seq1 = pF1KSDA0174.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KSDA0174/gi568815582f_71815641.tfa (gi568815582f:71815641_72027810), 212170 bp

>pF1KSDA0174 1092
>gi568815582f:71815641_72027810 (Chr16)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-269  (100822-101002)   100% ->
270-357  (101407-101494)   100% ->
358-441  (105099-105182)   100% ->
442-552  (105703-105813)   100% ->
553-753  (106834-107040)   97% ->
754-846  (107648-107740)   100% ->
847-895  (109129-109177)   100% ->
896-1092  (111974-112170)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGCTCTGGATTTAAAGCTGAGCGCTTAAGAGTGAATTTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGCTCTGGATTTAAAGCTGAGCGCTTAAGAGTGAATTTGAGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCATAAATCGCCTTAAACTATTGGAGAAAAAGAAAA         CGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 AGTCATAAATCGCCTTAAACTATTGGAGAAAAAGAAAAGTG...TAGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACTGGCCCAGAAAGCAAGGAAGGAGATTGCTGACTATCTGGCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100825 AACTGGCCCAGAAAGCAAGGAAGGAGATTGCTGACTATCTGGCTGCTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGATGAACGAGCTCGGATCCGTGTGGAGCACATTATCCGGGAAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 AAAGATGAACGAGCTCGGATCCGTGTGGAGCACATTATCCGGGAAGACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCGTGGAGGCCATGGAGATCCTGGAGCTGTACTGTGACCTGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100925 CCTCGTGGAGGCCATGGAGATCCTGGAGCTGTACTGTGACCTGCTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCGGTTTGGCCTTATCCAGTCTATGAA         GGAACTAGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100975 CTCGGTTTGGCCTTATCCAGTCTATGAAGTA...TAGGGAACTAGATTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTCTGGCTGAATCTGTGTCTACATTGATCTGGGCTGCTCCTCGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101420 GGTCTGGCTGAATCTGTGTCTACATTGATCTGGGCTGCTCCTCGACTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCAGAAGTGGCTGAGTTGAAAATA         GTTGCTGATCAGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101470 GTCAGAAGTGGCTGAGTTGAAAATAGTG...TAGGTTGCTGATCAGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGCCAAGTATAGCAAGGAATATGGCAAGCTATGTAGGACCAACCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105115 GTGCCAAGTATAGCAAGGAATATGGCAAGCTATGTAGGACCAACCAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAACTGTGAATGACAGG         CTAATGCACAAGCTGAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105165 GGAACTGTGAATGACAGGGTA...CAGCTAATGCACAAGCTGAGTGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCCCCACCCAAAATCCTGGTGGAGAGATACCTGATTGAAATTGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105726 AGCCCCACCCAAAATCCTGGTGGAGAGATACCTGATTGAAATTGCAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTACAACGTACCCTATGAACCTGACTCTGTGGTCATG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105776 ATTACAACGTACCCTATGAACCTGACTCTGTGGTCATGGTA...CAGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAGCTCCTCCTGGGGTAGAGACAGATCTTATTGATGTTGGATTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106837 GAAGCTCCTCCTGGGGTAGAGACAGATCTTATTGATGTTGGATTCACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATGTGAAGAAAGGAGGCCCTGGAAGAGGAGGGAGTGGTGGCTTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106887 TGATGTGAAGAAAGGAGGCCCTGGAAGAGGAGGGAGTGGTGGCTTCACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACCAGTTGGTGGACCTGATGGAACGGTGCCAATGCCCATGCCCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106937 CACCAGTTGGTGGACCTGATGGAACGGTGCCAATGCCCATGCCCATGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGCC AT C    TGCAAATACGCCTTTCTCATATCCACTGCCAAAGGG
        |||||-||-|----||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106987 ATGCCTATGCCATCTGCAAATACGCCTTTCTCATATCCACTGCCAAAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 ACCA         TCAGATTTCAATGGACTGCCAATGGGGACTTATCAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107037 ACCAGTA...CAGTCAGATTTCAATGGACTGCCAATGGGGACTTATCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 CCTTTCCCAATATTCATCCACCTCAGATACCAGCAACTCCCCCATCGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 CCTTTCCCAATATTCATCCACCTCAGATACCAGCAACTCCCCCATCGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 GAATCT         GTAGATGACATTAATGCTGATAAGAATATCTCTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107735 GAATCTGTA...CAGGTAGATGACATTAATGCTGATAAGAATATCTCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 TGCACAGATTGTTG         GTCCTGGACCCAAGCCAGAAGCCTCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109164 TGCACAGATTGTTGGTG...TAGGTCCTGGACCCAAGCCAGAAGCCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923 CAAAGCTTCCTTCCAGACCTGCAGATAACTATGACAACTTTGTCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112001 CAAAGCTTCCTTCCAGACCTGCAGATAACTATGACAACTTTGTCCTACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973 GAGTTGCCATCTGTGCCAGACACACTACCAACTGCATCTGCTGGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112051 GAGTTGCCATCTGTGCCAGACACACTACCAACTGCATCTGCTGGTGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023 CACCTCAGCATCTGAAGACATTGACTTTGATGATCTTTCCCGGAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112101 CACCTCAGCATCTGAAGACATTGACTTTGATGATCTTTCCCGGAGGTTTG

   1150     .    :    .    :
   1073 AAGAGCTGAAAAAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||
 112151 AAGAGCTGAAAAAGAAAACA