seq1 = pF1KSDA0126.tfa, 3219 bp
seq2 = pF1KSDA0126/gi568815587f_118265081.tfa (gi568815587f:118265081_118496437), 231357 bp

>pF1KSDA0126 3219
>gi568815587f:118265081_118496437 (Chr11)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-295  (103551-103724)   100% ->
296-408  (104343-104455)   100% ->
409-561  (106434-106586)   100% ->
562-742  (107427-107607)   99% ->
743-945  (108006-108208)   100% ->
946-1137  (108414-108605)   100% ->
1138-1471  (109816-110149)   100% ->
1472-1592  (111494-111614)   100% ->
1593-1897  (114366-114670)   100% ->
1898-2030  (116311-116443)   100% ->
2031-2218  (117509-117696)   100% ->
2219-2319  (119555-119655)   100% ->
2320-2433  (119752-119865)   100% ->
2434-2608  (121358-121532)   100% ->
2609-2789  (124645-124825)   100% ->
2790-2937  (125577-125724)   100% ->
2938-3095  (127658-127815)   100% ->
3096-3219  (131234-131357)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGACCAGGAGAATAACAACAACATCTCAAGTAACCCCTTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGACCAGGAGAATAACAACAACATCTCAAGTAACCCCTTTGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTTTGGCTCCCTGGCTGATGCCAAACAGTTTGCGGCAATCCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTTTGGCTCCCTGGCTGATGCCAAACAGTTTGCGGCAATCCAAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGCTGAAGCAACAATCTG         ATGAACTCCCAGCTAGCCCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGCTGAAGCAACAATCTGGTA...CAGATGAACTCCCAGCTAGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGACTCGGATAATAGCGTGTCAGAGAGCCTGGATGAATTCGATTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103571 GATGACTCGGATAATAGCGTGTCAGAGAGCCTGGATGAATTCGATTACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGCTGAGATTAGCCGCTCATTCCGATCACAGCAGGAAATATGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103621 TGTGGCTGAGATTAGCCGCTCATTCCGATCACAGCAGGAAATATGTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTCAACATCAATCACATGATCCAAAGGATCTTCCTTATTACTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103671 AACTCAACATCAATCACATGATCCAAAGGATCTTCCTTATTACTCTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACA         GTGATCCCAGCTTGAAAAGCGGGAATGGCATCCCTAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103721 AACAGTG...CAGGTGATCCCAGCTTGAAAAGCGGGAATGGCATCCCTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGTTGTGTGTATTTGGAAGAAATGGCAGTAGAGCTAGAAGATCAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104380 CCGTTGTGTGTATTTGGAAGAAATGGCAGTAGAGCTAGAAGATCAAGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCTTGATATGAGCAATGTTGAGCAG         GCCCTCTTCGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104430 GGCTTGATATGAGCAATGTTGAGCAGGTA...TAGGCCCTCTTCGCTCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTATTACTTCAAGATCCAGGCAACCACTTAATTAACATGACTTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106449 TTATTACTTCAAGATCCAGGCAACCACTTAATTAACATGACTTCTTCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AACGCTAAATCTCTCTGCTGATCGAGATGCAGGAGAGAGGCACATTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106499 AACGCTAAATCTCTCTGCTGATCGAGATGCAGGAGAGAGGCACATTTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTTACCTTTACTCCTGCTTCCAGAGAGCCAAGGAAGAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106549 GTTACCTTTACTCCTGCTTCCAGAGAGCCAAGGAAGAGGTA...CAGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCAAAGTTCCAGAGAACCTGCTACCCTTTGCAGTGCAGTGCAGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107430 ACCAAAGTTCCAGAGAACCTGCTACCCTTTGCAGTGCAGTGCAGAAACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTGTGTCCAATACCCGAACAGTTCTTCTCACCCTAGAGATCTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 107480 CACTGTGTCCAATACCCGAACAGTTCTTCTCACCCCAGAGATCTATGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCAAAACATCCATGAGCAACTGGTAGATTTGATGTTAGAAGCCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107530 ACCAAAACATCCATGAGCAACTGGTAGATTTGATGTTAGAAGCCATCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAGCCCGTGAGTACATGAACAAGATCT         ATTTTGAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107580 GGAGCCCGTGAGTACATGAACAAGATCTGTA...TAGATTTTGAAGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AACTGAGTTTCTGGAAGAGGTCATTGAAGCCTTGATATTGGATGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108019 AACTGAGTTTCTGGAAGAGGTCATTGAAGCCTTGATATTGGATGAGGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTAGAACATTTCCAGAAGTCATGATTCCAGTGTTTGATATTTTATTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108069 TTAGAACATTTCCAGAAGTCATGATTCCAGTGTTTGATATTTTATTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGAATAAAAGATCTAGAGCTCTGTCAGATCCTTTTGTATGCATATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108119 CGAATAAAAGATCTAGAGCTCTGTCAGATCCTTTTGTATGCATATCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TATTCTTCTCTATTTCACTAGGCAAAAAGATATGGCAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108169 TATTCTTCTCTATTTCACTAGGCAAAAAGATATGGCAAAGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTTTTGTAGAATACATTCAGCCCAAGGACCCTACCAATGGGCAAATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108415 TTTTTGTAGAATACATTCAGCCCAAGGACCCTACCAATGGGCAAATGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGAAGACCTTGCTGGGAGTAATTCTGAGTATCTCCTGCTTATTAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108465 CAGAAGACCTTGCTGGGAGTAATTCTGAGTATCTCCTGCTTATTAAAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCCGGGTGTTGTAGAAAATCATGGCTACTTTTTGAATCCATCTCGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108515 TCCGGGTGTTGTAGAAAATCATGGCTACTTTTTGAATCCATCTCGTTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCCCCCAGGAGATCAAAGTACAGGAGGCCAACATCCATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108565 GCCCCCAGGAGATCAAAGTACAGGAGGCCAACATCCATCAGGTG...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTCATGGCTCAGTTCCACGAAAAGATCTACCAGATGCTGAAGAACTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109816 TTCATGGCTCAGTTCCACGAAAAGATCTACCAGATGCTGAAGAACTTACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCAGCTCTCTCCAGAAACCAAACACTGTATCTTGTCCTGGCTTGGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109866 CCAGCTCTCTCCAGAAACCAAACACTGTATCTTGTCCTGGCTTGGAAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GTTTGCATGCAAATGCAGGCCGCACCAAGATTTGGGCCAATCAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109916 GTTTGCATGCAAATGCAGGCCGCACCAAGATTTGGGCCAATCAGATGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAATCTTTTTCCAAATGTATGCCTCAGATGCTTTCTTTCTGAATCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109966 GAAATCTTTTTCCAAATGTATGCCTCAGATGCTTTCTTTCTGAATCTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGCTGCTCTCCTGAAGCTATGCCAGCCATTTTGCAAACCCAGATCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110016 TGCTGCTCTCCTGAAGCTATGCCAGCCATTTTGCAAACCCAGATCCTCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGCTCCTCACCTTTAATCCCACATACTGTGCCCTCAAGGAGTTGAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110066 GGCTCCTCACCTTTAATCCCACATACTGTGCCCTCAAGGAGTTGAATGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GAAGAACGAAAAATTAAAAATGTACACATGAGAG         GTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110116 GAAGAACGAAAAATTAAAAATGTACACATGAGAGGTA...GAGGTTTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CAAAGAAACCTGTTTGATCCCAGCTGTGCAGGAGCCGAAGTTTCCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111501 CAAAGAAACCTGTTTGATCCCAGCTGTGCAGGAGCCGAAGTTTCCACAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACTACAACCTTGTAACAGAGAACCTTGCTCTGACAGAGTACACCTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111551 ACTACAACCTTGTAACAGAGAACCTTGCTCTGACAGAGTACACCTTGTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TTGGGATTTCACAG         GTTGCATGATCAGATGGTAAAAATCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111601 TTGGGATTTCACAGGTA...CAGGTTGCATGATCAGATGGTAAAAATCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCAAAATCTGCATCGGCTGCAGGTTGCCTGGCGGGATGCTCAGCAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114393 CCAAAATCTGCATCGGCTGCAGGTTGCCTGGCGGGATGCTCAGCAAAGTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CTAGCCCTGCTGCTGACAATCTTCGTGAGCAGTTTGAACGACTGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114443 CTAGCCCTGCTGCTGACAATCTTCGTGAGCAGTTTGAACGACTGATGACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ATCTATCTTTCTACCAAGACTGCCATGACAGAGCCACAAATGCTACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114493 ATCTATCTTTCTACCAAGACTGCCATGACAGAGCCACAAATGCTACAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CTGCCTAAACTTGCAGGTGTCCATGGCTGTTCTACTGGTTCAACTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114543 CTGCCTAAACTTGCAGGTGTCCATGGCTGTTCTACTGGTTCAACTGGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TAGGCAATGAGGGCTCACAGCCAATAGAGCTAACCTTTCCTTTGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114593 TAGGCAATGAGGGCTCACAGCCAATAGAGCTAACCTTTCCTTTGCCAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GGCTACAGCTCTTTGGCTTATGTGCCAG         AATTTTTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114643 GGCTACAGCTCTTTGGCTTATGTGCCAGGTA...CAGAATTTTTTGCAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TAACCTGGGTGATTTTCTCATTTTTCTCCGCCGCTTTGCCGATGACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116324 TAACCTGGGTGATTTTCTCATTTTTCTCCGCCGCTTTGCCGATGACATTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TGGAGACATCAGCAGATTCCCTGGAGCATGTCCTTCACTTTATCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116374 TGGAGACATCAGCAGATTCCCTGGAGCATGTCCTTCACTTTATCACCATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 TTCACTGGAAGCATAGAAAG         AATGAAGAATCCCCACCTGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116424 TTCACTGGAAGCATAGAAAGGTG...CAGAATGAAGAATCCCCACCTGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GGCCAAACTAGCAGAGGTGTTGGAAGCAGTGATGCCCCACCTGGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117530 GGCCAAACTAGCAGAGGTGTTGGAAGCAGTGATGCCCCACCTGGATCAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 CCCCAAATCCCTTGGTATCCAGTGTGTTCCACCGGAAACGTGTGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117580 CCCCAAATCCCTTGGTATCCAGTGTGTTCCACCGGAAACGTGTGTTCTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 AACTTTCAGTATGCACCCCAACTTGCAGAGGCTCTAATCAAGGTTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117630 AACTTTCAGTATGCACCCCAACTTGCAGAGGCTCTAATCAAGGTTTTTGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GGACATCGAATTTACAG         GAGACCCCCATCAATTTGAACAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117680 GGACATCGAATTTACAGGTA...CAGGAGACCCCCATCAATTTGAACAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AGTTTAATTACCGCCGTCCCATGTATCCTATCCTAAGATACATGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119579 AGTTTAATTACCGCCGTCCCATGTATCCTATCCTAAGATACATGTGGGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 ACAGATACCTATCGGGAGAGCATTAAG         GATTTGGCTGACTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119629 ACAGATACCTATCGGGAGAGCATTAAGGTG...CAGGATTTGGCTGACTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 TGCCTCTAAGAATTTAGAAGCCATGAATCCCCCACTTTTCCTCCGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119766 TGCCTCTAAGAATTTAGAAGCCATGAATCCCCCACTTTTCCTCCGCTTTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 TTAACCTGCTAATGAATGATGCCATCTTCCTTTTGGATGAAGCCATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119816 TTAACCTGCTAATGAATGATGCCATCTTCCTTTTGGATGAAGCCATACAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434          TATTTGAGCAAGATAAAGATTCAGCAAATTGAGAAGGATCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119866 GTA...CAGTATTTGAGCAAGATAAAGATTCAGCAAATTGAGAAGGATCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 AGGTGAATGGGATAGTCTGACTCCAGAAGCCCGCCGAGAAAAGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121399 AGGTGAATGGGATAGTCTGACTCCAGAAGCCCGCCGAGAAAAGGAGGCTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 GCCTACAGATGTTTGGACAGCTGGCACGTTTCCATAACATCATGTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121449 GCCTACAGATGTTTGGACAGCTGGCACGTTTCCATAACATCATGTCCAAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 GAAACAATCGGTACCCTTGCCTTTCTCACATCAG         AGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121499 GAAACAATCGGTACCCTTGCCTTTCTCACATCAGGTA...CAGAGATCAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 GTCACTCTTTGTGCATCCCTTCCTGGCTGAGCGCATCATCTCCATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124652 GTCACTCTTTGTGCATCCCTTCCTGGCTGAGCGCATCATCTCCATGTTGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 ACTACTTCCTGCAACACCTGGTTGGCCCCAAGATGGGTGCCTTAAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124702 ACTACTTCCTGCAACACCTGGTTGGCCCCAAGATGGGTGCCTTAAAAGTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 AAGGACTTCAGCGAATTTGACTTCAAACCCCAGCAGCTTGTATCAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124752 AAGGACTTCAGCGAATTTGACTTCAAACCCCAGCAGCTTGTATCAGATAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 CTGCACTATCTACTTAAATCTTGG         GGATGAGGAGAATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124802 CTGCACTATCTACTTAAATCTTGGGTA...CAGGGATGAGGAGAATTTCT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2807 GTGCCACTGTGCCCAAGGATGGACGTTCCTATTCCCCAACTCTCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125594 GTGCCACTGTGCCCAAGGATGGACGTTCCTATTCCCCAACTCTCTTTGCA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 CAGACAGTTCGAGTCTTGAAGAAAATAAATAAGCCTGGGAATATGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125644 CAGACAGTTCGAGTCTTGAAGAAAATAAATAAGCCTGGGAATATGATTAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 GGCTTTCAGCAACTTGGCAGAGAGAATCAAG         TCTCTTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125694 GGCTTTCAGCAACTTGGCAGAGAGAATCAAGGTG...CAGTCTCTTGCAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2948 ACCTCCAACAACAGGAAGAGGAAACCTATGCAGATGCCTGTGATGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127668 ACCTCCAACAACAGGAAGAGGAAACCTATGCAGATGCCTGTGATGAGTTC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2998 CTGGATCCCATTATGAGCACACTGATGTGTGACCCTGTGGTGCTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127718 CTGGATCCCATTATGAGCACACTGATGTGTGACCCTGTGGTGCTGCCATC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3048 TTCCAGAGTCACTGTGGATAGATCCACCATTGCAAGACATTTGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 127768 TTCCAGAGTCACTGTGGATAGATCCACCATTGCAAGACATTTGCTCAGGT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3096        TGACCAAACAGATCCCTTTAACCGTAGTCCCCTCACCATGGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127818 A...CAGTGACCAAACAGATCCCTTTAACCGTAGTCCCCTCACCATGGAC

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3139 CAGATCCGGCCAAACACAGAACTAAAAGAAAAAATCCAACGGTGGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131277 CAGATCCGGCCAAACACAGAACTAAAAGAAAAAATCCAACGGTGGCTTGC

   3350     .    :    .    :    .    :
   3189 AGAGAGGAAACAACAAAAGGAGCAACTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 131327 AGAGAGGAAACAACAAAAGGAGCAACTTGAA