seq1 = pF1KSDA0238.tfa, 1950 bp
seq2 = pF1KSDA0238/gi568815578r_4756975.tfa (gi568815578r:4756975_5032562), 275588 bp

>pF1KSDA0238 1950
>gi568815578r:4756975_5032562 (Chr20)

(complement)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-207  (119585-119683)   100% ->
208-324  (130005-130121)   100% ->
325-482  (132851-133008)   99% ->
483-571  (146654-146742)   100% ->
572-642  (147740-147810)   100% ->
643-824  (148740-148921)   100% ->
825-945  (157867-157987)   100% ->
946-1102  (158471-158627)   100% ->
1103-1250  (162510-162657)   100% ->
1251-1356  (164688-164793)   100% ->
1357-1486  (169656-169785)   100% ->
1487-1624  (170478-170615)   100% ->
1625-1720  (173179-173274)   100% ->
1721-1950  (175359-175588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGGTATTGGTAAGAATACCACATCCAAATCAATGGAGGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGGTATTGGTAAGAATACCACATCCAAATCAATGGAGGCTGGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAACAGAAGGCAAATACGAAGACGAGGCAAAGCACCCAGCTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCAACAGAAGGCAAATACGAAGACGAGGCAAAGCACCCAGCTTTCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTTCCG         GTGGTGATAAATGGAGGCGCCACCTCCAGCGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTTCCGGTA...CAGGTGGTGATAAATGGAGGCGCCACCTCCAGCGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCAGGACAATGAGGACACTGAGCTCATGGCGATCTACACTACGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119618 GAGCAGGACAATGAGGACACTGAGCTCATGGCGATCTACACTACGGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGCATTGCAGAAAAG         AGCTCTCTCGCTGAGACCCTGGATA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119668 CGGCATTGCAGAAAAGGTA...CAGAGCTCTCTCGCTGAGACCCTGGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACTGGCAGTCTGGACCCCCAGCGATCAGACATGATTTATACCATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130030 GCACTGGCAGTCTGGACCCCCAGCGATCAGACATGATTTATACCATAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGTTCCTCCCTGGTACCTGTGTATATTTCTGGGGCTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 130080 GATGTTCCTCCCTGGTACCTGTGTATATTTCTGGGGCTACAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  CACTACCTGACATGCTTCAGCGGCACGATCGCAGTGCCCTTCCTGTTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132850 GCACTACCTGACATGCTTCAGCGGCACGATCGCAGTGCCCTTCCTGTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGATGCCATGTGTGTGGGGTACGACCAGTGGGCCACCAGCCAGCTCATT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132900 CCGATGCCATGTGTGTGGGGTACGACCAGTGGGCCACCAGCCAGCTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGACCATTTTCTTCTGTGTGGGAATCACTACTTTGCTACAGACAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132950 GGGACCATTTTCTTCTGTGTGGGAATCACTACTTTGCTACAGACAACGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGATGCAG         GTTACCCCTGTTTCAGGCCAGTGCTTTTGCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133000 TGGATGCAGGTG...TAGGTTACCCCTGTTTCAGGCCAGTGCTTTTGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTTTGGCCCCTGCTCGAGCCATCCTGTCTTTAGATAAATGGAAATGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146686 TTTTGGCCCCTGCTCGAGCCATCCTGTCTTTAGATAAATGGAAATGTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCACAG         ATGTTTCAGTTGCCAATGGAACAGCAGAGCTGTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146736 ACCACAGGTA...AAGATGTTTCAGTTGCCAATGGAACAGCAGAGCTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCACACAGAACACATCTGGTATCCCCGGATCCGAGAG         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 147774 GCACACAGAACACATCTGGTATCCCCGGATCCGAGAGGTA...CAGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGGGGCCATCATCATGTCCTCACTGATAGAAGTAGTCATCGGCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148744 AGGGGGCCATCATCATGTCCTCACTGATAGAAGTAGTCATCGGCCTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCCTGCCTGGGGCTCTACTGAAGTACATCGGTCCCTTGACCATTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148794 GGCCTGCCTGGGGCTCTACTGAAGTACATCGGTCCCTTGACCATTACACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACGGTGGCCCTAATTGGCCTCTCTGGTTTCCAGGCAGCGGGGGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148844 CACGGTGGCCCTAATTGGCCTCTCTGGTTTCCAGGCAGCGGGGGAGAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCGGGAAGCACTGGGGCATTGCCATGCT         GACAATATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 148894 CCGGGAAGCACTGGGGCATTGCCATGCTGTA...CAGGACAATATTCCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTATTACTGTTTTCTCAATACGCCAGAAATGTTAAATTTCCTCTCCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157880 GTATTACTGTTTTCTCAATACGCCAGAAATGTTAAATTTCCTCTCCCGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTATAAATCCAAGAAAGGATGGACTGCGTACAAGTTACAGCTGTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157930 TTATAAATCCAAGAAAGGATGGACTGCGTACAAGTTACAGCTGTTCAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTTCCCT         ATCATCCTGGCCATCCTGGTATCCTGGCTGCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 157980 TGTTCCCTGTG...CAGATCATCCTGGCCATCCTGGTATCCTGGCTGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGCTTCATCTTCACGGTGACAGATGTCTTCCCTCCCGACAGCACAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158504 TGCTTCATCTTCACGGTGACAGATGTCTTCCCTCCCGACAGCACAAAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGCTTCTATGCTCGCACAGATGCCAGGCAAGGCGTGCTTCTGGTAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158554 TGGCTTCTATGCTCGCACAGATGCCAGGCAAGGCGTGCTTCTGGTAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGTGGTTTAAGGTTCCATACCCAT         TTCAGTGGGGACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 158604 CGTGGTTTAAGGTTCCATACCCATGTA...CAGTTCAGTGGGGACTGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACCGTGTCTGCGGCCGGTGTCATCGGCATGCTCAGTGCCGTGGTCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162527 ACCGTGTCTGCGGCCGGTGTCATCGGCATGCTCAGTGCCGTGGTCGCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATCATCGAGTCTATTGGTGACTACTACGCCTGTGCACGGCTGTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162577 CATCATCGAGTCTATTGGTGACTACTACGCCTGTGCACGGCTGTCCTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCCCACCCCCCCCCATCCACGCAATAAACAG         GGGAATTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 162627 CCCCACCCCCCCCCATCCACGCAATAAACAGGTA...TAGGGGAATTTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGGAAGGCCTCTCCTGTGTTCTTGATGGCATATTTGGTACTGGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164698 GTGGAAGGCCTCTCCTGTGTTCTTGATGGCATATTTGGTACTGGGAATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTCTACTTCATCCAGTCCCAACATTGGAGTTTTGGGAATTACAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 164748 CTCTACTTCATCCAGTCCCAACATTGGAGTTTTGGGAATTACAAAGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357      GTCGGCAGCCGCCGCGTGATACAGTGCGGAGCAGCCCTCATGCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164798 ..CAGGTCGGCAGCCGCCGCGTGATACAGTGCGGAGCAGCCCTCATGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCTCTGGGCATGATCGGGAAGTTCAGCGCCCTCTTTGCGTCCCTTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169701 GCTCTGGGCATGATCGGGAAGTTCAGCGCCCTCTTTGCGTCCCTTCCGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCCTGTGCTGGGAGCCCTGTTCTGCACGCTCTTTG         GAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 169751 TCCTGTGCTGGGAGCCCTGTTCTGCACGCTCTTTGGTA...CAGGAATGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCACAGCTGTTGGCCTCTCTAACCTGCAGTTCATTGATTTAAATTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170484 TCACAGCTGTTGGCCTCTCTAACCTGCAGTTCATTGATTTAAATTCTTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CGGAACCTCTTTGTGCTTGGATTTTCGATCTTCTTTGGGCTCGTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170534 CGGAACCTCTTTGTGCTTGGATTTTCGATCTTCTTTGGGCTCGTCCTTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AAGTTACCTCAGACAGAACCCTCTGGTCACAG         GGATAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 170584 AAGTTACCTCAGACAGAACCCTCTGGTCACAGGTG...TAGGGATAACAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GAATCGATCAAGTGTTGAACGTCCTTCTCACAACTGCTATGTTTGTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173188 GAATCGATCAAGTGTTGAACGTCCTTCTCACAACTGCTATGTTTGTAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGCTGTGTGGCTTTTATCCTGGATAACACCATCCCAG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 173238 GGCTGTGTGGCTTTTATCCTGGATAACACCATCCCAGGTA...CAGGCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TCCAGAGGAAAGAGGAATCCGGAAATGGAAGAAGGGTGTGGGCAAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175363 TCCAGAGGAAAGAGGAATCCGGAAATGGAAGAAGGGTGTGGGCAAAGGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACAAATCACTCGACGGCATGGAGTCGTACAATTTGCCATTTGGCATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175413 ACAAATCACTCGACGGCATGGAGTCGTACAATTTGCCATTTGGCATGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ATTATAAAAAAATACAGATGCTTCAGCTACTTACCCATCAGCCCAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175463 ATTATAAAAAAATACAGATGCTTCAGCTACTTACCCATCAGCCCAACCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGTGGGCTACACATGGAAAGGCCTCAGGAAGAGCGACAACAGCCGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175513 TGTGGGCTACACATGGAAAGGCCTCAGGAAGAGCGACAACAGCCGGAGTT

   2050     .    :    .    :    .
   1925 CAGATGAAGACTCCCAGGCCACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||
 175563 CAGATGAAGACTCCCAGGCCACGGGA