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seq2 = pF1KSDA0200/gi568815593f_179633113.tfa (gi568815593f:179633113_179874874), 241762 bp

>pF1KSDA0200 3048
>gi568815593f:179633113_179874874 (Chr5)

1-315  (100001-100315)   100% ->
316-1731  (132214-133629)   100% ->
1732-1971  (135738-135977)   100% ->
1972-2068  (138035-138131)   100% ->
2069-3048  (140783-141762)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGCCCACCTGCCCCATGGCGGAGTTCGCGCTGCCGCGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTGCCCACCTGCCCCATGGCGGAGTTCGCGCTGCCGCGGCACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGTCATGGAGCGCCTTCGCCGGCGCATCGAGCTGTGCCGGCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGTCATGGAGCGCCTTCGCCGGCGCATCGAGCTGTGCCGGCGCCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGCACCTGCGAGGCCCGCTACGAGGCCGTGTCGCCCGAGCGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGCACCTGCGAGGCCCGCTACGAGGCCGTGTCGCCCGAGCGCCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGAGCGCCAACACACCTTCGCCCTGCACCAGCGCTGCATCCAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGAGCGCCAACACACCTTCGCCCTGCACCAGCGCTGCATCCAGGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCAAGCGCGCCGGGAAGCACAGGCAGCCGCCCGCCGCCACGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCAAGCGCGCCGGGAAGCACAGGCAGCCGCCCGCCGCCACGGCCCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCCCGCCGCCCCGGCCCCGCGCCTGGACGCCGCTGACGGCCCCGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCCCGCCGCCCCGGCCCCGCGCCTGGACGCCGCTGACGGCCCCGAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGCCCGGCCACG         CATCTTCATGATACAGTTAAGAGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCGCCCGGCCACGGTG...CAGCATCTTCATGATACAGTTAAGAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTTGACAGCGCCACTTCCCCTCAGAATGGCGATCAACAGAATGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132240 TCTTGACAGCGCCACTTCCCCTCAGAATGGCGATCAACAGAATGGCTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGGACCTCTTTCCTGGGCATAAGAAGACTCGCCGGGAGGCCCCTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132290 GGGACCTCTTTCCTGGGCATAAGAAGACTCGCCGGGAGGCCCCTCTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTTGCCATCTCTTCCAATGGACTGCCTCCAGCCTCCCCCCTCGGTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132340 GTTGCCATCTCTTCCAATGGACTGCCTCCAGCCTCCCCCCTCGGTCAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGACAAGCCTTCTGGAGCCGACGCCCTGCAGTCCAGTGGGAAGCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132390 TGACAAGCCTTCTGGAGCCGACGCCCTGCAGTCCAGTGGGAAGCACTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGGGCTAGACTCTCTCAACAAAAAGCGTCTGGCTGACTCCAGCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132440 TGGGGCTAGACTCTCTCAACAAAAAGCGTCTGGCTGACTCCAGCCTTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGAATGGAGGCAGTAACCCCAGTGAGTCATTTCCTCTGAGCCTGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132490 TTGAATGGAGGCAGTAACCCCAGTGAGTCATTTCCTCTGAGCCTGAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAACTGAAGCAGGAGCCTGTCGAAGACCTGCCTTGCATGATCACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132540 AGAACTGAAGCAGGAGCCTGTCGAAGACCTGCCTTGCATGATCACTGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGTCGGCTCCATATCGCAAAGCAACCTCATGCCAGACCTCAACCTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132590 CTGTCGGCTCCATATCGCAAAGCAACCTCATGCCAGACCTCAACCTTAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGCAGGAGTGGAAGGAGCTCATCGAGGAGCTGAACAGGTCGGTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132640 GAGCAGGAGTGGAAGGAGCTCATCGAGGAGCTGAACAGGTCGGTGCCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGAAGACATGAAGGACCTGTTTAATGAGGACTTCGAGGAGAAGAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132690 TGAAGACATGAAGGACCTGTTTAATGAGGACTTCGAGGAGAAGAAGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAGAGTCTTCTGGCTCTGCCACACAAACCCCCTTGGCACAGGACATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132740 CAGAGTCTTCTGGCTCTGCCACACAAACCCCCTTGGCACAGGACATTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATTAAGACGGAATTCTCTCCAGCAGCCTTTGAGCAAGAACAGTTAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132790 ATTAAGACGGAATTCTCTCCAGCAGCCTTTGAGCAAGAACAGTTAGGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCCACAAGTGAGGGCCGGGTCTGCAGGGCAGACCTTTCTGGGGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132840 TCCACAAGTGAGGGCCGGGTCTGCAGGGCAGACCTTTCTGGGGCCTTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTGCCCCTGTGAGTACAGATTCCCCCAGCCTAGGGGGCTCCCAAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132890 CTGCCCCTGTGAGTACAGATTCCCCCAGCCTAGGGGGCTCCCAAACCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTCCACACCTCTGGTCAGCCCCGGGCGGACAATCCCAGTCCAAACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132940 TTCCACACCTCTGGTCAGCCCCGGGCGGACAATCCCAGTCCAAACCTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCCGGCATCAGCCCAGGCCCAGAACGCACAAAGAGCCCTTGCAGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132990 GCCGGCATCAGCCCAGGCCCAGAACGCACAAAGAGCCCTTGCAGGTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TATTGCCCAGTCAGGGCCCAGGAGGGGCCTCAGAGCTGTCCTCTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133040 TATTGCCCAGTCAGGGCCCAGGAGGGGCCTCAGAGCTGTCCTCTGCCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CAGCTCCAGCAGATCGCTGCCAAGCAGAAGCGCGAGCAGATGCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133090 CAGCTCCAGCAGATCGCTGCCAAGCAGAAGCGCGAGCAGATGCTCCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CCCACAGCAGGCCACCCCGGCACCAGCCCCGGGCCAGATGTCCACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133140 CCCACAGCAGGCCACCCCGGCACCAGCCCCGGGCCAGATGTCCACATGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AGCAGACGGGGCCCTCCCACAGTTCCTTAGATGTCCCTTACCCCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133190 AGCAGACGGGGCCCTCCCACAGTTCCTTAGATGTCCCTTACCCCATGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AAGCCTGCCAGCCCTTCCAGCTACAAGCAAGACTTCACTAACTCCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133240 AAGCCTGCCAGCCCTTCCAGCTACAAGCAAGACTTCACTAACTCCAAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GCTCATGATGCCTAGTGTGAATAAGAGTTCCCCTCGGCCCGGAGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133290 GCTCATGATGCCTAGTGTGAATAAGAGTTCCCCTCGGCCCGGAGGCCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ACCTCCAGCCCAGCCATGTGAACCTGCTGAGTCACCAGCCACCGAGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133340 ACCTCCAGCCCAGCCATGTGAACCTGCTGAGTCACCAGCCACCGAGTAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TTGAATCAGAACTCCGCGAATAACCAGGGGTCTGTGCTGGACTACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133390 TTGAATCAGAACTCCGCGAATAACCAGGGGTCTGTGCTGGACTACGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TACAAAACCCCTTTCTCATTACAAAGCGGACTGTGGGCAAGGCAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133440 TACAAAACCCCTTTCTCATTACAAAGCGGACTGTGGGCAAGGCAGCCCGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GGTCTGGCCAGAGCAAGCCAGCCCTGATGGCTTATCTTCCCCAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133490 GGTCTGGCCAGAGCAAGCCAGCCCTGATGGCTTATCTTCCCCAGCAGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TCCCATATAAGTCACGAGCAGAACTCCCTGTTTCTGATGAAGCCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133540 TCCCATATAAGTCACGAGCAGAACTCCCTGTTTCTGATGAAGCCAAAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 AGGAAATATGCCTTTCCGATCACTGGTTCCACCTGGCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 133590 AGGAAATATGCCTTTCCGATCACTGGTTCCACCTGGCCAGGTA...CAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGCAGAACCCTTCCAGTGTCCCTGTGCAAGCCCAGGCTACCAGTGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135739 AGCAGAACCCTTCCAGTGTCCCTGTGCAAGCCCAGGCTACCAGTGTTGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 ACCCAGCCGCCTGCCGTGTCCGTGGCCAGCTCCCACAACAGCTCCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135789 ACCCAGCCGCCTGCCGTGTCCGTGGCCAGCTCCCACAACAGCTCCCCCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 TCTCAGCAGCCAGCAACAGGCCGCTGTAATGAAGCAGCATCAGTTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135839 TCTCAGCAGCCAGCAACAGGCCGCTGTAATGAAGCAGCATCAGTTGCTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 TGGACCAACAGAAACAAAGGGAGCAGCAGCAAAAGCATTTACAGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135889 TGGACCAACAGAAACAAAGGGAGCAGCAGCAAAAGCATTTACAGCAACAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 CAGTTCCTTCAGAGGCAACAGCACCTTCTCGCGGAACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 135939 CAGTTCCTTCAGAGGCAACAGCACCTTCTCGCGGAACAGGTA...TAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 GAAGCAACAGTTTCAGCGCCATCTGACCCGCCCACCACCCCAGTACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138037 GAAGCAACAGTTTCAGCGCCATCTGACCCGCCCACCACCCCAGTACCAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 ACCCGACACAAGGCAGCTTCCCACAGCAGGTTGGACAGTTCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138087 ACCCGACACAAGGCAGCTTCCCACAGCAGGTTGGACAGTTCACAGGTA..

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2069     GGTCCTCTGCTGCCGTGCCCGGCATGAACACCTTGGGTCCATCCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138137 .TAGGGTCCTCTGCTGCCGTGCCCGGCATGAACACCTTGGGTCCATCCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CTCCAGCTGTCCTCGAGTGTTCCCTCAGGCTGGGAATCTGATGCCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140829 CTCCAGCTGTCCTCGAGTGTTCCCTCAGGCTGGGAATCTGATGCCAATGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 GCCCTGGACATGCTTCAGTTTCCTCTCTCCCCACAAACTCAGGCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140879 GCCCTGGACATGCTTCAGTTTCCTCTCTCCCCACAAACTCAGGCCAACAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 GACCGGGGTGTGGCTCAGTTCCCTGGCTCCCAAAACATGCCTCAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140929 GACCGGGGTGTGGCTCAGTTCCCTGGCTCCCAAAACATGCCTCAGAGCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 CCTCTATGGCATGGCTTCTGGCATAACCCAGATAGTTGCCCAGCCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140979 CCTCTATGGCATGGCTTCTGGCATAACCCAGATAGTTGCCCAGCCCCCGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 CACAGGCCACCAATGGACATGCCCACATTCCACGGCAGACCAACGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141029 CACAGGCCACCAATGGACATGCCCACATTCCACGGCAGACCAACGTGGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2365 CAGAACACCTCCGTCTCAGCTGCCTATGGGCAGAACTCTCTGGGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141079 CAGAACACCTCCGTCTCAGCTGCCTATGGGCAGAACTCTCTGGGAAGCTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415 TGGCCTCTCCCAGCAGCACAATAAGGGGACCCTGAACCCTGGTTTAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141129 TGGCCTCTCCCAGCAGCACAATAAGGGGACCCTGAACCCTGGTTTAACAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2465 AGCCACCGGTCCCAAGGGTGTCACCAGCCATGGGAGGCCAGAATTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141179 AGCCACCGGTCCCAAGGGTGTCACCAGCCATGGGAGGCCAGAATTCCTCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2515 TGGCAGCATCAGGGAATGCCGAACCTCAGTGGCCAGACCCCAGGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141229 TGGCAGCATCAGGGAATGCCGAACCTCAGTGGCCAGACCCCAGGGAACAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2565 CAACGTGAGTCCCTTCACTGCAGCCTCCAGTTTCCACATGCAGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141279 CAACGTGAGTCCCTTCACTGCAGCCTCCAGTTTCCACATGCAGCAGCAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2615 CCCACCTGAAAATGTCTAGCCCGCAATTCTCCCAGGCAGTGCCCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141329 CCCACCTGAAAATGTCTAGCCCGCAATTCTCCCAGGCAGTGCCCAACAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2665 CCCATGGCTCCCATGAGCTCAGCAGCTGCCGTGGGGTCCTTGCTACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141379 CCCATGGCTCCCATGAGCTCAGCAGCTGCCGTGGGGTCCTTGCTACCCCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2715 AGTGAGTGCACAGCAGAGGACCAGCGCCCCTGCCCCAGCACCACCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141429 AGTGAGTGCACAGCAGAGGACCAGCGCCCCTGCCCCAGCACCACCCCCAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2765 CAGCCCCTCAGCAGGGCTTGCCTGGCCTGAGCCCAGCAGGGCCTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141479 CAGCCCCTCAGCAGGGCTTGCCTGGCCTGAGCCCAGCAGGGCCTGAGCTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2815 GGGGCCTTCAGCCAGAGCCCTGCCTCACAGATGGGCGGTCGGGCGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141529 GGGGCCTTCAGCCAGAGCCCTGCCTCACAGATGGGCGGTCGGGCGGGGCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2865 GCACTGCACCCAGGCCTACCCTGTGCGGACCGCGGGCCAGGAGCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141579 GCACTGCACCCAGGCCTACCCTGTGCGGACCGCGGGCCAGGAGCTGCCTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2915 TTGCCTATAGCGGGCAGCCAGGTGGCAGTGGGCTCTCTAGTGTGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141629 TTGCCTATAGCGGGCAGCCAGGTGGCAGTGGGCTCTCTAGTGTGGCTGGA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2965 CACACCGATCTGATCGACTCCCTGCTGAAGAACAGGACTTCAGAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141679 CACACCGATCTGATCGACTCCCTGCTGAAGAACAGGACTTCAGAGGAGTG

   3050     .    :    .    :    .    :
   3015 GATGAGTGATTTGGACGACCTGTTAGGGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141729 GATGAGTGATTTGGACGACCTGTTAGGGTCTCAG