seq1 = pF1KSDA0146.tfa, 2745 bp
seq2 = pF1KSDA0146/gi568815590f_47179860.tfa (gi568815590f:47179860_47835447), 655588 bp

>pF1KSDA0146 2745
>gi568815590f:47179860_47835447 (Chr8)

1-33  (81100-81132)   100% ->
34-189  (100003-100158)   100% ->
190-256  (104169-104235)   100% ->
257-361  (111174-111278)   100% ->
362-525  (114008-114171)   100% ->
526-776  (216517-216767)   100% ->
777-877  (228002-228102)   100% ->
878-1097  (260464-260683)   100% ->
1098-1293  (415952-416147)   100% ->
1294-1544  (419087-419337)   100% ->
1545-1685  (493942-494082)   100% ->
1686-1773  (520544-520631)   100% ->
1774-1917  (521862-522005)   100% ->
1918-1977  (522097-522156)   100% ->
1978-2188  (532803-533013)   100% ->
2189-2341  (533630-533782)   100% ->
2342-2435  (547341-547434)   100% ->
2436-2550  (549074-549188)   100% ->
2551-2604  (549553-549606)   100% ->
2605-2745  (555448-555588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCGCGGCAGCCGCGCTCGGGGCTCTAAG         AGAAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  81100 ATGCCCCGCGGCAGCCGCGCTCGGGGCTCTAAGGTA...CAGAGAAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGTTGGAATACAGAATGCCCATCCTTTCCAGGAGAAAGACCACTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GAGTTGGAATACAGAATGCCCATCCTTTCCAGGAGAAAGACCACTGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGAAGAGCAGGTCTCAGGACAGCAGGGGCAGCTGCCTCTCTCTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TCAGAAGAGCAGGTCTCAGGACAGCAGGGGCAGCTGCCTCTCTCTCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATGGCTCAGGTGTGGAGAAGGGTTTCAGAACACTTCTGGGAATCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100111 GCATGGCTCAGGTGTGGAGAAGGGTTTCAGAACACTTCTGGGAATCCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        TCATTAACAGCTGAAGAGAAGACGATTACAGAAAAGCACCTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100161 A...CAGTCATTAACAGCTGAAGAGAAGACGATTACAGAAAAGCACCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTATGCCCTAGACCCAAGCAAG         AAACCACCACATCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104212 AATTATGCCCTAGACCCAAGCAAGGTA...CAGAAACCACCACATCTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCACCAGTGGGCTTACAGACATAACATGGAGCTCCAGTGGAAGTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111191 AGCACCAGTGGGCTTACAGACATAACATGGAGCTCCAGTGGAAGTGATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCGGATGAAGATAAGACACTTTCTCAGTTACAGAGAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111241 GTCGGATGAAGATAAGACACTTTCTCAGTTACAGAGAGGTA...TAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATTACAGTTTATCGACTGGGAGATTGACAGTGACAGGGCAGAGGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114011 AATTACAGTTTATCGACTGGGAGATTGACAGTGACAGGGCAGAGGCTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTGTGATGAATTTGAAGATGACGAGGGTGCTGTGGAAATCTCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114061 GACTGTGATGAATTTGAAGATGACGAGGGTGCTGTGGAAATCTCAGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTTCTTGTGCAAGTAATCAGTCTTTGACAAGTGATGAGAAGCTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114111 TGCTTCTTGTGCAAGTAATCAGTCTTTGACAAGTGATGAGAAGCTGTCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTTCCCAAG         CCAAGTTCTATAGAAATTTTAGAGTATTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114161 AGCTTCCCAAGGTA...CAGCCAAGTTCTATAGAAATTTTAGAGTATTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCAGATAGTGAAAAAGAAGATGATTTGGAAAATGTCCTACTCATTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216547 TCAGATAGTGAAAAAGAAGATGATTTGGAAAATGTCCTACTCATTGATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAATCCCCTCACAAATACCACGTGCAGTTTGCATCGGATGCAAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216597 AGAATCCCCTCACAAATACCACGTGCAGTTTGCATCGGATGCAAGACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTATGGAGAGACTGATAGATCCAAGGACAAAATCAACAGAGACCATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216647 TTATGGAGAGACTGATAGATCCAAGGACAAAATCAACAGAGACCATTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CATACACCTCAGAAACCCACAGCTAAGTTTCCCAGGACTCCAGAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216697 CATACACCTCAGAAACCCACAGCTAAGTTTCCCAGGACTCCAGAAAATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCAAAGAAGAAGCTTTTAAG         AGGTGGACTAGCAGAAAGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 216747 AGCAAAGAAGAAGCTTTTAAGGTT...CAGAGGTGGACTAGCAGAAAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAAATGGACTGCAGAATCGAGAGAGATCTGCTATTTCTTTGTGGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228022 TAAATGGACTGCAGAATCGAGAGAGATCTGCTATTTCTTTGTGGAGACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAATGTATTTCTTACCAAAAGACACTTTCAG         GTAGAAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 228072 CAATGTATTTCTTACCAAAAGACACTTTCAGGTA...TAGGTAGAAAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGTGTATTAACTGTGAAAATTTTAGAGCTGCATGAGGAATGTGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260474 TGGTGTATTAACTGTGAAAATTTTAGAGCTGCATGAGGAATGTGCCATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGTTGCCATGTGTGAGCAGTTATTGGGGTCACCAGCCACCAGCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260524 AAGTTGCCATGTGTGAGCAGTTATTGGGGTCACCAGCCACCAGCTCCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAAAGTGTGGCTCCCAGGCCTGGAGCTGGCCTGAAAGTTCTCTTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260574 CAAAGTGTGGCTCCCAGGCCTGGAGCTGGCCTGAAAGTTCTCTTCACCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGACTGCAGGCTACCTCAGGGGCCGTCCCCAGGACACTGTCCGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260624 GGAGACTGCAGGCTACCTCAGGGGCCGTCCCCAGGACACTGTCCGGATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCCCTCCCTG         GCAAAAACTGATTATTCCAAGTGGAAGTTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 260674 TCCCTCCCTGGTG...CAGGCAAAAACTGATTATTCCAAGTGGAAGTTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCTGTTATTCTGAATACTTACTTTTGTGAGAAAGTTGTTGCCAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415983 CCTGTTATTCTGAATACTTACTTTTGTGAGAAAGTTGTTGCCAAAGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTCAGAAAAAACTTGTGAAGTGTACTGTCCGGACATACCCCTTCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416033 TTCAGAAAAAACTTGTGAAGTGTACTGTCCGGACATACCCCTTCCAAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GAAGCATCTCTTTGGCCCAGATGTTTGTAATTAAGGGTCTAACAAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416083 GAAGCATCTCTTTGGCCCAGATGTTTGTAATTAAGGGTCTAACAAATAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCACCTGAAATCCAG         GTTGTGTGTAGTGGTGTAGCCACTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 416133 TCACCTGAAATCCAGGTA...CAGGTTGTGTGTAGTGGTGTAGCCACTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGGGACAGCCTGGACCCATGGGCACAAAGAAGCAAAACAGCGCATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419113 AGGGACAGCCTGGACCCATGGGCACAAAGAAGCAAAACAGCGCATCCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCAGCACTCCCCTGAGGGATTCTCTCCTGGATGTGGTGGAAAGCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419163 CCAGCACTCCCCTGAGGGATTCTCTCCTGGATGTGGTGGAAAGCCAGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCTGCCTCGTGGCCAGGAGCTGGAGTCCGAGTGGTGGTGCAAAGAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419213 GCTGCCTCGTGGCCAGGAGCTGGAGTCCGAGTGGTGGTGCAAAGAGTGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TTCTCTTCCCAGCAGAGACAGCACCAGGGGTCAGCAGGGGGCCAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419263 TTCTCTTCCCAGCAGAGACAGCACCAGGGGTCAGCAGGGGGCCAGCTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GACACACAGACCCAGCTGGAACTCG         AGCCTGCCTTCTGGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 419313 GACACACAGACCCAGCTGGAACTCGGTG...CAGAGCCTGCCTTCTGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CAAGATGCCTGTGGAATGTTCGGTGAAGTGCACTTGGAGTTCACCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 493958 CAAGATGCCTGTGGAATGTTCGGTGAAGTGCACTTGGAGTTCACCATGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GAAGGCAAGACAGTTGGAAGGGAAGTCTTGCAGCCTGGTGGGAATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494008 GAAGGCAAGACAGTTGGAAGGGAAGTCTTGCAGCCTGGTGGGAATGAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTCTACAGAAAGTCACCAGAGGAAG         GACAGCGGGGATTTTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 494058 TTCTACAGAAAGTCACCAGAGGAAGGTG...CAGGACAGCGGGGATTTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGTTTGATTGACACCCTGTGGCCCCCAGCGATACCTCTGAAAACACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 520560 AGTTTGATTGACACCCTGTGGCCCCCAGCGATACCTCTGAAAACACCTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCGCGACCAGCCCTGTGAAGAG         ATAAAAACTCATCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 520610 CCGCGACCAGCCCTGTGAAGAGGTA...CAGATAAAAACTCATCTGCCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTCCAGCCTTGTGTTACATCCTCACAGCTCATCCAAATCTGGGACAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 521881 CTCCAGCCTTGTGTTACATCCTCACAGCTCATCCAAATCTGGGACAAATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GATATAATTGACGAAGACCCCATTTATAAGCTTTACCAGCCTCCAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 521931 GATATAATTGACGAAGACCCCATTTATAAGCTTTACCAGCCTCCAGTTAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CCGCTGCTTAAGAGACATTCTCCAG         ATGAATGATCTTGGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 521981 CCGCTGCTTAAGAGACATTCTCCAGGTA...CAGATGAATGATCTTGGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCCGTTGCAGTTTCTATGCCACGGTGATTTACCAAAAACCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 522113 CCCGTTGCAGTTTCTATGCCACGGTGATTTACCAAAAACCACAGGTA...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1978    CTGAAGAGTCTGCTGCTTCTGGAGCAAAGGGAGATCTGGCTGCTAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532800 TAGCTGAAGAGTCTGCTGCTTCTGGAGCAAAGGGAGATCTGGCTGCTAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GACCGATGTCACTCTGCAAACGAAGGAGGAGAGAGACCCCAGGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532850 GACCGATGTCACTCTGCAAACGAAGGAGGAGAGAGACCCCAGGCTCCCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AAACCCTGCTGGTCTATGTGGCCCCCTTGTGTGTGCTGGGCTCTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532900 AAACCCTGCTGGTCTATGTGGCCCCCTTGTGTGTGCTGGGCTCTGAAGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CTGGAGGCACTCGCTGGGGCTGCCCCTCACAGCCTCTTCTTCAAGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532950 CTGGAGGCACTCGCTGGGGCTGCCCCTCACAGCCTCTTCTTCAAGGACGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TCTCCGTGACCAGG         GTCGGATTGTTTGTGCTGAACGAACTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 533000 TCTCCGTGACCAGGGTG...CAGGTCGGATTGTTTGTGCTGAACGAACTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TCCTCTTGCTTCAGAAGCCCCTTTTGAGTGTGGTCTCTGGTGCAAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533657 TCCTCTTGCTTCAGAAGCCCCTTTTGAGTGTGGTCTCTGGTGCAAGTTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TGTGAGCTGCCTGGCCCGGTGATGCTCGACAGCCTGGACTCTGCAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 533707 TGTGAGCTGCCTGGCCCGGTGATGCTCGACAGCCTGGACTCTGCAACACC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TGTCAACTCCATCTGCAGTGTTCAAG         GCACTGTGGTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 533757 TGTCAACTCCATCTGCAGTGTTCAAGGTA...TAGGCACTGTGGTTGGCG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TGGACGAGAGCACTGCTTTCTCATGGCCTGTGTGTGACATGTGTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 547356 TGGACGAGAGCACTGCTTTCTCATGGCCTGTGTGTGACATGTGTGGCAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GGGAGATTGGAACAGAGGCCGGAAGACAG         AGGCGCCTTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 547406 GGGAGATTGGAACAGAGGCCGGAAGACAGGTA...CAGAGGCGCCTTTTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CTGTGGGGACTGCTCCCGGGTGGTCACATCTCCTGTTCTCAAGAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549086 CTGTGGGGACTGCTCCCGGGTGGTCACATCTCCTGTTCTCAAGAGGCACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TGCAGGTCTTCCTGGACTGCCGCTCAAGACCGCAGTGCAGAGTGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549136 TGCAGGTCTTCCTGGACTGCCGCTCAAGACCGCAGTGCAGAGTGAAGGTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 AAG         CTGTTGCAGCGCAGCATTTCCTCCCTGCTGAGGTTTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549186 AAGGTA...CAGCTGTTGCAGCGCAGCATTTCCTCCCTGCTGAGGTTTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 CGCCGGTGAAGATGGG         AGCTACGAAGTGAAGAGTGTCCTCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 549591 CGCCGGTGAAGATGGGGTA...CAGAGCTACGAAGTGAAGAGTGTCCTCG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 GAAAGGAAGTGGGGTTGTTAAATTGTTTTGTCCAGTCCGTAACCGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 555473 GAAAGGAAGTGGGGTTGTTAAATTGTTTTGTCCAGTCCGTAACCGCCCAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 CCGACCAGCTGCATTGGATTGGAGGAAATCGAGCTTCTGAGTGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 555523 CCGACCAGCTGCATTGGATTGGAGGAAATCGAGCTTCTGAGTGCAGGAGG

   2900     .    :    .
   2730 GGCCTCTGCAGAACAC
        ||||||||||||||||
 555573 GGCCTCTGCAGAACAC