seq1 = pF1KSDA0198.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KSDA0198/gi568815578r_32096455.tfa (gi568815578r:32096455_32302178), 205724 bp

>pF1KSDA0198 1488
>gi568815578r:32096455_32302178 (Chr20)

(complement)

1-260  (100001-100260)   100% ->
261-1488  (104497-105724)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACATTTTTCACCAGCGTCCCCCCCTGGATTCAAGATGCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACATTTTTCACCAGCGTCCCCCCCTGGATTCAAGATGCAAAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGAGGAAGTGGGCTGGAAACTAGTTCCCAGGCCTCGGGGCCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGAGGAAGTGGGCTGGAAACTAGTTCCCAGGCCTCGGGGCCGGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGAGTCAAGTGAAGTGCCAATGTGAAATTTCGGGAACACCTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAGAGTCAAGTGAAGTGCCAATGTGAAATTTCGGGAACACCTTTCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGGGGAGAAGCTGAGGCCTCACAGCCTCCCGCAACCAGAGCAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGGGGAGAAGCTGAGGCCTCACAGCCTCCCGCAACCAGAGCAGAGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATATAGCTGCCCTCAGCTGCACTGTGGCAAGGCTTTTGCTTCCAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATATAGCTGCCCTCAGCTGCACTGTGGCAAGGCTTTTGCTTCCAAATACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTGTATAG         GCACATGGCCACCCACTCAGCCCAGAAACCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCTGTATAGGTA...CAGGCACATGGCCACCCACTCAGCCCAGAAACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACCAGTGTATGTACTGTGATAAGATGTTTCACCGCAAGGACCATCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104528 CACCAGTGTATGTACTGTGATAAGATGTTTCACCGCAAGGACCATCTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACCATCTGCAGACCCATGATCCTAACAAAGAGGCCCTCCACTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104578 GAACCATCTGCAGACCCATGATCCTAACAAAGAGGCCCTCCACTGCTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGTGCGGTAAGAATTACAATACGAAGCTGGGCTACCGGCGCCACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104628 AGTGCGGTAAGAATTACAATACGAAGCTGGGCTACCGGCGCCACCTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGCATGCTGCCAGCAGCGGTGACCTCAGCTGCAAGGTGTGCCTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104678 ATGCATGCTGCCAGCAGCGGTGACCTCAGCTGCAAGGTGTGCCTGCAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTTGAGAGTACCCAGGCCCTGCTAGAGCACCTGAAGGCCCACTCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104728 CTTTGAGAGTACCCAGGCCCTGCTAGAGCACCTGAAGGCCCACTCACGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGTAGCAGGCGGTGCCAAGGAGAAGAAGCACCCCTGTGACCACTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104778 GGGTAGCAGGCGGTGCCAAGGAGAAGAAGCACCCCTGTGACCACTGCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGGCGGTTCTATACTCGTAAGGATGTACGGCGGCACCTAGTGGTGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104828 CGGCGGTTCTATACTCGTAAGGATGTACGGCGGCACCTAGTGGTGCACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGGCCGTAAGGACTTCCTGTGCCAGTACTGTGCCCAGCGGTTTGGCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104878 AGGCCGTAAGGACTTCCTGTGCCAGTACTGTGCCCAGCGGTTTGGCCGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGACCACCTGACGCGTCATGTCAAGAAGAGCCACTCGCAGGAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104928 AGGACCACCTGACGCGTCATGTCAAGAAGAGCCACTCGCAGGAGCTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGATCAAGACAGAGCCCGTGGACATGTTAGGCCTACTCAGCTGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104978 AAGATCAAGACAGAGCCCGTGGACATGTTAGGCCTACTCAGCTGCAGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACAGTCAGTGTGAAGGAAGAGCTGAGCCCTGTGCTGTGCATGGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105028 CACAGTCAGTGTGAAGGAAGAGCTGAGCCCTGTGCTGTGCATGGCCTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGGACGTAATGGGGACCAAGGCCTTCCCTGGCATGTTGCCCATGGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105078 GGGACGTAATGGGGACCAAGGCCTTCCCTGGCATGTTGCCCATGGGCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TATGGTGCCCACATCCCTACCATGCCCAGCACGGGCGTGCCACACTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105128 TATGGTGCCCACATCCCTACCATGCCCAGCACGGGCGTGCCACACTCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGTGCACAACACGCTGCCCATGGGTATGAGCTACCCTCTGGAATCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105178 GGTGCACAACACGCTGCCCATGGGTATGAGCTACCCTCTGGAATCCTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTATCTCTTCCCCAGCTCAGCTCCCTCCAAAATACCAGCTTGGATCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105228 CTATCTCTTCCCCAGCTCAGCTCCCTCCAAAATACCAGCTTGGATCTACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TCATACTTGCCCGACAAATTGCCCAAAGTGGAGGTGGATAGTTTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105278 TCATACTTGCCCGACAAATTGCCCAAAGTGGAGGTGGATAGTTTTCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGAGCTTCCTGGAAGCCTGTCTCTCTCATCCGCTGAACCCCAGCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105328 GGAGCTTCCTGGAAGCCTGTCTCTCTCATCCGCTGAACCCCAGCCCGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CACCTCAGCCGGCGGCAGCTGCGGCCCTCCTAGATGAAGCACTGCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105378 CACCTCAGCCGGCGGCAGCTGCGGCCCTCCTAGATGAAGCACTGCTTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AAGAGCCCCGCCAACCTCTCTGAGGCCCTCTGCGCTGCTAATGTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105428 AAGAGCCCCGCCAACCTCTCTGAGGCCCTCTGCGCTGCTAATGTGGACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTCCCACCTACTGGGCTTTCTTCCACTCAACCTGCCCCCGTGTAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105478 CTCCCACCTACTGGGCTTTCTTCCACTCAACCTGCCCCCGTGTAACCCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CTGGGGCCACAGGAGGCCTGGTCATGGGCTACTCCCAGGCTGAGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105528 CTGGGGCCACAGGAGGCCTGGTCATGGGCTACTCCCAGGCTGAGGCACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCCCTGCTTACCACTTTGCAAGCTCAGCCTCAAGATTCCCCAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105578 CCCCTGCTTACCACTTTGCAAGCTCAGCCTCAAGATTCCCCAGGAGCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GGGACCACTGAACTTTGGGCCTCTGCACTCCTTGCCTCCTGTCTTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105628 GGGACCACTGAACTTTGGGCCTCTGCACTCCTTGCCTCCTGTCTTCACGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1442 CTGGCCTGAGTAGCACCACCCTGCCTCGTTTCCATCAAGCATTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105678 CTGGCCTGAGTAGCACCACCCTGCCTCGTTTCCATCAAGCATTCCAG