seq1 = pF1KSDA0057.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KSDA0057/gi568815592r_52403200.tfa (gi568815592r:52403200_52676915), 273716 bp

>pF1KSDA0057 1110
>gi568815592r:52403200_52676915 (Chr6)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-184  (141070-141133)   100% ->
185-294  (160179-160288)   100% ->
295-411  (160794-160910)   100% ->
412-470  (167330-167388)   100% ->
471-555  (168598-168682)   100% ->
556-626  (169293-169363)   100% ->
627-731  (170780-170884)   100% ->
732-875  (171174-171317)   100% ->
876-1039  (172162-172325)   100% ->
1040-1110  (173646-173716)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTCCGCAGGAGGACGAAAAGTTACCCGCTCTTCAGCCAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTCCGCAGGAGGACGAAAAGTTACCCGCTCTTCAGCCAGGAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCATCCACAACCATGCGGACATCGGCTTCTGCCTGGTGCTCTGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCATCCACAACCATGCGGACATCGGCTTCTGCCTGGTGCTCTGCGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCGGGCTTATGTTCGAG         GTCACAGCCAAGACTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TCATCGGGCTTATGTTCGAGGTG...CAGGTCACAGCCAAGACTGCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTATTTATTTTACCTCAGTATAACATTAGCGTGCCTACAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 141091 CTATTTATTTTACCTCAGTATAACATTAGCGTGCCTACAGCAGGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   ACAGTGAGACCGTGCACTACCACTATGGCCCTAAGGACCTGGTCACAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160177 AGACAGTGAGACCGTGCACTACCACTATGGCCCTAAGGACCTGGTCACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTGTTCTACATCTTCATCACCATCATCTTGCATGCTGTGGTTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160227 TCTTGTTCTACATCTTCATCACCATCATCTTGCATGCTGTGGTTCAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACATTTTAGAT         AAAATCAGCAAACGGCTTCATCTCTCCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 160277 TACATTTTAGATGTA...TAGAAAATCAGCAAACGGCTTCATCTCTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTCAAACACAGCAAGTTCAATGAATCTGGACAGCTGGTCGTCTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160823 AGTCAAACACAGCAAGTTCAATGAATCTGGACAGCTGGTCGTCTTTCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCACCTCGGTGATTTGGTGCTTCTACGTGGTGGTGACG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 160873 TCACCTCGGTGATTTGGTGCTTCTACGTGGTGGTGACGGTG...CAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGATACTTAACAAACCCAAGAAGCCTCTGGGAAGACTACCCGCATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167333 GGATACTTAACAAACCCAAGAAGCCTCTGGGAAGACTACCCGCATGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTCCC         CTTCCAGGTGAAGTTTTTCTACCTATGCCAGCTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167383 CCTCCCGTG...CAGCTTCCAGGTGAAGTTTTTCTACCTATGCCAGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTACTGGCTGCACGCACTTCCTGAGCTATACTTCCAGAAGGTACGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168633 CCTACTGGCTGCACGCACTTCCTGAGCTATACTTCCAGAAGGTACGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556          GAGGAAATTCCCCGCCAGCTCCAGTATATTTGCCTGTACCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168683 GTG...CAGGAGGAAATTCCCCGCCAGCTCCAGTATATTTGCCTGTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTGCATATAGCTGGAGCATACCTCTTAAA         CCTGAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 169334 GGTGCATATAGCTGGAGCATACCTCTTAAAGTG...CAGCCTGAGCCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGGCCTGATCTTGCTGCTGCTGCAGTACTCAACTGAGTTCCTCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170791 TGGGCCTGATCTTGCTGCTGCTGCAGTACTCAACTGAGTTCCTCTTCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACGGCTAGACTCTTCTACTTTGCAGATGAAAACAACGAGAAACT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 170841 ACGGCTAGACTCTTCTACTTTGCAGATGAAAACAACGAGAAACTGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    732    GTTCAGTGCCTGGGCTGCTGTTTTTGGGGTTACCCGCCTCTTCATCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171171 CAGGTTCAGTGCCTGGGCTGCTGTTTTTGGGGTTACCCGCCTCTTCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCACCCTTGCCGTGCTGGCCATTGGCTTTGGACTGGCTCGCATGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171221 TCACCCTTGCCGTGCTGGCCATTGGCTTTGGACTGGCTCGCATGGAAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGGCATTTGATCCCGAGAAAGGGAACTTCAACACTTTGTTTTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 171271 CAGGCATTTGATCCCGAGAAAGGGAACTTCAACACTTTGTTTTGCAGGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    876       GCTCTGCGTGCTGCTGCTGGTGTGTGCCGCCCAGGCCTGGCTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171321 ...CAGGCTCTGCGTGCTGCTGCTGGTGTGTGCCGCCCAGGCCTGGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGTGGCGCTTCATCCACTCCCAGCTGCGGCACTGGCGGGAATACTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172206 TGTGGCGCTTCATCCACTCCCAGCTGCGGCACTGGCGGGAATACTGGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGCAGAGTGCAAAGCGGAGAGTCCCAGCCACACCCAGACTACCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172256 GAGCAGAGTGCAAAGCGGAGAGTCCCAGCCACACCCAGACTACCAGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTCATCAAGAGGGAATCTG         GTTACCATGAAAATGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 172306 GCTCATCAAGAGGGAATCTGGTG...CAGGTTACCATGAAAATGGAGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGAAGGCAGAGAACGGAACCTCCCCACGGACTAAGAAACTCAAGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173667 TGAAGGCAGAGAACGGAACCTCCCCACGGACTAAGAAACTCAAGTCTCCC