seq1 = pF1KSDA0141.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KSDA0141/gi568815593f_141824579.tfa (gi568815593f:141824579_142038756), 214178 bp

>pF1KSDA0141 1545
>gi568815593f:141824579_142038756 (Chr5)

1-31  (99364-99394)   100% ->
32-146  (100003-100117)   100% ->
147-264  (100832-100949)   100% ->
265-412  (103573-103720)   100% ->
413-571  (105004-105162)   100% ->
572-657  (105411-105496)   100% ->
658-754  (105600-105696)   100% ->
755-897  (108681-108823)   100% ->
898-1056  (109662-109820)   100% ->
1057-1149  (109916-110008)   100% ->
1150-1309  (112620-112779)   100% ->
1310-1545  (113943-114178)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCGCCTCCCGGGACTCCTGGGCCGAG         CTCTTCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99364 ATGTGGCGCCTCCCGGGACTCCTGGGCCGAGGTA...CAGCTCTTCCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TACACTGGGACCTAGCCTCTGGAGGGTGACTCCTAAGTCCACCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TACACTGGGACCTAGCCTCTGGAGGGTGACTCCTAAGTCCACCAGCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGGCCTCAGACTACCTCCTCCACTTTGCTGGTTCCTGTGCCTAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 ATGGGCCTCAGACTACCTCCTCCACTTTGCTGGTTCCTGTGCCTAACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAG         GTCAGGTCCCCATGGCCCAGGCACGAGCGGGGGTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 GACAGGTA...TAGGTCAGGTCCCCATGGCCCAGGCACGAGCGGGGGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGGTCCCATGGATGGAAGGATGCCTTCCAATGGATGTCTTCCCGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 AAGGTCCCATGGATGGAAGGATGCCTTCCAATGGATGTCTTCCCGTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCCGAACACCCTATGGGATGCCATATCTTGG         GGCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100918 CCCCGAACACCCTATGGGATGCCATATCTTGGGTA...CAGGGCACTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCGTGCTGGCCCTGCAGCTGGCAAGGCAGATCCACTTCCAGGCATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103582 GCCGTGCTGGCCCTGCAGCTGGCAAGGCAGATCCACTTCCAGGCATCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCCAGCAGGACCTCAGCGGGTAGAACACTGCTCCTGGCACAGTCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103632 GCCAGCAGGACCTCAGCGGGTAGAACACTGCTCCTGGCACAGTCCCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCGTTTCTTCTCATCTCCCTTGTGGCACCCATGCTCCT         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103682 ACCGTTTCTTCTCATCTCCCTTGTGGCACCCATGCTCCTGTG...CAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCGACAACACATCCTCCCCAGCCCCGATGGCCCAGCTCCCAGGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105006 CTGCGACAACACATCCTCCCCAGCCCCGATGGCCCAGCTCCCAGGCACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGCCTCAGGGAACCCAGGCTTGGCCAGGAAGAAGCCTCAGCTCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105056 TGGCCTCAGGGAACCCAGGCTTGGCCAGGAAGAAGCCTCAGCTCAGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGAACTTCTCACACAACTCTTTGAGAGGAGCTCGTCCTCAGGACCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105106 GGAACTTCTCACACAACTCTTTGAGAGGAGCTCGTCCTCAGGACCCCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGAAG         GTCCCGGTGATTTTGGCTTCCTGCATGCCAGTAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105156 GAGGAAGGTA...CAGGTCCCGGTGATTTTGGCTTCCTGCATGCCAGTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAGCATCGAGTCCGAGGCAAAACCAGCCCAGCCTCAGCCCACTGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105445 TAGCATCGAGTCCGAGGCAAAACCAGCCCAGCCTCAGCCCACTGGTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         GAACAAGATAAATCAAAAACTCTTTCCCTTGAGGAGGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105495 AGGTA...CAGGAACAAGATAAATCAAAAACTCTTTCCCTTGAGGAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGACTTCCATTCAGCAGCTCTTCCAGCTCAGTGTTTCCATCGCTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105639 GTGACTTCCATTCAGCAGCTCTTCCAGCTCAGTGTTTCCATCGCTTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCCTGG         GAACAGAGAACATGAAGAGTGGCGACCACACGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105689 CTTCCTGGGTA...CAGGAACAGAGAACATGAAGAGTGGCGACCACACGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGCCTTTTCTTACTTCCAGAAAGCTGCAGCCCGCGGCTACAGCAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108714 CAGCCTTTTCTTACTTCCAGAAAGCTGCAGCCCGCGGCTACAGCAAAGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGTACAATGCGGGCTTGTGTCATGAGCATGGCAGAGGCACCCCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108764 CAGTACAATGCGGGCTTGTGTCATGAGCATGGCAGAGGCACCCCCAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATTAGCAAG         GCGGTCCTTTATTATCAGTTGGCTGCCAGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108814 CATTAGCAAGGTA...CAGGCGGTCCTTTATTATCAGTTGGCTGCCAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGGCCACAGCCTGGCTCAGTACCGCTATGCCAGGTGCCTACTACGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109693 AGGGCCACAGCCTGGCTCAGTACCGCTATGCCAGGTGCCTACTACGAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCAGCCTCTTCGTGGAACCCTGAGCGGCAGAGGGCAGTGTCCTTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109743 CCAGCCTCTTCGTGGAACCCTGAGCGGCAGAGGGCAGTGTCCTTGCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCAGGCTGCAGACTCAGGCTTGAGAGAG         GCCCAAGCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109793 GCAGGCTGCAGACTCAGGCTTGAGAGAGGTG...CAGGCCCAAGCTTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCGGGGTGCTTTTCACCAAGGAGCCCTACCTGGATGAGCAGAGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109929 TCGGGGTGCTTTTCACCAAGGAGCCCTACCTGGATGAGCAGAGAGCTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAATATCTTTGGCTTGCAGCCAACAATGGG         GACTCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109979 AAATATCTTTGGCTTGCAGCCAACAATGGGGTA...TAGGACTCACAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAGGTACCACCTTGGAATTTGCTATGAGAAAGGCCTTGGTGTGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112631 CAGGTACCACCTTGGAATTTGCTATGAGAAAGGCCTTGGTGTGCAGAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATCTGGGAGAGGCCTTGAGATGTTACCAGCAGTCAGCCGCTCTGGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112681 ATCTGGGAGAGGCCTTGAGATGTTACCAGCAGTCAGCCGCTCTGGGAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGCCGCCCAGGAGAGGCTGCGAGCCCTCTTTTCCATGGGGGCTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112731 GAGGCCGCCCAGGAGAGGCTGCGAGCCCTCTTTTCCATGGGGGCTGCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310         CCCCGGGGCCCAGCGACCTGACAGTTACAGGACTGAAGTCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112781 TA...TAGCCCCGGGGCCCAGCGACCTGACAGTTACAGGACTGAAGTCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCTCCAGCCCCTCCCTCTGCAGCTTGAACACCCTGCTAGCAGGAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113985 TCTCCAGCCCCTCCCTCTGCAGCTTGAACACCCTGCTAGCAGGAACCTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CGCCTACCACATGCCTCGAGCACAGGCAACCTTGGCCTCCTCTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114035 CGCCTACCACATGCCTCGAGCACAGGCAACCTTGGCCTCCTCTGCAGAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGGGCATCTCGGAGCCAGCCTGGAAGCCTCCAGCAGGGCTATTCCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114085 TGGGCATCTCGGAGCCAGCCTGGAAGCCTCCAGCAGGGCTATTCCCCCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACCCCTACCCACTGGAAAGGAGTGTTGTAAGACTAGGTTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114135 ACCCCTACCCACTGGAAAGGAGTGTTGTAAGACTAGGTTTTGGC