seq1 = pF1KSDA0180.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KSDA0180/gi568815578f_32107942.tfa (gi568815578f:32107942_32334658), 226717 bp

>pF1KSDA0180 1164
>gi568815578f:32107942_32334658 (Chr20)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-246  (102130-102251)   100% ->
247-429  (107328-107510)   100% ->
430-542  (108668-108780)   100% ->
543-735  (120322-120514)   100% ->
736-978  (122878-123120)   100% ->
979-1164  (126532-126717)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGCCGCCGCGTGGGCACGGCCGCTGAGCGTGTCTTTCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGCCGCCGCGTGGGCACGGCCGCTGAGCGTGTCTTTCCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTCTGCCGCTCCCGGGGATGCCTGCGGGCTCCTGGGACCCGGCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTCTGCCGCTCCCGGGGATGCCTGCGGGCTCCTGGGACCCGGCCGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCTCTACTGCCCCTGCATGG         GGCGCTTTGGGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 ACCTGCTCTACTGCCCCTGCATGGGTA...CAGGGCGCTTTGGGAACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCGATCACTTCTTGGGCTCTCTGGCATTTGCAAAGCTGCTAAACCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102147 GCCGATCACTTCTTGGGCTCTCTGGCATTTGCAAAGCTGCTAAACCGTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGGCTGTCCCTCCTTGGATTGAGTACCAGCATCACAAGCCTCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102197 CTTGGCTGTCCCTCCTTGGATTGAGTACCAGCATCACAAGCCTCCTTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAC         CTCCATGTGTCCTACCAGAAGTACTTCAAGCTGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102247 CCAACGTG...TAGCTCCATGTGTCCTACCAGAAGTACTTCAAGCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCCTCCAGGCTTACCATCGGGTCATCAGCTTGGAGGATTTCATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107364 CCCCTCCAGGCTTACCATCGGGTCATCAGCTTGGAGGATTTCATGGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGGCACCCACCCACTGGCCCCCTGAGAAGCGGGTGGCATACTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107414 GCTGGCACCCACCCACTGGCCCCCTGAGAAGCGGGTGGCATACTGCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGTGGCAGCCCAGCGAAGCCCAGATAAGAAGACGTGCCCCATGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107464 AGGTGGCAGCCCAGCGAAGCCCAGATAAGAAGACGTGCCCCATGAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       GAAGGAAACCCCTTTGGCCCATTCTGGGATCAGTTTCATGTGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107514 ...CAGGAAGGAAACCCCTTTGGCCCATTCTGGGATCAGTTTCATGTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCAACAAGTCGGAGCTTTTTACAGGCATTTCCTTCAGTGCTTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108712 TTTCAACAAGTCGGAGCTTTTTACAGGCATTTCCTTCAGTGCTTCCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGAACAATGGAGCCAGAG         ATTTTCTCCAAAGGAACATCCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108762 GAGAACAATGGAGCCAGAGGTA...TAGATTTTCTCCAAAGGAACATCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCTTGCCCTGCCAGGAGCCCCAGCCCAGTTCCCCGTCCTAGAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120344 GTGCTTGCCCTGCCAGGAGCCCCAGCCCAGTTCCCCGTCCTAGAGGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGGCCACTACAGAAGTACATGGTATGGTCAGACGAAATGGTGAAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120394 CAGGCCACTACAGAAGTACATGGTATGGTCAGACGAAATGGTGAAGACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGAGGCCCAGATTCATGCCCACCTTGTCCGGCCCTATGTGGGCATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120444 GAGAGGCCCAGATTCATGCCCACCTTGTCCGGCCCTATGTGGGCATTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGCGCATTGGCTCTGACTGG         AAGAACGCCTGTGCCATGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120494 CTGCGCATTGGCTCTGACTGGGTA...TAGAAGAACGCCTGTGCCATGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGGACGGGACTGCAGGCTCGCACTTCATGGCCTCTCCGCAGTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122898 GAAGGACGGGACTGCAGGCTCGCACTTCATGGCCTCTCCGCAGTGTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTACAGCCGCAGCACAGCGGCCCCCCTCACGATGACTATGTGCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122948 GCTACAGCCGCAGCACAGCGGCCCCCCTCACGATGACTATGTGCCTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACCTGAAGGAGATCCAGAGGGCTGTGAAGCTCTGGGTGAGGTCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122998 GACCTGAAGGAGATCCAGAGGGCTGTGAAGCTCTGGGTGAGGTCGCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCCCAGTCGGTCTACGTTGCTACTGATTCCGAGAGTTATGTGCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123048 TGCCCAGTCGGTCTACGTTGCTACTGATTCCGAGAGTTATGTGCCTGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCCAACAGCTCTTCAAAGGGAAG         GTGAAGGTGGTGAGCCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123098 TCCAACAGCTCTTCAAAGGGAAGGTA...CAGGTGAAGGTGGTGAGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGCCTGAGGTGGCCCAGGTCGACCTGTACATCCTCGGCCAAGCCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126550 AAGCCTGAGGTGGCCCAGGTCGACCTGTACATCCTCGGCCAAGCCGACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTTTATTGGCAACTGTGTCTCCTCCTTCACTGCCTTTGTGAAGCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126600 CTTTATTGGCAACTGTGTCTCCTCCTTCACTGCCTTTGTGAAGCGGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGGACCTCCAGGGGAGGCCGTCTTCTTTCTTCGGCATGGACAGGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126650 GGGACCTCCAGGGGAGGCCGTCTTCTTTCTTCGGCATGGACAGGCCCCCT

   1200     .    :    .
   1147 AAGCTGCGGGACGAGTTC
        ||||||||||||||||||
 126700 AAGCTGCGGGACGAGTTC