seq1 = pF1KSDA0123.tfa, 1575 bp
seq2 = pF1KSDA0123/gi568815589f_136310669.tfa (gi568815589f:136310669_136523261), 212593 bp

>pF1KSDA0123 1575
>gi568815589f:136310669_136523261 (Chr9)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-274  (101329-101531)   100% ->
275-354  (101822-101901)   100% ->
355-437  (102142-102224)   100% ->
438-532  (103885-103979)   100% ->
533-633  (105623-105723)   100% ->
634-897  (106283-106546)   100% ->
898-990  (107349-107441)   100% ->
991-1109  (107887-108005)   100% ->
1110-1200  (108160-108250)   100% ->
1201-1263  (108376-108438)   100% ->
1264-1408  (111164-111308)   100% ->
1409-1575  (112427-112593)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGTGGTGCTGGCGGCGACGCGGTTGCTGCGGGGCTCGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTGTGGTGCTGGCGGCGACGCGGTTGCTGCGGGGCTCGGGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGGGGCTGTTCGCGGCTGAG         GTTTGGACCTCCTGCGTACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 TTGGGGCTGTTCGCGGCTGAGGTG...TAGGTTTGGACCTCCTGCGTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACGGTTTAGTAGTGGTGGTGCCTATCCCAACATCCCCCTCTCTTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 GACGGTTTAGTAGTGGTGGTGCCTATCCCAACATCCCCCTCTCTTCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTACCTGGAGTACCCAAGCCTGTTTTTGCTACAGTTGATGGACAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 TTACCTGGAGTACCCAAGCCTGTTTTTGCTACAGTTGATGGACAGGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGAAACCAAAGTAACCACATTGGATAATGGGCTTCGCGTGGCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 GTTTGAAACCAAAGTAACCACATTGGATAATGGGCTTCGCGTGGCATCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAATAAGTTTGGACAGTTTTGTACAGTAGGAA         TTCTTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101499 AGAATAAGTTTGGACAGTTTTGTACAGTAGGAAGTA...TAGTTCTTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATTCAGGATCGAGATATGAAGCGAAATACCTTAGTGGAATTGCTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101830 AATTCAGGATCGAGATATGAAGCGAAATACCTTAGTGGAATTGCTCACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTGGAAAAATTGGCATTTTCG         TCTACTGCTCGATTTGACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101880 TTTGGAAAAATTGGCATTTTCGGTC...TAGTCTACTGCTCGATTTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAAGATGAAATTCTGCTTACGTTGGAAAAGCATGGGGGTATCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102161 GCAAAGATGAAATTCTGCTTACGTTGGAAAAGCATGGGGGTATCTGTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCCAGACATCAAG         AGACACCACCATGTATGCTGTGTCTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102211 TGCCAGACATCAAGGTA...CAGAGACACCACCATGTATGCTGTGTCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGATAGCAAAGGCTTGGACACGGTGGTTGCCTTACTGGCTGATGTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103912 TGATAGCAAAGGCTTGGACACGGTGGTTGCCTTACTGGCTGATGTGGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCAGCCCCGGCTAACAG         ATGAAGAAGTCGAGATGACGCGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103962 TGCAGCCCCGGCTAACAGGTG...CAGATGAAGAAGTCGAGATGACGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGCGGTCCAGTTTGAGCTGGAGGACCTGAACCTGCGGCCTGACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105646 ATGGCGGTCCAGTTTGAGCTGGAGGACCTGAACCTGCGGCCTGACCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCACTTCTCACCGAGATGATTCATGAA         GCGGCTTACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105696 GCCACTTCTCACCGAGATGATTCATGAAGTA...TAGGCGGCTTACAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGAACACAGTTGGCCTCCACCGTTTCTGCCCCACAGAAAACGTAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 AGAACACAGTTGGCCTCCACCGTTTCTGCCCCACAGAAAACGTAGCAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCAACCGAGAGGTGCTGCATTCCTACCTGAGGAACTACTACACTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106346 ATCAACCGAGAGGTGCTGCATTCCTACCTGAGGAACTACTACACTCCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCGCATGGTGCTGGCCGGCGTGGGCGTGGAGCACGAGCATCTGGTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 CCGCATGGTGCTGGCCGGCGTGGGCGTGGAGCACGAGCATCTGGTGGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGCCCGGAAGTACCTCCTGGGGGTCCAGCCGGCCTGGGGGAGCGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 GTGCCCGGAAGTACCTCCTGGGGGTCCAGCCGGCCTGGGGGAGCGCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCGTGGATATTGACAGATCTGTGGCCCAGTACACTGGGGGGATTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 GCCGTGGATATTGACAGATCTGTGGCCCAGTACACTGGGGGGATTGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 G         CTAGAAAGAGACATGTCCAATGTCAGCCTGGGCCCGACCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106546 GGTG...CAGCTAGAAAGAGACATGTCCAATGTCAGCCTGGGCCCGACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCATCCCCGAGCTCACGCACATCATGGTTGGACTGGAGAGCTGCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107389 CCATCCCCGAGCTCACGCACATCATGGTTGGACTGGAGAGCTGCTCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTG         GAGGAGGACTTCATCCCCTTTGCAGTGTTGAACATGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107439 CTGGTG...CAGGAGGAGGACTTCATCCCCTTTGCAGTGTTGAACATGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GATGGGCGGAGGTGGCTCCTTCTCGGCTGGTGGGCCCGGCAAGGGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107925 GATGGGCGGAGGTGGCTCCTTCTCGGCTGGTGGGCCCGGCAAGGGCATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTCCAGGCTCTACCTCAACGTGCTCAACAG         GCACCACTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107975 TCTCCAGGCTCTACCTCAACGTGCTCAACAGGTG...CAGGCACCACTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATGTATAACGCGACCTCCTACCACCACAGCTACGAGGACACTGGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108170 ATGTATAACGCGACCTCCTACCACCACAGCTACGAGGACACTGGCCTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTGCATCCATGCCAGCGCCGACCCAAGACAG         GTTCGAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108220 TTGCATCCATGCCAGCGCCGACCCAAGACAGGTG...CAGGTTCGAGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGTAGAAATCATCACAAAGGAGTTTATTTTAATGGGCGGAACCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108386 TGGTAGAAATCATCACAAAGGAGTTTATTTTAATGGGCGGAACCGTGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACG         GTGGAGCTGGAACGAGCCAAGACGCAGCTGACATCAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108436 ACGGTA...CAGGTGGAGCTGGAACGAGCCAAGACGCAGCTGACATCAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCTCATGATGAACCTGGAATCCAGGCCTGTGATCTTCGAGGATGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111202 GCTCATGATGAACCTGGAATCCAGGCCTGTGATCTTCGAGGATGTGGGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGCAGGTGCTGGCCACTCGCTCCAGAAAGCTGCCGCACGAGCTGTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111252 GGCAGGTGCTGGCCACTCGCTCCAGAAAGCTGCCGCACGAGCTGTGCACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCATCC         GCAACGTGAAGCCGGAAGATGTGAAGAGAGTCGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111302 CTCATCCGTG...TAGGCAACGTGAAGCCGGAAGATGTGAAGAGAGTCGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TTCTAAGATGCTCCGAGGGAAGCCGGCAGTGGCCGCCCTGGGTGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112461 TTCTAAGATGCTCCGAGGGAAGCCGGCAGTGGCCGCCCTGGGTGACCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGACCTGCCCACGTATGAGCACATCCAGACCGCCCTGTCGAGTAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112511 CTGACCTGCCCACGTATGAGCACATCCAGACCGCCCTGTCGAGTAAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :
   1543 GGGCGCCTGCCCAGGACGTACCGGCTCTTCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 112561 GGGCGCCTGCCCAGGACGTACCGGCTCTTCCGG