seq1 = pF1KSDA0154.tfa, 2070 bp
seq2 = pF1KSDA0154/gi568815581r_75138282.tfa (gi568815581r:75138282_75361587), 223306 bp

>pF1KSDA0154 2070
>gi568815581r:75138282_75361587 (Chr17)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-125  (114792-114876)   100% ->
126-201  (115004-115079)   100% ->
202-325  (118018-118141)   100% ->
326-429  (118422-118525)   100% ->
430-510  (118677-118757)   100% ->
511-648  (119115-119252)   100% ->
649-730  (119892-119973)   100% ->
731-847  (120072-120188)   100% ->
848-1093  (120531-120776)   100% ->
1094-1164  (121176-121246)   100% ->
1165-1484  (121480-121799)   99% ->
1485-1681  (122017-122213)   100% ->
1682-1851  (122505-122674)   100% ->
1852-1962  (122826-122936)   99% ->
1963-2070  (123199-123306)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGCGGAAGGGGAAAGCCTGGAGTCCTGGCTCA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGCGGAGGCGGAAGGGGAAAGCCTGGAGTCCTGGCTCAGTG...AAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TAAAGCCACCAATCCTTCCAACCGCCAGGAGGACTGGGAATACATAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114793 TAAAGCCACCAATCCTTCCAACCGCCAGGAGGACTGGGAATACATAATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTTCTGTGATCAGATCAACAAGGAGCTGGAAGG         GCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114843 GCTTCTGTGATCAGATCAACAAGGAGCTGGAAGGGTG...CAGGCCACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATCGCCGTCCGACTGCTGGCCCACAAGATCCAGTCCCCACAGGAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115011 ATCGCCGTCCGACTGCTGGCCCACAAGATCCAGTCCCCACAGGAATGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCGCTCCAGGCCCTGACG         TACCTGGGGGACAGGGTGTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115061 GGCGCTCCAGGCCCTGACGGTA...TAGTACCTGGGGGACAGGGTGTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAAAGTGAAGACCAAGGTTATTGAGCTGCTGTACAGCTGGACCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118040 AGAAAGTGAAGACCAAGGTTATTGAGCTGCTGTACAGCTGGACCATGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCCAGAAGAAGCAAAGATCAAAGACGCCTACCACATGCTGAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118090 CTGCCAGAAGAAGCAAAGATCAAAGACGCCTACCACATGCTGAAGAGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GG         GCATAGTGCAGTCTGACCCACCAATTCCTGTGGATAGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118140 GGGTA...CAGGCATAGTGCAGTCTGACCCACCAATTCCTGTGGATAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CGCTGATCCCCTCTCCACCACCTCGTCCCAAAAACCCTGTTTTTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118461 CGCTGATCCCCTCTCCACCACCTCGTCCCAAAAACCCTGTTTTTGATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGAGAAGTCCAAG         CTTTTAGCCAAGCTGCTGAAAAGCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118511 GAGGAGAAGTCCAAGGTA...CAGCTTTTAGCCAAGCTGCTGAAAAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAACCCAGATGACCTGCAGGAGGCCAACAAGCTCATCAAGTCCATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118703 AAACCCAGATGACCTGCAGGAGGCCAACAAGCTCATCAAGTCCATGGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGAA         GACGAGGCACGGATCCAGAAGGTGACCAAGCGTCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118753 AGGAAGTG...CAGGACGAGGCACGGATCCAGAAGGTGACCAAGCGTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CACACGTTAGAGGAAGTTAACAACAACGTGAGACTGCTCAGTGAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119151 CACACGTTAGAGGAAGTTAACAACAACGTGAGACTGCTCAGTGAGATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCTTCATTACAGCCAGGAGGACTCTTCGGACGGGGACAGAGAGCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119201 GCTTCATTACAGCCAGGAGGACTCTTCGGACGGGGACAGAGAGCTGATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AG         GAGCTGTTTGATCAGTGTGAGAACAAGAGGCGGACTTTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119251 AGGTG...CAGGAGCTGTTTGATCAGTGTGAGAACAAGAGGCGGACTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTAAACTCGCCAGTGAGACTGAGGACAATGATAACAGTTTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119931 TTTAAACTCGCCAGTGAGACTGAGGACAATGATAACAGTTTGGGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731   GGGACATCCTGCAAGCCAGTGACAACCTCTCCCGGGTCATCAACTCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120070 AGGGGACATCCTGCAAGCCAGTGACAACCTCTCCCGGGTCATCAACTCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACAAAACAATTATTGAAGGGCAGGTCATCAATGGCGAGGTGGCTACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120120 ACAAAACAATTATTGAAGGGCAGGTCATCAATGGCGAGGTGGCTACCTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACCCTGCCTGACTCGGAAG         GAAACAGTCAGTGCAGTAACCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 120170 ACCCTGCCTGACTCGGAAGGTG...CAGGAAACAGTCAGTGCAGTAACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGGCACGCTCATCGACCTTGCGGAGCTGGACACGACCAACAGTTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120553 AGGCACGCTCATCGACCTTGCGGAGCTGGACACGACCAACAGTTTGTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCGTGTTGGCCCCAGCACCTACTCCACCCTCCTCAGGCATCCCAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120603 CCGTGTTGGCCCCAGCACCTACTCCACCCTCCTCAGGCATCCCAATCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTCCACCACCCCAGGCCTCAGGACCTCCACGGAGCCGCTCCTCTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120653 CCTCCACCACCCCAGGCCTCAGGACCTCCACGGAGCCGCTCCTCTAGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGCCGAGGCCACCCTGGGGCCCAGCAGCACAAGCAACGCCCTCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120703 GGCCGAGGCCACCCTGGGGCCCAGCAGCACAAGCAACGCCCTCTCCTGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGACGAGGAGCTACTCTGCTTGG         GCCTCGCCGACCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120753 TGGACGAGGAGCTACTCTGCTTGGGTG...CAGGCCTCGCCGACCCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCTAATGTTCCTCCCAAAGAGTCAGCTGGGAACAGCCAGTGGCACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121193 CCTAATGTTCCTCCCAAAGAGTCAGCTGGGAACAGCCAGTGGCACCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCAG         AGGGAACAGTCCGACCTGGACTTCTTCAGCCCCAGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121243 CCAGGTA...TAGAGGGAACAGTCCGACCTGGACTTCTTCAGCCCCAGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGGGGACCGCTGCCTGTGGCGCCTCCGACGCTCCTCTGCTCCAGCCCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 121517 CGGGGACCGCTGCCTGTGGCGCCTCCGATGCTCCTCTGCTCCAGCCCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCCCCCTCCTCAAGCAGCTCCCAAGCTCCACTGCCGCCTCCCTTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121567 GCCCCCTCCTCAAGCAGCTCCCAAGCTCCACTGCCGCCTCCCTTCCCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCCTGTGGTCCCAGCCAGTGTTCCTGCCCCCAGTGCGGGCTCCTCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121617 TCCTGTGGTCCCAGCCAGTGTTCCTGCCCCCAGTGCGGGCTCCTCCTTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTTCTACTGGAGTGGCCCCAGCCTTGGCCCCAAAAGTTGAGCCCGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121667 TTTCTACTGGAGTGGCCCCAGCCTTGGCCCCAAAAGTTGAGCCCGCAGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCTGGGCACCATGGCTTGGCGTTGGGCAACAGCGCGCTGCACCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121717 CCTGGGCACCATGGCTTGGCGTTGGGCAACAGCGCGCTGCACCACCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCCCTCGATCAGCTTCTAGAAGAGGCCAAAGT         GACCTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121767 TGCCCTCGATCAGCTTCTAGAAGAGGCCAAAGTGTA...CAGGACCTCGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCTTGGTGAAACCCACTACCTCCCCTCTCATCCCCACCACCACCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122025 GCTTGGTGAAACCCACTACCTCCCCTCTCATCCCCACCACCACCCCAGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGGCCCCTCCTGCCCTTCTCCACGGGGCCCGGCAGCCCGCTCTTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122075 AGGCCCCTCCTGCCCTTCTCCACGGGGCCCGGCAGCCCGCTCTTCCAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 ACTGAGTTTCCAGTCCCAGGGCAGCCCCCCGAAGGGGCCTGAGCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122125 ACTGAGTTTCCAGTCCCAGGGCAGCCCCCCGAAGGGGCCTGAGCTCTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGCCAGCATCCACGTGCCCCTGGAATCGATCAAGCCTA         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122175 TGGCCAGCATCCACGTGCCCCTGGAATCGATCAAGCCTAGTA...CAGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGTGCCCTTCCTGTGACAGCCTACGATAAAAACGGCTTCCGCATCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122507 AGTGCCCTTCCTGTGACAGCCTACGATAAAAACGGCTTCCGCATCCTCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCACTTTGCCAAGGAGTGTCCCCCAGGACGACCTGACGTGCTGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122557 CCACTTTGCCAAGGAGTGTCCCCCAGGACGACCTGACGTGCTGGTGGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGTGTCCATGCTGAACACGGCTCCCTTACCTGTCAAGAGCATCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122607 TGGTGTCCATGCTGAACACGGCTCCCTTACCTGTCAAGAGCATCGTGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CAGGCTGCAGTGCCCAAG         TCAATGAAAGTGAAGCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| |||||||
 122657 CAGGCTGCAGTGCCCAAGGTA...TAGTCAATGAAAGTGAAGTTGCAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ACCTTCTGGGACAGAACTCTCTCCATTTAGCCCCATCCAGCCACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122849 ACCTTCTGGGACAGAACTCTCTCCATTTAGCCCCATCCAGCCACCTGCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCATCACCCAGGTCATGTTGCTGGCCAATCCACTGAAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122899 CCATCACCCAGGTCATGTTGCTGGCCAATCCACTGAAGGTG...CAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AAGGTGCGGCTTCGGTATAAGCTGACCTTCGCCCTGGGGGAGCAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123202 AAGGTGCGGCTTCGGTATAAGCTGACCTTCGCCCTGGGGGAGCAGCTGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CACAGAGGTGGGCGAGGTGGACCAGTTCCCTCCTGTGGAACAGTGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123252 CACAGAGGTGGGCGAGGTGGACCAGTTCCCTCCTGTGGAACAGTGGGGGA

   2200     .
   2066 ACCTA
        |||||
 123302 ACCTA