seq1 = pF1KSDA0161.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KSDA0161/gi568815596f_6896927.tfa (gi568815596f:6896927_7139757), 242831 bp

>pF1KSDA0161 876
>gi568815596f:6896927_7139757 (Chr2)

1-135  (100001-100135)   99% ->
136-240  (117528-117632)   100% ->
241-301  (117786-117846)   100% ->
302-509  (123547-123754)   100% ->
510-657  (127443-127590)   100% ->
658-747  (133200-133289)   100% ->
748-876  (142703-142831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACAGCAAGGTACCGGCCCACCTGGGACCTGGCCCTCGACCCGCT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACAACAAGGTACCGGCCCACCTGGGACCTGGCCCTCGACCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGTCTTGCAAGCTCTGTCTTGGGGAGTACCCAGTGGAGCAGATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGTCTTGCAAGCTCTGTCTTGGGGAGTACCCAGTGGAGCAGATGACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATAGCCCAGTGCCAATGCATCTTCTGTACTCTG         TGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 CCATAGCCCAGTGCCAATGCATCTTCTGTACTCTGGTT...CAGTGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAACAGTATGTTGAGCTCTTGATCAAAGAAGGATTAGAAACCGCAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117534 AAACAGTATGTTGAGCTCTTGATCAAAGAAGGATTAGAAACCGCAATTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCCCAGATGCTGCCTGCCCTAAACAGGGCCACCTACAGGAGAACGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117584 CTGCCCAGATGCTGCCTGCCCTAAACAGGGCCACCTACAGGAGAACGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         ATTGAGTGCATGGTTGCAGCTGAAATTATGCAAAGATATAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117634 CA...TAGATTGAGTGCATGGTTGCAGCTGAAATTATGCAAAGATATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTACAATTTGAAAGAG         AGGTGCTGTTTGATCCCTGTCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 117828 AAGCTACAATTTGAAAGAGGTA...CAGAGGTGCTGTTTGATCCCTGTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACTTGGTGCCCGGCGTCCACCTGCCAAGCTGTGTGTCAGCTCCAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123569 GACTTGGTGCCCGGCGTCCACCTGCCAAGCTGTGTGTCAGCTCCAGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGGCTGCAGACCCCCCAGCCAGTGCAGTGCAAAGCCTGCCGTATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123619 TGGGGCTGCAGACCCCCCAGCCAGTGCAGTGCAAAGCCTGCCGTATGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTGCTCCACCTGCAAAGCCAGCTGGCACCCTGGCCAGGGCTGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123669 TTCTGCTCCACCTGCAAAGCCAGCTGGCACCCTGGCCAGGGCTGCCCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACCATGCCGATCACCTTCCTCCCCGGGGAGACCAG         TGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123719 GACCATGCCGATCACCTTCCTCCCCGGGGAGACCAGGTA...CAGTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTTCAAAATGGAAGAAGATGACGCGCCCATCAAGCGCTGCCCCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127448 CTTTCAAAATGGAAGAAGATGACGCGCCCATCAAGCGCTGCCCCAAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAGTCTACATCGAGCGAGACGAAGGCTGCGCGCAGATGATGTGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127498 AAAGTCTACATCGAGCGAGACGAAGGCTGCGCGCAGATGATGTGCAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGCAAGCACGCCTTCTGCTGGTACTGCCTGGAGTCTCTGGAC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 127548 CTGCAAGCACGCCTTCTGCTGGTACTGCCTGGAGTCTCTGGACGTG...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   GATGATTTCCTTCTGATACACTACGATAAGGGACCCTGCCGGAACAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133198 AGGATGATTTCCTTCTGATACACTACGATAAGGGACCCTGCCGGAACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGGCCACTCCCGGGCATCTGTGATCTGGCATCGGACACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 133248 CTGGGCCACTCCCGGGCATCTGTGATCTGGCATCGGACACAGGTA...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748  GTTGTGGGCATTTTTGCAGGATTTGGGCTGCTGCTCTTGGTGGCCTCAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142702 GGTTGTGGGCATTTTTGCAGGATTTGGGCTGCTGCTCTTGGTGGCCTCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTTTCCTACTCCTGGCCACTCCCTTTGTACTTTGCTGCAAGTGCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142752 CTTTCCTACTCCTGGCCACTCCCTTTGTACTTTGCTGCAAGTGCAAGTGC

    900     .    :    .    :    .    :
    847 AGTAAAGGTGACGACGACCCGTTACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 142802 AGTAAAGGTGACGACGACCCGTTACCCACC