seq1 = pF1KSDA0218.tfa, 2283 bp
seq2 = pF1KSDA0218/gi568815595f_10149201.tfa (gi568815595f:10149201_10379022), 229822 bp

>pF1KSDA0218 2283
>gi568815595f:10149201_10379022 (Chr3)

1-414  (100001-100414)   100% ->
415-948  (110937-111470)   100% ->
949-1833  (120931-121815)   99% ->
1834-1961  (127161-127288)   100% ->
1962-2145  (129079-129262)   100% ->
2146-2283  (129685-129822)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCGAGCGGGGCAAGGTCAAGCACAACTGGAGCAGCACGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCGAGCGGGGCAAGGTCAAGCACAACTGGAGCAGCACGTCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGTGTCCCCGCAAGCGCAGCTGCCTCCGGGAGCCCTGTGATGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGTGTCCCCGCAAGCGCAGCTGCCTCCGGGAGCCCTGTGATGTGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCCAGCCGGCCAGCTCAGAGGTCTGCGTCGCGTTCTGGAGGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCCAGCCGGCCAGCTCAGAGGTCTGCGTCGCGTTCTGGAGGGCCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCCCAAGCGCCTGAAAGCCCAGAAGGAGGACGATGTGGCTTGCTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCCCCAAGCGCCTGAAAGCCCAGAAGGAGGACGATGTGGCTTGCTCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGGTTATCCTGGGGCTCATCCCGCCGCAGAAATAACTCCTCCTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGGTTATCCTGGGGCTCATCCCGCCGCAGAAATAACTCCTCCTCCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCCCCACATTTCTTGGGCCCTGGTGTGGGCGGGGCCGCCTCCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCCCCACATTTCTTGGGCCCTGGTGTGGGCGGGGCCGCCTCCAAAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCCTGATTCGGAACACTCGGGGGTTCCTGTCTTCAGGGGGATCCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCCTGATTCGGAACACTCGGGGGTTCCTGTCTTCAGGGGGATCCCCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGTCCTGCCAACGCCTCTTTGGAAGAAATGGCTTCTCTAGAGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGTCCTGCCAACGCCTCTTTGGAAGAAATGGCTTCTCTAGAGGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTGCAGCCTTAAG         GTTGATTCCAAAGATAGTTCTCATAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTGCAGCCTTAAGGTA...CAGGTTGATTCCAAAGATAGTTCTCATAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCACAAACTCTGAATTTGCAGCTGAAGCTGAGGGTCAGAATGATACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110964 TCCACAAACTCTGAATTTGCAGCTGAAGCTGAGGGTCAGAATGATACAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAGGAACCCAACAAGGTCCAGAAAAGGAAGAGGGATAGACTTCGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111014 TGAGGAACCCAACAAGGTCCAGAAAAGGAAGAGGGATAGACTTCGAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGGCTCCACAATGATCTACCTGAAGGCTATCCAGGGCATCCTGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111064 AGGGCTCCACAATGATCTACCTGAAGGCTATCCAGGGCATCCTGGGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCGATGCCAAAAAGGAAGGGAGAGGCTGCCACTCGGGCAAAACCAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111114 TCGATGCCAAAAAGGAAGGGAGAGGCTGCCACTCGGGCAAAACCAAGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGCAGAGCATCCCAGCCATGGAGAAGGACCAGCCAGGAGTGAAGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111164 AGCAGAGCATCCCAGCCATGGAGAAGGACCAGCCAGGAGTGAAGGACCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAAGACTGCAGAAGGAGCAGCCAGGAGTGTCACAGTCACTGCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111214 CCAAGACTGCAGAAGGAGCAGCCAGGAGTGTCACAGTCACTGCTGCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGGAGAAAGACGCAACCCCAGAGGTCAGCATGGAGGAGGATAAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111264 AAGGAGAAAGACGCAACCCCAGAGGTCAGCATGGAGGAGGATAAGACAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCAGAGAGGAGCAGCTTCTATGACAGGAGAGTAGTTATAGACCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111314 GCCAGAGAGGAGCAGCTTCTATGACAGGAGAGTAGTTATAGACCCTCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGAAACCCAGTGAGGAGCCCCTTGGGGACCGAAGGACTGTCATTGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111364 AGAAACCCAGTGAGGAGCCCCTTGGGGACCGAAGGACTGTCATTGACAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGCTCTCCACCCCTAGAGTTCTTGGATGACTCTGACTCTCATTTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111414 TGCTCTCCACCCCTAGAGTTCTTGGATGACTCTGACTCTCATTTAGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCAAAAG         CATAAAGATAGGGAGGTGGTGATGGAGCACCCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111464 CCAAAAGGTG...CAGCATAAAGATAGGGAGGTGGTGATGGAGCACCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTTCTGGAAGTGACTGGTCTGATGTTGAGGAGATCTCCACAGTCAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120965 CTTCTGGAAGTGACTGGTCTGATGTTGAGGAGATCTCCACAGTCAGATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCTCAGGAGGAACCTGTCTCCCTGAAACCTTCAGCCGTTCTGGAGCCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 121015 TCTCAGGAGGAACCTGTCTCCCTGAAACCTTCAGCCGTTCCGGAGCCTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TTCCTTCACCACCGACTATGTCATGTACCCTCCTCATTTGTACAGTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121065 TTCCTTCACCACCGACTATGTCATGTACCCTCCTCATTTGTACAGTAGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CTTGGTGTGACTACGCCAGCTATTGGACCAGCAGCCCCAAGCCTTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121115 CTTGGTGTGACTACGCCAGCTATTGGACCAGCAGCCCCAAGCCTTCTAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TACCCCTCCACAGGCAGCAGCAGCAACGATGCAGCCCAGGTTGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121165 TACCCCTCCACAGGCAGCAGCAGCAACGATGCAGCCCAGGTTGGGAAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CAGCCGGAGCCGCATGAGTGATTATTCCCCCAACTCTACAGGGAGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121215 CAGCCGGAGCCGCATGAGTGATTATTCCCCCAACTCTACAGGGAGTGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AAAACACCTCCAGAGACATGGAGGCCTCAGAGGAAGGCTGGTCCCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121265 AAAACACCTCCAGAGACATGGAGGCCTCAGAGGAAGGCTGGTCCCAGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCTCGTTCATTTCGCTTCTCCAGAAGCTCAGAAGAAAGAGAGGTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121315 TCTCGTTCATTTCGCTTCTCCAGAAGCTCAGAAGAAAGAGAGGTGAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GAAAAGAACATTCCAAGAGGAGATGCCTCCGCGTCCTTGTGGAGGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121365 GAAAAGAACATTCCAAGAGGAGATGCCTCCGCGTCCTTGTGGAGGACACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CATCCAGCTCCCTGCCAAAGAGCCACCTGGAGCCAAGCCTAGAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121415 CATCCAGCTCCCTGCCAAAGAGCCACCTGGAGCCAAGCCTAGAGGAGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TTCATTGACACTCATTGTCACCTGGACATGCTCTATTCCAAGCTATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121465 TTCATTGACACTCATTGTCACCTGGACATGCTCTATTCCAAGCTATCTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CCAAGGGACCTTTACAAAGTTCAGAAAAATTTACAGCAGCTCCTTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121515 CCAAGGGACCTTTACAAAGTTCAGAAAAATTTACAGCAGCTCCTTCCCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 AGGAATTTCAGGGCTGCATCTCTGACTTCTGTGATCCCCGCACCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121565 AGGAATTTCAGGGCTGCATCTCTGACTTCTGTGATCCCCGCACCCTGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GATTGCCTATGGGAGGAGCTGTTGAAAGAGGATCTGGTCTGGGGGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121615 GATTGCCTATGGGAGGAGCTGTTGAAAGAGGATCTGGTCTGGGGGGCCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGGCTGTCACCCTCATTTTGCACGTTACTACAGTGAGAGTCAAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121665 TGGCTGTCACCCTCATTTTGCACGTTACTACAGTGAGAGTCAAGAAAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 ATCTTTTGCAAGCCTTAAGGCACCCTAAGGCTGTGGCATTTGGAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121715 ATCTTTTGCAAGCCTTAAGGCACCCTAAGGCTGTGGCATTTGGAGAAATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 GGCTTGGATTACTCTTACAAGTGCACCACGCCTGTCCCAGAACAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121765 GGCTTGGATTACTCTTACAAGTGCACCACGCCTGTCCCAGAACAGCACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 G         GTATTTGAGAGACAGCTGCAGCTGGCTGTGTCTCTAAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121815 GGTA...TAGGTATTTGAGAGACAGCTGCAGCTGGCTGTGTCTCTAAAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 AGCCCTTGGTGATCCACTGCCGAGAAGCTGATGAAGATCTGCTAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127201 AGCCCTTGGTGATCCACTGCCGAGAAGCTGATGAAGATCTGCTAGAAATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 ATGAAAAAGTTTGTGCCCCCTGACTACAAGATCCATAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 127251 ATGAAAAAGTTTGTGCCCCCTGACTACAAGATCCATAGGTT...CAGGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 TTGCTTCACCGGCAGCTACCCGGTCATTGAGCCCCTGCTGAAGTACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129082 TTGCTTCACCGGCAGCTACCCGGTCATTGAGCCCCTGCTGAAGTACTTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 CCAACATGTCTGTGGGCTTCACGGCAGTGCTGACATACTCCTCTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129132 CCAACATGTCTGTGGGCTTCACGGCAGTGCTGACATACTCCTCTGCCTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 GAGGCCCGGGAAGCCTTGAGGCAGATCCCACTGGAGAGAATCATCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129182 GAGGCCCGGGAAGCCTTGAGGCAGATCCCACTGGAGAGAATCATCGTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 AACGGATGCTCCCTATTTCCTCCCTCGCCAG         GTTCCCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 129232 AACGGATGCTCCCTATTTCCTCCCTCGCCAGGTA...CAGGTTCCCAAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 GCCTTTGCCAGTATGCCCACCCGGGCCTGGCCTTGCATACGGTCCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129695 GCCTTTGCCAGTATGCCCACCCGGGCCTGGCCTTGCATACGGTCCGAGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 ATTGCCAGAGTCAAAGATCAGCCACTCTCCCTCACCTTGGCTGCCTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129745 ATTGCCAGAGTCAAAGATCAGCCACTCTCCCTCACCTTGGCTGCCTTGCG

   2300     .    :    .    :    .
   2256 TGAGAACACCAGTCGCCTCTACAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 129795 TGAGAACACCAGTCGCCTCTACAGTCTT