seq1 = pF1KSDA0163.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KSDA0163/gi568815576r_18938868.tfa (gi568815576r:18938868_19222206), 283339 bp

>pF1KSDA0163 1650
>gi568815576r:18938868_19222206 (Chr22)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-202  (132717-132839)   100% ->
203-328  (153982-154107)   100% ->
329-548  (157140-157359)   100% ->
549-625  (158929-159005)   100% ->
626-802  (165045-165221)   100% ->
803-1006  (173564-173767)   100% ->
1007-1159  (180248-180400)   100% ->
1160-1396  (180913-181149)   100% ->
1397-1650  (183086-183339)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCCCAAGGCAGACAGCGGCGCCTTCCTGCTGCTCTTCCTGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCCCAAGGCAGACAGCGGCGCCTTCCTGCTGCTCTTCCTGCTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCACTGTCACCGAGCCGCTGCGGCCAG         AGCTGCGGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GCTCACTGTCACCGAGCCGCTGCGGCCAGGTG...CAGAGCTGCGGTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCTGGGCAGTTTGCGTGTCGCAGCGGCACCATCCAGTGCATCCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132729 ACCCTGGGCAGTTTGCGTGTCGCAGCGGCACCATCCAGTGCATCCCCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTGGCAGTGTGACGGCTGGGCGACTTGCGAGGATGAGAGCGACGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132779 CCCTGGCAGTGTGACGGCTGGGCGACTTGCGAGGATGAGAGCGACGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACTGTCCAG         AAGTGACCGGGGAGGTGCGTCCTCATCATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 132829 CAACTGTCCAGGTG...CAGAAGTGACCGGGGAGGTGCGTCCTCATCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAAGGAGGCTGTGGATCCGCGGCAGGGGCGGGCCAGAGGAGGCGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154012 GGAAGGAGGCTGTGGATCCGCGGCAGGGGCGGGCCAGAGGAGGCGACCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGCACTTCCACGCGGTGAACGTGGCGCAGCCCGTTCGCTTCAGCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 154062 TCGCACTTCCACGCGGTGAACGTGGCGCAGCCCGTTCGCTTCAGCAGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      GTTTCCTAGGGAAGTGCCCGACAGGGTGGCACCACTACGAAGGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154112 ..TATGTTTCCTAGGGAAGTGCCCGACAGGGTGGCACCACTACGAAGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGCCAGCTGCTACCGGGTCTACCTGAGCGGGGAGAACTACTGGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157185 CGGCCAGCTGCTACCGGGTCTACCTGAGCGGGGAGAACTACTGGGATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCGCAGACCTGCCAGCGCCTGAATGGCTCTCTCGCCACCTTCTCCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157235 GCGCAGACCTGCCAGCGCCTGAATGGCTCTCTCGCCACCTTCTCCACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGGAGCTGCGCTTTGTCCTGGCCCAGGAATGGGACCAGCCCGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157285 CCAGGAGCTGCGCTTTGTCCTGGCCCAGGAATGGGACCAGCCCGAGCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTTTGGTTGGAAGGACCAGCGCAA         GTTGTGGGTTGGCTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 157335 GCTTTGGTTGGAAGGACCAGCGCAAGTG...CAGGTTGTGGGTTGGCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGTATGTTATCACTGGCCGGAACCGCTCCTTGGAAGGTCGCTGGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158945 CAGTATGTTATCACTGGCCGGAACCGCTCCTTGGAAGGTCGCTGGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCATTCAAAG         GCTCTTCAGAGGTGTTCCTGCCCCCAGACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 158995 GGCATTCAAAGGTG...CAGGCTCTTCAGAGGTGTTCCTGCCCCCAGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCATCTTTGCCTCGGCCATGTCTGAGAACGACAACGTGTTCTGTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165075 CCATCTTTGCCTCGGCCATGTCTGAGAACGACAACGTGTTCTGTGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTCAGTGCTTCCATTTCCCCACCCTGCGGCACCACGACCTCCACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165125 CTTCAGTGCTTCCATTTCCCCACCCTGCGGCACCACGACCTCCACAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCACGCCGAGAGCTGCTACGAGAAGTCTTCATTTCTGTGTAAAAGAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 165175 GCACGCCGAGAGCTGCTACGAGAAGTCTTCATTTCTGTGTAAAAGAAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       GTCAAACATGTGTTGACATCAAGGACAACGTGGTGGATGAAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165225 ...CAGGTCAAACATGTGTTGACATCAAGGACAACGTGGTGGATGAAGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCTACTTCACCCCTAAGGGGGACGACCCATGCCTGAGCTGCACCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173608 TTCTACTTCACCCCTAAGGGGGACGACCCATGCCTGAGCTGCACCTGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGAGGGGAGCCTGAGATGTGTGTGGCTGCTCTCTGTGAGAGGCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173658 TGGAGGGGAGCCTGAGATGTGTGTGGCTGCTCTCTGTGAGAGGCCCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTGCCAACAGTACCGCAAGGACCCCAAAGAGTGCTGCAAGTTCATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173708 GCTGCCAACAGTACCGCAAGGACCCCAAAGAGTGCTGCAAGTTCATGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGACCCAG         ATGGCAACAGTCTGTTTGACTCCATGGCCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 173758 CTGGACCCAGGTG...CAGATGGCAACAGTCTGTTTGACTCCATGGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGGGATGCGCCTGGTCGTCAGCTGCATCTCCTCCTTCCTCATCCTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180279 CGGGATGCGCCTGGTCGTCAGCTGCATCTCCTCCTTCCTCATCCTGTCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCTGCTCTTCATGGTCCACCGGCTGCGCCAGCGGCGCCGGGAGCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180329 TGCTGCTCTTCATGGTCCACCGGCTGCGCCAGCGGCGCCGGGAGCGCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGTCCCTGATTGGAGCAAACT         TGCACCACTTCAACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 180379 GAGTCCCTGATTGGAGCAAACTGTA...CAGTGCACCACTTCAACCTCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCGCAGGATCCCTGGCTTTGATTACGGCCCAGACGGGTTTGGCACGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180932 CCGCAGGATCCCTGGCTTTGATTACGGCCCAGACGGGTTTGGCACGGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCACGCCGCTGCATCTTTCTGACGACGGAGAGGGTGGGACTTTCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180982 TCACGCCGCTGCATCTTTCTGACGACGGAGAGGGTGGGACTTTCCATTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CACGACCCTCCACCTCCCTACACGGCATACAAGTACCCGGACATCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181032 CACGACCCTCCACCTCCCTACACGGCATACAAGTACCCGGACATCGGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCCCGACGACCCTCCGCCGCCCTACGAGGCCTCCATCCACCCGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181082 GCCCGACGACCCTCCGCCGCCCTACGAGGCCTCCATCCACCCGGACAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGTTCTATGACCCTGCAG         ACGATGATGCTTTTGAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 181132 TGTTCTATGACCCTGCAGGTG...CAGACGATGATGCTTTTGAGCCTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGGTCAGCCTGCCAGCCCCTGGGGATGGTGGGAGTGAAGGTGCATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183109 GAGGTCAGCCTGCCAGCCCCTGGGGATGGTGGGAGTGAAGGTGCATTACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCGGCGCCTGGAGCAGCCTCTGCCCACTGCGGGGGCCTCTCTGGCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183159 CCGGCGCCTGGAGCAGCCTCTGCCCACTGCGGGGGCCTCTCTGGCAGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGGAAGACTCTGCCGACAGCAGCAGCGCCCTGCTCGTGCCCCCTGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183209 TGGAAGACTCTGCCGACAGCAGCAGCGCCCTGCTCGTGCCCCCTGACCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCCCAGAGCGGGAGCACCCCAGCTGCAGAGGCACTGCCAGGGGGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183259 GCCCAGAGCGGGAGCACCCCAGCTGCAGAGGCACTGCCAGGGGGTGGCCG

   1700     .    :    .    :    .    :
   1620 CCACAGCCGCAGCTCCCTCAATACTGTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 183309 CCACAGCCGCAGCTCCCTCAATACTGTGGTG