seq1 = pF1KSDA0106.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KSDA0106/gi568815597f_173377398.tfa (gi568815597f:173377398_173587860), 210463 bp

>pF1KSDA0106 672
>gi568815597f:173377398_173587860 (Chr1)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-252  (103929-104085)   100% ->
253-399  (107964-108110)   100% ->
400-546  (108858-109004)   100% ->
547-672  (110338-110463)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGGAGGTCTGCTTCTCGGGGACGTGGCTCCCAACTTTGAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCGGAGGTCTGCTTCTCGGGGACGTGGCTCCCAACTTTGAGGCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACCACCGTCGGCCGCATCCGTTTCCACGACTTTCTGGGAGACTC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 TACCACCGTCGGCCGCATCCGTTTCCACGACTTTCTGGGAGACTCGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     ATGGGGCATTCTCTTCTCCCACCCTCGGGACTTTACCCCAGTGTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGATGGGGCATTCTCTTCTCCCACCCTCGGGACTTTACCCCAGTGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCACAGAGCTTGGCAGAGCTGCAAAGCTGGCACCAGAATTTGCCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103975 ACCACAGAGCTTGGCAGAGCTGCAAAGCTGGCACCAGAATTTGCCAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAATGTTAAGTTGATTGCCCTTTCAATAGACAGTGTTGAGGACCATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104025 GAATGTTAAGTTGATTGCCCTTTCAATAGACAGTGTTGAGGACCATCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGGAGCAAG         GATATCAATGCTTACAATTGTGAAGAGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104075 CCTGGAGCAAGGTT...CAGGATATCAATGCTTACAATTGTGAAGAGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGAAAAGTTACCTTTTCCCATCATCGATGATAGGAATCGGGAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107994 ACAGAAAAGTTACCTTTTCCCATCATCGATGATAGGAATCGGGAGCTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCCTGTTGGGCATGCTGGATCCAGCAGAGAAGGATGAAAAGGGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108044 CATCCTGTTGGGCATGCTGGATCCAGCAGAGAAGGATGAAAAGGGCATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGTGACAGCTCGTGTG         GTGTTTGTTTTTGGTCCTGATAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108094 CTGTGACAGCTCGTGTGGTA...CAGGTGTTTGTTTTTGGTCCTGATAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCTGAAGCTGTCTATCCTCTACCCAGCTACCACTGGCAGGAACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108882 AAGCTGAAGCTGTCTATCCTCTACCCAGCTACCACTGGCAGGAACTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGATTCTCAGGGTAGTCATCTCTCTCCAGCTGACAGCAGAAAAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108932 TGAGATTCTCAGGGTAGTCATCTCTCTCCAGCTGACAGCAGAAAAAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGCCACCCCAGTTGATTGGAAG         GATGGGGATAGTGTGATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108982 TTGCCACCCCAGTTGATTGGAAGGTA...TAGGATGGGGATAGTGTGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCCTTCCAACCATCCCTGAAGAAGAAGCCAAAAAACTTTTCCCGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110356 GTCCTTCCAACCATCCCTGAAGAAGAAGCCAAAAAACTTTTCCCGAAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTCTTCACCAAAGAGCTCCCATCTGGCAAGAAATACCTCCGCTACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110406 AGTCTTCACCAAAGAGCTCCCATCTGGCAAGAAATACCTCCGCTACACAC

    700     .
    665 CCCAGCCT
        ||||||||
 110456 CCCAGCCT