seq1 = pF1KSDA0084.tfa, 1734 bp
seq2 = pF1KSDA0084/gi568815595r_16216831.tfa (gi568815595r:16216831_16593869), 377039 bp

>pF1KSDA0084 1734
>gi568815595r:16216831_16593869 (Chr3)

(complement)

1-145  (100001-100145)   100% ->
146-332  (159833-160019)   100% ->
333-441  (184387-184495)   100% ->
442-826  (215768-216152)   100% ->
827-1030  (223591-223794)   100% ->
1031-1146  (235823-235938)   100% ->
1147-1250  (266994-267097)   100% ->
1251-1332  (270413-270494)   100% ->
1333-1734  (276638-277039)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTGCGGATTGAACAAGTTAGAGAAACGTGATGAAAAACGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTTGCGGATTGAACAAGTTAGAGAAACGTGATGAAAAACGGCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATATTTATTCAACTTTGAAGAGGCCTCAGGTGGAAACCAAGATAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATATTTATTCAACTTTGAAGAGGCCTCAGGTGGAAACCAAGATAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTCCTATGAATACCGCTTCCTGGAGTTCACGACTCTGAGTGCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 TGTCCTATGAATACCGCTTCCTGGAGTTCACGACTCTGAGTGCTGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     CGGAGCTCCCTGGGTCCTCAGCAGTGAGGCTGGCCTCCCTGCGTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGCGGAGCTCCCTGGGTCCTCAGCAGTGAGGCTGGCCTCCCTGCGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGCCCGCCCAGCTCCTGGAGCTGTACCAGCAGGGCTTCTCGCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159879 CCTGCCCGCCCAGCTCCTGGAGCTGTACCAGCAGGGCTTCTCGCTGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCTGCACCCCTTCGTGCAGCCCACCCATGAGCGGGAGAAGACGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159929 CCCTGCACCCCTTCGTGCAGCCCACCCATGAGCGGGAGAAGACGCCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCACATCTTTAGAGCCATCCTGATCAAGAAAACCGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 159979 GAGCACATCTTTAGAGCCATCCTGATCAAGAAAACCGACAGGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCTCAGAAAACTGATCTTCACAATGAAGGCTACATCTTGGAATTAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184387 ATCTCAGAAAACTGATCTTCACAATGAAGGCTACATCTTGGAATTAGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGTTCCTCCTTAGACCACCCGACAGACCAGAAACTCATCCCAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184437 GCTGTTCCTCCTTAGACCACCCGACAGACCAGAAACTCATCCCAGAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTAAGAAG         ATCCAGGAGGCTGCAAGCCAGGGCCTGAAATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 184487 ATTAAGAAGGTG...CAGATCCAGGAGGCTGCAAGCCAGGGCCTGAAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTTGGTGTTATACCTCAGTACCATTCCTCTGTGAACTCGGCAGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215800 CGTTGGTGTTATACCTCAGTACCATTCCTCTGTGAACTCGGCAGGCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGCTCCGGTGTCTACTGCCAACAGCACCGAGGATGCCAGAGATGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215850 GTGCTCCGGTGTCTACTGCCAACAGCACCGAGGATGCCAGAGATGCAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACGCACGTGGGGATCACGCGTCACTGGAGAATGAGAAACCGGGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215900 AACGCACGTGGGGATCACGCGTCACTGGAGAATGAGAAACCGGGGACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATGTGTGCAGTGCTCCGGCTGGGAGAAACCAAAGCCCAGAGCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215950 GGATGTGTGCAGTGCTCCGGCTGGGAGAAACCAAAGCCCAGAGCCCAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGGCCCCAGAGGGGAGGTGCCCCTCGCCAAGCAGCCCAGCTCACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216000 CAGGCCCCAGAGGGGAGGTGCCCCTCGCCAAGCAGCCCAGCTCACCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGAGAGGGAGATGGTGGAGAACTTTCACCACAGGGGGTGAGCAAGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216050 GGAGAGGGAGATGGTGGAGAACTTTCACCACAGGGGGTGAGCAAGACACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGATGGACCGGAGAGCAACCCCTTGGAGGTGCATGAAGAGCCACTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216100 GGATGGACCGGAGAGCAACCCCTTGGAGGTGCATGAAGAGCCACTCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGA         AAATGGAGATCTTCACCCTTTTCAACAAACCGAAGAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216150 GGAGTA...CAGAAATGGAGATCTTCACCCTTTTCAACAAACCGAAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CATCAGAAGTGCCGGCAATACTACCCTGTCACCATTCCTCTCCATGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223629 CATCAGAAGTGCCGGCAATACTACCCTGTCACCATTCCTCTCCATGTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAGAATGGCCAGACAGTGAGCGGTTTGGACGCCAACTGGTTAGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223679 CAAGAATGGCCAGACAGTGAGCGGTTTGGACGCCAACTGGTTAGAGCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGAGCGACCACTTCCGGAAAGGAGGCATGCTGGTGAACGCAGTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223729 TGAGCGACCACTTCCGGAAAGGAGGCATGCTGGTGAACGCAGTCTTCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTTGGAATAGTGAATG         ATTCCTTACATGGCTTGACAGATGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 223779 CTTGGAATAGTGAATGGTA...CAGATTCCTTACATGGCTTGACAGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGTATTCATCTTTGAAGCTGTTTCCACAGAAGATAGCAAAACCATACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235848 AGTATTCATCTTTGAAGCTGTTTCCACAGAAGATAGCAAAACCATACAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCTATGATGCTATTGTGGTTGAACAATGGACAGTCCTGGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 235898 GCTATGATGCTATTGTGGTTGAACAATGGACAGTCCTGGAAGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGTGTCGAAGTGCAGACAGACTACGTGCCCCTGCTGAACTCGCTGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266994 GGTGTCGAAGTGCAGACAGACTACGTGCCCCTGCTGAACTCGCTGGCGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTATGGCTGGCAGCTCACCTGTGTGCTACCAACTCCCGTCGTCAAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267044 CTATGGCTGGCAGCTCACCTGTGTGCTACCAACTCCCGTCGTCAAGACTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCAG         CGAGGGGAGTGTATCCACCAAGCAGATTGTCTTTCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267094 CCAGGTA...CAGCGAGGGGAGTGTATCCACCAAGCAGATTGTCTTTCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CAGAGACCTTGTCTACCTCAGAAAATCAAGAAGAAGGAATCGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 270450 CAGAGACCTTGTCTACCTCAGAAAATCAAGAAGAAGGAATCGAAGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333     TTTCAGTGGCGATTCTCCAGAGAAGAAATGCACAACAGGCAGATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270500 .TAGTTTCAGTGGCGATTCTCCAGAGAAGAAATGCACAACAGGCAGATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGAAATCAAAAGGTAAACTCAGTGCCAGAGACAAACAACAAGCAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276684 GGAAATCAAAAGGTAAACTCAGTGCCAGAGACAAACAACAAGCAGAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AATGAGAAGAACTTAGAAGACCAGTCTTCCAAAGCTGGAGACATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276734 AATGAGAAGAACTTAGAAGACCAGTCTTCCAAAGCTGGAGACATGGGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CTGTGTTTCAGGACAGCAGCAGGAGGGTGGAGTCTCCGAGGAGATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276784 CTGTGTTTCAGGACAGCAGCAGGAGGGTGGAGTCTCCGAGGAGATGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCCCTGTCCAAGAGGACAAGGGAGAACAGCTGTCCCCTGGTGGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276834 GCCCTGTCCAAGAGGACAAGGGAGAACAGCTGTCCCCTGGTGGCCTGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TGTGGGGTGGGTGTGGAGGGTGAGGCTGTGCAGAATGGTCCTGCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276884 TGTGGGGTGGGTGTGGAGGGTGAGGCTGTGCAGAATGGTCCTGCCAGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAGCAGGGCCCTGGTGGGGATTTGCACTGGGCACTCCAATCCTGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276934 CAGCAGGGCCCTGGTGGGGATTTGCACTGGGCACTCCAATCCTGGAGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 ATGCCAGGGACGGGGATGCTGAGGAAGTCAGAGAGCTTGGTACGGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276984 ATGCCAGGGACGGGGATGCTGAGGAAGTCAGAGAGCTTGGTACGGTTGAA

   1800     .
   1729 GAAAAC
        ||||||
 277034 GAAAAC