seq1 = pF1KSDA0085.tfa, 786 bp
seq2 = pF1KSDA0085/gi568815597r_30633831.tfa (gi568815597r:30633831_30857745), 223915 bp

>pF1KSDA0085 786
>gi568815597r:30633831_30857745 (Chr1)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-181  (115197-115290)   98% ->
182-258  (116030-116106)   100% ->
259-387  (117809-117937)   100% ->
388-510  (118684-118806)   100% ->
511-606  (120047-120142)   100% ->
607-699  (122481-122573)   100% ->
700-786  (123829-123915)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCCCGCTTGTCCACTGTCCGCCAGACCTGCTGCTGCTTCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCCCCGCTTGTCCACTGTCCGCCAGACCTGCTGCTGCTTCAATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCATCGCAACCACCGCCCTGGCCATCTACCATGTG         ATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CCGCATCGCAACCACCGCCCTGGCCATCTACCATGTGGTG...CAGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGCGTCTTGTTGTTCATCGAGCACTCGGTAGAGGTGGCCCATGGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 115201 TGAGCGTCTTGTTGTTCATCGAGCACTCAGTAGAGGTGGCCCATGGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGTCCTGCAAGCTCTCCCAGATGGGCTACCTCAGGATCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115251 GCGTCCTGCAAGCTCTCCCAGATGGGCTACCTCAGGATCGGTA...CAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGACCTGATCTCCAGCTTCCTGCTCATCACCATGCTCTTCATCATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116031 TGACCTGATCTCCAGCTTCCTGCTCATCACCATGCTCTTCATCATCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAGCCTACTGATCGGCGTAGTCAAG         AACCGGGAGAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116081 TGAGCCTACTGATCGGCGTAGTCAAGGTG...CAGAACCGGGAGAAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCTGCCCTTCCTGTCCCTGCAAATCATGGACTATCTCCTGTGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117824 CTGCTGCCCTTCCTGTCCCTGCAAATCATGGACTATCTCCTGTGCCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCCTGCTGGGCTCCTACATTGAGCTGCCCGCCTACCTCAAGTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117874 CACCCTGCTGGGCTCCTACATTGAGCTGCCCGCCTACCTCAAGTTGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCGGAGCCGTGCT         AGCTCCTCCAAGTTCCCCCTGATGACG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117924 CCCGGAGCCGTGCTGTG...CAGAGCTCCTCCAAGTTCCCCCTGATGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCAGCTGCTGGACTTCTGCCTGAGCATCCTGACCCTCTGCAGCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118711 CTGCAGCTGCTGGACTTCTGCCTGAGCATCCTGACCCTCTGCAGCTCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGGAAGTGCCCACCTATCTCAACTTCAAGTCCATGAACCACATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118761 CATGGAAGTGCCCACCTATCTCAACTTCAAGTCCATGAACCACATGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      AATTACCTCCCCAGCCAGGAGGATATGCCTCATAACCAGTTCATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118811 ..CAGAATTACCTCCCCAGCCAGGAGGATATGCCTCATAACCAGTTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGATGATGATCATCTTTTCCATCGCCTTCATCACTGTCCTTATCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120092 AAGATGATGATCATCTTTTCCATCGCCTTCATCACTGTCCTTATCTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 G         GTCTACATGTTCAAGTGCGTGTGGCGGTGCTACAGATTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120142 GGTG...CAGGTCTACATGTTCAAGTGCGTGTGGCGGTGCTACAGATTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCAAGTGCATGAACTCGGTGGAGGAGAAGAGAAACTCCAAGATGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122521 TCAAGTGCATGAACTCGGTGGAGGAGAAGAGAAACTCCAAGATGCTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAG         GTGGTCCTGCCGTCCTACGAGGAAGCCCTGTCTTTGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122571 AAGGTG...CAGGTGGTCCTGCCGTCCTACGAGGAAGCCCTGTCTTTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    738 ATCGAAGACCCCAGAGGGGGGCCCAGCACCACCCCCATACTCAGAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123867 ATCGAAGACCCCAGAGGGGGGCCCAGCACCACCCCCATACTCAGAGGTG