seq1 = pF1KSDA0119.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KSDA0119/gi568815588f_4994445.tfa (gi568815588f:4994445_5207500), 213056 bp

>pF1KSDA0119 969
>gi568815588f:4994445_5207500 (Chr10)

1-84  (100001-100084)   98% ->
85-252  (101966-102133)   100% ->
253-369  (102990-103106)   99% ->
370-447  (104358-104435)   100% ->
448-570  (104883-105005)   100% ->
571-680  (107657-107766)   100% ->
681-846  (108041-108206)   100% ->
847-929  (111151-111233)   100% ->
930-969  (113017-113056)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCCAAACAGCAGTGTGTAAAGCTAAATGATGGCCACTTCATGCC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCCAAACACCAGTGTGTAAAGCTAAATGATGGCCACTTCATGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTATTGGGATTTGGCACCTATGCACCTCCAGAG         GTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 TGTATTGGGATTTGGCACCTATGCACCTCCAGAGGTA...CAGGTTCCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAGTAAAGCTTTGGAGGTCACAAAATTAGCAATAGAAGCTGGGTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101973 GAAGTAAAGCTTTGGAGGTCACAAAATTAGCAATAGAAGCTGGGTTCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATAGATTCTGCTCATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102023 CATATAGATTCTGCTCATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102073 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTTCAAAG         CTTTGGTCCACTTTTCATCGACCAGAGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102123 ACACTTCAAAGGTA...CAGCTTTGGTCCACTTTTCATCGACCAGAGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCGACCAGCCTTGGAAAACTCACTGAAAAAAGCTCAATTGGACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 103020 GTCCGACCAGCCTTGGAAAACTCACTGAAGAAAGCTCAATTGGACTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTCTATCTTATTCATTCTCCAATGTCTCTAAAG         CCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103070 TGACCTCTATCTTATTCATTCTCCAATGTCTCTAAAGGTA...CAGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAGGAACTTTCACCAACAGATGAAAATGGAAAAGTAATATTTGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104362 GTGAGGAACTTTCACCAACAGATGAAAATGGAAAAGTAATATTTGACATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGATCTCTGTACCACCTGGGAG         GCCATGGAGAAGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104412 GTGGATCTCTGTACCACCTGGGAGGTG...CAGGCCATGGAGAAGTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATTGGGGTGTCAAACTTCAACCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104900 GGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATTGGGGTGTCAAACTTCAACCGCAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGACTCAAGTACAAGCCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104950 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGACTCAAGTACAAGCCTGTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCAG         GTAGAATGTCATCCGTATTTCAACCGGAGTAAATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105000 AACCAGGTG...CAGGTAGAATGTCATCCGTATTTCAACCGGAGTAAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTAGATTTCTGCAAGTCGAAAGATATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107692 GCTAGATTTCTGCAAGTCGAAAGATATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGATCTCAACGAGACAAACGATG         GGTGGACCCGAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107742 TGGGATCTCAACGAGACAAACGATGGTA...CAGGGTGGACCCGAACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108057 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTGCAGCGTGGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108107 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTGCAGCGTGGGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108157 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GTTTTTGAGTTCCAGTTGACTGCAGAGGACATGAAAGCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108207 GTG...TAGGTTTTTGAGTTCCAGTTGACTGCAGAGGACATGAAAGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGGCCTAGACAGAAATCTCCACTATTTTAACAGTGATAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111192 AGATGGCCTAGACAGAAATCTCCACTATTTTAACAGTGATAGGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    930  TTTTGCTAGCCACCCTAATTATCCATATTCAGATGAATAT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113016 GTTTTGCTAGCCACCCTAATTATCCATATTCAGATGAATAT