seq1 = pF1KSDA0050.tfa, 2220 bp
seq2 = pF1KSDA0050/gi568815581f_7236735.tfa (gi568815581f:7236735_7451392), 214658 bp

>pF1KSDA0050 2220
>gi568815581f:7236735_7451392 (Chr17)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-111  (100578-100635)   100% ->
112-231  (105214-105333)   100% ->
232-285  (105541-105594)   100% ->
286-344  (105682-105740)   100% ->
345-528  (106645-106828)   100% ->
529-573  (106972-107016)   100% ->
574-669  (107127-107222)   100% ->
670-744  (107315-107389)   100% ->
745-854  (107805-107914)   100% ->
855-906  (109510-109561)   100% ->
907-1007  (109657-109757)   100% ->
1008-1131  (110074-110197)   100% ->
1132-1343  (110297-110508)   100% ->
1344-1413  (111188-111257)   100% ->
1414-1508  (111393-111487)   100% ->
1509-1678  (111572-111741)   100% ->
1679-1851  (112261-112433)   100% ->
1852-1961  (113211-113320)   100% ->
1962-2072  (113393-113503)   100% ->
2073-2122  (114216-114265)   100% ->
2123-2220  (114561-114658)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGTCAAGCTGGATTTCGAGGAGTGTCTCAAGGACTCACCCCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGTCAAGCTGGATTTCGAGGAGTGTCTCAAGGACTCACCCCGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCG         AGCCTCTATTGAGCTGGTGGAAGCCGAAGTGTCAGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGTA...CAGAGCCTCTATTGAGCTGGTGGAAGCCGAAGTGTCAGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGACCCGTCTGGAAAAG         CTCCTGAAACTGGGCACTGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100616 TGGAGACCCGTCTGGAAAAGGTG...CAGCTCCTGAAACTGGGCACTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCCTGGAAAGTGGGCGCCATTACCTTGCTGCCAGCCGCGCCTTCGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105235 CTCCTGGAAAGTGGGCGCCATTACCTTGCTGCCAGCCGCGCCTTCGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGCATTTGTGACCTGGCCCGCCTGGGTCCACCAGAGCCCATGATGGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105285 CGGCATTTGTGACCTGGCCCGCCTGGGTCCACCAGAGCCCATGATGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         GAGTGTCTGGAAAAATTCACCGTGAGCCTGAACCACAAGCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105335 TA...TAGGAGTGTCTGGAAAAATTCACCGTGAGCCTGAACCACAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACAGCCATGCG         GAGCTTCTAGATGCCACCCAACACACACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105583 GACAGCCATGCGGTA...CAGGAGCTTCTAGATGCCACCCAACACACACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCAGCAGCAGATCCAGACCCTGGTCAAGGA         AGGTCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105711 GCAGCAGCAGATCCAGACCCTGGTCAAGGAGTG...CAGAGGTCTGCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GTTTCCGAGAGGCTCGCCGGGATTTCTGGCGGGGGGCTGAGAGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106656 GTTTCCGAGAGGCTCGCCGGGATTTCTGGCGGGGGGCTGAGAGCCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCTGCCCTGACCCACAACGCAGAGGTTCCCAGGCGCCGGGCCCAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106706 GCTGCCCTGACCCACAACGCAGAGGTTCCCAGGCGCCGGGCCCAGGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGAAGAGGCAGGAGCTGCTTTGAGGACGGCTCGAGCTGGGTACCGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106756 AGAAGAGGCAGGAGCTGCTTTGAGGACGGCTCGAGCTGGGTACCGGGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGCACTGGATTATGCCCTGCAG         ATCAACGTGATTGAGGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106806 GGGCACTGGATTATGCCCTGCAGGTG...CAGATCAACGTGATTGAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAGAGGAAGTTTGACATCATGGAGTTT         GTGCTGCGTTTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106990 AAGAGGAAGTTTGACATCATGGAGTTTGTG...CAGGTGCTGCGTTTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGAGGCCCAGGCTACCCATTTCCAGCAGGGCCATGAGGAGCTGAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107141 GGAGGCCCAGGCTACCCATTTCCAGCAGGGCCATGAGGAGCTGAGCCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGTCCCAGTATCGAAAGGAGCTGGGCGCCCAG         TTGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107191 TGTCCCAGTATCGAAAGGAGCTGGGCGCCCAGGTG...CAGTTGCACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTGGTCTTGAATTCAGCACGAGAGAAGAGGGACATGGAGCAGAGACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107324 CTGGTCTTGAATTCAGCACGAGAGAAGAGGGACATGGAGCAGAGACACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCTGCTGAAACAGAAG         GAGCTGGGTGGGGAGGAGCCAGAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107374 GCTGCTGAAACAGAAGGTG...CAGGAGCTGGGTGGGGAGGAGCCAGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CAAGCTTAAGAGAGGGGCCTGGTGGCCTGGTGATGGAAGGACATCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107830 CAAGCTTAAGAGAGGGGCCTGGTGGCCTGGTGATGGAAGGACATCTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAACGGGCCAGCAACGCATTTAAGACCTGGAGCAG         ACGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107880 AAACGGGCCAGCAACGCATTTAAGACCTGGAGCAGGTG...CAGACGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GTTCACCATTCAGAGCAACCAACTGGTTTACCAGAAGAAGTACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109516 GTTCACCATTCAGAGCAACCAACTGGTTTACCAGAAGAAGTACAAGGTG.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907      GACCCTGTGACTGTGGTGGTGGATGACCTTCGTCTCTGCACAGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109566 ..CAGGACCCTGTGACTGTGGTGGTGGATGACCTTCGTCTCTGCACAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 AAACTCTGCCCTGACTCAGAAAGGCGGTTCTGCTTTGAGGTGGTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109702 AAACTCTGCCCTGACTCAGAAAGGCGGTTCTGCTTTGAGGTGGTGTCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CAGCAA         GTCCTGCCTCCTCCAGGCTGACTCAGAGCGCCTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109752 CAGCAAGTG...TAGGTCCTGCCTCCTCCAGGCTGACTCAGAGCGCCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TGCAGCTGTGGGTCAGTGCTGTGCAGAGCAGCATTGCTTCTGCCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110109 TGCAGCTGTGGGTCAGTGCTGTGCAGAGCAGCATTGCTTCTGCCTTCAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAGGCTCGCCTTGATGACAGCCCCCGGGGTCCAGGCCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110159 CAGGCTCGCCTTGATGACAGCCCCCGGGGTCCAGGCCAGGTA...CAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CTCAGGACACCTGGCCATAGGCTCTGCTGCCACCCTGGGCTCTGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110299 CTCAGGACACCTGGCCATAGGCTCTGCTGCCACCCTGGGCTCTGGTGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGGCCAGGGGAAGGGAGCCTGGGGGAGTCGGGCACGTGGTGGCCCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110349 TGGCCAGGGGAAGGGAGCCTGGGGGAGTCGGGCACGTGGTGGCCCAGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CAGAGTGTGGATGGCAATGCCCAGTGCTGCGACTGCCGGGAGCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110399 CAGAGTGTGGATGGCAATGCCCAGTGCTGCGACTGCCGGGAGCCAGCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGAGTGGGCCAGCATCAACCTTGGTGTCACCCTCTGCATTCAGTGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110449 GGAGTGGGCCAGCATCAACCTTGGTGTCACCCTCTGCATTCAGTGTTCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GCATCCACAG         GAGCCTTGGTGTTCACTTCTCCAAAGTCCGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110499 GCATCCACAGGTT...CAGGAGCCTTGGTGTTCACTTCTCCAAAGTCCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TCTCTGACCCTTGACTCATGGGAGCCAGAACTAGTGAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111219 TCTCTGACCCTTGACTCATGGGAGCCAGAACTAGTGAAGGTA...AAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CATGTGTGAGCTGGGAAATGTCATCATCAACCAGATCTATGAGGCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111395 CATGTGTGAGCTGGGAAATGTCATCATCAACCAGATCTATGAGGCCCGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TGGAGGCCATGGCAGTGAAGAAACCAGGGCCCAGCTGCTCCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111445 TGGAGGCCATGGCAGTGAAGAAACCAGGGCCCAGCTGCTCCCGGTG...C

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1509   GCAGGAGAAGGAGGCCTGGATTCACGCTAAATACGTGGAGAAGAAGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111570 AGGCAGGAGAAGGAGGCCTGGATTCACGCTAAATACGTGGAGAAGAAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CCTGACCAAGCTGCCTGAGATTCGAGGGCGAAGAGGTGGCCGGGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111620 CCTGACCAAGCTGCCTGAGATTCGAGGGCGAAGAGGTGGCCGGGGGCGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CAAGGGGGCAGCCTCCTGTGCCCCCAAAGCCTTCCATCAGGCCCCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111670 CAAGGGGGCAGCCTCCTGTGCCCCCAAAGCCTTCCATCAGGCCCCGGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GGGAGCTTGAGATCCAAGCCAG         AGCCCCCCTCTGAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111720 GGGAGCTTGAGATCCAAGCCAGGTA...CAGAGCCCCCCTCTGAGGACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GGGAAGCCTGCACCCTGGGGCCCTACTGTTTCGAGCGTCTGGGCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112280 GGGAAGCCTGCACCCTGGGGCCCTACTGTTTCGAGCGTCTGGGCATCCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CATCTCTTCCCACCATGGCTGATGCCCTTGCCCATGGAGCTGATGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112330 CATCTCTTCCCACCATGGCTGATGCCCTTGCCCATGGAGCTGATGTCAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 TGGGTCAATGGGGGCCAAGATAATGCCACACCGCTGATCCAGGCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112380 TGGGTCAATGGGGGCCAAGATAATGCCACACCGCTGATCCAGGCCACAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TGCT         AATTCTCTTCTGGCCTGTGAGTTTCTCCTCCAGAACG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112430 TGCTGTA...CAGAATTCTCTTCTGGCCTGTGAGTTTCTCCTCCAGAACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 GGGCGAACGTGAACCAAGCGGACAGTGCGGGCCGGGGCCCGCTGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113248 GGGCGAACGTGAACCAAGCGGACAGTGCGGGCCGGGGCCCGCTGCACCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GCAACCATTCTTGGCCACACGGG         GCTCGCCTGCCTGTTCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 113298 GCAACCATTCTTGGCCACACGGGGTA...CAGGCTCGCCTGCCTGTTCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GAAACGGGGAGCTGATCTGGGGGCTCGAGACTCTGAAGGCAGGGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113411 GAAACGGGGAGCTGATCTGGGGGCTCGAGACTCTGAAGGCAGGGACCCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 TGACCATCGCCATGGAAACAGCCAACGCTGACATCGTCACCCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113461 TGACCATCGCCATGGAAACAGCCAACGCTGACATCGTCACCCTGTA...C

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2073   GCTACGACTGGCAAAGATGAGGGAGGCTGAAGCGGCCCAGGGGCAGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114214 AGGCTACGACTGGCAAAGATGAGGGAGGCTGAAGCGGCCCAGGGGCAGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 AG         GAGATGAGACGTATCTTGACATCTTCCGCGACTTCTCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114264 AGGTA...CAGGAGATGAGACGTATCTTGACATCTTCCGCGACTTCTCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 TCATGGCGTCAGACGACCCGGAGAAGCTGAGCCGTCGCAGTCATGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114600 TCATGGCGTCAGACGACCCGGAGAAGCTGAGCCGTCGCAGTCATGACCTC

   2400     .
   2212 CACACGCTG
        |||||||||
 114650 CACACGCTG