seq1 = pF1KSDA0237.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KSDA0237/gi568815597r_40526520.tfa (gi568815597r:40526520_40741925), 215406 bp

>pF1KSDA0237 924
>gi568815597r:40526520_40741925 (Chr1)

(complement)

1-217  (100001-100217)   99% ->
218-359  (105869-106010)   100% ->
360-472  (108745-108857)   100% ->
473-574  (112554-112655)   100% ->
575-714  (112977-113116)   100% ->
715-924  (115197-115406)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTAACGGGGAGCCAGGTCCTGCCTCATCTGGGGCCTCCAGGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTAACGGGGAGCCAGGTCCTGCCTCATCTGGGGCCTCCAGGAATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCGGAGCTCCAGCATTGGCGGTGAAATCTGCGGATCCCAGCAAGCCG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGCGGAGCTCCAGCATTAGCGGTGAAATCTGCGGATCCCAGCAAGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGCGGGGCTGGGACCACCACCGCCAAGAAGCGGCGGAGCAGCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGCGGGGCTGGGACCACCACCGCCAAGAAGCGGCGGAGCAGCCTGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAAGATGGTGGCCATCGTGGGCCTGACTCAGTGGAGCAAGAGCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAAGATGGTGGCCATCGTGGGCCTGACTCAGTGGAGCAAGAGCACACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGCTTCCGCAGCCTG         AAGGGGCCACCAAGAAGCTGCGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGCTTCCGCAGCCTGGTG...CAGAAGGGGCCACCAAGAAGCTGCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAACATCCGCCGGAGCACGGAGACAGGCATCGCGGTGGAGATGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105893 GCAACATCCGCCGGAGCACGGAGACAGGCATCGCGGTGGAGATGCGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGGTCACACGCCAGGGCAGCCGGGAGTCCACCGATGGGAGCACCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105943 CGGGTCACACGCCAGGGCAGCCGGGAGTCCACCGATGGGAGCACCAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAACAGCTCCGACGGCAC         GTTCATCTTCCCCACTACCCGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105993 CAACAGCTCCGACGGCACGTG...CAGGTTCATCTTCCCCACTACCCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGGGCTGAAAGCCAGTTCAGCGATTTCCTGGATGGGCTGGGACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108768 TAGGGGCTGAAAGCCAGTTCAGCGATTTCCTGGATGGGCTGGGACCAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGATTGTGGGGCGACAGACACTGGCAACACCACCCATGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108818 CAGATTGTGGGGCGACAGACACTGGCAACACCACCCATGGGTG...CAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATGTGCACATTGCCATCATGGACCGGAGTGGCCAGCTGGAGGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112555 AGATGTGCACATTGCCATCATGGACCGGAGTGGCCAGCTGGAGGTGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGATTGAAGCTCGGGGCCTGACCCCCAAACCAGGCTCCAAATCCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112605 TGATTGAAGCTCGGGGCCTGACCCCCAAACCAGGCTCCAAATCCCTCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 G         CCACCTATATCAAGGTTTACCTGCTGGAGAATGGGGCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112655 GGTG...TAGCCACCTATATCAAGGTTTACCTGCTGGAGAATGGGGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTGGCCAAGAAGAAGACAAAGATGACCAAGAAGACCTGTGATCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113017 CTTGGCCAAGAAGAAGACAAAGATGACCAAGAAGACCTGTGATCCCCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCAGCAGGCTCTGCTCTTTGACGAGGGACCCCAGGGCAAGGTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113067 ACCAGCAGGCTCTGCTCTTTGACGAGGGACCCCAGGGCAAGGTGCTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          GTGATCGTCTGGGGAGACTATGGCCGCATGGACCACAAGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113117 GTG...CAGGTGATCGTCTGGGGAGACTATGGCCGCATGGACCACAAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTCATGGGCATGGCCCAGATCATGCTGGACGAGCTGGACCTCAGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115238 CTTCATGGGCATGGCCCAGATCATGCTGGACGAGCTGGACCTCAGCGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGGTCACCGGCTGGTACAAACTCTTCCCCACCTCCTCAGTGGCAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115288 CGGTCACCGGCTGGTACAAACTCTTCCCCACCTCCTCAGTGGCAGACTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACACTCGGATCCCTCACCAGGCGCCTGTCCCAGTCTTCCCTGGAGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115338 ACACTCGGATCCCTCACCAGGCGCCTGTCCCAGTCTTCCCTGGAGAGTGC

    950     .    :    .
    906 CACCAGCCCCTCATGCTCT
        |||||||||||||||||||
 115388 CACCAGCCCCTCATGCTCT