seq1 = pF1KSDA0214.tfa, 2271 bp
seq2 = pF1KSDA0214/gi568815597f_11889169.tfa (gi568815597f:11889169_12111562), 222394 bp

>pF1KSDA0214 2271
>gi568815597f:11889169_12111562 (Chr1)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-311  (103387-103522)   100% ->
312-474  (106988-107150)   100% ->
475-599  (108129-108253)   100% ->
600-708  (109602-109710)   100% ->
709-816  (109820-109927)   100% ->
817-970  (112233-112386)   100% ->
971-1038  (112601-112668)   100% ->
1039-1160  (112814-112935)   100% ->
1161-1287  (114824-114950)   100% ->
1288-1392  (115341-115445)   100% ->
1393-1495  (115657-115759)   100% ->
1496-1716  (116543-116763)   100% ->
1717-1872  (117370-117525)   100% ->
1873-2069  (117885-118081)   100% ->
2070-2204  (120424-120558)   100% ->
2205-2271  (122328-122394)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTGCTCTTCTCTCGATGCAACTCTATCGTCACAGTCAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTGCTCTTCTCTCGATGCAACTCTATCGTCACAGTCAAGAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAGAGACACATGGCTGAGGTGAATGCATCCCCACTTAAGCACTTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAGAGACACATGGCTGAGGTGAATGCATCCCCACTTAAGCACTTTGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCCAAGAAGAAGATCAATGGCATTTTTGAGCAGCTGGGGGCCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCCAAGAAGAAGATCAATGGCATTTTTGAGCAGCTGGGGGCCTACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGAGAGCGCCACCTTCCTTGAAG         ACACGTACAGGAATGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 CAGGAGAGCGCCACCTTCCTTGAAGGTA...CAGACACGTACAGGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAACTGGACCCCGTTACCACAGAAGAACAGGTTCTGGACGTCAAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103403 AGAACTGGACCCCGTTACCACAGAAGAACAGGTTCTGGACGTCAAAGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTATCCAAAGTGAGAGGCATCAGTGAGGTGCTGGCTCGGAGGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103453 ACCTATCCAAAGTGAGAGGCATCAGTGAGGTGCTGGCTCGGAGGCACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGTGGCTTTTTTTGGCCG         GACGAGCAATGGGAAGAGCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103503 AAAGTGGCTTTTTTTGGCCGGTA...TAGGACGAGCAATGGGAAGAGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGATCAATGCCATGCTCTGGGACAAAGTTCTGCCCTCTGGGATTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107009 CGTGATCAATGCCATGCTCTGGGACAAAGTTCTGCCCTCTGGGATTGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACACCACCAATTGCTTCCTGCGGGTAGAGGGCACAGATGGCCATGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107059 ACACCACCAATTGCTTCCTGCGGGTAGAGGGCACAGATGGCCATGAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTCTCCTTACCGAGGGCTCAGAGGAAAAGAGGAGTGCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107109 TTTCTCCTTACCGAGGGCTCAGAGGAAAAGAGGAGTGCCAAGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475  ACTGTGAACCAGCTGGCCCATGCCCTCCACCAGGACAAGCAGCTCCATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108128 GACTGTGAACCAGCTGGCCCATGCCCTCCACCAGGACAAGCAGCTCCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGGCAGCCTAGTGAGTGTGATGTGGCCCAACTCTAAGTGCCCACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108178 CCGGCAGCCTAGTGAGTGTGATGTGGCCCAACTCTAAGTGCCCACTTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGGATGACCTCGTTTTGATGGACAG         CCCTGGTATTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108228 AAGGATGACCTCGTTTTGATGGACAGGTA...TAGCCCTGGTATTGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCACAGAGCTGGACAGCTGGATTGACAAGTTTTGTCTGGATGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109617 CACCACAGAGCTGGACAGCTGGATTGACAAGTTTTGTCTGGATGCTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTTGTGCTGGTGGCCAACTCAGAGTCCACCCTGATGCAGACG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109667 TGTTTGTGCTGGTGGCCAACTCAGAGTCCACCCTGATGCAGACGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709    GAAAAGCACTTCTTCCACAAGGTGAGTGAGCGTCTCTCCCGGCCAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109817 TAGGAAAAGCACTTCTTCCACAAGGTGAGTGAGCGTCTCTCCCGGCCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCTTCATCCTGAACAACCGCTGGGATGCATCTGCCTCAGAGCCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109867 CATCTTCATCCTGAACAACCGCTGGGATGCATCTGCCTCAGAGCCCGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACATGGAGGAG         GTGCGGCGGCAGCACATGGAGCGTTGTACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109917 ACATGGAGGAGGTT...CAGGTGCGGCGGCAGCACATGGAGCGTTGTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCTTCCTGGTGGATGAGCTGGGCGTGGTGGATCGATCCCAGGCCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112263 AGCTTCCTGGTGGATGAGCTGGGCGTGGTGGATCGATCCCAGGCCGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCGCATCTTCTTTGTGTCTGCTAAGGAGGTGCTCAACGCCAGGATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112313 CCGCATCTTCTTTGTGTCTGCTAAGGAGGTGCTCAACGCCAGGATTCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGCCCAGGGCATGCCTGAAGGAG         GGGGCGCTCTCGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112363 AAGCCCAGGGCATGCCTGAAGGAGGTA...TAGGGGGCGCTCTCGCAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGCTTTCAAGTGAGGATGTTTGAGTTTCAGAATTTTGAGAGGAGATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112618 GGCTTTCAAGTGAGGATGTTTGAGTTTCAGAATTTTGAGAGGAGATTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 G         GAGTGCATCTCCCAGTCTGCAGTGAAGACCAAGTTTGAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112668 GGTG...CAGGAGTGCATCTCCCAGTCTGCAGTGAAGACCAAGTTTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCACACGGTCCGGGCCAAGCAGATTGCAGAGGCGGTTCGACTCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112854 AGCACACGGTCCGGGCCAAGCAGATTGCAGAGGCGGTTCGACTCATCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACTCCCTGCACATGGCGGCTCGGGAGCAGCA         GGTTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112904 GACTCCCTGCACATGGCGGCTCGGGAGCAGCAGTA...CAGGGTTTACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAGGAAATGCGTGAAGAGCGGCAAGACCGACTGAAATTTATTGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114833 CGAGGAAATGCGTGAAGAGCGGCAAGACCGACTGAAATTTATTGACAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCTGGAGCTCTTGGCTCAAGACTATAAGCTGCGAATTAAGCAGATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114883 AGCTGGAGCTCTTGGCTCAAGACTATAAGCTGCGAATTAAGCAGATTACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAGGAAGTGGAGAGGCAG         GTGTCGACTGCAATGGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114933 GAGGAAGTGGAGAGGCAGGTG...TAGGTGTCGACTGCAATGGCCGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GATCAGGCGCCTCTCTGTACTGGTGGACGATTACCAGATGGACTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115364 GATCAGGCGCCTCTCTGTACTGGTGGACGATTACCAGATGGACTTCCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTTCTCCAGTAGTCCTCAAGGTTTATAAGAAT         GAGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115414 CTTCTCCAGTAGTCCTCAAGGTTTATAAGAATGTG...CAGGAGCTGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CGCCACATAGAGGAAGGACTGGGTCGAAACATGTCTGACCGCTGCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115666 CGCCACATAGAGGAAGGACTGGGTCGAAACATGTCTGACCGCTGCTCCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGCCATCACCAACTCCCTGCAGACCATGCAGCAGGACATGATAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115716 GGCCATCACCAACTCCCTGCAGACCATGCAGCAGGACATGATAGGTT...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1496    ATGGCTTGAAACCCCTCCTTCCTGTGTCTGTGCGGAGTCAGATAGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116540 CAGATGGCTTGAAACCCCTCCTTCCTGTGTCTGTGCGGAGTCAGATAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATGCTGGTCCCACGCCAGTGCTTCTCCCTCAACTATGACCTAAACTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116590 ATGCTGGTCCCACGCCAGTGCTTCTCCCTCAACTATGACCTAAACTGTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAAGCTGTGTGCTGACTTCCAGGAAGACATTGAGTTCCATTTCTCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116640 CAAGCTGTGTGCTGACTTCCAGGAAGACATTGAGTTCCATTTCTCTCTCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GATGGACCATGCTGGTGAATAGGTTCCTGGGCCCCAAGAACAGCCGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116690 GATGGACCATGCTGGTGAATAGGTTCCTGGGCCCCAAGAACAGCCGTCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GCCTTGATGGGCTACAATGACCAG         GTCCAGCGTCCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116740 GCCTTGATGGGCTACAATGACCAGGCA...CAGGTCCAGCGTCCCATCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCTGACGCCAGCCAACCCCAGCATGCCCCCACTGCCACAGGGCTCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117387 TCTGACGCCAGCCAACCCCAGCATGCCCCCACTGCCACAGGGCTCGCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCCAGGAGGAGTTCATGGTTTCCATGGTTACCGGCCTGGCCTCCTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117437 CCCAGGAGGAGTTCATGGTTTCCATGGTTACCGGCCTGGCCTCCTTGACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCCAGGACCTCCATGGGCATTCTTGTTGTTGGAGGAGTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117487 TCCAGGACCTCCATGGGCATTCTTGTTGTTGGAGGAGTGGTC...CAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GTGGAAGGCAGTGGGCTGGCGGCTCATTGCCCTCTCCTTTGGGCTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117887 GTGGAAGGCAGTGGGCTGGCGGCTCATTGCCCTCTCCTTTGGGCTCTATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GCCTCCTCTACGTCTATGAGCGTCTGACCTGGACCACCAAGGCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117937 GCCTCCTCTACGTCTATGAGCGTCTGACCTGGACCACCAAGGCCAAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AGGGCCTTCAAGCGCCAGTTTGTGGAGCATGCCAGCGAGAAGCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117987 AGGGCCTTCAAGCGCCAGTTTGTGGAGCATGCCAGCGAGAAGCTGCAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGTCATCAGCTACACTGGCTCCAACTGCAGCCACCAAGTCCAGCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118037 TGTCATCAGCTACACTGGCTCCAACTGCAGCCACCAAGTCCAGCAGTG..

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070     GGAACTGTCTGGGACCTTTGCTCATCTGTGTCAGCAAGTTGACGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118087 .CAGGGAACTGTCTGGGACCTTTGCTCATCTGTGTCAGCAAGTTGACGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 ACCCGGGAGAACCTGGAGCAGGAAATTGCCGCCATGAACAAGAAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120470 ACCCGGGAGAACCTGGAGCAGGAAATTGCCGCCATGAACAAGAAAATTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GGTTCTTGACTCACTTCAGAGCAAAGCAAAGCTGCTCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120520 GGTTCTTGACTCACTTCAGAGCAAAGCAAAGCTGCTCAGGTG...CAGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 ATAAAGCCGGTTGGTTGGACAGTGAGCTCAACATGTTCACACACCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122330 ATAAAGCCGGTTGGTTGGACAGTGAGCTCAACATGTTCACACACCAGTAC

   2400     .    :    .
   2257 CTGCAGCCCAGCAGA
        |||||||||||||||
 122380 CTGCAGCCCAGCAGA