seq1 = pF1KSDA0088.tfa, 2541 bp
seq2 = pF1KSDA0088/gi568815587r_62525818.tfa (gi568815587r:62525818_62739071), 213254 bp

>pF1KSDA0088 2541
>gi568815587r:62525818_62739071 (Chr11)

(complement)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-269  (104072-104251)   100% ->
270-343  (105558-105631)   97% ->
344-427  (105805-105888)   100% ->
428-524  (105971-106067)   100% ->
525-705  (106327-106507)   100% ->
706-859  (107889-108042)   100% ->
860-1095  (108236-108471)   100% ->
1096-1222  (108567-108693)   100% ->
1223-1302  (108796-108875)   100% ->
1303-1446  (109115-109258)   100% ->
1447-1543  (109388-109484)   100% ->
1544-1645  (109777-109878)   100% ->
1646-1889  (110060-110303)   100% ->
1890-1954  (111719-111783)   100% ->
1955-2031  (111948-112024)   100% ->
2032-2106  (112138-112212)   100% ->
2107-2220  (112388-112501)   100% ->
2221-2333  (112625-112737)   99% ->
2334-2434  (112907-113007)   100% ->
2435-2541  (113148-113254)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCGGTTCAGGATTGATGAGCTGGAGCCTCGGCGACCCCGATACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCGGTTCAGGATTGATGAGCTGGAGCCTCGGCGACCCCGATACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTACCAGATGTTTTGGTGGCTGATCCACCAATAGCCCG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 TGTACCAGATGTTTTGGTGGCTGATCCACCAATAGCCCGGTA...CAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTCTGTCTCTGGTCGTGATGAGAACAGTGTGGAGTTAACCATGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104074 TTTCTGTCTCTGGTCGTGATGAGAACAGTGTGGAGTTAACCATGGCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACCCTACAAGATCATCTTGACAGCACGGCCATTCCGCCTTGACCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104124 GGACCCTACAAGATCATCTTGACAGCACGGCCATTCCGCCTTGACCTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGGACCGAAGTCTTTTGCTTAGTGTCAATGCCCGAGGACTCTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104174 AGAGGACCGAAGTCTTTTGCTTAGTGTCAATGCCCGAGGACTCTTGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGAGCATCAGAGGGCCCCTAGGGTCTC         GCAAGGATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104224 TTGAGCATCAGAGGGCCCCTAGGGTCTCGTG...CAGGCAAGGATCAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCCAGCTGAGGGCGATGGGGCCCAGCCTGAGGAAACACCCAGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105571 GACCCAGCTGAGGGCGATGGGGCCCAGCCTGAGGAAACACCCAGGGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGACAAGCCAG         AGGAGACTCAGGGGAAGGCAGAGAAAGATG
        ||||||| || >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105621 CGACAAGGCAAGTT...CAGAGGAGACTCAGGGGAAGGCAGAGAAAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCAGGAGCCTGGGAGGAGACATTCAAAACTCACTCTGACAGCAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105835 AGCCAGGAGCCTGGGAGGAGACATTCAAAACTCACTCTGACAGCAAGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATG         GCCCCATGTCTGTGGGTTTGGACTTCTCTCTGCCAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105885 TATGGTG...CAGGCCCCATGTCTGTGGGTTTGGACTTCTCTCTGCCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGGAGCATGTCTATGGGATCCCTGAGCATGCAGACAACCTGAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106008 CATGGAGCATGTCTATGGGATCCCTGAGCATGCAGACAACCTGAGGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGTCACTGA         GGGTGGGGAGCCATATCGCCTCTACAATTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106058 AGGTCACTGAGTG...CAGGGGTGGGGAGCCATATCGCCTCTACAATTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGTGTTCCAGTATGAGCTGTACAACCCAATGGCCTTGTATGGGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106358 GATGTGTTCCAGTATGAGCTGTACAACCCAATGGCCTTGTATGGGTCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCTGTGCTCCTGGCACACAACCCTCATCGCGACTTGGGCATCTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106408 GCCTGTGCTCCTGGCACACAACCCTCATCGCGACTTGGGCATCTTCTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAATGCTGCAGAGACCTGGGTTGATATATCTTCCAACACTGCCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106458 TCAATGCTGCAGAGACCTGGGTTGATATATCTTCCAACACTGCCGGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          ACCCTGTTTGGGAAGATGATGGACTACCTGCAGGGCTCTGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106508 GTG...CAGACCCTGTTTGGGAAGATGATGGACTACCTGCAGGGCTCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGACCCCACAGACAGATGTTCGCTGGATGTCAGAGACTGGCATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107930 GGAGACCCCACAGACAGATGTTCGCTGGATGTCAGAGACTGGCATCATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGTCTTCCTGCTGCTGGGGCCCTCCATCTCTGATGTTTTCCGGCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107980 ACGTCTTCCTGCTGCTGGGGCCCTCCATCTCTGATGTTTTCCGGCAATAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTAGTCTCACAG         GAACCCAGGCGTTGCCCCCACTCTTCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108030 GCTAGTCTCACAGGTA...CAGGAACCCAGGCGTTGCCCCCACTCTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTCGGCTACCACCAGAGCCGTTGGAACTACCGGGACGAGGCTGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108264 CCTCGGCTACCACCAGAGCCGTTGGAACTACCGGGACGAGGCTGATGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGAAGTGGATCAGGGCTTTGATGATCACAACCTGCCCTGTGATGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108314 TGGAAGTGGATCAGGGCTTTGATGATCACAACCTGCCCTGTGATGTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGGCTAGACATTGAACATGCTGATGGCAAGCGGTATTTCACCTGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108364 TGGCTAGACATTGAACATGCTGATGGCAAGCGGTATTTCACCTGGGACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGTCGCTTCCCTCAGCCCCGCACCATGCTTGAGCGCTTGGCTTCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108414 CAGTCGCTTCCCTCAGCCCCGCACCATGCTTGAGCGCTTGGCTTCTAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGCGGAAG         CTGGTGGCCATCGTAGACCCCCACATCAAGGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108464 GGCGGAAGGTA...CAGCTGGTGGCCATCGTAGACCCCCACATCAAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACTCCGGCTACCGAGTTCACGAGGAGCTGCGGAACCTGGGGCTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108600 GACTCCGGCTACCGAGTTCACGAGGAGCTGCGGAACCTGGGGCTGTATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAAAACCCGGGATGGCTCTGACTATGAGGGCTGGTGCTGGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108650 TAAAACCCGGGATGGCTCTGACTATGAGGGCTGGTGCTGGCCAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1223    GCTCAGCTGGTTACCCTGACTTCACTAATCCCACGATGAGGGCCTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108793 CAGGCTCAGCTGGTTACCCTGACTTCACTAATCCCACGATGAGGGCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGGGCTAACATGTTCAGCTATGACAATTATGAG         GGCTCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108843 TGGGCTAACATGTTCAGCTATGACAATTATGAGGTA...CAGGGCTCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCCCAACCTCTTTGTCTGGAATGACATGAACGAACCATCTGTGTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109123 TCCCAACCTCTTTGTCTGGAATGACATGAACGAACCATCTGTGTTCAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GTCCTGAGGTCACCATGCTCAAGGATGCCCAGCATTATGGGGGCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109173 GTCCTGAGGTCACCATGCTCAAGGATGCCCAGCATTATGGGGGCTGGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CACCGGGATGTGCATAACATCTATGGCCTTTATGTG         CACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109223 CACCGGGATGTGCATAACATCTATGGCCTTTATGTGGTA...CAGCACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGCGACTGCTGATGGGCTGAGACAGCGCTCTGGGGGCATGGAACGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109393 GGCGACTGCTGATGGGCTGAGACAGCGCTCTGGGGGCATGGAACGCCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTGTCCTGGCCAGGGCCTTCTTCGCTGGCTCCCAGCGCTTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109443 TTGTCCTGGCCAGGGCCTTCTTCGCTGGCTCCCAGCGCTTTGGTA...CA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544  GAGCCGTGTGGACAGGGGACAACACTGCCGAGTGGGACCATTTGAAGAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109776 GGAGCCGTGTGGACAGGGGACAACACTGCCGAGTGGGACCATTTGAAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTCTATTCCTATGTGTCTCAGCTTGGGGCTGGTGGGACTTTCCTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109826 CTCTATTCCTATGTGTCTCAGCTTGGGGCTGGTGGGACTTTCCTTCTGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGG         CGGATGTGGGTGGCTTCTTCAAAAACCCAGAGCCAGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109876 GGGGTA...CAGCGGATGTGGGTGGCTTCTTCAAAAACCCAGAGCCAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGCTTGTGCGCTGGTACCAGATGGGTGCTTACCAGCCATTCTTCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110098 CTGCTTGTGCGCTGGTACCAGATGGGTGCTTACCAGCCATTCTTCCGGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 ACATGCCCACTTGGACACTGGGCGACGAGAGCCATGGCTGTTACCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110148 ACATGCCCACTTGGACACTGGGCGACGAGAGCCATGGCTGTTACCATCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGCACAATGATATAATCCGAGATGCCTTGGGCCAGCGATATTCTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110198 AGCACAATGATATAATCCGAGATGCCTTGGGCCAGCGATATTCTTTGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCCTTCTGGTACACCCTCTTATATCAGGCCCATCGGGAAGGCATTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110248 CCCTTCTGGTACACCCTCTTATATCAGGCCCATCGGGAAGGCATTCCTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CATGAG         GCCCCTGTGGGTGCAGTACCCTCAGGATGTGACTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110298 CATGAGGTG...TAGGCCCCTGTGGGTGCAGTACCCTCAGGATGTGACTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCTTCAATATAGATGATCAGTACTTGCTTG         GGGATGCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111754 CCTTCAATATAGATGATCAGTACTTGCTTGGTG...TAGGGGATGCGTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CTGGTTCACCCTGTATCAGACTCTGGAGCCCATGGTGTCCAGGTCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111959 CTGGTTCACCCTGTATCAGACTCTGGAGCCCATGGTGTCCAGGTCTATCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GCCTGGCCAAGGGGAG         GTGTGGTATGACATTCAAAGCTACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112009 GCCTGGCCAAGGGGAGGTG...CAGGTGTGGTATGACATTCAAAGCTACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGAAGCATCATGGTCCCCAGACCCTGTACCTGCCTGTAACTCTAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112163 AGAAGCATCATGGTCCCCAGACCCTGTACCTGCCTGTAACTCTAAGCAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107          ATCCCTGTGTTCCAGCGTGGAGGGACAATCGTGCCTCGATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112213 GTG...TAGATCCCTGTGTTCCAGCGTGGAGGGACAATCGTGCCTCGATG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GATGCGAGTGCGGCGGTCTTCAGAATGTATGAAGGATGACCCCATCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112429 GATGCGAGTGCGGCGGTCTTCAGAATGTATGAAGGATGACCCCATCACTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TCTTTGTTGCACTTAGCCCTCAG         GGTACAGCTCAAGGAGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112479 TCTTTGTTGCACTTAGCCCTCAGGTA...CAGGGTACAGCTCAAGGAGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CTCTTTCTGGATGATGGGTACACGTTCAACTATCAGACTCGCCAAGAGTT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 112643 CTCTTTCTGGATGATGGGCACACGTTCAACTATCAGACTCGCCAAGAGTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CCTGCTGCGTCGATTCTCATTCTCTGGCAACACCCTTGTCTCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112693 CCTGCTGCGTCGATTCTCATTCTCTGGCAACACCCTTGTCTCCAGGTA..

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334     CTCAGCAGACCCTGAAGGACACTTTGAGACACCAATCTGGATTGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112743 .CAGCTCAGCAGACCCTGAAGGACACTTTGAGACACCAATCTGGATTGAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 CGGGTGGTGATAATAGGGGCTGGAAAGCCAGCAGCTGTGGTACTCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112953 CGGGTGGTGATAATAGGGGCTGGAAAGCCAGCAGCTGTGGTACTCCAGAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 AAAAG         GATCTCCAGAAAGCCGCCTGTCCTTCCAGCATGACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113003 AAAAGGTG...CAGGATCTCCAGAAAGCCGCCTGTCCTTCCAGCATGACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 CTGAGACCTCTGTGTTGGTCCTGCGCAAGCCTGGCATCAATGTGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113184 CTGAGACCTCTGTGTTGGTCCTGCGCAAGCCTGGCATCAATGTGGCATCT

   2700     .    :    .    :
   2521 GATTGGAGTATTCACCTGCGA
        |||||||||||||||||||||
 113234 GATTGGAGTATTCACCTGCGA