seq1 = pF1KSDA0142.tfa, 1938 bp
seq2 = pF1KSDA0142/gi568815585f_111117682.tfa (gi568815585f:111117682_111403110), 285429 bp

>pF1KSDA0142 1938
>gi568815585f:111117682_111403110 (Chr13)

1-199  (100001-100199)   99% ->
200-288  (115524-115612)   100% ->
289-383  (126191-126285)   100% ->
384-479  (126518-126613)   100% ->
480-602  (149867-149989)   100% ->
603-741  (156133-156271)   100% ->
742-801  (157050-157109)   100% ->
802-948  (157851-157997)   100% ->
949-1035  (159906-159992)   100% ->
1036-1114  (162591-162669)   100% ->
1115-1254  (162857-162996)   100% ->
1255-1479  (165458-165682)   100% ->
1480-1573  (168466-168559)   100% ->
1574-1663  (170673-170762)   100% ->
1664-1763  (183067-183166)   100% ->
1764-1818  (183797-183851)   100% ->
1819-1938  (185310-185429)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGACAATAGCAACAATCAACTGGTAGTAAGAGCAAAGTTTAACTT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGATAATAGCAACAATCAACTGGTAGTAAGAGCAAAGTTTAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCAGACCAATGAGGACGAGCTTTCCTTCTCAAAAGGAGACGTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCAGACCAATGAGGACGAGCTTTCCTTCTCAAAAGGAGACGTCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTCACCCGTGTGGAAGAGGGAGGCTGGTGGGAGGGCACACTCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTCACCCGTGTGGAAGAGGGAGGCTGGTGGGAGGGCACACTCAACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGACCGGCTGGTTCCCCAGCAACTACGTGCGCGAGGTCAAGGCCAGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100151 CGGACCGGCTGGTTCCCCAGCAACTACGTGCGCGAGGTCAAGGCCAGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200         AGAAGCCTGTGTCTCCCAAATCAGGAACACTGAAGAGCCCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TA...CAGAGAAGCCTGTGTCTCCCAAATCAGGAACACTGAAGAGCCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAAGGATTTGATACGACTGCCATAAACAAAAGCTATTACAATGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115566 CCAAAGGATTTGATACGACTGCCATAAACAAAAGCTATTACAATGTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GTGCTACAGAATATTTTAGAAACAGAAAATGAATATTCTAAAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115616 ...TAGGTGCTACAGAATATTTTAGAAACAGAAAATGAATATTCTAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTTCAGACTGTGCTTTCAACGTACCTACGGCCATTGCAGACCAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126235 ACTTCAGACTGTGCTTTCAACGTACCTACGGCCATTGCAGACCAGTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 A         GTTAAGTTCAGCAAACATTTCATATTTAATGGGAAATCTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126285 AGTA...TAGGTTAAGTTCAGCAAACATTTCATATTTAATGGGAAATCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGAAATATGTTCTTTCCAGCAAATGCTCGTACAGTCTTTAGAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126558 GAAGAAATATGTTCTTTCCAGCAAATGCTCGTACAGTCTTTAGAAGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACCAA         GTTGCCCGAAGCTCAGCAGAGAGTCGGAGGCTGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126608 CACCAAGTA...CAGGTTGCCCGAAGCTCAGCAGAGAGTCGGAGGCTGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTTTAAACCTGATGCCACAGATGAAAACCCTGTACCTCACGTATTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149902 TTTTAAACCTGATGCCACAGATGAAAACCCTGTACCTCACGTATTGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATCACCCTTCTGCAGTGAATGTCCTCACGGAACACAG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 149952 AATCACCCTTCTGCAGTGAATGTCCTCACGGAACACAGGTG...CAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGTTGGGGGAGTTCATGGAGACCAAAGGTGCCAGCAGCCCTGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156136 GGAGTTGGGGGAGTTCATGGAGACCAAAGGTGCCAGCAGCCCTGGGATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGTGCTGACCACGGGCCTGAGCAAACCCTTCATGCGCCTGGATAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156186 TCGTGCTGACCACGGGCCTGAGCAAACCCTTCATGCGCCTGGATAAATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTACGCTGCTCAAAGAGCTCGAGAGACACATGGAG         GATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 156236 CCTACGCTGCTCAAAGAGCTCGAGAGACACATGGAGGTA...AAGGATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCATACAGATAGACAAGATATTCAAAAATCCATGGCTGCCTTCAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157055 TCATACAGATAGACAAGATATTCAAAAATCCATGGCTGCCTTCAAAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTCA         GCCCAATGTCAAGAAGTCCGGAAGAGGAAAGAGCTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157105 TTTCAGTA...CAGGCCCAATGTCAAGAAGTCCGGAAGAGGAAAGAGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGCTGCAGATCCTGACGGAAGCCATCCGGAACTGGGAGGGCGATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157887 GAGCTGCAGATCCTGACGGAAGCCATCCGGAACTGGGAGGGCGATGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAAACTCTGGGCAACGTCACTTACATGTCCCAGGTCCTGATTCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157937 TAAAACTCTGGGCAACGTCACTTACATGTCCCAGGTCCTGATTCAGTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGGAAGTGAG         GAAAAGAATGAAAGATATCTTCTACTCTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 157987 CCGGAAGTGAGGTA...TAGGAAAAGAATGAAAGATATCTTCTACTCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCAAATGTTTTGCTAATGTTGTCTGCCAGTCCTAGGATGAGTGGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159936 CCAAATGTTTTGCTAATGTTGTCTGCCAGTCCTAGGATGAGTGGCTTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTATCAG         GGAAAGCTTCCAACGACAGGAATGACAATCACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159986 CTATCAGGTA...TAGGGAAAGCTTCCAACGACAGGAATGACAATCACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTTGAGGACAGTGAAAATCATAGAAATGCATTTGAAATATCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 162625 AGCTTGAGGACAGTGAAAATCATAGAAATGCATTTGAAATATCAGGTG..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115     GGAGCATGATTGAGCGGATATTAGTGTCGTGCAACAACCAGCAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162675 .TAGGGAGCATGATTGAGCGGATATTAGTGTCGTGCAACAACCAGCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCTGCAGGAATGGGTGGAGCACCTACAGAAGCAAACGAAGGTCACGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162903 TCTGCAGGAATGGGTGGAGCACCTACAGAAGCAAACGAAGGTCACGTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGGAAACCCCACCATAAAGCCTCATTCAGTGCCATCTCATACC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 162953 TGGGAAACCCCACCATAAAGCCTCATTCAGTGCCATCTCATACCGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1255    CTCCCCTCCCACCCGGTCACTCCGTCCAGCAAGCACGCAGACAGCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165455 CAGCTCCCCTCCCACCCGGTCACTCCGTCCAGCAAGCACGCAGACAGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCCCGCGCCGCTGACGCCCGCCTACCACACGCTGCCCCACCCCTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165505 GCCCGCGCCGCTGACGCCCGCCTACCACACGCTGCCCCACCCCTCCCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACGGCACCCCGCACACCACCATCAACTGGGGACCCCTGGAGCCTCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165555 ACGGCACCCCGCACACCACCATCAACTGGGGACCCCTGGAGCCTCCGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACACCCAAGCCCTGGAGCCTGAGCTGCCTGCGGCCCGCGCCTCCCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165605 ACACCCAAGCCCTGGAGCCTGAGCTGCCTGCGGCCCGCGCCTCCCCTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCCTCAGCTGCTCTCTGCTACAAGGAG         GATCTTAGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 165655 GCCCTCAGCTGCTCTCTGCTACAAGGAGGTG...TAGGATCTTAGTAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCCCTAAGACCATGAAAAAGCTGCTGCCCAAGCGCAAACCTGAACGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168479 GCCCTAAGACCATGAAAAAGCTGCTGCCCAAGCGCAAACCTGAACGGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCTTCAGATGAGGAGTTCGCGTCCCGGAAAA         GCACAGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 168529 CCTTCAGATGAGGAGTTCGCGTCCCGGAAAAGTG...CAGGCACAGCTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TTTGGAAGAAGATGCTCAGATTCTGAAAGTCATTGAAGCTTACTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170683 TTTGGAAGAAGATGCTCAGATTCTGAAAGTCATTGAAGCTTACTGCACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCGCCAAAACAAGGCAAACACTCAATTCAA         GTTCACGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 170733 GCGCCAAAACAAGGCAAACACTCAATTCAAGTA...TAGGTTCACGCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAATCTGCTCCACAAGTTTTGCTTCCAGAAGAAGAGAAAATTATAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183078 GAATCTGCTCCACAAGTTTTGCTTCCAGAAGAAGAGAAAATTATAGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGAAACTAAAAGTAATGGTCAGACAGTGATAGAAGAAAA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 183128 AGAAACTAAAAGTAATGGTCAGACAGTGATAGAAGAAAAGTA...CAGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GTCTTGTGGATACCGTATATGCATTAAAGGATGAAGTTCAAGAATTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183799 GTCTTGTGGATACCGTATATGCATTAAAGGATGAAGTTCAAGAATTAAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CAG         GACAACAAAAAGATGAAGAAATCTCTAGAGGAAGAACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183849 CAGGTA...CAGGACAACAAAAAGATGAAGAAATCTCTAGAGGAAGAACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GAGAGCCCGCAAAGACCTGGAGAAGCTGGTGAGGAAAGTCCTGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185348 GAGAGCCCGCAAAGACCTGGAGAAGCTGGTGAGGAAAGTCCTGAAGAACA

   2050     .    :    .    :    .    :
   1907 TGAATGATCCTGCCTGGGATGAGACCAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 185398 TGAATGATCCTGCCTGGGATGAGACCAATCTA