seq1 = pF1KSDA0152.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KSDA0152/gi568815586f_120587297.tfa (gi568815586f:120587297_120796542), 209246 bp

>pF1KSDA0152 876
>gi568815586f:120587297_120796542 (Chr12)

1-235  (100001-100235)   100% ->
236-414  (106795-106973)   100% ->
415-591  (107528-107704)   100% ->
592-649  (107799-107856)   100% ->
650-876  (109020-109246)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGAGCCTGGGCGGTTGAGGGAACCGCTGTGGCGCTCCTGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGAGCCTGGGCGGTTGAGGGAACCGCTGTGGCGCTCCTGCGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCGGCGATCCGGGGACCCGGGCTCGGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCGGCGATCCGGGGACCCGGGCTCGGCGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGCGTGGCCGGCGCGGCGGGGGCCGGGCTGCCCGAGAGCGTCATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGCGTGGCCGGCGCGGCGGGGGCCGGGCTGCCCGAGAGCGTCATTTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGTCAACGCGGGTGGAGAGGCGCATGTGGACGTGCACGGGATCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGTCAACGCGGGTGGAGAGGCGCATGTGGACGTGCACGGGATCCACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCAAGGACCCTTTGGAAGGCCGGGTGGGCCGAG         CCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100201 CCGCAAGGACCCTTTGGAAGGCCGGGTGGGCCGAGGTG...CAGCCTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTATGGCATGAAACTGCCAATCCTGCGTTCCAACCCTGAGGACCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106801 ACTATGGCATGAAACTGCCAATCCTGCGTTCCAACCCTGAGGACCAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTATCAAACTGAGCGGTACAATGAGGAGACCTTTGGCTACGAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106851 CTGTATCAAACTGAGCGGTACAATGAGGAGACCTTTGGCTACGAAGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCAAAGAGGAGGGGGACTACGTGCTGGTCTTGAAATTTGCAGAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106901 CATCAAAGAGGAGGGGGACTACGTGCTGGTCTTGAAATTTGCAGAGGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACTTTGCACAGTCCCAGCAAAAG         GTATTTGATGTACGATTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106951 ACTTTGCACAGTCCCAGCAAAAGGTG...AAGGTATTTGATGTACGATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATGGCCACGTCGTGGTGAAGGACTTGGATATCTTTGATCGTGTTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107546 AATGGCCACGTCGTGGTGAAGGACTTGGATATCTTTGATCGTGTTGGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAGCACAGCTCACGATGAAATTATACCTATGAGCATCAGAAAGGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107596 TAGCACAGCTCACGATGAAATTATACCTATGAGCATCAGAAAGGGGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAGTGTCCAGGGGGAGGTGTCCACCTTCACAGGGAAACTCTACATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107646 TGAGTGTCCAGGGGGAGGTGTCCACCTTCACAGGGAAACTCTACATTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTGTCAAG         GGGTACTATGACAATCCCAAGGTCTGTGCACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107696 TTTGTCAAGGTA...TAGGGGTACTATGACAATCCCAAGGTCTGTGCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTACATCATGGCTGGGACAGTGGATG         ATGTACCAAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107831 CTACATCATGGCTGGGACAGTGGATGGTA...TAGATGTACCAAAGCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCCTCATCCGGGATTGGAGAAGAAAGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109035 AGCCTCATCCGGGATTGGAGAAGAAAGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATGATGAAGGGTCTAATCTCAAAAAACAGACCAATAAGAACCGGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109085 TATGATGAAGGGTCTAATCTCAAAAAACAGACCAATAAGAACCGGGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTCAGGCCCCCGCACACCCAACCCCTATGCCTCGGACAACAGCAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109135 GTCAGGCCCCCGCACACCCAACCCCTATGCCTCGGACAACAGCAGCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGTTTCCCATCCTGGTGGCCTTCGGAGTCTTCATTCCAACCCTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109185 TGTTTCCCATCCTGGTGGCCTTCGGAGTCTTCATTCCAACCCTCTTCTGC

    900     .    :
    865 CTCTGCCGGTTG
        ||||||||||||
 109235 CTCTGCCGGTTG