seq1 = pF1KSDA0157.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KSDA0157/gi568815588f_124701830.tfa (gi568815588f:124701830_124934968), 233139 bp

>pF1KSDA0157 1245
>gi568815588f:124701830_124934968 (Chr10)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-163  (105002-105092)   98% ->
164-200  (114747-114783)   97% ->
201-267  (117555-117621)   100% ->
268-458  (124766-124956)   100% ->
459-578  (126927-127046)   100% ->
579-663  (127564-127648)   98% ->
664-778  (129520-129634)   100% ->
779-1245  (132673-133139)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGTCCATTTCGGGCTACACCTTCAGTGCTGTGTGTTTCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGTCCATTTCGGGCTACACCTTCAGTGCTGTGTGTTTCCACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAACAGCAACGCGGACCAC         GAAGGATTTTTACTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CGCCAACAGCAACGCGGACCACGTA...TAGGAAGGATTTTTACTGGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTAAGACAAGAGGAAACGTTTAGCATCAGTGACTCACAAATCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105021 AGGTAAGACAAGAGGAAACGTTTAGCATCAGTGACTCACAAATCAGCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGAATTTCTGCAAGTAATTC         AAATCTATAACCATCAGCC
        ||||||||||||||||||||| >>>...>>>||||| |||||||||||||
 105071 ACAGAATTTCTGCAAGTAATTGGTA...CAGAAATCCATAACCATCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGTTCAAAACTTTTTAG         TTTTTATGACTACGCAAGCAAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114766 TTGTTCAAAACTTTTTAGGTA...CAGTTTTTATGACTACGCAAGCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGAATGAGGAGAGTTTGGACAGGATTCTTAAAGATCGGAGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117578 TGAATGAGGAGAGTTTGGACAGGATTCTTAAAGATCGGAGAAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    AAAGTCATTGGGTGGTACAGATTCCGGCGCAATACGCAGCAGCAGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124763 CAGAAAGTCATTGGGTGGTACAGATTCCGGCGCAATACGCAGCAGCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTCCTACAGAGAGCAGGTTCTTCACAAGCAGCTCACCCGCATCCTCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124813 GTCCTACAGAGAGCAGGTTCTTCACAAGCAGCTCACCCGCATCCTCGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCCCGACCTCGTCTTTCTTCTCTTCAGCTTCATCTCCACTGCCAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124863 TGCCCGACCTCGTCTTTCTTCTCTTCAGCTTCATCTCCACTGCCAACAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCCACTCACGCTTTAGAATATGTGCTCTTCAGACCAAATAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124913 TCCACTCACGCTTTAGAATATGTGCTCTTCAGACCAAATAGAAGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459    GTATAATCAGAGGATATCACTCGCTATTCCCAATCTAGGAAATACTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126924 TAGGTATAATCAGAGGATATCACTCGCTATTCCCAATCTAGGAAATACTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCCAGCAAGAGTACAAAGTGTCTTCAGTGCCAAATACTTCTCAGAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126974 GCCAGCAAGAGTACAAAGTGTCTTCAGTGCCAAATACTTCTCAGAGTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCAAAGTGATTAAAGAACATGG         TACTGACTTTTTTGACAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127024 GCCAAAGTGATTAAAGAACATGGGTA...CAGTACTGACTTTTTTGACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGATGGAGTAATGAAAGACATCAGGGCGATTTATCAGGTTTATAATGCAC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127582 GGATGGAGTGATGAAAGACATCAGGGCGATTTATCAGGTTTATAATGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCAGGAGAAAGTTCAG         GCAGTGTGTGCAGATGTTGAAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 127632 TTCAGGAGAAAGTTCAGGTA...CAGGCAGTGTGTGCAGATGTTGAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGTGAGCGAGTTGTTGAATCTTGTCAGGCAGAAGTGAACAAATTAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129544 AGTGAGCGAGTTGTTGAATCTTGTCAGGCAGAAGTGAACAAATTAAGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACAAATCACTCAGAGGAAAAATGAAAAGGAACAAGAAAGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 129594 ACAAATCACTCAGAGGAAAAATGAAAAGGAACAAGAAAGAAGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GATTGCAGCAGGCAGTGTTAAGCAGACAGATGCCGTCTGAAAGCTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132673 GATTGCAGCAGGCAGTGTTAAGCAGACAGATGCCGTCTGAAAGCTTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCAGCGTTCAGTCCTCGGATGCCGTCCTCTGGGTTTGCAGCTGAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132723 CCAGCGTTCAGTCCTCGGATGCCGTCCTCTGGGTTTGCAGCTGAAGGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAGTACACTTGGAGATGCAGAGGCCTCGGATCCTCCTCCCCCTTACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132773 AAGTACACTTGGAGATGCAGAGGCCTCGGATCCTCCTCCCCCTTACTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTTTCACCCAAACAATCAAGAAAGTACTTTGAGCCACTCTCGCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132823 ATTTTCACCCAAACAATCAAGAAAGTACTTTGAGCCACTCTCGCATGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGGAGTGTCTTTATGCCTCGACCTCAAGCTGTGGGCTCTTCCAATTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132873 AGGAGTGTCTTTATGCCTCGACCTCAAGCTGTGGGCTCTTCCAATTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCCACCAGTGCCGGACTGAAGTATCCTGGAAGTGGGGCTGACCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132923 TTCCACCAGTGCCGGACTGAAGTATCCTGGAAGTGGGGCTGACCTTCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTCCCCAAAGAGCAGCTGGAGACAGTGGTGAGGATTCAGACGACAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132973 CTCCCCAAAGAGCAGCTGGAGACAGTGGTGAGGATTCAGACGACAGTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TATGAAAATTTGATTGACCCTACAGAGCCTTCTAATAGTGAATACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133023 TATGAAAATTTGATTGACCCTACAGAGCCTTCTAATAGTGAATACTCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTCAAAGGATTCTCGACCCATGGCACATCCCGACGAGGACCCCAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133073 TTCAAAGGATTCTCGACCCATGGCACATCCCGACGAGGACCCCAGGAACA

   1300     .    :    .
   1229 CTCAGACCTCCCAGATT
        |||||||||||||||||
 133123 CTCAGACCTCCCAGATT