seq1 = pF1KSDA0096.tfa, 2295 bp
seq2 = pF1KSDA0096/gi568815595f_43203204.tfa (gi568815595f:43203204_43448554), 245351 bp

>pF1KSDA0096 2295
>gi568815595f:43203204_43448554 (Chr3)

1-589  (100001-100589)   100% ->
590-731  (128966-129107)   100% ->
732-944  (137084-137296)   100% ->
945-1079  (140141-140275)   100% ->
1080-2295  (144136-145351)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGATTTAAGCGAGGGTATGATGGAAAGATTGCTGGATTATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGATTTAAGCGAGGGTATGATGGAAAGATTGCTGGATTATATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGATAAAACCTTGGGTCGAGGCCATTTTGCCGTGGTTAAACTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGATAAAACCTTGGGTCGAGGCCATTTTGCCGTGGTTAAACTTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCATGTCTTTACGGGTGAAAAGGTGGCAGTAAAAGTTATTGACAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCATGTCTTTACGGGTGAAAAGGTGGCAGTAAAAGTTATTGACAAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAACTGGACACTCTAGCTACTGGTCATCTTTTCCAGGAAGTGAGATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAACTGGACACTCTAGCTACTGGTCATCTTTTCCAGGAAGTGAGATGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAACTAGTGCAGCATCCTAACATCGTCCGCCTTTATGAAGTTATTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAACTAGTGCAGCATCCTAACATCGTCCGCCTTTATGAAGTTATTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCAGACCAAACTATATCTTATTCTAGAACTTGGGGATGGAGGAGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCAGACCAAACTATATCTTATTCTAGAACTTGGGGATGGAGGAGATATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGATTATATAATGAAACATGAGGAGGGTCTTAATGAAGACTTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGATTATATAATGAAACATGAGGAGGGTCTTAATGAAGACTTGGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGTATTTTGCTCAGATAGTTCATGCTATATCTTATTGCCATAAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGTATTTTGCTCAGATAGTTCATGCTATATCTTATTGCCATAAACTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGTGGTTCACAGAGACTTAAAACCAGAGAATGTAGTCTTCTTTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGTGGTTCACAGAGACTTAAAACCAGAGAATGTAGTCTTCTTTGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAAGGTCTTGTAAAGTTGACAGACTTTGGGTTCAGCAACAAATTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAAGGTCTTGTAAAGTTGACAGACTTTGGGTTCAGCAACAAATTTCAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGGAAGAAGCTCACTACAAGCTGTGGATCTCTTGCATATTCCGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGGAAGAAGCTCACTACAAGCTGTGGATCTCTTGCATATTCCGCTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAATTCTGCTTGGTGATGAGTATGATGCACCTGCAGTAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100551 AAATTCTGCTTGGTGATGAGTATGATGCACCTGCAGTAGGTA...TAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTTGGAGTCTGGGAGTGATCCTTTTCATGTTGGTGTGTGGGCAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128968 ATTTGGAGTCTGGGAGTGATCCTTTTCATGTTGGTGTGTGGGCAGCCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTTCAAGAAGCCAATGACAGTGAAACACTGACAATGATCATGGATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129018 CTTTCAAGAAGCCAATGACAGTGAAACACTGACAATGATCATGGATTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AATATACAGTACCATCCCATGTGTCTAAAGAGTGTAAAGA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 129068 AATATACAGTACCATCCCATGTGTCTAAAGAGTGTAAAGAGTA...CAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTAATCACACGGATGCTACAGAGAGATCCCAAGAGAAGGGCTTCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137085 CTAATCACACGGATGCTACAGAGAGATCCCAAGAGAAGGGCTTCTTTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGAGATTGAAAATCATCCTTGGCTTCAGGGAGTGGACCCTTCACCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137135 AGAGATTGAAAATCATCCTTGGCTTCAGGGAGTGGACCCTTCACCAGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CAAAGTATAACATTCCCCTTGTGTCATACAAAAATCTCTCGGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137185 CAAAGTATAACATTCCCCTTGTGTCATACAAAAATCTCTCGGAAGAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CACAACAGCATCATTCAGCGCATGGTGCTTGGGGACATAGCGGATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137235 CACAACAGCATCATTCAGCGCATGGTGCTTGGGGACATAGCGGATCGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGCCATTGTAGA         AGCCCTGGAAACCAACAGGTATAACCATA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 137285 CGCCATTGTAGAGTA...CAGAGCCCTGGAAACCAACAGGTATAACCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCACAGCCACATACTTCCTGCTGGCTGAAAGGATCCTGAGAGAAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140170 TCACAGCCACATACTTCCTGCTGGCTGAAAGGATCCTGAGAGAAAAGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAGAAAGAAATACAGACCAGATCTGCAAGCCCGAGCAATATCAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140220 GAGAAAGAAATACAGACCAGATCTGCAAGCCCGAGCAATATCAAGGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GTTTAG         GCAGTCATGGCCAACCAAAATTGATGTACCCCAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140270 GTTTAGGTG...TAGGCAGTCATGGCCAACCAAAATTGATGTACCCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACCTTGAGGATGACCTCACGGCCACTCCTTTGTCCCACGCGACTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144171 ACCTTGAGGATGACCTCACGGCCACTCCTTTGTCCCACGCGACTGTCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGTCTCCTGCTCGGGCTGCTGACAGTGTCCTCAATGGCCACAGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144221 CAGTCTCCTGCTCGGGCTGCTGACAGTGTCCTCAATGGCCACAGGAGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AGGCCTGTGTGACTCAGCTAAGAAAGATGACCTCCCTGAGTTGGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144271 AGGCCTGTGTGACTCAGCTAAGAAAGATGACCTCCCTGAGTTGGCTGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CAGCACTCTCTACGGTGCCACCCGCAAGCTTAAAACCCACAGCCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144321 CAGCACTCTCTACGGTGCCACCCGCAAGCTTAAAACCCACAGCCAGTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CGGAAGTGTCTGTTCAGGGTGGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144371 CGGAAGTGTCTGTTCAGGGTGGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGAGGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CAAGAAACCCATGTCCCTCTCAACACAAGTGGTTTTGCGCCGGAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144421 CAAGAAACCCATGTCCCTCTCAACACAAGTGGTTTTGCGCCGGAAGCCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CTGTAACCAACCGCCTGACATCCAGGAAGAGTGCGCCCGTCCTCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144471 CTGTAACCAACCGCCTGACATCCAGGAAGAGTGCGCCCGTCCTCAACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ATCTTTGAGGAAGGGGAATCTGATGATGAGTTTGACATGGATGAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 144521 ATCTTTGAGGAAGGGGAATCTGACGATGAGTTTGACATGGATGAGAATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCCTCCCAAGTTGAGCAGGTTAAAGATGAATATAGCTTCTCCAGGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144571 GCCTCCCAAGTTGAGCAGGTTAAAGATGAATATAGCTTCTCCAGGTACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TTCACAAACGCTACCACCGGAGGAAAAGTCAGGGCCGGGGCTCCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144621 TTCACAAACGCTACCACCGGAGGAAAAGTCAGGGCCGGGGCTCCAGCTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AGTAGTTCGGAGACCAGTGATGATGATTCTGAAAGCCGGCGGCGGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144671 AGTAGTTCGGAGACCAGTGATGATGATTCTGAAAGCCGGCGGCGGCTCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TAAAGATAGCGGGTTCACCTACTCCTGGCACCGACGGGATAGCAGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144721 TAAAGATAGCGGGTTCACCTACTCCTGGCACCGACGGGATAGCAGCGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 GGCCCCCTGGCAGTGAGGGGGATGGCGGGGGCCAGAGCAAGCCGAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 144771 GGCCCCCTGGCAGTGAGGGGGATGGCGGGGGCCAGAGCAAGCCAAGCAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 GCCAGTGGAGGGGTGGACAAGGCCAGCCCCAGTGAGAACAATGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144821 GCCAGTGGAGGGGTGGACAAGGCCAGCCCCAGTGAGAACAATGCTGGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 GGGCAGTCCCTCCAGCGGCTCGGGTGGCAACCCCACCAATACATCGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144871 GGGCAGTCCCTCCAGCGGCTCGGGTGGCAACCCCACCAATACATCGGGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CCACACGCCGCTGTGCCGGCCCCAGCAACTCCATGCAGCTGGCCTCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144921 CCACACGCCGCTGTGCCGGCCCCAGCAACTCCATGCAGCTGGCCTCTCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AGTGCTGGGGAGCTCGTTGAGAGCCTCAAACTCATGAGCCTCTGCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144971 AGTGCTGGGGAGCTCGTTGAGAGCCTCAAACTCATGAGCCTCTGCCTCGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 CTCCCAGCTTCATGGGAGCACCAAGTACATTATTGATCCACAGAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145021 CTCCCAGCTTCATGGGAGCACCAAGTACATTATTGATCCACAGAATGGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 TGTCATTTTCCAGTGTGAAAGTCCAAGAGAAATCTACGTGGAAAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145071 TGTCATTTTCCAGTGTGAAAGTCCAAGAGAAATCTACGTGGAAAATGTGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 ATTAGCTCCACAGGGAATGCAGGGCAGGTCCCTGCAGTGGGCGGCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145121 ATTAGCTCCACAGGGAATGCAGGGCAGGTCCCTGCAGTGGGCGGCATAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 GTTTTTCTCTGACCACATGGCAGATACCACCACTGAATTGGAACGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145171 GTTTTTCTCTGACCACATGGCAGATACCACCACTGAATTGGAACGGATAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 AGAGCAAGAACCTGAAAAATAACGTGCTGCAGCTACCTCTGTGCGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145221 AGAGCAAGAACCTGAAAAATAACGTGCTGCAGCTACCTCTGTGCGAAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 ACCATCTCTGTGAACATCCAGCGGAACCCTAAGGAGGGGCTGCTGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145271 ACCATCTCTGTGAACATCCAGCGGAACCCTAAGGAGGGGCTGCTGTGCGC

   2300     .    :    .    :    .    :
   2265 ATCCAGCCCAGCCAGCTGTTGCCATGTCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 145321 ATCCAGCCCAGCCAGCTGTTGCCATGTCATC