGGGGACTGTCCCATCCTAGCCACCCCTGAAAGCCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CCGCCACTGGCCCCTGAGACCCCGGACGAGGCAGCCTCAGTAGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143107 CCGCCACTGGCCCCTGAGACCCCGGACGAGGCAGCCTCAGTAGCTGCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CTCAGATGTCCAAGTGCCTGGCCCTGCAGCAAGCCCTAAGCCTTTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143157 CTCAGATGTCCAAGTGCCTGGCCCTGCAGCAAGCCCTAAGCCTTTGGGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 GGCTCCGGCCACCCCGCGAGAGCAAGGTAACCCGGAGATTGCCGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143207 GGCTCCGGCCACCCCGCGAGAGCAAGGTAACCCGGAGATTGCCGGGTGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 AGGCCTGATGCTGGGATGGGACCACCTTCAGCTGTGGCTGAGAGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143257 AGGCCTGATGCTGGGATGGGACCACCTTCAGCTGTGGCTGAGAGGCCCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GGTCAGCCTGCATTTTGACACTGAGACTGATGGCTACTTCTCTGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143307 GGTCAGCCTGCATTTTGACACTGAGACTGATGGCTACTTCTCTGATGGGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 AGATGAGCGACTCAGATGTAGAGGCCGAGGACGGTGGGGTGCAGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143357 AGATGAGCGACTCAGATGTAGAGGCCGAGGACGGTGGGGTGCAGCGGGGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 CCCCGGGAGGCAGGGGCAGAGGAGGTGGTCCGCATGGGCGTACTGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143407 CCCCGGGAGGCAGGGGCAGAGGAGGTGGTCCGCATGGGCGTACTGGCCTC

   2450 
   2370 C
        |
 143457 C