seq1 = pF1KSDA0074.tfa, 2223 bp
seq2 = pF1KSDA0074/gi568815596f_96241638.tfa (gi568815596f:96241638_96473348), 231711 bp

>pF1KSDA0074 2223
>gi568815596f:96241638_96473348 (Chr2)

1-19  (94193-94211)   100% ->
20-272  (100005-100257)   100% ->
273-363  (100413-100503)   100% ->
364-456  (101119-101211)   100% ->
457-595  (101529-101667)   100% ->
596-720  (102468-102592)   100% ->
721-910  (110194-110383)   100% ->
911-1002  (111669-111760)   100% ->
1003-1208  (112546-112751)   100% ->
1209-1357  (117408-117556)   100% ->
1358-1464  (118506-118612)   100% ->
1465-1587  (118951-119073)   100% ->
1588-1698  (122844-122954)   100% ->
1699-1881  (124239-124421)   100% ->
1882-1998  (125620-125736)   100% ->
1999-2090  (127335-127426)   100% ->
2091-2166  (127788-127863)   100% ->
2167-2223  (131655-131711)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCTCCCGGCCCAG         CACTGCCAGCCACAATGAATAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  94193 ATGGGACCTCCCGGCCCAGGTG...CAGCACTGCCAGCCACAATGAATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTCTTCTTCAGAGACGCGAGGACACCCCCACAGTGCCTCCTCTCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 CTCTTCTTCAGAGACGCGAGGACACCCCCACAGTGCCTCCTCTCCTTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCGTGTGTTCCCGATGCCCCTGCCCAGGAAGGCGCCTCTCAATATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 AGCGTGTGTTCCCGATGCCCCTGCCCAGGAAGGCGCCTCTCAATATTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCACCCCAGTCCTCGAAGACTTTCCTCAGAATGACGATGAGAAGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 GGCACCCCAGTCCTCGAAGACTTTCCTCAGAATGACGATGAGAAGGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGCAGCGGAGGCGCTCGAGGGTCTTTGATCTGCAGTTCAGCACTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100177 GCTGCAGCGGAGGCGCTCGAGGGTCTTTGATCTGCAGTTCAGCACTGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCTCGCTTATTGGCCTCCCCCTCCAGCAG         GAGTATTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100227 CACCTCGCTTATTGGCCTCCCCCTCCAGCAGGTG...TAGGAGTATTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTTCAGCTACTATCCCCAAGTTTACAAACACGCAGATTACGGAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100423 ATTTCAGCTACTATCCCCAAGTTTACAAACACGCAGATTACGGAACATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCACCTGTATCAAACTGTCCACTGAAAAT         AAAATCACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100473 CTCCACCTGTATCAAACTGTCCACTGAAAATGTG...CAGAAAATCACTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAAGAATGCTTTTGGTTTGCACTTGATTGATTTTATGTCAGAGATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101129 CCAAGAATGCTTTTGGTTTGCACTTGATTGATTTTATGTCAGAGATTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACAGAAAGACACCGAACCAACCAACTTTAAA         GTGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101179 AAACAGAAAGACACCGAACCAACCAACTTTAAAGTA...TAGGTGGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGTACTCTGGATGCCAGCACCAAGATCTATGCTGTGCGCGTGGATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101537 GGGTACTCTGGATGCCAGCACCAAGATCTATGCTGTGCGCGTGGATGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCATGCCGATGTATACAGAGTCCTTGGGGGGCTGGGCAAAGATGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101587 TCCATGCCGATGTATACAGAGTCCTTGGGGGGCTGGGCAAAGATGCACCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTTTGGAAGAAGTAGAAGGCCATGTTGCTG         ATGGAAGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101637 TCTTTGGAAGAAGTAGAAGGCCATGTTGCTGGTA...TAGATGGAAGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACTGAAATGGGAACAACCAAAAAGGCTGTAAAGCCAAAGAAGAAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102478 TACTGAAATGGGAACAACCAAAAAGGCTGTAAAGCCAAAGAAGAAGCACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACACAGAACTATTGAGCAGAACATAAACAACCTCAATGTCTCCGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102528 TACACAGAACTATTGAGCAGAACATAAACAACCTCAATGTCTCCGAAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATCGGAAGTGTGAG         ATTGATCCCATGTTTCAGAAGACAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102578 GATCGGAAGTGTGAGGTG...CAGATTGATCCCATGTTTCAGAAGACAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCCTCATTTGATGAGTGCAGCACAGCAGGGGTGTTTCTGTCCACTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110220 AGCCTCATTTGATGAGTGCAGCACAGCAGGGGTGTTTCTGTCCACTCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTGCCAGGACTACAGAAGTGAACTGCTGTTTCCCTCTGATGTCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110270 ACTGCCAGGACTACAGAAGTGAACTGCTGTTTCCCTCTGATGTCCAGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCTCCACGGGAGAACCTCTCGAGTTGCCAGAGTTAGGTTGTGTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110320 CTCTCCACGGGAGAACCTCTCGAGTTGCCAGAGTTAGGTTGTGTAGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GACAGATTTAAAAG         CGCCCTTGCAGCAGTGTGCAGAAGATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110370 GACAGATTTAAAAGGTA...CAGCGCCCTTGCAGCAGTGTGCAGAAGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCAGATCTGCCCTTCCCTGGCCGGGTTCCAGTTTACACAGTGGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111696 GCCAGATCTGCCCTTCCCTGGCCGGGTTCCAGTTTACACAGTGGGACAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAACACATAATGAG         TCTGTGTCGGCCCTGGTAGACAAGTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111746 GAAACACATAATGAGGTG...CAGTCTGTGTCGGCCCTGGTAGACAAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAAGAAGAATGACCAGGTATTTGACATCAATGCTGAAGTTGACGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112572 TAAGAAGAATGACCAGGTATTTGACATCAATGCTGAAGTTGACGAGAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTGTGGAGACTTCCCCGATGGGTCCCTGGGGGATGACTTTGATGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112622 ACTGTGGAGACTTCCCCGATGGGTCCCTGGGGGATGACTTTGATGCCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATGAACCTGACCACACCGCAGTTGGGGATCATGAAGAGTTCAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112672 GATGAACCTGACCACACCGCAGTTGGGGATCATGAAGAGTTCAGGAGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAAGGAGCCCTGCCAGGTTCAGAGCTGCCA         GGAAGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112722 GAAGGAGCCCTGCCAGGTTCAGAGCTGCCAGTA...CAGGGAAGAAATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTTCCCTTGGGGATGGAGACATCAGGACCATGTGCCCCCTTCTGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117419 TTTCCCTTGGGGATGGAGACATCAGGACCATGTGCCCCCTTCTGTCTATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAACCTGGAGAATATTCTTATTTCAGTCCTCGGACCATGTCGATGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117469 AAACCTGGAGAATATTCTTATTTCAGTCCTCGGACCATGTCGATGTGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGGCCCGGATCACTGGCGCTTTAGGCCTCGACGCAAAC         AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117519 TGGCCCGGATCACTGGCGCTTTAGGCCTCGACGCAAACGTA...CAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGCTCCTTCCCAATCAGAAAACAAAAAGAAGAGTACAAAAAAAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118509 ATGCTCCTTCCCAATCAGAAAACAAAAAGAAGAGTACAAAAAAAGATTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAAATTGACTTTGAAGATGATATTGACTTTGATGTATATTTTAGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118559 GAAATTGACTTTGAAGATGATATTGACTTTGATGTATATTTTAGAAAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AAAG         GCTGCTACTATTCTGACCAAGTCCACTTTGGAGAACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118609 AAAGGTT...TAGGCTGCTACTATTCTGACCAAGTCCACTTTGGAGAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGAATTGGAGAGCTACCACCCTTCCTACAGATTTCAACTACAATGTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118988 AGAATTGGAGAGCTACCACCCTTCCTACAGATTTCAACTACAATGTTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ACTCTGGTCCAGCTTCACCTCAAACCAGGCACCAGG         TTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119038 ACTCTGGTCCAGCTTCACCTCAAACCAGGCACCAGGGTA...TAGTTACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TAAGATGGCCCAGGGCCATAGGGTAGAGACTGAGCATTATGAAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122849 TAAGATGGCCCAGGGCCATAGGGTAGAGACTGAGCATTATGAAGAAATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AAGACTATGATTACAACAACCCTAACGACACCTCCAACTTTTGCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122899 AAGACTATGATTACAACAACCCTAACGACACCTCCAACTTTTGCCCTGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TTACAG         GCTGCTGACAGTGATGATGAAGATTTGGATGACTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122949 TTACAGGTA...CAGGCTGCTGACAGTGATGATGAAGATTTGGATGACTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 ATTTGTGGGACCTGTTGGGAACTCTGACCTCTCACCTTATCCTTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124274 ATTTGTGGGACCTGTTGGGAACTCTGACCTCTCACCTTATCCTTGCCATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CACCTAAGACAGCACAACAGAATGGTGACACTCCAGAAGCCCAAGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124324 CACCTAAGACAGCACAACAGAATGGTGACACTCCAGAAGCCCAAGGATTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GACATCACAACATATGGGGAGTCAAACTTGGTAGCTGAGCCTCAGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124374 GACATCACAACATATGGGGAGTCAAACTTGGTAGCTGAGCCTCAGAAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1882        GTAAATAAAATTGAAATTCACTATGCCAAGACTGCCAAAAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124424 A...CAGGTAAATAAAATTGAAATTCACTATGCCAAGACTGCCAAAAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGGACATGAAGAAACTGAAGCAGAGCATGTGGAGTCTGCTGACAGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125663 TGGACATGAAGAAACTGAAGCAGAGCATGTGGAGTCTGCTGACAGCGCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 TCCGGAAAGGAGGCAGATGCAGAG         GCAAACCACAGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125713 TCCGGAAAGGAGGCAGATGCAGAGGTC...TAGGCAAACCACAGGGAAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGGAAAAGAAGCGGCCCTGGCAGAAGTGGCTGACGAGAAGATGCTTAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127352 TGGAAAAGAAGCGGCCCTGGCAGAAGTGGCTGACGAGAAGATGCTTAGCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GGCTCACGAAGGACCTGCAGAGGAG         CCTGCCCCCTGTCATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127402 GGCTCACGAAGGACCTGCAGAGGAGGTG...CAGCCTGCCCCCTGTCATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GCTCAGAACCTCTCCATACCTCTGGCTTTTGCCTGTCTCCTACATTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127804 GCTCAGAACCTCTCCATACCTCTGGCTTTTGCCTGTCTCCTACATTTAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CAATGAAAAG         AATCTAAAACTGGAAGGAACAGAGGACCTCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 127854 CAATGAAAAGGTA...CAGAATCTAAAACTGGAAGGAACAGAGGACCTCT

   2350     .    :    .    :    .
   2198 CTGATGTTCTTGTGAGGCAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 131686 CTGATGTTCTTGTGAGGCAAGGAGAT