seq1 = pF1KSDA0210.tfa, 2385 bp
seq2 = pF1KSDA0210/gi568815595r_17060966.tfa (gi568815595r:17060966_17608570), 547605 bp

>pF1KSDA0210 2385
>gi568815595r:17060966_17608570 (Chr3)

(complement)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-167  (180052-180121)   100% ->
168-276  (202045-202153)   100% ->
277-366  (203610-203699)   100% ->
367-441  (203803-203877)   100% ->
442-509  (205323-205390)   100% ->
510-612  (224556-224658)   100% ->
613-701  (231958-232046)   100% ->
702-752  (233892-233942)   100% ->
753-822  (234031-234100)   100% ->
823-995  (236324-236496)   100% ->
996-1138  (300437-300579)   100% ->
1139-1245  (316570-316676)   100% ->
1246-1331  (349980-350065)   100% ->
1332-1588  (370152-370408)   100% ->
1589-1752  (394201-394364)   100% ->
1753-1852  (423363-423462)   100% ->
1853-1932  (440743-440822)   100% ->
1933-2094  (441643-441804)   100% ->
2095-2385  (447315-447605)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATCATTCCTTATCTGAAACTAGACATCCTCTGCAGCCAGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATCATTCCTTATCTGAAACTAGACATCCTCTGCAGCCAGAAGAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGTAGGCATTGACCCCTTGTCCAGTTACTCTAACAAGTCTGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 AGAAGTAGGCATTGACCCCTTGTCCAGTTACTCTAACAAGTCTGGAGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       GAGATTCAAATAAAAATGGAAGAAGAACAAGTTCTACTTTAGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGGAGATTCAAATAAAAATGGAAGAAGAACAAGTTCTACTTTAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGAAGGGACTTTTAATTCCTATAG         GAAAGAATGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 180096 TCTGAAGGGACTTTTAATTCCTATAGGTA...TAGGAAAGAATGGGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTATTTGTAAACAACAATTACTTGGCAACAATAAGGCAGAAGGGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202060 ACTATTTGTAAACAACAATTACTTGGCAACAATAAGGCAGAAGGGGATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGCAGCTGAGAAGCAGCAGGTTCCGCAGCATTTGCTGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 202110 ATGGGCAGCTGAGAAGCAGCAGGTTCCGCAGCATTTGCTGGAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    CTATTTCTTTGTGTTCTTCCTCAAGACAAAAGTCAATGGATAAGTAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203607 CAGCTATTTCTTTGTGTTCTTCCTCAAGACAAAAGTCAATGGATAAGTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATTGAAGAATTAAGAGCATGGTATAGCAACATTAAAGAAATA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 203657 AATTGAAGAATTAAGAGCATGGTATAGCAACATTAAAGAAATAGTA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   CATATTACCAACCCGAGGAAGGTTGTTGGCCAACAAGATTTGATGATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203801 AGCATATTACCAACCCGAGGAAGGTTGTTGGCCAACAAGATTTGATGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATAATCCTCTTTCACAGGATGAAGGG         AGTCTTTGGAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 203851 AATAATCCTCTTTCACAGGATGAAGGGGTA...CAGAGTCTTTGGAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTCTTCCAAGATAAAGAACTTCGATCAATGATTGAACAAGATGTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205337 ATTCTTCCAAGATAAAGAACTTCGATCAATGATTGAACAAGATGTCAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAAC         GTTTCCTGAAATGCAGTTTTTCCAGCAAGAAAATGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205387 GAACGTA...CAGGTTTCCTGAAATGCAGTTTTTCCAGCAAGAAAATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGAAAAATTCTTACAGATGTTCTTTTCTGTTATGCCAGAGAAAACGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224593 AGAAAAATTCTTACAGATGTTCTTTTCTGTTATGCCAGAGAAAACGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTTGCTTTATAAACAG         GGCATGCACGAACTGTTAGCACCTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 224643 GTTGCTTTATAAACAGGTA...CAGGGCATGCACGAACTGTTAGCACCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TAGTCTTTGTCCTTCACTGTGACCACCAAGCTTTTCTACATGCCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231983 TAGTCTTTGTCCTTCACTGTGACCACCAAGCTTTTCTACATGCCAGTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCTGCACAGCCCAG         TGAGGAAATGAAAACTGTCTTGAACCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 232033 TCTGCACAGCCCAGGCA...AAGTGAGGAAATGAAAACTGTCTTGAACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGAGTATCTGGAACATGATGCCTA         TGCAGTGTTCTCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 233919 TGAGTATCTGGAACATGATGCCTAGTA...TAGTGCAGTGTTCTCACAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TTATGGAAACTGCTGAACCTTGGTTTTCAACTTTTGAGCATGATGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234048 TTATGGAAACTGCTGAACCTTGGTTTTCAACTTTTGAGCATGATGGTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAG         GGGAAAGAAACACTGATGACTCCCATTCCCTTTGCTAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234098 AAGGTA...TAGGGGAAAGAAACACTGATGACTCCCATTCCCTTTGCTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ACCACAAGATTTAGGGCCAACAATTGCTATTGTTACTAAAGTCAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236362 ACCACAAGATTTAGGGCCAACAATTGCTATTGTTACTAAAGTCAACCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCCAGGATCATCTACTGAAGAAGCATGATATTGAGCTTTACATGCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236412 TCCAGGATCATCTACTGAAGAAGCATGATATTGAGCTTTACATGCACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AACAGACTAGAAATTGCACCACAGATATATGGGTT         AAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 236462 AACAGACTAGAAATTGCACCACAGATATATGGGTTGTA...CAGAAGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGTGCGGCTGCTATTTGGACGAGAGTTCCCCCTGCAGGACCTTCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300443 GGTGCGGCTGCTATTTGGACGAGAGTTCCCCCTGCAGGACCTTCTGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCTGGGATGCCTTGTTTGCAGACGGCCTCAGCCTGGGTTTAGTAGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300493 TCTGGGATGCCTTGTTTGCAGACGGCCTCAGCCTGGGTTTAGTAGATTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATCTTCGTAGCCATGTTACTTTACATCCGAGATGCTT         TGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 300543 ATCTTCGTAGCCATGTTACTTTACATCCGAGATGCTTGTA...TAGTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CTCTAGTAACTACCAGACCTGTCTCGGCCTTCTGATGCATTACCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316574 CTCTAGTAACTACCAGACCTGTCTCGGCCTTCTGATGCATTACCCATTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCGGGGATGTACACTCACTGATTCTTAAGGCTCTGTTCCTTAGAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316624 TCGGGGATGTACACTCACTGATTCTTAAGGCTCTGTTCCTTAGAGATCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAG         AGAAATCCAAGACCAGTGACTTATCAATTCCATCCAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316674 AAGGTA...TAGAGAAATCCAAGACCAGTGACTTATCAATTCCATCCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TTTAGATTATTACAAAGCACGAGGAGCAGACCTCATGAATAAAAGCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 350018 TTTAGATTATTACAAAGCACGAGGAGCAGACCTCATGAATAAAAGCCGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332        GACCAATGCCAAAGGTGCTCCCCTGAATATAAATAAGGTCTCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350068 A...CAGGACCAATGCCAAAGGTGCTCCCCTGAATATAAATAAGGTCTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AATAGCCTGATTAATTTTGGAAGAAAGTTGATTTCCCCAGCAATGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370195 AATAGCCTGATTAATTTTGGAAGAAAGTTGATTTCCCCAGCAATGGCTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGGCAGTGCAGGTGGCCCTGTACCTGGAGGCAACAGCAGTAGCTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370245 AGGCAGTGCAGGTGGCCCTGTACCTGGAGGCAACAGCAGTAGCTCCTCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CTGTTGTAATTCCTACCAGGACCTCAGCAGAGGCCCCAAGCCATCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370295 CTGTTGTAATTCCTACCAGGACCTCAGCAGAGGCCCCAAGCCATCACTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CAACAGCAACAGCAGCAGCAGAGGCTGATGAAATCAGAAAGCATGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370345 CAACAGCAACAGCAGCAGCAGAGGCTGATGAAATCAGAAAGCATGCCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCAATTGAACAAAG         GGCTAAGTTCTAAAAACATCAGTTCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 370395 GCAATTGAACAAAGGTA...CAGGGCTAAGTTCTAAAAACATCAGTTCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CTCCAAGCGTTGAGAGTTTGCCTGGAGGAAGAGAATTCACTGGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394228 CTCCAAGCGTTGAGAGTTTGCCTGGAGGAAGAGAATTCACTGGCTCTCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CCTTCATCTGCTACTAAAAAAGATTCCTTTTTTAGCAACATCTCACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394278 CCTTCATCTGCTACTAAAAAAGATTCCTTTTTTAGCAACATCTCACGTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TCGCTCACACAGCAAAACTATGGGCAGAAAAGAATCT         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 394328 TCGCTCACACAGCAAAACTATGGGCAGAAAAGAATCTGTA...TAGGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AAGAATTAGAAGCCCAAATTTCCTTCCTTCAAGGGCAGTTGAATGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423367 AAGAATTAGAAGCCCAAATTTCCTTCCTTCAAGGGCAGTTGAATGACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GATGCCATGTGCAAATACTGTGCAAAGGTGATGGACACTCATCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 423417 GATGCCATGTGCAAATACTGTGCAAAGGTGATGGACACTCATCTTGGTA.

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1853      TAAATATTCAAGATGTGATATTACAAGAAAATTTGGAAAAAGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 423467 ..CAGTAAATATTCAAGATGTGATATTACAAGAAAATTTGGAAAAAGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 ATCAAATTCTGGTTTCCCTGGCAGGATTAAAACAG         ATCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 440788 ATCAAATTCTGGTTTCCCTGGCAGGATTAAAACAGGTA...TAGATCAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GACATTCTAAAAGGTTCCCTGCGTTTTAACCAGAGCCAGCTAGAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441649 GACATTCTAAAAGGTTCCCTGCGTTTTAACCAGAGCCAGCTAGAGGCCGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 AGAGAACGAACAGATCACCATTGCGGACAACCACTACTGCTCCAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441699 AGAGAACGAACAGATCACCATTGCGGACAACCACTACTGCTCCAGCGGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AGGGCCAGGGCCGAGGCCAAGGCCAGAGCGTTCAAATGTCAGGGGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441749 AGGGCCAGGGCCGAGGCCAAGGCCAGAGCGTTCAAATGTCAGGGGCCATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AAACAG         GCCTCTTCAGAAACGCCAGGGTGCACTGATAGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441799 AAACAGGTA...CAGGCCTCTTCAGAAACGCCAGGGTGCACTGATAGAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 GAATTCCGATGACTTCATCCTGATTTCCAAAGATGATGATGGGAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 447350 GAATTCCGATGACTTCATCCTGATTTCCAAAGATGATGATGGGAGCAGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 CCAGGGGCTCCTTCTCCGGCCAGGCCCAGCCTCTTCGCACCCTCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 447400 CCAGGGGCTCCTTCTCCGGCCAGGCCCAGCCTCTTCGCACCCTCAGAAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 ACCTCTGGGAAAAGCCAGGCCCCAGTCTGCTCCCCACTGGTGTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 447450 ACCTCTGGGAAAAGCCAGGCCCCAGTCTGCTCCCCACTGGTGTTCTCAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 TCCACTGATGGGCCCAGCCTCAGCTTCCTCCAGCAACCCCAGCTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 447500 TCCACTGATGGGCCCAGCCTCAGCTTCCTCCAGCAACCCCAGCTCCAGTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CTGATGACGACAGCAGCAAGGACTCTGGCTTCACCATTGTGAGTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 447550 CTGATGACGACAGCAGCAAGGACTCTGGCTTCACCATTGTGAGTCCCCTG

   2550     .
   2380 GACATC
        ||||||
 447600 GACATC