seq1 = pF1KSDA0062.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KSDA0062/gi568815590f_22304711.tfa (gi568815590f:22304711_22519695), 214985 bp

>pF1KSDA0062 1476
>gi568815590f:22304711_22519695 (Chr8)

1-270  (100001-100270)   99% ->
271-457  (103600-103786)   100% ->
458-627  (107327-107496)   100% ->
628-750  (110070-110192)   100% ->
751-939  (111059-111247)   100% ->
940-1147  (111363-111570)   99% ->
1148-1332  (112941-113125)   100% ->
1333-1476  (114842-114985)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGCTGCTGCTGCACCCGGCCTTCCAGAGCTGCCTCCTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGCTGCTGCTGCACCCGGCCTTCCAGAGCTGCCTCCTGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTTGGCTTATGGAGAACCACCCCTGAGGCTCACGCTTCATCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTTGGCTTATGGAGAACCACCCCTGAGGCTCACGCTTCATCCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGCACCAGCTATCAGCGCTGCCTCCTTCCTGCAGGATCTAATACATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGCACCAGCTATCAGCGCTGCCTCCTTCCTGCAGGATCTAATACATCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGGCGAGGGTGACAGCCTCACTCTGCAGCAGCTGAAGGCCCTGCTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100151 TATGGCGAGGGTGACAGCCTCACTCTGCAGCAGCTGAAGGCCCTACTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACCTGGATGTGGGAGTGGGCCGGGGTAATGTCACCCAGCACGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCACCTGGATGTGGGAGTGGGCCGGGGTAATGTCACCCAGCACGTGCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GACACAGGAACCTCTCCACG         TGCTTTAGTTCTGGAGACCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100251 GACACAGGAACCTCTCCACGGTA...CAGTGCTTTAGTTCTGGAGACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCACTGCCCACAATTTCAGCGAGCAGTCGCGGATTGGGAGCAGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103621 TTCACTGCCCACAATTTCAGCGAGCAGTCGCGGATTGGGAGCAGCGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGGAGTTCTGCCCCACCATCCTCCAGCAGCTGGATTCCCGGGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103671 CCAGGAGTTCTGCCCCACCATCCTCCAGCAGCTGGATTCCCGGGCCTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTCGGAGAACCAGGAAAACGAGGAGAATGAGCAGACGGAGGAGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103721 CCTCGGAGAACCAGGAAAACGAGGAGAATGAGCAGACGGAGGAGGGGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCAAGCGCTGTTGAAG         TGTGGGGATACGGTCTCCTCTGTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103771 CCAAGCGCTGTTGAAGGTG...CAGTGTGGGGATACGGTCTCCTCTGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACCGTCATCTCCCTCTGCTCCCTCCTGGGGGCCAGCGTGGTGCCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107352 GACCGTCATCTCCCTCTGCTCCCTCCTGGGGGCCAGCGTGGTGCCCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAAGAAGACCTTTTACAAGAGGCTGCTGCTCTACTTCATAGCTCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107402 TGAAGAAGACCTTTTACAAGAGGCTGCTGCTCTACTTCATAGCTCTGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTGGAACCCTCTACTCCAACGCCCTCTTCCAGCTCATCCCGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107452 ATTGGAACCCTCTACTCCAACGCCCTCTTCCAGCTCATCCCGGAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628     GCATTTGGTTTCAACCCTCTGGAAGATTATTATGTCTCCAAGTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107502 .CAGGCATTTGGTTTCAACCCTCTGGAAGATTATTATGTCTCCAAGTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGTGGTGTTTGGGGGCTTTTATCTTTTCTTTTTCACAGAGAAGATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110116 CAGTGGTGTTTGGGGGCTTTTATCTTTTCTTTTTCACAGAGAAGATCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGATTCTTCTTAAGCAGAAAAATGAG         CATCATCATGGACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110166 AAGATTCTTCTTAAGCAGAAAAATGAGGTG...CAGCATCATCATGGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGCCATTATGCCTCTGAGTCGCTTCCCTCCAAGAAGGACCAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111073 CAGCCATTATGCCTCTGAGTCGCTTCCCTCCAAGAAGGACCAGGAGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGGTGATGGAGAAGCTGCAGAACGGGGACCTGGACCACATGATTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111123 GGGTGATGGAGAAGCTGCAGAACGGGGACCTGGACCACATGATTCCTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACTGCAGCAGTGAGCTGGACGGCAAGGCGCCCATGGTGGACGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111173 CACTGCAGCAGTGAGCTGGACGGCAAGGCGCCCATGGTGGACGAGAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATTGTGGGCTCGCTCTCTGTGCAG         GACCTGCAGGCTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111223 CATTGTGGGCTCGCTCTCTGTGCAGGTC...TAGGACCTGCAGGCTTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGAGTGCTTGCTACTGGCTGAAAGGTGTCCGCTACTCTGATATCGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111379 AGAGTGCTTGCTACTGGCTGAAAGGTGTCCGCTACTCTGATATCGGCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGGCCTGGATGATCACTCTGAGCGACGGCCTCCACAATTTCATCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 111429 CTGGCCTGGATGATCACTCTGAGCGACGGCCTCCATAATTTCATCGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCTGGCCATCGGTGCTTCCTTCACTGTGTCAGTTTTCCAAGGCATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111479 CCTGGCCATCGGTGCTTCCTTCACTGTGTCAGTTTTCCAAGGCATCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCTCGGTGGCCATCCTCTGTGAGGAGTTCCCACATGAGCTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111529 CCTCGGTGGCCATCCTCTGTGAGGAGTTCCCACATGAGCTAGGTA...TA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1148  GAGACTTTGTCATCCTGCTCAACGCTGGGATGAGCATCCAACAAGCTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112940 GGAGACTTTGTCATCCTGCTCAACGCTGGGATGAGCATCCAACAAGCTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTTCTTCAACTTCCTTTCTGCCTGCTGCTGCTACCTGGGTCTGGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112990 CTTCTTCAACTTCCTTTCTGCCTGCTGCTGCTACCTGGGTCTGGCCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCATCCTGGCCGGCAGCCACTTCTCTGCCAACTGGATTTTTGCGCTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113040 GCATCCTGGCCGGCAGCCACTTCTCTGCCAACTGGATTTTTGCGCTAGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGAGGAATGTTCTTGTATATTTCTCTGGCTGATATG         TTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113090 GGAGGAATGTTCTTGTATATTTCTCTGGCTGATATGGTA...CAGTTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGAGATGAATGAGGTCTGTCAAGAGGATGAAAGGAAGGGCAGCATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114847 TGAGATGAATGAGGTCTGTCAAGAGGATGAAAGGAAGGGCAGCATCTTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTCCATTTATCATCCAGAACCTGGGCCTCCTGACTGGATTCACCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114897 TTCCATTTATCATCCAGAACCTGGGCCTCCTGACTGGATTCACCATCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1438 GTGGTCCTCACCATGTATTCAGGACAGATCCAGATTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114947 GTGGTCCTCACCATGTATTCAGGACAGATCCAGATTGGG