seq1 = pF1KSDA0120.tfa, 597 bp
seq2 = pF1KSDA0120/gi568815597r_159818803.tfa (gi568815597r:159818803_160020509), 201707 bp

>pF1KSDA0120 597
>gi568815597r:159818803_160020509 (Chr1)

(complement)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-355  (100675-100849)   100% ->
356-458  (101134-101236)   100% ->
459-597  (101569-101707)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACAGGGGACCTGCATATGGCCTGAGCCGGGAGGTGCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACAGGGGACCTGCATATGGCCTGAGCCGGGAGGTGCAGCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTGAGAAACAATATGATGCAGATCTGGAGCAGATCCTGATCCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTGAGAAACAATATGATGCAGATCTGGAGCAGATCCTGATCCAGTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCACCCAGTGCCGAAAGGATGTGGGCCGGCCCCAGCCTGGACGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCACCCAGTGCCGAAAGGATGTGGGCCGGCCCCAGCCTGGACGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACTTCCAGAACTGGCTCAAGGATGGCACG         GTGCTATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 AACTTCCAGAACTGGCTCAAGGATGGCACGGTG...CAGGTGCTATGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTCATTAATGCACTGTACCCCGAGGGGCAGGCCCCAGTAAAGAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100686 GCTCATTAATGCACTGTACCCCGAGGGGCAGGCCCCAGTAAAGAAGATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCCTCCACCATGGCCTTCAAGCAGATGGAGCAGATCTCTCAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100736 AGGCCTCCACCATGGCCTTCAAGCAGATGGAGCAGATCTCTCAGTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAAGCAGCTGAGCGCTATGGCATTAACACCACTGACATCTTCCAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100786 CAAGCAGCTGAGCGCTATGGCATTAACACCACTGACATCTTCCAAACTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACCTCTGGGAAG         GAAAGAACATGGCCTGTGTGCAGCGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100836 GGACCTCTGGGAAGGTG...CAGGAAAGAACATGGCCTGTGTGCAGCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGCTGATGAATCTGGGTGGGCTGGCAGTAGCCCGAGATGATGGGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101161 CGCTGATGAATCTGGGTGGGCTGGCAGTAGCCCGAGATGATGGGCTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTGGGGATCCCAACTGGTTCCCTAA         GAAATCCAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101211 TCTGGGGATCCCAACTGGTTCCCTAAGTA...CAGGAAATCCAAGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCTCGGAACTTCTCAGATAACCAGCTGCAAGAGGGCAAGAACGTGATCG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101584 TCCTCGGAACTTCTCGGATAACCAGCTGCAAGAGGGCAAGAACGTGATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGTTACAGATGGGCACCAACCGCGGGGCGTCTCAGGCAGGCATGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101634 GGTTACAGATGGGCACCAACCGCGGGGCGTCTCAGGCAGGCATGACTGGC

    600     .    :    .    :
    574 TACGGGATGCCACGCCAGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||
 101684 TACGGGATGCCACGCCAGATCCTC