seq1 = pF1KSDA0080.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KSDA0080/gi568815597f_155767964.tfa (gi568815597f:155767964_155981505), 213542 bp

>pF1KSDA0080 1293
>gi568815597f:155767964_155981505 (Chr1)

1-34  (91799-91832)   100% ->
35-861  (100002-100828)   99% ->
862-985  (112537-112660)   100% ->
986-1293  (113235-113542)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGATCACCAATATCCGACCTAGCTTTG         ATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  91799 ATGGCTGAGATCACCAATATCCGACCTAGCTTTGGTA...CAGATGTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCGGTGGTGGCCGGCCTCATCGGGGCCTCTGTGCTGGTGGTGTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 ACCGGTGGTGGCCGGCCTCATCGGGGCCTCTGTGCTGGTGGTGTGTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGTGACCGTCTTTGTCTGGTCATGCTGCCACCAGCAGGCAGAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CGGTGACCGTCTTTGTCTGGTCATGCTGCCACCAGCAGGCAGAGAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAAGAACCCACCATACAAGTTTATTCACATGCTCAAAGGCATCAGCAT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 CAGAAGAACCCACCATACAAGTTTATTCACATGCTCAAAGGCATCAGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATACCCAGAGACCCTCAGCAACAAGAAGAAAATCATCAAAGTGCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100159 ATACCCAGAGACCCTCAGCAACAAGAAGAAAATCATCAAAGTGCGGAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAAGATGGTCCTGGGAGGGAAGGTGGACGTAGGAACCTGTTGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100209 ACAAAGATGGTCCTGGGAGGGAAGGTGGACGTAGGAACCTGTTGGTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAGCAGAGGCTGGCCTGCTAAGCCGAGACAAAGATCCCAGGGGGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100259 GCAGCAGAGGCTGGCCTGCTAAGCCGAGACAAAGATCCCAGGGGGCCTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCTGGATCTTGTATAGACCAATTACCCATCAAAATGGACTATGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100309 CTCTGGATCTTGTATAGACCAATTACCCATCAAAATGGACTATGGGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACTAAGGAGCCCTATTACAAGCCTGACCCCTGGGGAGAGCAAAACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100359 AACTAAGGAGCCCTATTACAAGCCTGACCCCTGGGGAGAGCAAAACCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTCCATCATCTCCAGAGGAGGATGTCATGCTAGGATCCCTCACCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100409 TCTCCATCATCTCCAGAGGAGGATGTCATGCTAGGATCCCTCACCTTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTGGACTATAACTTCCCGAAAAAAGCCCTGGTGGTGACAATCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100459 AGTGGACTATAACTTCCCGAAAAAAGCCCTGGTGGTGACAATCCAGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCACGGGCTGCCAGTGATGGATGACCAGACCCAGGGATCTGACCCCTAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100509 CCCATGGGCTGCCAGTGATGGATGACCAGACCCAGGGATCTGACCCCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCAAAATGACCATCCTTCCTGACAAACGGCATCGGGTGAAGACCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100559 ATCAAAATGACCATCCTTCCTGACAAACGGCATCGGGTGAAGACCAGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCTGCGGAAGACCCTGGACCCTGTGTTTGACGAGACCTTCACCTTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 GCTGCGGAAGACCCTGGACCCTGTGTTTGACGAGACCTTCACCTTCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCATCCCCTACAGCCAGCTGCAGGACCTGGTGCTGCACTTCCTTGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 GCATCCCCTACAGCCAGCTGCAGGACCTGGTGCTGCACTTCCTTGTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGCTTTGACCGCTTCTCTCGGGATGATGTCATTGGCGAGGTCATGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 AGCTTTGACCGCTTCTCTCGGGATGATGTCATTGGCGAGGTCATGGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACTGGCAGGGGTGGACCCCAGCACAGGCAAGGTACAACTGACCAGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100759 ACTGGCAGGGGTGGACCCCAGCACAGGCAAGGTACAACTGACCAGGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCATCAAAAGGAATATCCAG         AAGTGCATCAGCAGAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100809 TCATCAAAAGGAATATCCAGGTG...CAGAAGTGCATCAGCAGAGGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTCCAGGTGTCTCTGTCATATCAGCCTGTGGCACAGAGAATGACAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112558 CTCCAGGTGTCTCTGTCATATCAGCCTGTGGCACAGAGAATGACAGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGTCCTCAAAGCCAGACACTTGCCGAAGATGGATATCACCGGTCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112608 GGTCCTCAAAGCCAGACACTTGCCGAAGATGGATATCACCGGTCTCTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTA         ATCCTTATGTCAAGGTGAACGTCTACTACGGCAGAAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112658 GTAGCA...CAGATCCTTATGTCAAGGTGAACGTCTACTACGGCAGAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCATTGCCAAGAAGAAAACCCATGTGAAGAAGTGCACTTTGAACCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113273 CGCATTGCCAAGAAGAAAACCCATGTGAAGAAGTGCACTTTGAACCCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTTCAATGAATCTTTCATCTACGACATCCCCACTGACCTCCTGCCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113323 CTTCAATGAATCTTTCATCTACGACATCCCCACTGACCTCCTGCCTGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCAGCATCGAGTTCCTCGTTATCGACTTCGATCGCACCACCAAGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113373 TCAGCATCGAGTTCCTCGTTATCGACTTCGATCGCACCACCAAGAATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GTGGTGGGGAGGCTGATCCTGGGGGCACACAGTGTCACAGCCAGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113423 GTGGTGGGGAGGCTGATCCTGGGGGCACACAGTGTCACAGCCAGTGGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGAACACTGGAGAGAGGTCTGCGAGAGCCCCCGCAAGCCTGTGGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113473 TGAACACTGGAGAGAGGTCTGCGAGAGCCCCCGCAAGCCTGTGGCCAAGT

   1300     .    :    .    :
   1274 GGCACAGTCTGAGCGAGTAC
        ||||||||||||||||||||
 113523 GGCACAGTCTGAGCGAGTAC