seq1 = pF1KSDA0053.tfa, 1914 bp
seq2 = pF1KSDA0053/gi568815596f_68675181.tfa (gi568815596f:68675181_68926191), 251011 bp

>pF1KSDA0053 1914
>gi568815596f:68675181_68926191 (Chr2)

1-240  (100001-100240)   100% ->
241-328  (107053-107140)   100% ->
329-445  (112660-112776)   100% ->
446-650  (132096-132300)   100% ->
651-783  (138107-138239)   100% ->
784-857  (141109-141182)   100% ->
858-979  (142693-142814)   100% ->
980-1176  (143943-144139)   100% ->
1177-1709  (147160-147692)   100% ->
1710-1914  (150807-151011)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTCGGTCAGTCGGCCTGTCTGTTCCTCTCTATAGCTCGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTCGGTCAGTCGGCCTGTCTGTTCCTCTCTATAGCTCGGTCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTGTGATGACTGGCGAGCAGATGGCTGCCTTCCATCCATCGTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTGTGATGACTGGCGAGCAGATGGCTGCCTTCCATCCATCGTCCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAACCCGCTGGAGAGGCCCATCAAGATGGGCTGGCTGAAGAAGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAACCCGCTGGAGAGGCCCATCAAGATGGGCTGGCTGAAGAAGCAGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCATCGTGAAGAACTGGCAGCAGAGGTACTTTGTGCTGAGGGCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCATCGTGAAGAACTGGCAGCAGAGGTACTTTGTGCTGAGGGCGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCTACTACTACAAGGATGAAGAGGACACGAAGCCCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100201 GCTCTACTACTACAAGGATGAAGAGGACACGAAGCCCCAGGTA...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGCATGTATCTACCAGGATGTACAATCAAGGAGATCGCCACAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107054 GCTGCATGTATCTACCAGGATGTACAATCAAGGAGATCGCCACAAACCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGAAGCTGGGAAGTTTGTCTTTGAAATCATTCCAG         CCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107104 GAAGAAGCTGGGAAGTTTGTCTTTGAAATCATTCCAGGTA...CAGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATGGGACCAGAATCGCATGGGACAGGACTCCTATGTCCTCATGGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112664 ATGGGACCAGAATCGCATGGGACAGGACTCCTATGTCCTCATGGCCAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCAGGCGGAGATGGAGGAGTGGGTTAAATTCCTCAGGAGAGTTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112714 CTCAGGCGGAGATGGAGGAGTGGGTTAAATTCCTCAGGAGAGTTGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACACCCTGTGGAG         TGTTTGGCCAGCGCTTGGATGAGACTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112764 ACACCCTGTGGAGGTA...CAGTGTTTGGCCAGCGCTTGGATGAGACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCTATGAACAGAAATTCGGCCCCCATCTGGTGCCCATCCTGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132124 GGCCTATGAACAGAAATTCGGCCCCCATCTGGTGCCCATCCTGGTGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATGTGCAGAGTTCATCCTGGAGCACGGCCGGAATGAAGAGGGCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132174 AATGTGCAGAGTTCATCCTGGAGCACGGCCGGAATGAAGAGGGCATCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGTCTGCCTGGGCAGGACAACCTGGTGAAGCAGCTGAGAGACGCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132224 CGTCTGCCTGGGCAGGACAACCTGGTGAAGCAGCTGAGAGACGCTTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCTGGGGAGCGGCCCTCCTTTGACAG         AGACACAGATGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 132274 TGCTGGGGAGCGGCCCTCCTTTGACAGGTA...CAGAGACACAGATGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACTGTGGCTTCCCTGTTAAAGCTCTACCTCCGAGACCTCCCAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138121 ACACTGTGGCTTCCCTGTTAAAGCTCTACCTCCGAGACCTCCCAGAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGTTCCCTGGAGCCAGTACGAAGGGTTCCTGCTCTGTGGGCAGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138171 GTGGTTCCCTGGAGCCAGTACGAAGGGTTCCTGCTCTGTGGGCAGCTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAATGCGGATGAGGCAAAG         GCTCAGCAGGAGTTGATGAAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 138221 GAATGCGGATGAGGCAAAGGTT...CAGGCTCAGCAGGAGTTGATGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCTCTCCATCCTTCCTCGTGACAACTATAGTCTCCTGAGCTACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141131 AGCTCTCCATCCTTCCTCGTGACAACTATAGTCTCCTGAGCTACATCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AG         GTTCCTACATGAAATACAGCTGAACTGTGCTGTTAACAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141181 AGGTG...TAGGTTCCTACATGAAATACAGCTGAACTGTGCTGTTAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATGAGTGTGGACAACCTGGCTACTGTGATTGGTGTGAATCTCATCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142732 GATGAGTGTGGACAACCTGGCTACTGTGATTGGTGTGAATCTCATCAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CGAAGGTCGAAGACCCTGCCGTGATCATGAGAG         GGACTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 142782 CGAAGGTCGAAGACCCTGCCGTGATCATGAGAGGTA...CAGGGACTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGATCCAAAGAGTGATGACTATGATGATCAGAGACCATGAAGTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143951 CAGATCCAAAGAGTGATGACTATGATGATCAGAGACCATGAAGTCCTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCCAAGTCCAAGGATATACCCCTGTCACCCCCTGCCCAGAAAAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144001 CCCCAAGTCCAAGGATATACCCCTGTCACCCCCTGCCCAGAAAAATGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAAGAAAGCTCCAGTGGCCCGAAGCTCTGTAGGCTGGGATGCCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144051 CCAAGAAAGCTCCAGTGGCCCGAAGCTCTGTAGGCTGGGATGCCACTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACCTCCGAATTTCTAGGACAGACAGCTTCAGTAGCATG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 144101 GACCTCCGAATTTCTAGGACAGACAGCTTCAGTAGCATGGTA...TAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAGCGACTCTGATACAACCAGCCCCACCGGACAGCAGCCGAGCGATGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147162 AAGCGACTCTGATACAACCAGCCCCACCGGACAGCAGCCGAGCGATGCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTCCGGAGGACAGCAGCAAAGTACCCAGGGAAAAGCCAGGAGACTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147212 TTCCGGAGGACAGCAGCAAAGTACCCAGGGAAAAGCCAGGAGACTGGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATGCAATCTCGTAAAAGGACTCAAACACTCCCTAACCGGAAATGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147262 ATGCAATCTCGTAAAAGGACTCAAACACTCCCTAACCGGAAATGTTTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GACATCAGCTTTTCAGGGTGCCAACAGCAGCAAAATGGAGATCTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147312 GACATCAGCTTTTCAGGGTGCCAACAGCAGCAAAATGGAGATCTTTAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATGAATTCTGGTCGCCTTCCTCAGAGGCTAAGGCAGGGGAAGGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147362 ATGAATTCTGGTCGCCTTCCTCAGAGGCTAAGGCAGGGGAAGGGCACAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AGAACGATGTCTCAAGACTTGCGCCAACTTTCTGACTCCCAACGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147412 AGAACGATGTCTCAAGACTTGCGCCAACTTTCTGACTCCCAACGGACTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CACCTACGATAACGTCCCTTCCCTGCCAGGGTCCCCTGGGGAGGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147462 CACCTACGATAACGTCCCTTCCCTGCCAGGGTCCCCTGGGGAGGAAGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GTGCACTCTCTTCCCAAGCCTGTGACTCCAAGGGAGATACTCTTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147512 GTGCACTCTCTTCCCAAGCCTGTGACTCCAAGGGAGATACTCTTGCCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CCAAACTCTGAAACTGGGCCTGGAAAAAAGAACTCTGGAGAAGAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147562 CCAAACTCTGAAACTGGGCCTGGAAAAAAGAACTCTGGAGAAGAGGAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGATTCTTTGCAGAGGATGGTCCAAGAGCTACGAAAGGAAATAGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147612 TGATTCTTTGCAGAGGATGGTCCAAGAGCTACGAAAGGAAATAGAAACAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGAAGCAAATGTATGAGGAACAGATTAAAAA         CCTTGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 147662 AGAAGCAAATGTATGAGGAACAGATTAAAAAGTA...TAGCCTTGAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAAAATTATGACGTTTGGGCTAAAGTGGTGAGGCTCAATGAAGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150817 GAAAATTATGACGTTTGGGCTAAAGTGGTGAGGCTCAATGAAGAACTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GAAGGAAAAGAAGAAGTCTGCAGCCCTAGAGATCAGCCTCCGCAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150867 GAAGGAAAAGAAGAAGTCTGCAGCCCTAGAGATCAGCCTCCGCAACATGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGCGCTCCCGGGAGGATGTTGAGAAGAGGAACAAGGCCTTGGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150917 AGCGCTCCCGGGAGGATGTTGAGAAGAGGAACAAGGCCTTGGAAGAAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1870 GTCAAGGAATTTGTCAAATCCATGAAGGAACCCAAGACCGAGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150967 GTCAAGGAATTTGTCAAATCCATGAAGGAACCCAAGACCGAGGCT