seq1 = pF1KSDA0137.tfa, 2298 bp
seq2 = pF1KSDA0137/gi568815596r_170893783.tfa (gi568815596r:170893783_171260428), 366646 bp

>pF1KSDA0137 2298
>gi568815596r:170893783_171260428 (Chr2)

(complement)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-258  (142572-142690)   100% ->
259-330  (177577-177648)   100% ->
331-406  (199273-199348)   100% ->
407-453  (202232-202278)   100% ->
454-549  (203863-203958)   100% ->
550-639  (205257-205346)   100% ->
640-732  (206576-206668)   100% ->
733-843  (210255-210365)   100% ->
844-980  (210479-210615)   100% ->
981-1169  (214067-214255)   100% ->
1170-1236  (232024-232090)   100% ->
1237-1334  (245481-245578)   100% ->
1335-1416  (248975-249056)   100% ->
1417-1508  (253366-253457)   100% ->
1509-1598  (253540-253629)   100% ->
1599-1768  (253786-253955)   100% ->
1769-1904  (254147-254282)   100% ->
1905-2016  (262606-262717)   100% ->
2017-2124  (263669-263776)   100% ->
2125-2298  (266473-266646)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGTCCAAAGTAGCAGTGGAAGTTTGGAGGGGCCGCCATCTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGTCCAAAGTAGCAGTGGAAGTTTGGAGGGGCCGCCATCTTGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCTCTCCACGTCTCCAACCCCGGGCTCGGCGGCGGCGGCCAGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCTCTCCACGTCTCCAACCCCGGGCTCGGCGGCGGCGGCCAGGTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGAATCACACGCCGCCATCCGGGAGGCCCAGGGAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 TGCTGAATCACACGCCGCCATCCGGGAGGCCCAGGGAAGGTA...TAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAATGGATGAGCTTCATAGTCTGGATCCAAGAAGGCAAGAGTTATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142574 GCAATGGATGAGCTTCATAGTCTGGATCCAAGAAGGCAAGAGTTATTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCTAGATTTACTGGAGTTGCAAGTGGGAGCACTGGAAGTACGGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142624 AGCTAGATTTACTGGAGTTGCAAGTGGGAGCACTGGAAGTACGGGCAGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGTGTTGGAGCTAAA         GCCTCAACAAATAACGAAAGCTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 142674 GCAGTGTTGGAGCTAAAGTG...CAGGCCTCAACAAATAACGAAAGCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATCACAGTTTTGGAAGCTTGGGATCTTTAAGTGACAAAGAATCAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 177601 AATCACAGTTTTGGAAGCTTGGGATCTTTAAGTGACAAAGAATCAGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        ACACCGGAGAAGAAACAATCGGAATCATCCAGGGGAAGAAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177651 A...TAGACACCGGAGAAGAAACAATCGGAATCATCCAGGGGAAGAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAAAGCAGAAAACCAGAATGAAAGTAGTCAGG         GAAAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 199316 GAAAAGCAGAAAACCAGAATGAAAGTAGTCAGGGTA...TAGGAAAAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTGGGGGACGTGGCCACAAAATTAGCGACTATTTTGAA         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 202240 ATTGGGGGACGTGGCCACAAAATTAGCGACTATTTTGAAGTA...CAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCAGGGTGGAAATGGCTCAAGTCCAGTAAGAGGCATACCTCCTGCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203865 CCAGGGTGGAAATGGCTCAAGTCCAGTAAGAGGCATACCTCCTGCAATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTTCTCCTCAAAATTCACATTCACATTCCACTCCTTCCTCATCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 203915 GTTCTCCTCAAAATTCACATTCACATTCCACTCCTTCCTCATCTGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550    GTTCGACCGAATAGCCCTTCTCCTACTGCATTAGCATTTGGGGACCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205254 TAGGTTCGACCGAATAGCCCTTCTCCTACTGCATTAGCATTTGGGGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCCTATTGTACAACCAAAGCAATTATCCTTTAAAATTATTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 205304 CCCTATTGTACAACCAAAGCAATTATCCTTTAAAATTATTCAGGTA...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640   ACTGATCTCACAATGCTGAAATTAGCAGCATTAGAAAGTAATAAAATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206574 AGACTGATCTCACAATGCTGAAATTAGCAGCATTAGAAAGTAATAAAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAGGACCTGGAAAAGAAGGAGGGACGTATAGATGATTTGCTCAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 206624 CAGGACCTGGAAAAGAAGGAGGGACGTATAGATGATTTGCTCAGGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733     GCTAACTGTGATCTCAGACGGCAAATAGATGAACAACAAAAATTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206674 .TAGGCTAACTGTGATCTCAGACGGCAAATAGATGAACAACAAAAATTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGAAAAATACAAAGAACGATTAAATAAGTGCATATCAATGAGCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210301 TTGAAAAATACAAAGAACGATTAAATAAGTGCATATCAATGAGCAAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTTCTTATTGAAAAG         AGTACACAAGAAAAGCTGTCAAGCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 210351 CTTCTTATTGAAAAGGTA...CAGAGTACACAAGAAAAGCTGTCAAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGAGAAGAGTATGCAAGATCGATTACGCCTCGGGCACTTTACAACAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210505 AGAGAAGAGTATGCAAGATCGATTACGCCTCGGGCACTTTACAACAGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GACATGGCGCTTCATTTACTGAACAATGGACAGATGGTTTTGCATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210555 GACATGGCGCTTCATTTACTGAACAATGGACAGATGGTTTTGCATTTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATCTTGTGAA         GCAACAAGAATGGGTGAATCAGCAAAGGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 210605 AATCTTGTGAAGTT...CAGGCAACAAGAATGGGTGAATCAGCAAAGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGATATTGAAAGGCAAAGGAAACTTCTAGCCAAACGCAAACCTCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214097 AGATATTGAAAGGCAAAGGAAACTTCTAGCCAAACGCAAACCTCCCACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTAATAATTCTCAGGCACCCTCTACCAATTCTGAACCAAAACAAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214147 CTAATAATTCTCAGGCACCCTCTACCAATTCTGAACCAAAACAAAGGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AACAAAGCAGTCAATGGAGCAGAGAATGATCCCTTTGTTAGACCAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214197 AACAAAGCAGTCAATGGAGCAGAGAATGATCCCTTTGTTAGACCAAATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACCACAACT         GTTGACTTTGGCAGAATATCATGAACAGGAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 214247 ACCACAACTGTA...CAGGTTGACTTTGGCAGAATATCATGAACAGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAATTTTCAAACTTAGACTAGGACATCTCAAAAAG         GAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 232056 AAATTTTCAAACTTAGACTAGGACATCTCAAAAAGGTA...CAGGAAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCAGAAATCCAGGCAGAACTTGAACGTTTGGAAAGAGTCAGAAATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245487 GCAGAAATCCAGGCAGAACTTGAACGTTTGGAAAGAGTCAGAAATCTTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CATACGTGAGCTGAAAAGAATAAACAATGAAGATAATTCACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 245537 CATACGTGAGCTGAAAAGAATAAACAATGAAGATAATTCACAGTA...AA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1335  GTTCAAAGATCACCCAACATTAAATGAAAGATATTTATTACTTCATCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248974 GGTTCAAAGATCACCCAACATTAAATGAAAGATATTTATTACTTCATCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTTGGTAGAGGTGGCTTTAGTGAAGTGTATAAG         GCTTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 249024 CTTGGTAGAGGTGGCTTTAGTGAAGTGTATAAGGTA...TAGGCTTTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CCTTTATGAACAAAGATATGCTGCTGTGAAGATACATCAGCTTAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253374 CCTTTATGAACAAAGATATGCTGCTGTGAAGATACATCAGCTTAATAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GCTGGAGAGATGAGAAGAAAGAAAACTACCACAA         ACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 253424 GCTGGAGAGATGAGAAGAAAGAAAACTACCACAAGTA...TAGACATGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TGCAGAGAGTATAGAATACACAAAGAACTGGATCACCCCAGAATAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253547 TGCAGAGAGTATAGAATACACAAAGAACTGGATCACCCCAGAATAGTTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 ACTCTATGATTATTTCTCCTTGGATACAGATAC         GTTTTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 253597 ACTCTATGATTATTTCTCCTTGGATACAGATACGTA...TAGGTTTTGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CAGTGTTAGAATACTGTGAAGGCAATGACTTGGATTTCTATCTGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253794 CAGTGTTAGAATACTGTGAAGGCAATGACTTGGATTTCTATCTGAAGCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CACAAGTTAATGTCAGAGAAAGAAGCTCGGTCTATTGTAATGCAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253844 CACAAGTTAATGTCAGAGAAAGAAGCTCGGTCTATTGTAATGCAGATTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 AAATGCACTAAGATATCTCAATGAGATCAAACCCCCTATTATACATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253894 AAATGCACTAAGATATCTCAATGAGATCAAACCCCCTATTATACATTATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ATCTTAAGCCAG         GAAACATCCTACTGGTAGATGGAACAGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 253944 ATCTTAAGCCAGGTA...TAGGAAACATCCTACTGGTAGATGGAACAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 TGTGGTGAAATCAAAATCACTGATTTTGGTCTGTCCAAGATTATGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254176 TGTGGTGAAATCAAAATCACTGATTTTGGTCTGTCCAAGATTATGGATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TGATAGCTATGGTGTAGATGGAATGGATCTAACTTCCCAGGGGGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254226 TGATAGCTATGGTGTAGATGGAATGGATCTAACTTCCCAGGGGGCAGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTTACTG         GTATTTACCTCCTGAGTGTTTTGTAGTTGGAAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254276 CTTACTGGTA...CAGGTATTTACCTCCTGAGTGTTTTGTAGTTGGAAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GAGCCACCAAAGATTTCCAACAAGGTTGATGTATGGTCGGTTGGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262640 GAGCCACCAAAGATTTCCAACAAGGTTGATGTATGGTCGGTTGGAGTCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CTTCTTTCAGTGTCTTTATGGTAGAAAG         CCATTTGGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 262690 CTTCTTTCAGTGTCTTTATGGTAGAAAGGTA...AAGCCATTTGGTCACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 ATCAATCTCAACAAGACATTCTTCAAGAAAATACAATATTAAAAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263682 ATCAATCTCAACAAGACATTCTTCAAGAAAATACAATATTAAAAGCCACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 GAAGTCCAGTTCCCTGTAAAACCGGTTGTAAGCAGTGAAGCCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 263732 GAAGTCCAGTTCCCTGTAAAACCGGTTGTAAGCAGTGAAGCCAAGGTA..

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125     GCATTTATAAGACGCTGTTTGGCATATCGAAAAGAAGATCGATTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263782 .GAGGCATTTATAAGACGCTGTTTGGCATATCGAAAAGAAGATCGATTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 ATGTGCACCAGCTGGCAAATGACCCATACCTTCTCCCACACATGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266519 ATGTGCACCAGCTGGCAAATGACCCATACCTTCTCCCACACATGAGAAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 TCAAATTCTTCAGGAAACCTACACATGGCTGGGCTGACAGCATCCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266569 TCAAATTCTTCAGGAAACCTACACATGGCTGGGCTGACAGCATCCCCTAC

   2450     .    :    .    :    .
   2271 ACCCCCTTCTTCAAGCATAATTACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 266619 ACCCCCTTCTTCAAGCATAATTACTTAC