seq1 = pF1KSDA0064.tfa, 1410 bp
seq2 = pF1KSDA0064/gi568815596f_27270744.tfa (gi568815596f:27270744_27476716), 205973 bp

>pF1KSDA0064 1410
>gi568815596f:27270744_27476716 (Chr2)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-138  (100526-100600)   100% ->
139-256  (101880-101997)   100% ->
257-321  (102504-102568)   100% ->
322-432  (103118-103228)   100% ->
433-523  (103342-103432)   100% ->
524-611  (103603-103690)   100% ->
612-681  (103946-104015)   100% ->
682-774  (104318-104410)   100% ->
775-978  (104763-104966)   100% ->
979-1104  (105103-105228)   100% ->
1105-1182  (105363-105440)   100% ->
1183-1257  (105570-105644)   100% ->
1258-1299  (105736-105777)   100% ->
1300-1410  (105863-105973)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACTTTTCCATTCCCGAAACCGAGTCCCGCAGCGGGGACAGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACTTTTCCATTCCCGAAACCGAGTCCCGCAGCGGGGACAGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCGCCTACGTG         GCCTATAACATTCACGTGAATGGAGTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCGCCTACGTGGTG...CAGGCCTATAACATTCACGTGAATGGAGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCACTGTCGGGTGCGCTACAGCCAGCTCCTGGGGCTGCACGAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100554 TGCACTGTCGGGTGCGCTACAGCCAGCTCCTGGGGCTGCACGAGCAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       CTTCGGAAGGAGTATGGGGCCAATGTGCTTCCTGCATTCCCCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100604 ...TAGCTTCGGAAGGAGTATGGGGCCAATGTGCTTCCTGCATTCCCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGAAGCTTTTCTCTCTGACTCCTGCTGAGGTAGAACAGAGGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101924 AAAGAAGCTTTTCTCTCTGACTCCTGCTGAGGTAGAACAGAGGAGAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTAGAGAAGTACATGCAAGCTG         TTCGGCAAGACCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101974 AGTTAGAGAAGTACATGCAAGCTGGTG...TAGTTCGGCAAGACCCATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTGGGAGCAGCGAGACTTTCAACAGTTTCCTGCGTCGGGCACAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102521 CTTGGGAGCAGCGAGACTTTCAACAGTTTCCTGCGTCGGGCACAACAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        GAGACACAGCAGGTCCCCACAGAGGAAGTGTCCTTGGAAGTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102571 A...CAGGAGACACAGCAGGTCCCCACAGAGGAAGTGTCCTTGGAAGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTCAGCAACGGGCAGAAAGTTCTGGTCAACGTGCTAACTTCAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103161 TGCTCAGCAACGGGCAGAAAGTTCTGGTCAACGTGCTAACTTCAGATCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGAGGATGTCCTGGAG         GCTGTAGCTGCAAAGCTGGATCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103211 ACTGAGGATGTCCTGGAGGTG...CAGGCTGTAGCTGCAAAGCTGGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCCAGATGACTTGATTGGATACTTTAGTCTATTCTTAGTTCGAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 TCCAGATGACTTGATTGGATACTTTAGTCTATTCTTAGTTCGAGAAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGATGGAGCCTTTTCTT         TTGTACGGAAGTTGCAAGAGTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103415 AGGATGGAGCCTTTTCTTGTG...TAGTTGTACGGAAGTTGCAAGAGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAGCTGCCTTATGTGTCTGTCACCAGCCTTCGGAGTCAAGAGTATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103626 GAGCTGCCTTATGTGTCTGTCACCAGCCTTCGGAGTCAAGAGTATAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGCTAAGGAAGAG         TTATTGGGACTCTGCCTATGATGACG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103676 TGTGCTAAGGAAGAGGTC...CAGTTATTGGGACTCTGCCTATGATGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGTCATGGAGAACCGGGTTGGCCTGAACCTGCTTTATGCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103972 ATGTCATGGAGAACCGGGTTGGCCTGAACCTGCTTTATGCTCAGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682    ACGGTATCAGATATTGAGCGTGGGTGGATCTTGGTCACCAAGGAACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104315 TAGACGGTATCAGATATTGAGCGTGGGTGGATCTTGGTCACCAAGGAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCACCGGCAACTCAAATCTCTGCAAGAGAAAGTCTCCAAGAAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104365 GCACCGGCAACTCAAATCTCTGCAAGAGAAAGTCTCCAAGAAGGAGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775      TTCCTGAGACTGGCCCAGACGCTGCGGCACTATGGCTACTTGCGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104415 ..CAGTTCCTGAGACTGGCCCAGACGCTGCGGCACTATGGCTACTTGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTTGATGCCTGTGTGGCTGACTTCCCAGAAAAGGACTGTCCTGTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104808 TTTGATGCCTGTGTGGCTGACTTCCCAGAAAAGGACTGTCCTGTGGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAGCGCGGGCAACAGTGAGCTCAGCCTGCAGCTCCGCCTGCCTGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104858 GAGCGCGGGCAACAGTGAGCTCAGCCTGCAGCTCCGCCTGCCTGGCCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AACTCCGAGAAGGCTCCTTCCGGGTCACCCGCATGCGATGCTGGCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104908 AACTCCGAGAAGGCTCCTTCCGGGTCACCCGCATGCGATGCTGGCGGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACCTCCTCT         GTACCATTGCCCAGTGGAAGCACGAGCAGCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104958 ACCTCCTCTGTG...CAGGTACCATTGCCCAGTGGAAGCACGAGCAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGGCCGGGGCCGGGGTGAGGTGCGCCTGGAACTGGCTTTTGAATACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105135 AGGCCGGGGCCGGGGTGAGGTGCGCCTGGAACTGGCTTTTGAATACCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGAGCAAGGACCGGCTACAGTGGGTCACCATCACTAGCCCCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105185 TGAGCAAGGACCGGCTACAGTGGGTCACCATCACTAGCCCCCAGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105    GCTATCATGATGAGCATCTGCTTGCAGTCCATGGTTGATGAACTGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105360 CAGGCTATCATGATGAGCATCTGCTTGCAGTCCATGGTTGATGAACTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGTGAAGAAATCTGGCGGCAGTATCAGGAAG         ATGCTGCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105410 GGTGAAGAAATCTGGCGGCAGTATCAGGAAGGTA...CAGATGCTGCGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GGCGGGTGGGGGGTACTCTGAGACGCTCAGACAGCCAGCAAGCAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105580 GGCGGGTGGGGGGTACTCTGAGACGCTCAGACAGCCAGCAAGCAGTGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TCCCCACCACTGCTT         GAGTCACCTGATGCCACCCGGGAGTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105630 TCCCCACCACTGCTTGTA...CAGGAGTCACCTGATGCCACCCGGGAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TATGGTCAAACTCTCA         AGTAAGCTGAGTGCCGTGAGCTTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105762 TATGGTCAAACTCTCAGTG...CAGAGTAAGCTGAGTGCCGTGAGCTTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GGGGAATTGGCAGTCCCAGCACAGATGCCAGTGCCAGTGATGTCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105888 GGGGAATTGGCAGTCCCAGCACAGATGCCAGTGCCAGTGATGTCCACGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1375 AATTTCGCCTTCGAGGGCATTGGAGATGAGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105938 AATTTCGCCTTCGAGGGCATTGGAGATGAGGATCTG