seq1 = pF1KSDA0171.tfa, 1875 bp
seq2 = pF1KSDA0171/gi568815593r_157687649.tfa (gi568815593r:157687649_157958970), 271322 bp

>pF1KSDA0171 1875
>gi568815593r:157687649_157958970 (Chr5)

(complement)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-146  (141424-141528)   100% ->
147-243  (142141-142237)   100% ->
244-352  (144678-144786)   100% ->
353-517  (145744-145908)   100% ->
518-695  (149166-149343)   100% ->
696-942  (152859-153105)   100% ->
943-1012  (155252-155321)   100% ->
1013-1087  (163999-164073)   100% ->
1088-1380  (166976-167268)   100% ->
1381-1531  (169458-169608)   100% ->
1532-1875  (170979-171322)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGAACATGTGGAAGGTGCGCGAGCTGGTGGACAAAGC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGTTGAACATGTGGAAGGTGCGCGAGCTGGTGGACAAAGCGTG...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACCAATGTTGTTATGAATTATTCAGAGATCGAGTCTAAGGTTCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141424 CACCAATGTTGTTATGAATTATTCAGAGATCGAGTCTAAGGTTCGAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAACGAACGATGATCCTTGGGGACCTTCTGGGCAACTCATGGGAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141474 CAACGAACGATGATCCTTGGGGACCTTCTGGGCAACTCATGGGAGAGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAA         GGCTACATTTATGTATGAACAATTTCCAGAACTTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141524 GCCAAGTA...CAGGGCTACATTTATGTATGAACAATTTCCAGAACTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACATGCTTTGGTCACGAATGTTAAAAGACAACAAAAAGAATTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142177 GAACATGCTTTGGTCACGAATGTTAAAAGACAACAAAAAGAATTGGAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGTTTATAAG         TCGTTGCTGCTCCTAGCTTACCTCATAAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 142227 GAGTTTATAAGGTA...CAGTCGTTGCTGCTCCTAGCTTACCTCATAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATGGATCAGAGCGTGTTGTTACAAGTGCCAGAGAACACATTTATGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144708 AATGGATCAGAGCGTGTTGTTACAAGTGCCAGAGAACACATTTATGATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACGATCCCTGGAAAATTACCACTTTGTAG         ATGAGCATGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 144758 ACGATCCCTGGAAAATTACCACTTTGTAGGTA...TAGATGAGCATGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGATCAAGGTATAAATATTCGACAGAAGGTGAAGGAATTGGTTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145756 AGGATCAAGGTATAAATATTCGACAGAAGGTGAAGGAATTGGTTGAATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCCAGGATGACGACAGGCTTCGTGAAGAGCGAAAGAAAGCAAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145806 GCCCAGGATGACGACAGGCTTCGTGAAGAGCGAAAGAAAGCAAAGAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAAGACAAGTATGTTGGGGTTTCCTCAGACAGTGTTGGAGGATTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145856 CAAAGACAAGTATGTTGGGGTTTCCTCAGACAGTGTTGGAGGATTCAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACA         GTGAAAGATATGATCCTGAGCCCAAATCAAAATGGGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145906 ACAGTG...TAGGTGAAAGATATGATCCTGAGCCCAAATCAAAATGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGAGTGGGATAAAAACAAGAGTGCTTTTCCATTCAGTGATAAATTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149204 GAGGAGTGGGATAAAAACAAGAGTGCTTTTCCATTCAGTGATAAATTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGCTGAGTGATAAAATTGGAAGCACAATTGATGACACCATCAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149254 TGAGCTGAGTGATAAAATTGGAAGCACAATTGATGACACCATCAGCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCGGAGGAAAGATAGAGAAGACTCTCCAGAAAGATGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 149304 TCCGGAGGAAAGATAGAGAAGACTCTCCAGAAAGATGCAGGTA...TAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACAGCGATGAGGAAAAGAAAGCGAGAAGAGGCAGATCTCCCAAAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152860 GACAGCGATGAGGAAAAGAAAGCGAGAAGAGGCAGATCTCCCAAAGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTCAAAGATGAAGAGGAGACTGTGACGACAAAGCATATTCATATCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152910 ATTCAAAGATGAAGAGGAGACTGTGACGACAAAGCATATTCATATCACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCCACAGAGACCACCACAACCAGACACAAGCGCACAGCAAATCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152960 AGGCCACAGAGACCACCACAACCAGACACAAGCGCACAGCAAATCCTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAACCATTGATCTTGGAGCAGCAGCACATTACACAGGGGACAAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153010 AAAACCATTGATCTTGGAGCAGCAGCACATTACACAGGGGACAAAGCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCCAGATCAGAATGCTTCAACCCACACACCTCAGTCTTCAGTTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 153060 TCCAGATCAGAATGCTTCAACCCACACACCTCAGTCTTCAGTTAAGGTG.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943      ACTTCAGTGCCTAGCAGCAAGTCATCTGGTGACCTTGTTGATCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153110 ..CAGACTTCAGTGCCTAGCAGCAAGTCATCTGGTGACCTTGTTGATCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGATGGCACCAGCCAGTCAACAG         GAGGATCAGCTGATTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 155297 TTTGATGGCACCAGCCAGTCAACAGGTA...TAGGAGGATCAGCTGATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATTCGGAGGATTTGCTGACTTTGGCTCAGCTGCTGCATCAGGCAGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164015 ATTCGGAGGATTTGCTGACTTTGGCTCAGCTGCTGCATCAGGCAGTTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTCCCAAG         TAACAGCAACAAGTGGGAATGGAGACTTTGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 164065 CTTCCCAAGGTA...TAGTAACAGCAACAAGTGGGAATGGAGACTTTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACTGGAGTGCCTTCAACCAAGCCCCATCAGGCCCTGTTGCTTCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167008 GACTGGAGTGCCTTCAACCAAGCCCCATCAGGCCCTGTTGCTTCCAGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAGTTCTTTGGCAGTGCCTCACAGCCAGCGGTAGAACTTGTTAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167058 CGAGTTCTTTGGCAGTGCCTCACAGCCAGCGGTAGAACTTGTTAGTGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACAATCAGCTCTAGGCCCACCTCCTGCTGCCTCAAATTCTTCAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167108 CACAATCAGCTCTAGGCCCACCTCCTGCTGCCTCAAATTCTTCAGACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTTGATCTTATGGGCTCGTCCCAGGCAACCATGACATCTTCCCAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167158 TTTGATCTTATGGGCTCGTCCCAGGCAACCATGACATCTTCCCAGAGTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAATTTCTCTATGATGAGCACTAACACTGTGGGACTTGGTTTGCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167208 GAATTTCTCTATGATGAGCACTAACACTGTGGGACTTGGTTTGCCTATGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAAGATCACAG         AATACAGATATGGTCCAGAAATCAGTCAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 167258 CAAGATCACAGGTA...CAGAATACAGATATGGTCCAGAAATCAGTCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAAACCTTGCCCTCTACTTGGTCTGACCCCAGTGTAAACATCAGCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169488 AAAACCTTGCCCTCTACTTGGTCTGACCCCAGTGTAAACATCAGCCTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAACTTACTACCTGGTATGCAGCCTTCCAAACCCCAGCAGCCATCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169538 CAACTTACTACCTGGTATGCAGCCTTCCAAACCCCAGCAGCCATCACTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ATACAATGATTCAGCAACAGA         ATATGCAGCAGCCTATGAAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 169588 ATACAATGATTCAGCAACAGAGTA...TAGATATGCAGCAGCCTATGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTGATGACTCAAAGTTTTGGAGCTGTGAACCTCAGTTCTCCATCGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170999 GTGATGACTCAAAGTTTTGGAGCTGTGAACCTCAGTTCTCCATCGAACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCTTCCTGTCCGGCCCCAAACTAATGCTTTGATAGGGGGACCCATGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171049 GCTTCCTGTCCGGCCCCAAACTAATGCTTTGATAGGGGGACCCATGCCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGAGCATGCCCAATGTGATGACTGGCACCATGGGAATGGCCCCTCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171099 TGAGCATGCCCAATGTGATGACTGGCACCATGGGAATGGCCCCTCTTGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AATACTCCGATGATGAACCAGAGCATGATGGGCATGAACATGAACATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171149 AATACTCCGATGATGAACCAGAGCATGATGGGCATGAACATGAACATAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GATGTCCGCTGCTGGGATGGGCTTGACAGGCACAATGGGAATGGGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171199 GATGTCCGCTGCTGGGATGGGCTTGACAGGCACAATGGGAATGGGCATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCAACATAGCCATGACTTCTGGAACTGTGCAACCCAAGCAAGATGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171249 CCAACATAGCCATGACTTCTGGAACTGTGCAACCCAAGCAAGATGCCTTT

   1950     .    :    .    :
   1852 GCAAATTTCGCCAATTTTAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||
 171299 GCAAATTTCGCCAATTTTAGCAAA